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비영리법인을 설립하는 경우 재산을 출연 받게 되며, 비영리법인이 출연 받은 재산은 상속세 및 증여세 납세의무가 발생합니다. 하지만 비영리법인 중 공익법인은 국가가 해야 할 사회일반의 이익을 사업목적으로 하고 있으므로 공익법인 등이 출연 받은 재산가액에는 상속세 및 증여세를 부과하고 있지 않고 있습니다. 하지만 공익법인이라고 무조건 상속세 및 증여세가 부과되지 않는 것은 아니며, 사후관리 규정을 두고 있습니다. 만약, 공익법인이 공익사업을 조세회피 또는 탈루의 수단으로 사용하거나, 각종 보고의무 등을 이행하지 않는 등 사업을 성실하게 수행하지 않을 경우 상속세 및 증여세와 가산세를 과세할 수 있습니다.

상속세 및 증여세가 과세되지 않는 공익법인의 범위

1) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조에 따른 공익법인 등의 범위

① 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업은 주무관청의 허가여부 및 법인등록여부와 관계없이 당해 단체가 수행하는 정관상 고유목적사업에 따라 판단하여야 하며, 종교활동을 위한 인적·물적시설이 있어야 합니다. 다만, 국외에 주된 사무소가 있는 종교단체는 공익법인으로 보지 않습니다.
② 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업 ㉮ 유치원
유아교육법에 따른 유치원이란 유아의 교육을 위하여 이 법에 따라 설립․운영되는 학교를 말하며, 이러한 유치원은 국립유치원, 공립유치원, 사립유치원으로 구분됩니다. 그러므로 사립유치원의 경우에도 상속세 및 증여세법상 공익법인에 해당합니다.
㉯ 어린이집
어린이집의 경우 영유아보육법의 적용을 받으므로 유아교육법에 따른 유치원에 해당하지 않으나, 2018년 2월 13일 법인세법 개정으로 영유아보육법에 따른 어린이집의 경우에도 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등에 해당하므로 공익법인에 해당합니다.
㉰ 평생교육시설
근로자직업능력 개발법에 의한 기능대학, 평생교육법 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설의 경우 고등교육법에 의한 학교에 해당하지는 않지만 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등에 해당하므로 공익법인에 해당합니다. ③ 사회복지사업법의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업
④ 의료법에 따른 의료법인이 운영하는 사업
⑤ 법인세법 제24조 제2항 제1호에 해당하는 기부금을 받는 자(법정기부금)가 해당 기부금으로 운영하는 사업 ⑥ 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 공익단체 등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외 ⑦ 법인세법 시행령 제39조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외

2) 공익법인의 범위 개정

2018년 12월 31일까지 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 및 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체 등에 해당하는 법인은 2020년 12월 31일까지 공익법인으로 보았습니다. 이에 따라 이러한 비영리법인이 2021년 이후에도 공익법인이 되기 위해서는 별도의 기부금단체 신청이 필요해졌습니다.

기부금단체로 지정받기 위한 절차

1) 추천방법

지정기부금단체로 지정받고자 하는 법인은 관련서류를 준비하여 설립 후 국세청에 기부금단체 추천을 요청하고, 국세청에서는 관련서류를 검토한 후 매 분기말의 직전달 10일¹⁾까지 추천서를 공문으로 기획재정부에 제출해야 합니다. 1) 매분기별 추천기한 : 2월 10일, 5월 10일, 8월 10일, 11월 10일

① 추천시 제출서류

㉮ 공익법인 등 추천 신청서
㉯ 법인설립허가서 사본(사회적협동조합의 경우 사회적협동조합 설립인가증 등)
㉰ 정관
㉱ 최근 3년간 결산서 및 해당 사업연도 예산서2)
㉲ 지정일이 속하는 사업연도부터 향후 3년 동안 기부금을 통한 사업계획서
㉳ 법인 대표자의 공익법인 등 의무이행준수 서약서
㉴ 기부금 모금 및 지출을 통한 공익활동보고서
㉵ 선거운동 사실여부 확인서(임의서식이나 선거운동 여부 확인을 위해 제출)

※ ㉮~㉳, ㉵ 제출 / 재지정 신처시 : ㉮~㉲, ㉴, ㉵ 제출

② 신청 절차

2) 추천 대상법인

① 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고, 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수인 것이 인정될 것
② 정관에 해산시 잔여재산을 국가, 지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인²⁾에게 귀속하도록 한다는 내용이 기재될 것 2) 정관에 상기 문구를 그대로 인용하여 규정 [잘못된 사례] 유사한 다른 비영리단체, 유사한 다른 법인, 유사법인 또는 유사한 다른 단체 ③ 인터넷 홈페이지(카페, 블로그는 원칙적으로 인정하지 않으나 포털사이트 검색이 가능하고 연중 자료열람이 제한이 없는 등 홈페이지의 기능을 하는 경우 예외적으로 허용)³⁾가 개설되어 있고, 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 기재되어 있을 것 3) 홈페이지 주소를 추천 신청서에 기재하고, 반드시 불특정다수가 공익목적을 확인할 수 있도록 공익법인 명의의 독립된 한글 홈페이지가 개설되어 있을 것 ④ 지정일이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정정당 또는 특정인에 대한공직선거법 제58조 제1항에 따른 선거운동⁴⁾을 한 사실이 없을 것 4) 당선되게 하거나 되지 않게 하기 위한 행위 ⑤ 지정이 취소되거나 지정이 제한된 경우에는 지정취소를 받은 날 또는 지정기간 종료일부터 3년이 경과할 것

3) 지정기간

(신규) 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터⁵⁾3년간
(재지정) 지정기간이 끝난 후 2년 이내 재지정되는 경우 재지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간 5) 연도 중에 지정을 받은 경우 해당 연도 전체를 지정기간으로 인정

4) 의무이행 및 사후관리

기획재정부장관이 지정·고시한 공익법인 등은 지정기간 동안 다음의 의무를 이행해야 하며, 매 사업연도 종료일부터 4개월 이내 국세청에 공익법인 등 의무이행여부 점검결과 보고서를 제출하여야 합니다.

① 지정요건 ㉮~㉰을 모두 충족할 것
㉮ 정관의 내용상 수입을 공익을 위하여 사용하고, 수혜자가 불특정 다수일 것 등
㉯ 해산시 잔여재산을 국가, 지자체, 유사한 목적 비영리법인에 귀속한다는 내용이 정관에 포함 ㉰ 홈페이지가 개설되어 있고, 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 공익위반제보가 가능하도록 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등의 홈페이지 중 1개 이상이 해당법인의 홈페이지에 연결되어 있을 것 ② 수입을 공익을 위하여 사용하고 수혜자가 불특정 다수일 것 등 ③ 매년 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 단체 및 국세청 홈페이지에 각각 공개할 것(지정일이 속하는 사업연도를 포함하여 기부금 모금액이 없는 경우에도 공개). 단, 결산서류 등을 표준서식에 따라 공시한 경우 기부금모금액 및 활용실적 명세서 공개 의무를 이행한 것으로 인정 ④ 공익법인 등 또는 그 대표자 명의로 공직선거법에 따른 선거운동을 한 사실이 없을 것
⑤ 각 사업연도의 지출액(수익사업 지출 제외)의 80% 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것
⑥ 사업연도 종료일 기준 최근 2년 동안 고유목적사업의 지출내역이 있을 것
⑦ 공익목적사업용 전용계좌를 개설하여 사용할 것
⑧ 공익법인 회계기준에 따라 외부 회계감사를 받을 것

5) 지정기부금단체 지정취소 사유

① 해당 법인이 사업연도별로 1천만원 이상의 상속세·증여세를 추징당한 경우 ② 다음의 어느 하나에 해당하는 경우
㉮ 법인이 목적 외 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하는 등 공익목적을 위반한 경우
㉯ 법인세법 시행령 제36조 제5항 각 호의 의무를 위반한 경우
㉰ 의무의 이행 여부에 대한 주무관청의 보고요구에도 불구하고 이를 보고하지 아니한 경우 ③ 불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우
④ 법인의 대표자, 대리인, 사용인 또는 그 밖의 종업원이 기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률을 위반하여 징역 또는 벌금형이 확정된 경우 ⑤ 법인이 해산한 경우

6) 적용사례

비영리법인으로 설립 후 기부금단체로 지정받을 경우 ㉠ 출연일과 동일한 연도인 2024.09.30.에 기부금단체로 지정받은 경우 ㉡ 출연일이 속하는 다음연도인 2025.03.31.에 지정기부금단체로 지정받은 경우 ※ 법인설립일부터 1년 이내에 기부금단체로 지정받을 경우 법인설립일부터 공익법인에 해당하지만 설립일 이후 차년도에 기부금단체로 지정을 받은 경우에는 차년도 1월 1일부터 기부금단체에 해당하므로 설립시 출연받은 재산에 대해서는 기부금영수증을 발행할 수 없습니다. 일반적으로 비영리법인은 설립만으로 공익법인에 해당하지 않습니다. 그러므로 설립 이후에 별도로 기부금단체로 지정이 필요합니다.

이러한 기부금단체로 지정받기 위해서는 과세관청의 추천이 필요하므로 기부금단체 지정이 필요한 비영리법인의 경우에는 설립 시부터 이러한 요건을 갖추어 법인설립을 하는 것이 중요합니다. 그리고 기부금단체는 설립한 이후에 지정절차를 밟게 되어 일반적으로 출연재산을 받는 시점에는 공익법인에 해당하지 않을 수 있지만 연도 중에 지정을 받을 경우 해당연도 1월 1일부터 지정기간으로 인정되므로 출연이 발생한 해에 기부금단체로 지정받는 것이 필요합니다.

그러므로 부득이하게 출연이 발생한 해에 기부금단체 지정이 어려운 경우에는 설립시 출연금을 최소화하고 지정 이후에 추가로 출연받는 것을 고려해야 합니다.