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상반기 세무 일정이 마무리 되고 있습니다. 숨가쁘게 달려온 세무인 여러분들 모두 고생 많으셨습니다. 이번에는 이러한 각종 세무신고 이후 감면을 놓쳤거나 새로 발견되어 경정청구를 통해 감면을 신고하는 경우 발생하는 이벤트들 중 농어촌특별세에 대해 다루어 보고자 합니다.

우리에게 익숙한 법인세나 취득세 등의 굵직한 세목에서 감면을 청구하는 경정청구를 진행하는 경우 발생하는 이슈들은 많이들 인식하고 있을 수 있는데, 워낙 농어촌특별세는 자주 접하지 못해 등한시 하는 세목 중 하나인 것이 사실이다 보니 놓치게 되는 이슈들이 있습니다.

특히 감면에 따른 가산세 적용이 그것입니다. 감면은 말 그대로 납세자에게 특혜를 주는 부분인데 가산세는 어떻게 되는 것인지 이번 원고에서 그 내용을 정리해보고, 농어촌특별세 이슈가 되는 부분까지 상세하게 살펴보고자 하니 끝까지 집중하고 읽어 주시기 바랍니다.

농어촌특별세와 감면이란?

본격적으로 들어가기에 앞서 농어촌특별세법에서 말하는 농어촌특별세란 무엇이고, 감면이 무엇인지에 대한 정의를 차근히 짚어보고 넘어가겠습니다. ■ 조세감면의 정의
정부가 특정한 정책목적을 달성하기 위한 수단 또는 과세기술상의 이유로 인하여 과세하여야 할 일정한 세액을 경감하거나 면제하여 주는 것을 말한다(기획재정부, 시사경제용어사전).

■ 농어촌특별세 도입목적
농ㆍ어업의 경쟁력 강화와 농어촌산업기반시설의 확충 및 농어촌지역 개발사업에 필요한 재원을 확보(농특법 제1조)

농어촌특별세 개요

농어촌특별세의 조항은 크게 복잡하지는 않고 13개조의 조항으로 구성되어 있습니다. 아래에서는 조항을 구분하여 농특세의 전반을 확인해 보고자 합니다. 기본사항이니 반드시 숙지하시길 권합니다. 기본적으로 농특세는 조세감면에 대해 부과하는 것으로 이해하시면 쉽습니다. 1. 납세의무자 ○ 감면을 받는 자
- 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자 ○ 개별 세법상 납세의무자
- 개별소비세 납세의무자(입장행위)
- 증권거래세 납세의무자
- 레저세의 납세의무자
- 종합부동산세의 납세의무자
2. 과세표준 및 세율
○ 농특법 제5조 제1항 일반사항

각호	과세표준	세율
1	「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에 따라 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(제2호의 경우는 제외한다)	100분의 20
2	「조세특례제한법」에 따라 감면받은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ금융투자소득에 대한 소득세의 감면세액	100분의 10
3	삭제
4	「개별소비세법」에 따라 납부하여야 할 개별소비세액 가. 「개별소비세법」 제1조 제3항 제4호의 경우 나. 가목 외의 경우	100분의 30 100분의 10
5	「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래된 증권의 양도가액	1만분의 15
6	「지방세법」 제11조 및 제12조의 표준세율을 100분의 2로 적용하여 「지방세법」, 「지방세특례제한법」 및 「조세특례제한법」에 따라 산출한 취득세액	100분의 10
7	「지방세법」에 따라 납부하여야 할 레저세액	100분의 20
8	「종합부동산세법」에 따라 납부하여야 할 종합부동산세액	100분의 20

3. 비과세
○ 조세특례제한법상 다음의 법인세 감면(농특법 제4조 및 농특령 제4조)
- 국가(외국정부 포함)ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 대한 감면
- 농어업인(농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호의 농업인과 수산업ㆍ어촌 발전 기본법 제3조 제3호의 어업인을 말함) 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합 법인, 농업회사법인 및 영어조합법인 포함)에 대한 다음의 감면 ㆍ영농ㆍ영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등(제66조ㆍ제67조)
ㆍ농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등(제68조)
ㆍ조합법인 등(신용협동조합법에 따라 설립된 신용협동조합 및 새마을금고법에 따라 설립된 새마을금고, 중소기업협동조합법에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회, 소비자생활협동조합법에 따라 설립된 소비자생활협동조합은 제외)에 대한 법인세 특례세율의 적용(제72조 제1항) ㆍ산림개발소득에 대한 세액감면(제102조)
ㆍ어업협정에 따른 어업인에 대한 지원(제104조의 2)
- 중소기업에 대한 다음의 감면
ㆍ창업중소기업 등에 대한 세액감면(제6조)
ㆍ중소기업에 대한 특별세액감면(제7조)
- 고용증대를 위한 다음의 감면
ㆍ고용유지중소기업 등에 대한 과세특례(제30조의 3)
ㆍ중소기업 사회보험료 세액공제(제30조의 4)
- 연구 및 인력개발에 대한 다음의 감면
ㆍ연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(제10조)
ㆍ연구개발 관련 출연금 등의 과세특례(제10조의 2)
ㆍ기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례(제12조)
ㆍ연구개발 특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면(제12조의 2)
ㆍ중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세(제13조)
- 지역간의 균형발전을 위한 다음의 감면
ㆍ수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등(제63조)
ㆍ수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등(제63조의 2)
ㆍ농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면(제64조)
- 그 밖의 감면
ㆍ공공차관도입에 따른 과세특례(제20조)
ㆍ국제금융거래에 따른 이자소득 등에 대한 외국법인 법인세의 면제(제21조)
ㆍ사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례(제33조)
ㆍ위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면(제99조의9)
ㆍ감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면(제99조의11)
ㆍ전자신고에 대한 세액공제(제104조의 8 제1항ㆍ제3항)
ㆍ대한주택공사 및 한국토지공사의 합병에 대한 과세특례(제104조의 21)
ㆍ해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면(제104조의24)
ㆍ2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회에 대한 과세특례(제104의 28)
ㆍ프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제(제104조의 31)
ㆍ외국인투자에 대한 법인세 등의 감면(제121조의 2 및 제121조의 4)
ㆍ공적자금 회수를 위한 합병 및 분할 등에 대한 과세특례(제121조의 24)
ㆍ성실신고 확인비용에 대한 세액공제(제126조의 6)
4. 신고 및 납부
○ 신고·납부 시기
- 해당 본세를 신고ㆍ납부(중간예납은 제외)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고ㆍ납부
- 신고ㆍ납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고ㆍ납부의 예에 따라 신고ㆍ납부
- 「법인세법」에 따른 연결납세방식을 적용받는 법인의 경우에는 같은 법 제1조 제9호에 따른 연결모법인이 신고ㆍ납부
5. 납세지
○ 본세의 납세지

농어촌특별세 관련 자주 묻는 질문

아래에서는 농어촌특별세와 관련하여 주요 질의하는 사안을 묶어 보았습니다. 농어촌특별세는 분납, 환급, 원천징수 부분이 익숙하지 않으므로 잘 살펴보시기 바랍니다. 농특세가 있는 근로자의 경우, 농특세도 분납이 가능한가요?

네 가능합니다. 납세의무자가 본세를 해당 세법에 따라 분납하는 경우에는 농어촌특별세도 그 분납금액의 비율에 의하여 해당 본세의 분납의 예에 따라 분납할 수 있습니다. 또한 본세가 해당 세법에 따른 분납기준금액에 미달하여 그 본세를 분납하지 아니하는 경우에도 농어촌특별세의 세액이 500만원을 초과하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 분납할 수 있습니다(농특세법 제9조, 농특령 제8조)
1. 농어촌특별세의 세액이 1천만원 이하인 때에는 500만원을 초과하는 금액
2. 농어촌특별세의 세액이 1천만원을 초과하는 때에는 그 세액의 100분의 50 이하의 금액 근로자 감소로 인해 고용증대세액공제 반영시 최저한세에 따라 이월된 세액이 발생, 추가납부가 발생하여 농특세 환급되는 경우 본세에서 차감하면 되는지? 경정청구를 해야 하는지?

“공제감면세액 및 추가납부세액합계표(을)[법인세법 시행규칙 별지 제8호서식(을)]”을 제출해야 할 것으로 판단됩니다.
따라서 별도 경정청구가 아닌 농어촌특별세법 제12조의 규정에 감면을 받은 세액을 추징함에 따라 발생하는 환급금을 포함하여 농어촌특별세의 과오납금은 본세의 환급의 예에 따라 환급하는 것이므로 당해연도 법인세 신고시 [법인세법 시행규칙 별지 제2호 서식] 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서, [법인세법 시행규칙 별지 제12호 서식] 농어촌특별세과세표준 및 세액조정계산서를 작성하여 제출하면 될 것으로 보입니다(홈택스 질의답변 참조, 2018-03-27). 조세특례제한법 제16조2에 따른 주식매수선택권 행사 요건에 의해 비과세 특례를 적용받는 경우 해당 행사이익에 대해 대상자에게 농특세 원천징수의무가 발생하는지요?

농어촌특별세법 제4조에서는 비과세 대상을 열거하고 있는데, 현재 조세특례제한법 제16조의 2 규정은 비과세 대상으로 확인되지 않으므로 조세법률주의에 따라 소득세 감면세액의 20% 상당액의 농어촌특별세를 징수하여 신고·납부하여야 할 것입니다. 조문상 비과세인지 반드시 확인이 중요합니다.

농어촌특별세의 회계처리와 세무조정

농특세 이슈에 앞서 자주 발생하는 회계처리와 세무조정 방법을 간략히 표로 정리해 보았으니 간편하게 확인해 보시기 바랍니다. 기본적으로는 본세를 따라가면서 처리하면 될 것이고, 취득세는 취득원가에 가산된다는 점을 명심하시면 좋겠습니다.

○ 본세의 세무처리방법과 동일

최근 이슈가 된 농어촌특별세 쟁점해설

○ 국세 vs 지방세 납부지연가산세 적용
- 아래는 실 사례를 각색한 것으로 지속적으로 이슈가 될 것으로 보이니 고민해볼 필요가 높다고 판단되네요. [사실관계]
- A법인은 친환경건축물을 2023. 12. 원시취득
- 2024. 2. 취득세 신고납부
- 2024. 4. 친환경건축물 인증 획득
- 2024. 7. 지방세특례제한법 제47조의 2 제1항에 다라 친환경건축물 취득세 감면 신청 예정
- B구청은 감면에 대해 농어촌특별세 납부지연 가산세 추징 안내
[질의]
- 농어촌특별세 납부지연 가산세 부과가 타당한지 여부
[해설] - 국세기본법 제47조의 4 제1항에 따르면 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 제1호에 따라 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액을 기준으로 - 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 가산세를 납부지연 가산세를 산출하도록 되어 있습니다. - 또한 지방세법 제153조에서는 지방세의 부과ㆍ징수에 관하여 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다고 규정되어 있습니다. - 주어진 사실관계 및 관계규정에 따라 농어촌특별세 납부지연 가산세 과세여부가 적법한지를 살펴보면 - 법령에 기대어 해석하면 모호하나 2024. 3. 15. 자로 신설된 국세기본법 제47조의4 납부지연가산세 기본통칙47의 4-0∙∙∙1【미달납부세액에서 차감하는 기납부세액】을 살펴보면 양도소득세 또는 법인세 감면을 추가로 인정하는 과세관청의 경정결정으로 인하여 양도소득세 또는 법인세는 일부 환급되고 농어촌특별세는 추가 고지되는 경우 양도소득세 또는 법인세 환급세액은 농어촌특별세의 납부지연가산세 계산 시 기납부세액으로 공제한다고 명시하고 있고, - 법인세 감면을 추가로 인정하는 과세관청의 경정결정으로 인하여 법인세는 일부 환급되고 농어촌특별세는 추가 고지되는 경우 법인세 환급세액은 농어촌특별세의 납부지연가산세 계산 시 기납부세액으로 공제되는 것으로 일관되게 예규에서 확인되고 있습니다(서면법규기본-2550, 2023.05.24).
※ 따라서 국세와 마찬가지로 지방세도 법적으로 명시되지 않았다면 국세를 준용하므로 감면분 농특세에 대해 납부지연 가산세를 부과하는 것은 무리라 보여지나 아직까지 지방세에서는 이러한 부분에 대해 유권해석(예규)나 판례가 없기에 대해 일선 처분청에서는 국세와 다른 취득세임을 들어 과세하는 것으로 보이나 다툼의 소지가 있으므로 전문가들과 상의하여 대응하시는 것이 좋을 것으로 판단됩니다.

농어촌특별세 최근 유권해석 및 판례

지금까지 최근 이슈가 된 사례까지 구성하여 살펴 보았는데요. 이제는 사례별로 유권해석이나 판례에서 농어촌특별세에 대해 어떻게 해석하고 판결했는지를 보고자 합니다. 주택의 유상승계취득에 따라 본세에 부가하여 납부하는 농어촌특별세의 과세표준을 「지방세법」제11조 제1항 제8호에 따라 산출한 금액으로 하여 달라는 청구주장의 당부

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(세제과-16761, 2012.12.27.)
현물출자 부동산 취득세 면제에 따른 농특세 적용과표 질의회신

<질의요지>
개인사업자가 부동산임대업을 영위하던 부동산을 조세특례제한법 제120조 제5항에 따라 “같은 법 제32조에 따른 현물출자 방식으로 법인으로 전환하면서 취득하는 사업용 재산”으로 취득세를 면제받고, 인근 대표이사 개인 소유 부동산에 본점을 설립하고, 현물출자 부동산에는 지점등기를 하고 인적시설 없이 부동산임대업을 영위하는 경우 현물출자 취득세 면제 부동산에 대한 농어촌특별세 적용과표를 과밀억제권역 안 법인 취득세 중과세액과 일반세액 중 어느 것이 타당한지에 대하여 질의

<회신내용>
농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호에서는“조세특례제한법에 따라 감면을 받는 취득세에 대한 농어촌특별세액은 그 감면세액을 과세표준으로 하여 100분의 20의 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제13조 제2항 제2호와 같은법시행령 제27조 제3항에서 법인 설립 이후 대도시 내 부동산 취득은 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용의 모든 부동산에 대하여 취득세를 중과세하고, 법인 설립이나 지점 설치 이전 법인 취득 부동산이 취득세 중과세 대상이 되기 위해서는 법인 본점이나 지점 용도로 직접 사용하기 위한 경우로 규정하고 있으며, 행정안전부 질의회신(세정13407-55, 1999.10.25.)에서는 법인설립 중 발기인이 토지의 현물출자로 인하여 취득하는 법인의 토지 취득시기는 법인설립등기일로 보는 것이 타당한 것으로 보고 있음에 따라

현물출자 부동산의 취득일은 법인설립등기일이 되며, 그 이후 해당 부동산에 사업자등록을 하여 지점 설치를 하였으므로, 현물출자에 대한 취득세 면제세액의 적용과표는 법인 설립일과 해당 부동산의 취득일이 같은 날이 되는 것으로서 법인 설립 이후 해당 부동산을 취득한 것으로 보는 것이 타당할 것이므로, 현물출자에 따른 취득세 면제세액에 대한 농어촌특별세 적용과표는 취득세 중과세액을 적용하는 것이 합당할 것으로 판단됩니다.

<해설>
농어촌특별세 과표가 중과세와 엮이는 경우 무엇으로 해야 할지 헷갈릴 수 있는데 이와 관련한 유권해석이 있어 담아 보았습니다. 법인 설립일과 해당 부동산의 취득일이 같은 날이 되는 것으로서 법인 설립 이후 해당 부동산을 취득한 것으로 보는 것이 타당하다고 보아 농어촌특별세 적용과표는 취득세 중과세액을 적용하는 것은 매우 보수적인 해석이라 보이므로 주의를 요할 것이나 충분히 쟁점이 될만하다 사료되는 부분입니다. 농어촌특별세 과세표준의 의미

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(조심2009지706, 2009.10.23.)

농어촌특별세의 과세표준으로 규정하고 있는 관련법령에 의하여 감면을 받은 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세라 함은 열거된 세목 중 임의적으로 어느 한 세목만을 선택하여 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 함을 의미하는 것이 아니라 포괄적으로 열거된 모든 세목을 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 함을 의미하는 것으로 보는 것이 타당함

<해설>
농어촌특별세 과표가 적용에 있어 열거된 것만이 중요한 것이 아니라는 개념이 있어 소개드리는 심판례입니다. 관련법령에 의하여 감면을 받은 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세라 함은 열거된 세목 중 임의적으로 어느 한 세목만을 선택하여 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 함을 의미하는 것이 아니라 포괄적으로 열거된 모든 세목을 농어촌특별세의 과세표준으로 하여야 함을 의미하는 것으로 보는 것이 공평과세원칙에 부합한다고 보았습니다. 즉 농특세 해석시 단순 열거된 감면에만 협의로 보아선 안되고 포괄주의 체계라는 것을 살펴볼 수 있는 중요한 판결입니다. 주택의 유상승계취득에 따라 본세에 부가하여 납부하는 농어촌특별세의 과세표준을 「지방세법」제11조 제1항 제8호에 따라 산출한 금액으로 하여 달라는 청구주장의 당부

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(조심2018지1262, 2018.11.29.)

청구인은 이 건 부동산 취득에 따른 농어촌특별세의 과세표준은 취득세액 또는 통합 취득세액 중 구 취득세액 부분으로 하여야 한다고 주장하나, 농특세법 제5조 제1항 제6호는 지방세법의 취득세율을 100분의 2로 적용하여 산출한 취득세액의 10％를 농어촌특별세로 규정하고 있을 뿐, 취득세액 등을 과세표준으로 하도록 규정하고 있지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어려움

<해설>
세법 적용을 납세자에게 유리하게 적용하고 싶은 것은 어떤 납세자도 동일 것이나 과도한 확대해석은 지양해야 할 것이겠죠.
부동산을 취득하고 개정 농특세법 제5조 제1항 제6호에 따라 그 취득가액(○○○)에 100분의 2의 취득세율을 적용하여 산출한 금액(○○○)을 농어촌특별세의 과세표준으로 하고 100분의 10의 세율을 적용하여 농어촌특별세를 산출한 데 잘못이 없는 것으로 보이고, 관련법령에서 농어촌특별세의 과세표준을 취득세액 또는 취득세액 중 구 취득세액 부분으로 한정하도록 규정하고 있지 아니하므로 처분청이 신고ㆍ납부된 농어촌특별세를 경정할 사유가 없다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 보았습니다.
농특세가 비롯 취득세를 본세로 하고 있다 하여도 조문에 별도 규정 없는 이상 확대해석을 금지하는 것으로 엄격해석함에 주의해야 할 것으로 수긍이 가는 심판례네요. 양도소득세 고가주택 초과분에 대한 농어촌특별세 적용

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(국심2006서1965, 2006.09.05.)

신축주택에 대한 양도소득세 감면에 대한 농어촌특별세는 고가주택의 경우 6억원(현행 12억원)을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 농어촌특별세의 과세표준으로 하는 것임

<해설>
농어촌특별세는 조세특례제한법상 감면을 받는 소득세 또는 법인세 등을 과세표준으로 하고 있고, 소득세법상 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 이 건의 경우 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 감면대상 양도소득은 소득세법 시행령 제95조 제3항 및 소득세법 시행령 제160조의 규정에 의하여 계산된 양도가액 6억원을 초과하는 부분이라 할 것이므로, 양도가액 6억원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 이 건 농어촌특별세의 과세표준으로 해야 한다는 청구인의 주장이 타당하다고 판단하였는데 굉장히 합리적인 결론이라 보입니다.
소득세법상 1세대 1주택 비과세대상인 고가주택에 대한 비과세와 조세특례제한법상 신축주택에 대한 감면을 중복하여 적용할 수 없다는 명문의 규정도 없을뿐더러 그 당시 6억원까지는 비과세에 해당하는 것으로 농어촌특별세 부과 여지는 이미 상실된 상태에서 6억원을 초과하는 양도차익에 대한 산출세액을 양도소득세 감면세액으로 보아 농어촌특별세를 계산하여야 하는 것이 충분히 설득력이 있다 보입니다.

마치면서

이번 포스트에서는 비중이 작지만 놓쳐서는 안될 중요한 세목인 농어촌특별세를 전반적으로 다루어 보고 최근 이슈되는 사안을 구성해 보았습니다. 앞서 살펴본 이슈에서처럼 국세와 지방세가 다른 모습을 보이는 것은 납세자 입장에선 매우 불편하고 납득이 가지 않을 수 있으므로 서둘러 법적인 정비나 예규가 확립되길 바랍니다.

하루하루 보다 무더워지면서 어느덧 장마를 앞두고 있습니다. 독자분들도 무더위 건강관리 잘 하시기 바라며 이번 포스팅을 마칩니다. 앞으로 실무상 더욱 알차고 유익한 내용으로 찾아뵐 것을 약속드립니다. 감사합니다.