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토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도하는 경우 취득세, 양도소득세 및 부가가치세가 발생하며, 취득세의 과세표준 안분, 양도소득세의 양도가액 및 취득가액 안분, 부가가치세의 공급가액 안분 등 각 세금별로 일괄 거래에 대한 안분방법이 서로 달리 규정되어 있습니다. 이하에서는 부동산 등을 일괄 거래할 때 발생하는 세금별 안분방법에 관하여 살펴보도록 하겠습니다.

1. 취득세

취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 취득세 파트에서 “부동산등”이라 합니다)을 취득한 자에게 부과하며, 부동산등을 한꺼번에 취득하는 경우에는 "①일반적인 경우, ②주상복합 건축물과 부속토지를 일괄 취득하는 경우, ③주상복합 건축물을 신축·증축하는 경우"의 3가지 상황별로 안분방법을 달리하여 「지방세법 시행령」 제19조에서 정하는 바에 따라 취득 당시의 가액을 구분하여 취득세 과세표준을 산정합니다.

(1) 일반적인 경우 (지방령§19①·④)

부동산등을 한꺼번에 취득하여 각 과세물건의 취득 당시의 가액이 구분되지 않는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 각 과세물건별 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득 당시의 가액으로 합니다. 다만, 시가표준액이 없는 과세물건이 포함되어 있는 경우에는 부동산등의 감정가액 등을 고려하여 시장·군수·구청장이 결정한 비율로 나눈 금액을 각각의 취득 당시의 가액으로 합니다.

(2) 주택, 건축물과 그 부속토지를 한꺼번에 취득한 경우 (지방령§19②)

주상복합 건축물과 부속토지를 일괄 취득한 경우에는 전체 시가표준액에서 주택부분과 주택외 부분이 차지하는 시가표준액 비율을 구분하여 각각의 취득당시의 가액을 산정합니다. 즉, 주택과 건축물 및 그 부속토지를 한꺼번에 취득한 경우에는 각각의 취득가격이 구분되는 지 여부를 따지지 않고, 전체 취득가격을 주택과 주택 외 부분의 시가표준액 비율로 안분하여 주택 부분과 주택 외 부분의 취득 당시의 가액을 산정합니다.

(3) 주택, 건축물과 그 부속토지를 한꺼번에 취득한 경우 (지방령§19③)

주상복합 건축물을 신축 또는 증축한 경우에는 다음의 계산식에 따라 연면적을 기준으로 주택 부분과 주택 외 부분의 취득 당시의 가액을 구분하여 산정합니다.

(4) 관련 예규 등

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2. 부가가치세

부가가치세의 공급가액을 산정함에 있어, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 「부가가치세법」 제29조 제2항 및 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 실지거래가액을 공급가액으로 하거나 감정가액, 기준시가, 장부가액, 취득가액 등 법에서 정한 기준에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 합니다. 다만, 해당 방법을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 계산합니다.

(1) 원칙

(2) 원칙적인 방법을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우

(3) 주요 개정 사항

납세자가 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가 등에 따른 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 규정은 자산별 가액의 자의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위해 신설되어 2019.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용하고 있습니다. 다만, 2022.1.1. 이후 공급하는 분부터는 기준시가 등에 따른 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우에도 사업자가 구분한 실지거래가액을 인정할 만한 사유가 있는 경우에는 사업자가 구분한 실지거래가액을 공급가액으로 합니다.

(4) 관련 예규 등

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3. 양도소득세

양도소득세를 계산할 때, 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 「소득세법」 제100조 제2항 내지 제3항 및 「소득세법 시행령」 제166조 제6항에 따라 구분 기재된 가액을 각각 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액으로 하며, 전체 실지거래가액은 확인되나 자산별로 가액의 구분이 불분명한 경우에는 취득 또는 양도당시의 감정평가액, 기준시가, 장부가액, 취득가액을 순차적으로 적용한 가액으로 안분계산합니다.

(1) 양도소득세 안분계산의 기본 구조

양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 안분계산합니다. 또한, 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산합니다.

이 때, 계약서상 토지의 가액과 건물 등의 가액이 구분되어 있다고 하더라도 그 구분 가액이 기준시가 등에 따른 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 가액 구분이 불분명 때로 보는 것이며, 해당 간주규정은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위해 신설되어 2016.1.1. 이후 양도분부터 적용하고 있습니다.

(2) 가액 구분이 불분명한 경우 안분방법

① 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 다음의 순서에 의하여 안분계산합니다.



② 다만, 위 순서에 따른 방법을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 다음의 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분합니다.


③ 또한, 안분 규정을 적용함에 있어 선박·항공기·차량·기계장비 및 「입목에 관한 법률」의 적용을 받는 입목에 대하여 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 합니다. 여기서, 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따라 평가한 가액이란 선박·항공기·차량·기계장비 및 「입목에 관한 법률」의 적용을 받는 입목을 처분할 경우 다시 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 말하되, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 뺀 가액) 및 「지방세법 시행령」 제4조 제1항의 시가표준액에 따른 가액을 순차로 적용한 가액을 말합니다. 즉, 재취득 예상가액, 장부가액, 시가표준액을 순차적으로 적용합니다.

(3) 일괄 거래의 유형별 안분계산 규정 적용 여부

「소득세법」 제100조 제2항에 따르면, 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산한다고 규정하고 있는 바, 일괄 거래하는 자산의 종류 및 거래 상황별로 안분계산 규정의 적용 여부를 따져보면 다음과 같습니다.

(4) 관련 예규 등

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부동산 등의 자산을 일괄하여 거래하는 경우 안분방법에 대하여 취득세는 「지방세법시행령」 제19조, 부가가치세는 「부가가치세법」 제29조 제2항 및 「부가가치세법시행령」 제64조, 양도소득세는 「소득세법」 제100조 제2항 내지 제3항 및 「소득세법시행령」 제166조 제6항에 규정되어 있는 바, 각 세금별 조문과 앞서 살펴본 내용들을 참고하시어 실무상 일괄거래에 대한 세무 처리를 하는데 도움이 되기를 바랍니다.