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「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발·재건축사업의 조합원이 지급받는 청산금은 종전부동산의 분할양도로서 양도소득세 과세대상에 해당하며, 소유권이전 고시일의 다음날을 청산금의 양도시기로 하여, 1세대 1주택 비과세, 장기보유특별공제, 단기보유 세율 및 다주택자 중과세율을 판정합니다. 이하에서는 조합원의 청산금 수령에 따른 양도소득세에 대하여 살펴보도록 하겠습니다.

청산금이란?

(1) 기본 개념

청산금이란 「도시 및 주거환경정비법」 제89조 제1항에 따라 종전부동산의 권리가액이 관리처분계획으로 분양받는 신축부동산의 분양가액을 초과함에 따라 사업시행자로부터 조합원이 지급받는 금액을 말하며, 청산금의 수령은 “종전부동산의 분할양도”로서 양도소득세 과세대상에 해당합니다[(서면4팀-1504, 2004.09.22.); (재산46014-978, 2000.08.09.)].

즉, 종전부동산의 분할양도에 해당하는 청산금은 종전부동산의 권리가액이 신축부동산의 분양가액보다 큰 경우에 지급받는 권리가액과 분양가액의 차이금액이기 때문에, 권리가액이 분양가액보다 작아서 분담금을 납부한 후 비례율이 높아지면서 권리가액이 변동됨에 따라 초과납부한 분담금을 환급받는 경우에는 양도소득세 과세대상이 아닙니다. 참고로, 청산금의 납부(추가분담금)에 대해서는 추후 신축부동산을 양도할 때 필요경비에 산입합니다.

(2) 현금청산대상과의 구분

종전부동산의 권리가액이 신축부동산의 분양가액을 초과하여 지급받는 청산금과 현금청산대상에 해당하여 지급받는 손실보상금은 다른 개념입니다. 즉, 조합으로부터 지급받은 청산금이 흔히 "현금청산대상"이라 부르는 「도시 및 주거환경정비법」 제73조 제1항 및 제39조 제2항의 사유에 해당하는 경우에는​ 종전부동산 전부의 양도로 봅니다[(기획재정부 재산세제과-1047, 2011.12.07.); (서면4팀-1038, 2008.04.25.); (조심2019서2296, 2020.06.01.)].

다만, 분양신청을 하고 동·호수를 추첨받은 후 조합원분양계약기간 중 분양계약을 미체결하여 현금청산 대상이 된 경우에는 관리처분계획인가 이후에 조합원입주권을 취득하여 양도한 것으로 본다는 점 주의하시기 바랍니다[(기획재정부 재산세제과-26, 2013.01.10.); (부동산거래관리과-550, 2012.10.12.)]. 도시 및 주거환경정비법 제73조 [분양신청을 하지 아니한 자 등에 대한 조치] ① 사업시행자는 관리처분계획이 인가·고시된 다음 날부터 90일 이내에 ​다음 각 호에서 정하는 자와 토지, 건축물 또는 그 밖의 권리의 손실보상에 관한 협의를 하여야 한다. 다만, 사업시행자는 분양신청기간 종료일의 다음 날부터 협의를 시작할 수 있다.
1. 분양신청을 하지 아니한 자
2. 분양신청기간 종료 이전에 분양신청을 철회한 자
3. 제72조제6항 본문에 따라 분양신청을 할 수 없는 자
4. 제74조에 따라 인가된 관리처분계획에 따라 분양대상에서 제외된 자 도시 및 주거환경정비법 제39조 [조합원의 자격 등] ② 「주택법」 제63조 제1항에 따른 투기과열지구(이하 “투기과열지구”라 한다)로 지정된 지역에서 재건축사업을 시행하는 경우에는 조합설립인가 후, 재개발사업을 시행하는 경우에는 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 후 해당 정비사업의 건축물 또는 토지를 양수(매매·증여, 그 밖의 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되, 상속·이혼으로 인한 양도·양수의 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)한 자는 제1항에도 불구하고 조합원이 될 수 없다.

납세의무자

(1) 원칙

청산금 수령 시 양도소득세 납세의무자는 “원조합원”입니다. 명문상으로 정의된 개념은 아니지만, 양도소득세에서 원조합원이란 관리처분계획인가 당시의 조합원을 의미합니다.

(2) 조합원입주권을 승계취득한 후 청산금을 지급받은 경우

매매로 승계취득한 경우

청산금의 양도소득세 납세의무자에 대한 기존 국세청 유권해석에 따르면[(재산세과-628, 2009.02.23.); (부동산거래관리과-201, 2010.02.08.)], 원조합원이 조합원입주권을 양도하면서 입주권 양수인(승계조합원)으로부터 입주권 대가와 함께 분담금 환급예정액을 수령한 경우로서 승계조합원이 조합으로부터 청산금을 수령하기로 한 경우에도 청산금에 대한 양도소득세 납세의무자는 “기존부동산의 소유자(원조합원)”로 판단하였습니다. 이에 따라, 기존 실무에서는 입주권 양도분은 입주권의 잔금일을 양도시기로 하고, 청산금 양도분은 소유권이전고시일의 다음날을 양도시기로 하여 각각 양도소득세를 신고·납부하였습니다.

그러나, 최근 국세청의 종합감사와 조세심판원의 결정례에 따르면, 분담금 환급예정액은 원조합원이 매수자에게 양도한 입주권의 기존부동산 부분에 대한 양도대가로 수령한 것이므로, 매도인과 매수인간의 잔금청산일을 양도시기로 하고, 입주권의 양도가액에 합산하여 입주권의 양도대가로 보아 양도차익을 산정하는 것으로 보았습니다[(조심2022서6160, 2022.12.29.); (조심2023서3442, 2023.05.08.); (조심2023서7612, 2023.12.12.)].

또한, 최근 국세청은 조합원입주권을 매매취득한 승계조합원이 이전고시가 있은 후에 조합으로부터 지급받은 청산금 상당액은 양도소득세 과세대상에 해당하는 것이며, 소유권 이전고시가 있은 날의 다음날을 해당 청산금의 양도시기로 하여 양도소득세를 신고해야 한다고 회신하였으며(사전법규재산-450, 2024.06.27.), 기존의 해석사례(부동산거래관리과-201, 2010.02.08.)는 국세법령해석심의위원회의 심의를 거쳐 2024.09.19.에 삭제 정비되었습니다.

증여로 승계취득한 경우

재건축조합원이 관리처분계획인가 후 배우자에게 부동산의 1/2지분을 증여하는 계약을 체결한 경우 청산금이 지급되는 부분의 양도소득세 납세의무자는 등기부(신탁원부 포함)상 권리 득실 사항, 증여계약서 내용, 청산금의 실질 귀속여부 등을 종합적으로 검토하여 판단할 사항입니다(사전법령재산-178, 2021.06.30.).

상속으로 승계취득한 경우

피상속인이 보유하던 종전 주택이 주택재개발사업에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 조합원입주권으로 변환된 후 상속이 개시된 경우로서 상속인이 사업시행 완료 후 조합으로부터 교부받은 청산금 상당액은 양도소득세 과세대상에 해당합니다(사전법규재산-249, 2023.06.29.).

양도시기

(1) 원칙

과거의 과세관청 예규에 따르면, 조합원이 지급받는 청산금에 상당하는 종전부동산의 양도시기는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 대금을 청산한 날로 보았으나, 2020.1.14. 해석을 변경하여 “소유권이전 고시일의 다음날”을 청산금의 양도시기로 보고 있습니다(기획재정부 재산세제과-35, 2020.01.14.).

참고로, 청산금은 관리처분계획에서 예상가액을 정하고 이전고시를 통해 정산되는데 정관등에서 분할지급을 정하고 있거나 총회의 의결을 거쳐 따로 정한 경우에는 관리처분계획인가 후부터 이전고시가 있은 날까지 일정 기간별로 분할지급할 수 있으며, 실무적으로는 분양대금의 납입일에 맞추어 관리처분계획인가후부터 여러 차례 분할하여 지급하는 경우가 많습니다.

(2) 청산금의 가액이 변동되는 경우

양도시기 이후 청산금의 가액이 변동되는 경우에는 양도소득세를 수정신고 또는 경정청구해야 합니다[(서면부동산-4048, 2016.07.12.); (부동산거래관리과-940, 2010.07.19.)]. 다만, 현재는 청산금의 양도시기를 소유권이전고시일의 다음날로 보기 때문에 양도시기 이후 청산금의 가액이 변동되는 경우는 발생하기 어려울 것으로 보입니다.

(3) 환산취득가액을 적용하는 경우

종전부동산의 실지취득가액을 확인하기 어려운 경우로서 매매사례가액, 감정가액도 없는 경우에는 환산취득가액으로 취득가액을 산정합니다. 일반적으로 환산취득가액은 양도가액에 취득 당시 기준시가를 곱하고 양도 당시 기준시가를 나누어 계산하는데 비해 청산금에 대한 환산취득가액은 양도일이 아닌 관리처분계획인가일을 기준으로 계산한다는 점 주의하시기 바랍니다(사전법령재산-416, 2018.06.26.).

(4) 청산금의 양도시기를 기준으로 판단하는 사항

1세대 1주택 비과세

재개발·재건축 조합원이 종전주택을 조합에 제공하고 청산금을 수령한 경우 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 주택 및 부수토지에 대한 청산금은 양도소득세가 비과세됩니다.

(1) 보유주택 수

1세대 1주택 비과세 적용을 위한 보유주택 수는 “청산금의 양도시기”를 기준으로 판정합니다. 따라서, 청산금의 양도일 현재 재개발·재건축주택 이외에 다른 주택을 소유하고 있는 경우에는 비과세가 적용되지 않습니다(재산세과-628, 2009.02.23.).

다만, 다른 주택이 일시적 2주택인 경우처럼 비과세 특례가 적용되는 주택에 해당한다면 청산금에 대해서 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다[(부동산거래관리과-631, 2012.11.20.); (서면법규과-942, 2014.08.28.)].

(2) 보유 및 거주기간

기획재정부의 예규(기획재정부 재산세제과-62, 2014.01.21)에 따르면, “청산금에 상당하는 종전주택의 1세대 1주택 비과세 여부 판정 시 보유기간은 종전주택의 취득일부터 관리처분계획인가일까지 계산하는 것”으로 회신하였으며, 국세청의 예규(부동산거래관리과-380, 2012.07.20)에서도 “정비사업조합의 조합원이 종전주택을 당해 조합에 제공하고 종전주택의 평가액과 신축건물 분양가액의 차이에 따른 청산금을 수령한 경우 그 청산금의 1세대 1주택 비과세는 양도일 현재를 기준으로 적용하는 것이나, 정비사업조합의 조합원이 3년(현행 2년) 미만 보유하던 종전주택을 당해 조합에 제공한 경우 그 청산금은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 아니하여 양도소득세가 과세되는 것”이라고 답변하고 있습니다.

즉, 과세관청에서는 청산금에 대한 1세대 1주택 비과세의 보유 및 거주기간 요건 충족 여부를 종전주택을 조합에 제공한 시점(입주권 확정일, 관리처분계획인가일)을 기준으로 판단하고 있습니다. 다만, 입주권이 확정되는 날(관리처분계획인가일) 이후에도 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용하는 경우에는 종전주택의 보유기간에 합산합니다(부동산거래관리과-392, 2012.07.24.).

(3) 고가주택 판단

고가주택 해당 여부를 판정하는 기준은 “양도일 현재 법령”에 의하며(부동산거래관리과-415, 2012.08.06.), 고가주택의 가액기준(현행 12억원)과 비교해야 할 금액은 “종전부동산의 권리가액”입니다[(서면부동산-4814, 2016.12.02.); (법규재산2012-358, 2012.11.09.)]. 따라서, 청산금이 비과세에 해당하더라도 종전부동산의 권리가액이 12억원을 초과하는 경우에는 고가주택에 해당하는 양도차익에 대하여 양도소득세를 납부하여야 합니다.

(4) 1세대 1주택 비과세 요건 판단방법 요약

양도차익

청산금의 양도차익은 다음과 같이 계산하며, 여기서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 권리가격을 말합니다(부동산거래관리과-524, 2011.06.28.).

장기보유특별공제

청산금의 장기보유특별공제 적용을 위한 보유기간은 지급받은 청산금에 상당하는 “종전부동산의 취득일부터 청산금의 양도일”까지로 계산합니다(기획재정부 재산세제과-439, 2014.06.09.).

다주택자 중과세율

청산금을 지급받는 경우에도 다주택자 중과세율 규정이 적용되며, 다주택 중과 판정 시 주택 수의 계산은 “청산금의 양도일 현재”를 기준으로 합니다.

다만, 기존주택 소재지에 대한 조정대상지역 공고일 이전에 청산금에 관한 계약을 체결한 후 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우이거나 청산금 수령에 대하여 「조세특례제한법」 제77조에 따른 감면을 적용받는 경우 등 법에서 정한 사유에 해당하는 경우에는 다주택자 중과세율 적용이 배제됩니다.

감면

(1) 종전부동산이 임대주택, 미분양주택, 신축주택에 해당하는 경우

종전부동산이 임대주택이거나 특정기간에 취득한 미분양 또는 신축주택인 경우로서 다음의 관련 법령에 따른 요건을 충족한 경우에는 양도소득세 감면을 적용받을 수 있습니다(서면부동산-1132, 2015.08.27.).

(2) 정비기반시설을 수반한 정비사업에 해당하는 경우

재개발·재건축은 정비사업에 해당하기 때문에 종전부동산을 사업시행인가고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 경우에는 「조세특례제한법」 제77조에 따른 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세를 감면 규정을 적용받을 수 있습니다(부동산거래관리과-1164, 2010.09.17.).

「조세특례제한법」 제77조에 따른 감면대상 소득은 다음과 같이 3가지로 구분되는데, 재개발사업은 <2호>뿐만 아니라 <1호> 또는 <3호>에도 해당할 수 있으나, 재건축사업의 경우 원칙적으로 <2호>에 해당하여야 합니다.


이 때, <1호> 또는 <2호>에 해당하는 경우에는 해당 사업시행자가 감면신청을 해야 하지만 사업시행자가 감면신청을 하지 않은 경우에도 감면요건을 갖추었다면 감면을 적용받을 수 있는 것으로 해석하고 있으며(기준법령재산-272, 2020.12.08.), <3호>에 해당하는 경우에는 양도자가 감면신청을 해야 하지만 이 또한 양도자가 감면신청서를 제출하지 않은 경우에도 감면요건을 갖추었다면 감면을 적용받을 수 있는 것으로 대법원은 판시하고 있습니다(대법원2001두3006, 2003.05.16.).

이를 요약하면 다음과 같습니다.

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앞서 살펴 본 바와 같이 최근 국세청은 승계조합원이 조합원입주권을 승계 취득한 후 지급받을 청산금이 증가하여 승계조합원이 수령한 경우 해당 청산금 증가분에 대해서는 승계받은 조합원이 양도소득세를 신고하여야 하고, 그 양도시기는 소유권 이전고시가 있은 날의 다음날이라고 회신한 유권해석(사전법규재산-450, 2024.06.27.)을 생성한 바 있습니다. 그러나 해당 유권해석에서는 청산금의 양도세 납세의무자, 양도시기 및 신고기한에 대한 답변만을 하고, 승계조합원이 취득하여 양도하는 물건의 구분, 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산방법, 단기 보유세율 적용을 위한 보유기간의 산정 등의 내용이 없으므로 승계조합원의 청산금 양도소득세에 대해서는 종합적인 검토를 거친 후 신고를 진행하시기 바랍니다.