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일반적으로 발생하는 국세 세무조사와 지방세 세무조사는 성격이 다릅니다. 지방세는 많은 부분이 국세에서 파생되지만 지방세 세무조사에서는 지방세에만 존재하는 세목이 주요 대상이 될 수밖에 없습니다. 이 중에서 대부분의 쟁점은 취득세에서 발생합니다.

부동산 개발업은 대지만 조성해서 매각하는 경우를 제외하고는 건물 준공, 분양을 하는 것이 그 목적입니다. 따라서 신축건물의 원시취득에 대한 과세표준을 산정하는 과정에서 과세관청과 많은 분쟁이 발생합니다.

아래에서는 지방세 세무조사에 대응할 때 주의하여 고려할 사항을 정리해보겠습니다.

1. 세무조사 신청단계

부동산 개발업은 가급적 목적물 준공일이 속하는 과세기간이 끝나자마자 세무조사를 신청하는 것이 권장됩니다. 납세자는 지방세 기본법 제82조 제2항 제4호에 근거하여 세무조사를 신청할 수 있습니다. 단, 신탁을 이용한 현장의 경우라면 세무조사 신청인은 신탁사가 되어야 합니다. 지방세기본법 제82조(세무조사 대상자 선정) ② 지방자치단체의 장은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. <개정 2021. 12. 28.> 1. 납세자가 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 신고ㆍ납부, 담배의 제조ㆍ수입 등에 관한 장부의 기록 및 보관 등 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 2. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
3. 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
4. 납세자가 세무조사를 신청하는 경우
5. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
6. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 세무조사를 신청하여 시행사가 얻을 수 있는 이익은 몇 가지 있습니다.

(1) 신탁사 유보금 회수

일정규모 이상의 부동산 개발업이라면 특성상 신탁을 이용할 수 밖에 없습니다. 신탁사는 시행사의 원시취득물에 대한 취득세 세무조사가 수 년 이내에 반드시 나올 것이라는 사실을 알고 있습니다. 그러나 해당 원시취득물은 신탁사가 대외적 소유권을 가지고 있기 때문에 추후 세무조사시 시행사가 아닌 신탁사에 조사가 나오게 됩니다. 신탁사는 이를 대비해야합니다. 따라서 신탁 종료 후 세무조사가 완료되고 취득세가 완벽하게 정리되기 전까지 시행사의 자금 일부를 유보금의 형태로 보관합니다.

상당히 큰 액수가 유보금으로 묶입니다. 부동산개발업은 유동성이 중요합니다. 이를 빠르게 회수하기 위해서라도 선제적 세무조사를 받는 것이 유리합니다.

(2) 가산세의 경감

지자체마다 차이가 있겠으나 세무조사 신청을 하지 않는다면 지방세 세무조사는 3 ~ 5년 사이에 나오게 됩니다. 최대한 정확하게 과세표준을 잡아서 신고하더라도 몇 가지 부분에 대해서는 과세가 될 가능성을 배제할 수 없습니다. 이 경우 납부불성실 가산세만 하더라도 최소 30%에서 최대 50% 이상까지 나올 수 있습니다. 가산세 경감을 위해서라도 세무조사를 반드시 신청할 필요가 있습니다.

2. 세무조사 대응단계

지방세 세무조사는 지자체마다 조사강도가 매우 다르다는 점을 주의하셔야 합니다. 그러나 들여다보는 항목은 천편일률적이라는 공통점이 있습니다. 세무조사시 자주 보게되는 항목(과세표준)에 대해 말씀드려보겠습니다.

(1) 과세표준으로 보는 것

지방세법상 원시취득물에 대한 취득세의 과세표준은 사실상 취득가액이라고 봅니다. 이 사실상 취득가격은 시행령으로 위임을 하고 있습니다. 지방세법 시행령 제18조(사실상취득가격의 범위 등) ① 법 제10조의3제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”(이하 “사실상취득가격”이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 하고, 법인이 아닌 자가 취득한 경우에는 제1호, 제2호 또는 제7호의 금액을 제외한 금액으로 한다.
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용
2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료
3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용 4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료(건축 및 토지조성공사로 수탁자가 취득하는 경우 위탁자가 수탁자에게 지급하는 신탁수수료를 포함한다) 5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액
6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. 7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수
8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용
9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용
10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용 볼드체로 표시한 부분은 취득세 과세표준에서 누락이 자주 일어나는 항목들입니다. 이 중 1호의 건설자금이자의 경우 최근에는 누락하는 일이 거의 없어졌다고는 하나, 경험이 없는 사무실에 의뢰시 여전히 누락이 일어나기도 하니 주의하시기를 당부드립니다. 또한, 건설자금 이자와 유사한 금융비용은 대부분 PM수수료를 포함하여 금융을 발생시키기 위해 사용된 수수료 일체를 말하고 있습니다. 이 부분도 누락되지 않도록 주의하여야 합니다.

다만, 건설자금이자만이 해당된다는 점에서 시행사에서 수분양자에게 제공하는 중도금 대출 이자 부담액은 과세표준에서 제외됩니다.

5호에서 발생할 수 있는 것은 원 토지주의 양도소득세 대납액입니다. 가끔 토지를 매입하기 위해 시행사에서 원 토지주의 양도세 대납조건을 내걸기도 합니다. 이를 취득세의 과세표준으로 산입하겠다는 규정입니다. 만약 양도세 대납조건으로 토지를 매입하신다면 과세표준에서 배제할 수 있는 다른 방법을 고려하셔야 합니다.

7호 공인중개사의 보수와 해당 토지에 브릿지론 등을 받기 위해 평가한 감정평가수수료의 경우 토지매입단계에서 누락이 자주 되는 항목입니다. 토지매입단계는 대부분 법무사사무실에서 진행이 되다보니 개인 취득세처럼 토지매입금액만을 과세표준으로 신고하는 경우가 빈번합니다. 건물의 취득세는 세무조사를 신청한다면 가산세부담을 거의 하지 않는 선에서 막으실 수 있을 겁니다. 그러나 토지를 취득하는 시점은 그보다 훨씬 이전이므로 가산세 부담이 상당히 커지게 됩니다. 이 가산세는 회피가 불가능한 부분입니다. 만약 사전에 공인중개사의 보수 등을 포함해서 토지 취득세 신고를 하지 않은 상태라면 빠른 시일 내의 수정신고를 권장드립니다.

가장 문제가 되는 것은 포괄적 규정으로 되어있는 10호입니다. 대부분의 간접비용을 포괄하는 규정입니다. 과세관청에서는 어지간한 비용성 지출을 모두 과세표준으로 삼으려고 하는 추세라서 이를 최대한 방어해야합니다.

일반적으로 과세관청에서 문제를 삼는 것은 금융주선수수료와 신탁수수료, 시행사 운영비 항목입니다. 이 중 가장 크게 쟁점이 되는 부분은 시행사 운영비 항목입니다.

논의의 편의를 위해 가상의 사업수지표 하나를 보면서 설명을 드리겠습니다. 아래의 표를 참고해주시면 됩니다.


부대비용과 금융비용이 과세표준에 포함된다는 것은 시행령에 명확히 나와있기 때문에 논쟁의 여지가 거의 없습니다. 그러나 시행사 운영비는 사정이 다릅니다.

시행사 운영비라는 항목은 사실상 전도금의 이체에 불과합니다. 신탁사가 시행사에게 PF 자금을 집행하기 위한 근거가 필요하기 때문에 근거마련을 위해 운영비라는 명칭을 사용했을 뿐입니다. 이를 비용으로 볼 수는 없습니다. 그래서 다른 비용들과는 성격이 다릅니다.

그럼에도 불구하고 지방세 세무조사에서는 운영비를 과세표준에 반드시 포함시켜서 과세를 하고 있습니다. 간접비라는 이유로 포함하는 것이지만 실제로는 애초에 비용이 아니라고 판단하고 있습니다. 운영비에 대해서는 조사단계에서는 대응이 불가능하므로 반드시 조세불복 등으로 다투어야 할 부분입니다.

(2) 과세표준으로 보지 않는 것

과세표준으로 보지 않는 부분은 판관비와 일부 전기, 가스, 열 관련 비용들이라고 보시면 됩니다. 이 중 1호인 판관비 부분에서 상술하였던 시행사 운영비의 해석문제와 맞물리는 지점이 발생합니다.

또한, 4호의 부가가치세는 공통매입세액이나 면세현장의 매입세액 불공제되는 부가가치세에 대해서는 과세표준으로 보지 않겠다는 규정입니다. 이 부분을 과세표준으로 합산하는 경우가 없어야 합니다. 지방세법 시행령 제18조(사실상취득가격의 범위 등) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다. <개정 2021. 12. 31.>
1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용
2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용
3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용
4. 부가가치세
5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용 지방세 세무조사는 매우 경직되어있는 조사입니다. 마치 과세권이 애초에 존재한다는 식으로 접근하거나 과세표준에서 제외할 수 있는 부분도 과세를 하려는 경우가 있습니다. 세심하게 이를 발라내야 합니다.

또한, 조사기간을 준수하지 않는 경우도 빈번하게 발생합니다. 국세 세무조사에서는 있을 수 없는 일이나, 조사기간 연장통지를 미이행하거나 조사기간을 임의로 바꾸는 경우도 흔하게 발생합니다. 이에 대해서 권리보호 요청도 병행해서 할 필요성이 있습니다.