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1. 의의

재산세는 매년 과세기준일(6월1일) 현재 부동산 등 재산을 보유하는 자에게 부과하는 세금이다. 반면 재산세 감면은 당해 부동산 등 소유자가 해당 부동산 등 재산을 감면 취지에 맞게 사용하는 경우 감면을 하는 것으로, 당해 재산을 단지 소유하고 있다는 사실에 기인하여 과세하는 것과는 달리 정책 목적에 부합하도록 사용하는지 여부를 기준으로 감면 여부를 결정하게 된다. 예를 들면 종교단체의 경우 보유하는 부동산을 종교의식, 예불, 포교 등 종교용으로 사용하여야 재산세 감면대상이 되는 것이다.

그런데 토지의 경우 그 지상에 건축물 등을 건축하여야 비로소 건축물의 사용 용법에 따라 감면 여부를 결정하게 되는 것이다. 토지는 지상의 건물 사용 용법에 따라 사용되어 지므로 건물을 신축하여 현실적으로 사용되기 이전까지는 나대지 상태로 방치된 것이고 감면사업용에 사용하지 아니한 것이므로 감면 대상에서 제외될 수밖에 없다. 그러나 종교단체 감면은 토지 취득후 3년간 유예기간을 두고 있다. 즉, 3년이내 종교용으로 사용하는 경우 기 감면한 취득세를 추징하지 아니하지만 종교용으로 사용하지 아니할 경우 기 감면한 취득세를 추징하게 된다. 이에 따라 토지 취득후 3년 유예기간중에 재산세 과세기준일이 도래하는 경우로서 건축공사에 착공하지 아니한 나대지 상태에 있는 토지에 대하여 재산세를 감면할 것인지 여부가 문제가 된다.

또한 개발사업용 토지중 매년 재산세 과세기준일 현재 ①유형 『조성공사가 시행되고 있는 토지』, ②유형 『개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 토지』, ③유형 『개발하기 위하여 취득하는 토지』 에 대한 재산세 감면기간의 범위가 쟁점사항이다. ①유형의 토지는 조성공사가 시행되고 있는 상태의 토지에 대하여 감면하는 것이므로 재산세 감면 기간은 조성공사 착공이후 준공시까지가 된다. ②유형의 토지는 개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 토지이므로 취득일 이후 재산세가 감면 적용대상이 되는 것이다. 다만 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세를 감면하는 경우에는 취득일을 기준으로 감면기간이 기산되는 것이다. ③유형의 토지는 당해 토지 자체를 개발하기 위하여 취득하는 토지이므로 이에 대한 직접사용 기산일을 그 토지의 취득일로 하되, 형질변경 등 일련의 개발사업에 제공되는 이상 직접 사용하는 것이지만 개발이후 미분양 등으로 소유하고 있는 경우에는 언제까지 감면을 적용할 것인지 여부가 불분명하므로 여기서는 개발목적용으로 취득한 토지를 개발사업에 직접사용하는 경우의 재산세 감면 범위를 고찰하기로 한다.

2. 개발 조성중인 토지의 직접사용 의제

(1) 직접사용의 의미

지특법(§71①)에서는 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(=물류시설법)」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 35%, 『과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산』에 대해서는 재산세의 35%를 각각 경감하도록 규정하고 있다. 또한 지특법(§2① 제8호)에서는 『직접 사용』에 대하여 “부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있다. 이 경우 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용하는 범위는 당해 사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 것이다[(대법원2001두878, 2002.10.11.), (대법원2004다58901, 2005.12.23.) 등 참조]. 나아가 ｢직접 사용｣이라 함은 유통사업용으로 취득한 당해 부동산을 그 목적사업인 유통사업을 영위하기 위한 고정재산재로서 계속적·고정적으로 제공하는 경우를 의미하므로(대법원99두4723, 2001.6.29., 참조), ｢직접 사용｣의 범위는 취득주체인 당해법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 되는 것이다(대법원2000두3238, 2002.4.26., 등 참조).

그리고 직접사용은 원칙적으로 해당 부동산 등의 소유자가 해당 부동산등을 당해 사업 등에 사용하는 것을 전제로 판단하나 임대사업자의 경우 해당 부동산을 임대하여야 직접 사용에 해당하는 것이다(조심2021지5830, 2023.2.6., 참조). 또한 노인복지시설의 경우처럼 소유자와 시설장이 구분되고 시설장이 사실상 운영하더라도 소유자가 직접사용하는 것으로 의제하게 된다(조심2022지1292, 2023.1.19., 참조). [사례] 부동산 투자회사의 위탁시 직접 사용 범위(조심2021지5830, 2023.2.6.)

「지특법」제31조의3 제1항에서 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 공공지원민간임대주택(부속토지를 포함한다)을 임대 목적물로 하여 임대사업자등록을 한 후, 임대 목적에 직접 사용할 것을 감면요건으로 하고 있는바, 여기에서 “직접 사용”이란 이 건 토지의 소유자인 청구법인이 이 건 토지를 임대 목적에 직접 사용하는 것을 말하는 것인데, 청구법인과 같은 위탁관리부동산투자회사는「부동산투자회사법」제22조의2에 따라 자산의 투자·운용업무에 사용하는 부동산을 자산관리회사에게 위탁하여야만 해당 목적에 사용할 수 있는바, 청구법인이 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 토지에 임대용 공동주택을 신축하고 있다고 하더라도 이는 위탁 사용에 해당할 뿐 「지특법」제31조의3 제1항에서 규정하고 있는 ‘임대 목적에 직접 사용’에는 해당하지 아니함

[사례] 노인복지시설의 시설장과 소유자가 상이한 경우 직접사용 판단

「지특법」제20조 제1호에서 취득세감면 대상을 ‘노인복지시설을 설치․운영하기 위하여 취득하는 부동산’으로 규정하고 있을 뿐, 지특법에서 ‘노인복지시설’이란「노인복지법」등에서 정하는 의미로 해석하는 것이 타당한 점(대법원2008두4534, 2009.4.23., 같은 뜻임), 나아가 행정관청은 노인복지시설에 대한 각종 행정처분을 시설의 장이 아닌 설치·운영자에게 하고 있는 점(서울행법2020구합71994, 2021.4.30., 판결, 2021.5.14. 확정) 등에 비추어 노인복지시설의 설치·운영자인 청구인은 부동산의 소유자의 지위에서 부동산을 무료노인복지시설의 용도에 직접 사용하고 있다고 보는 것임(조심2022지1292, 2023.1.19.) 이와 같은 관점에서 보면 지특법(§71①)의 규정에 의거 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산과 관련하여 재산세 감면대상인 『과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산』의 범위는 『물류단지로 지정된 지역에서 고시된 개발사업의 시행을 위하여 사용하는 경우』를 의미하는 것으로 보아야 할 것이다(대법원2019두57916, 2020.3.12.,참조). [판례] 지방세 감면과 직접사용의 의미(대법원2019두57916, 2020.3.12.)

개발촉진지구로 지정된 지역에서 사업시행자로 지정된 자가 개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012. 12. 31.까지 취득세를 면제하되, 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 ‘직접 사용’하지 아니하는 경우에는 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 사업시행자가 해당 부동산을 ‘그 사업’, 즉 개발촉진지구로 지정된 지역에서 고시된 개발사업의 시행을 위하여 사용하는 경우를 의미하는 것으로 보아야 함

(2) 건축공사중 직접사용의 의제

나대지 상태의 토지를 취득하면 설계 등 작업후 착공신고서를 제출하고 공사를 개시하게 되는데, 건축공사기간이 장기간인 경우 공사기간중에 과세기준일이 도래하는 경우가 발생하게 된다. 이 경우 당해 부동산을 그 사업에 직접 사용한다는 의미를 당해 부동산이 사업 자체에 직접 사용되는 것만을 뜻하는 것으로 본다면 현실적으로 나대지 상태이므로 당해 사업에 제공되고 있지 아니하기 때문에 감면이 배제되고 종합합산과세 등 불이익을 받게 된다.

이와 같은 문제를 해결하기 위하여 지특령(§123)의 규정에 의거 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 포함하도록 별도 규정하고 있어서 당해 토지가 건축공사기간 중일 때에도 직접 사용하는 것으로 의제하게 된다. 이 경우 어느 시점을 기준으로 건축공사가 개시되고 종료된 것인지 여부가 쟁점에 해당한다. 건축공사 개시시점은 ①착공계제출일 ②터파기 공사일 ③규준틀설치일 등이 있으나 사실상 공사에 착수한 날을 공사 개시일로 보기 때문에 ③규준틀설치일을 기준으로 판단한다(대법원2016두58406, 2017.3.15., 참조). 그리고 건축공사 종료시점은 건물이 완공된 시점을 의미하기 때문에 지방세법시행령(§20⑥)의 규정에 의거 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날)과 사실상의 사용일 중 빠른 날로 한다. [판례] 건축중인 건축물의 범위와 규준틀 설치일 (대법원2016두58406, 2017.3.15.)

건축 중인 건축물이라 함은 과세기준일 현재 건축공사에 착수하여 건축을 하고 있는 건축물을 말함. 착공에 필요한 단순한 준비작업을 하고 있는 데 지나지 않은 경우는 건축 중이라고 할 수 없지만, 터파기나 구조물 공사와 같이 건물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우는 물론 그보다 앞서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 하는 경우에도 건물의 신축공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있다면 그 시점에 이미 공사에 착수한 것으로 보아야 함(대법원95누7857, 1995.9.26., 판결 등 참조). 흙막이 작업의 필수적 전제가 되는 규준틀 설치 작업이 재산세 과세기준일인 2012.6.1. 이전에 개시되었고, 이를 기초로 통상적인 일정에 따라 흙막이 작업, 터파기, 구조물 공사 등을 거쳐 건축물이 완공되었음. 규준틀은 건물의 위치와 높이, 땅파기의 너비와 깊이 등을 건축 현장에 표시하기 위한 것으로서 이를 토대로 흙막이 작업 등이 공정에 따라 순차로 이루어짐. 규준틀 작업에 따라 설치된 철제 가이드빔은 그 재료의 크기와 상태에 비추어 쉽게 이동이나 분리를 할 수 없어 단순한 가설물과는 다르고, 위 작업 이후 약 2개월 내에 정상적으로 흙막이 작업이 이루어졌음. 그 후 예정된 후속 공사가 지연되었다는 사정은 기록에 나타나 있지 아니함(따라서 위 지방세법 시행령 제103조 제1항에서 정한 ｢과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 건축물｣에 해당한다고 볼 수도 없음). 이러한 점들을 고려하면 규준틀 설치 작업시점에 이미 건축물 신축공사를 시작하였다고 할 수 있으므로 그때부터 건축물에 관한 굴착이나 축조 등의 공사에 착수한 것으로 보아야 함.

(3) 감면유예기간중 미착공 토지의 재산세 감면

비영리법인 등(=감면법인)이 취득후 유예기간이 경과되지 아니한 토지에 대하여 과세기준일 현재 건축공사에 착공을 하지 아니한다고 하여 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 재산세를 감면배제하는 것인지 여부가 쟁점이다. 즉 종교단체의 경우 부동산 취득후 사용을 준비하도록 기간을 유예한 기간(3년)중에 종교용으로 직접 사용을 하지 아니한다고 하여 재산세를 추징할 수 있는지 여부가 쟁점사항인 것이다.
취득세의 경우 종교용으로 사용 유예기간(3년)을 주고 있음에도 불구하고 재산세는 취득 즉시 사용하여야 감면을 받을 수 있다면 불합리한 경우가 발생하게 된다. 예를 들면 나대지 상태의 토지를 취득하여 현실적으로 사용하기 위해서는 사찰건물 건축 등 공사과정을 거쳐야 하고 준공이후에 종교용으로 사용할 수 있기 때문에 나대지를 분양받아 취득한 토지상 즉각 건축공사에 착공하지 아니하였다고 하여 재산세를 과세하는 것은 부당하게 된다. 지특법(§50① 제2호) 규정에 따르면 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하나 『정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우』에는 추징대상으로 하여, 사용을 개시하기 위한 준비기간으로 3년이라는 유예기간을 두고 있다. 종교단체가 부동산을 취득한 그 날부터 사용을 개시하기 어렵기 때문에 일정 기간(3년)을 두어 준비를 하도록 하는 것으로, 재산세의 경우 3년간 감면 지원을 하는 것이 아니라 그 후에도 종교용으로 사용하는 경우에는 재산세를 면제하기 위하여 지특법(§50②)을 두고 있다. 나아가 조세법해석은 법문대로 엄격하게 해석하여야 하며 지특법(§50①)의 종교단체는 취득세 추징사유가 발생하지 아니한 단체를 의미하기 때문에 감면유예기간(3년)이 경과되지 아니한 경우에는 취득세 추징대상에도 해당되지 아니하므로 재산세도 과세대상에 해당되지 아니한다고 할 것이다.(조심2018지62, 2018.6.12., 참조) [사례] 유예기간 경과전 미사용시 추징대상(조심2018지62, 2018.6.12.)

직접 사용의 유예기간 동안 사업자가 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 전혀 사용을 하지 않고 있는 상태라 하여도 이 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다(대법원2005두14035, 2006.1.27., 같은 뜻임) 할 것인바, 쟁점부동산을 취득(경매)하고 창업중소기업이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았으므로 처분청은 추징유예기간(2년)에는 쟁점부동산의 용도가 창업의 목적으로 사용하기 불가능한 정도의 수준이 아니한 이상 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없음에도 추징유예기간(2년)이 경과하기 전 쟁점부동산을 취득하고 2년 이내에 직접 사용하지 아니하고 종전 임차법인에게 임대한 것으로 보아 기 감면한 취득세 재산세 등을 부과한 처분은 잘못임. 그러면 종교단체 등 감면 법인이 부동산 취득후 사용을 준비하도록 기간을 유예한 기간(예: 3년)중에 종교용으로 직접 사용을 하지 아니한다고 하여 재산세를 추징할 수 있다면 건축중인 감면적용대상 건축물(예: 의과대학 병원건물내 장례식장등) 중 감면제외되는 면적에 대하여 추징기산일을 언제로 하여야 하는 것인지 여부가 쟁점이다. 건축중인 감면대상건물중 상가 등 감면 배제 면적이 있다 하더라도 건축중에는 직접 사용으로 의제하기 때문에 감면 적용대상이고 그 면적은 건축물 건축허가서상 면적을 기준으로 판단하며 장례식장 등의 부속토지 부분은 3년이 경과된 날을 기준으로 직접 사용여부를 판단한후 과세대상으로 판단하여야 한다(조심2020지3331, 2021.12.28., 참조) [사례] 건축중인 대학병원내 상가 및 장례식장 추징기산일(조심2020지3331, 2021.12.28.)

청구법인은 임시사용승인일 이전부터 건축물 건축허가 등을 통해서 일부가 병원용 이외의 용도(장례식장, 상가)로 건축 중인 사실을 알 수 있었던 것으로 보이므로 그 사실을 확인한 때에 「지방세기본법」 제49조의 규정에 따라 신고를 한 후 건축물이 준공(사용승인)될 때 그 과세면적의 변동사항을 바로잡는 것이 타당해 보이는 점, 「지방세특례제한법」 제41조에서 취득일부터 3년이 경과할 때까지를 유예기간으로 두고 있어 적어도 토지 취득일부터 3년이 경과한 날을 장례식장용 토지의 추징사유발생일로보는 것이 타당해 보이는 점, 감면요건을 충족하지 못하여 과세대상이 된 경우 그 사유발생일부터 60일 이내에 신고납부를 한 경우에만 가산세가 부과되지 않는 것임

※ (조심2021지605, 2021.12.28.) 결정도 동일한 취지임

3. 개발 조성중인 토지의 토지분 재산세 과세구분

산업단지, 주택단지 및 물류단지 등을 개발 조성하기 위하여 개발사업에 제공하는 토지 등은 분리과세 적용대상이다. 예를 들면 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정) 및 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정) 등을 분리과세 적용대상으로 한다. 그런데 일반물류단지개발사업시행자가 일반 물류단지를 개발하는 경우 별도 규정이 없어, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제22조에 따른 물류단지 안의 토지로서 같은 법 제2조제7호 각 목의 어느 하나에 해당하는 물류단지시설용 토지 및 「유통산업발전법」 제2조제16호에 따른 공동집배송센터로서 행정안전부장관이 산업통상자원부장관과 협의하여 정하는 토지에 대하여는 별도합산과세를 하고 있다.

따라서 도시개발 관계법령에 따라 개발사업에 제공하는 토지는 원칙적으로 사업시행자의 소유여하에 불구하고 분리과세 적용대상이나 그 범위는 주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정하고 있다. 이 경우 개발사업 조성중인 토지에 대한 재산세 과세구분 적용은 개발사업 조성중에만 적용하게 된다.
그런데 도시개발사업 추진방식에 따라 토지분 재산세의 과세구분 적용이 달라지게 된다. 도시개발법(§21①)에 의거 도시개발사업은 그 시행자가 도시개발구역의 토지등을 수용 또는 사용하는 방식이나 환지 방식 또는 이를 혼용하는 방식으로 시행할 수 있다. 수용방식의 경우 토지소유권을 모두 수용하여 사업시행자의 소유로 사업을 추진하기 때문에 별도 문제가 없으나, 환지방식이나 혼용방식중 환지방식이 적용되는 경우에는 사업시행자와 토지소유자가 상이하기 때문에 개발사업 조성중인 경우 토지소유자는 해당 토지를 자기의 소유 목적에 사용할 수 없는 문제가 발생하게 된다. 따라서 도시개발사업 추진기간 중에는 나대지 상태에 놓이게 되기 때문에 종합합산과세 적용대상이 되는 불이익을 받게 된다(대법원2023두30529, 2023.4.27., 참조).
[판례] 환지예정지상태의 토지와 과세구분(대법원2023두30529, 2023.4.27.)

환지 방식으로 도시개발사업을 시행하는 과정에서 환지예정지 지정의 효력이 발생한 경우, 종전 토지 소유자는 재산세 과세기준일 당시 환지예정지를 사실상 소유하고 있는 자로서 재산세 납세의무를 부담하고(대법원2016두56790, 2017.3.9., 판결 참조), 이러한 경우 종전 토지가 아니라 재산세 과세대상 물건인 환지예정지의 현황에 따라 재산세가 부과된다. 지목, 위치, 면적, 토지이용상황 등에 비추어 이 사건 환지예정지는 이 사건 종전 토지와 별개의 토지로서 ‘공장용 건축물의 부속토지’ 또는 ‘철거․멸실된 건축물의 부속토지’를 비롯하여 별도합산과세대상 토지를 한정적으로 규정한 지방세법 제106조 제1항 제2호 각 목의 토지 중 어디에도 해당하지 않는다는 등 판시와 같은 이유로, 이 사건 환지예정지가 재산세 종합합산과세대상 토지에 해당함.

4. 개발 조성중인 토지의 재산세 감면기간

(1) 물류단지 조성용 토지의 재산세 감면기간

지특법(§71①)의 규정에서 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 35%를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 25%를 각각 경감하며 지방자치단체의 장은 재산세에 대해서는 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 10%의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이와 관련하여 재산세 감면 대상인 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 물류단지 개발사업에 제공되는 토지만 해당하는 것인지 아니면 사업시행자가 물류단지 조성이후에도 보유하고 있는 토지도 이에 포함할 것인지 여부가 쟁점이다.

또한 물류단지 『조성을 하기 위하여 취득하는 부동산』에 대한 재산세 감면을 사업종료일까지 적용하는 것인지 여부도 살펴볼 필요가 있다. 산업단지 등을 조성하기 위하여 취득하는 토지에 대하여 재산세를 감면하는 시점은 취득일부터 기산하는 것이 아니라 사업승인일이나 착공일을 기준으로 하고 있으나, 그 종료시점에 대하여 사업이 종료된 이후 미분양으로 발생된 토지에 대하여도 재산세가 감면되는지 여부가 쟁점사항인 것이다.

지특법(§71①)에 물류단지개발사업 시행자가 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 『과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산』의 범위는 『물류단지로 지정된 지역에서 고시된 개발사업의 시행을 위하여 사용하는 경우』를 의미하는 것으로 보아야 한다(대법원2019두57916, 2020.3.12., 참조). 즉, 물류단지를 조성한 후 물류시설 등 건축물을 신·증축하지 않은 경우를 이에 포함하고 있지 않은 점, 물류단지 조성완료한 토지를 물류단지조성용 이외 용도로 사용하지 아니하고 있는 점 등을 고려하면 재산세를 달리 추징할 수 없는 것이기 때문이다(대법원2018두43590, 2018.8.30., 참조). 또한 물류단지 조성토지를 이미 감면받은 후 당해 토지를 제3자에게 임대한 경우라도 추징요건에 해당된다고 볼 수는 없을 뿐만 아니라 나아가 물류시설용 건축물등을 신·증축하였는지 여부 또한 달리 볼 이유는 없기 때문에 단순히 보유하더라도 추징사유에 해당되지 아니한다(행안부 지방세특례제도과-570, 2018.2.22., 참조). [사례] 물류단지 사업시행자가 신축하는 물류시설용 건축물취득세 감면대상 판단

물류단지 내에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접사용하기 위해 사업시행자로부터 취득하는 물류시설용 부동산에 대해 취득세를 경감하는 바, 그 세부대상은‘시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물’이라고 할 것입니다. 여기서 ‘신축하거나 증축하여 취득하는 건축물’의 범위에 ‘토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다’고 규정하고 있으므로, 토지 취득일 전에 시행자로부터 토지 사용을 허락받아(사용승낙) 건물을 미리 신축하거나 증축하는 경우에도 지방세 감면대상에 해당된다(‘2020년 시행 지방세특례제한법 적용요령 지방세특례제도과-105, 2020.1.15., 참조)고 할 것이다. 따라서 물류단지개발사업시행자의 분양 사정상 토지 취득일 전에 미리 토지 사용승낙을 받아 5년 이내에 건축물을 신축하는 경우라면 취득세 감면대상이 된다(행정안전부 지방세특례제도과-865, 2021.4.12.).

(2) 산업단지 조성용 토지의 재산세 감면기간

지특법(§78①)의 규정에 의거 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 35%를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 35%(수도권 외의 지역 60%)를 각각 경감한다. 이 경우 산업단지 사업시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 토지에 산업단지 조성을 완공하고 미분양상태의 토지(＝쟁점토지)에 대하여 재산세 감면 추징대상에 해당하는지가 쟁점 사항이다. 지특법 §78 ①은 사업시행자가 조성중인 토지에 대하여 조성기간동안 재산세 감면을 하는 규정이며 지특법 §78 ②은 사업시행자가 조성을 완료한 후 보유하고 있는 토지에 대하여 5년간 재산세를 감면을 하도록 규정하고 있다. 그런데 지특법 §78 ② 제2호 단서에서 ｢조성공사가 끝난 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징｣하는 규정을 두고 있는바, 이 단서 규정은 전단 규정과 충돌하는 문제가 발생된다. 사업시행자가 토지 취득후 산업단지를 조성하고 준공할 당시 지특법 관련 규정은 조성후 토지에 대하여 ① 2014년까지는 정당한 사유없이 취득 후 3년 내 건축을 하지 아니하는 경우 추징하도록 규정하였으며 ② 2015~2016년까지는 3년 이내 정당한 사유없이 건축물 등을 신축하지 아니하는 경우 ③ 2017년 이후에는 3년 이내 정당한 사유없이 분양 또는 임대하지 아니하는 경우 추징하도록 한 것이다. 따라서 사업시행자에 대하여는 산업단지 조성 당시에는 분양 또는 임대하지 아니하는 규정이 없는 이상 2017년 이후 개정된 재산세 규정을 적용하여 소급적용하는 것은 부당하며 새로이 신설된 지특법(§78 ② 제2호 단서)의 규정은 없는 조문으로 보아야 한다. [판례] 산업단지 사업시행자의 취득부동산 감면 추징(대법원2018두43590, 2018.8.30.)

산업단지를 조성하기 위하여 부동산을 취득한 후 산업단지 자체를 조성하지 않은 경우와 산업단지를 조성한 후 산업용 건축물 등을 신·증축하지 않은 경우를 같이 볼 수는 없는 점, 구 지방세특례제한법 제78조 제1항 단서규정에 추징조항을 둠으로써 쉽고 명확하게 규정할 수 있는데도 구 지방세특례제한법 제78조 제1항 단서규정은 산업단지를 조성하기 위하여 부동산을 취득한 후 산업단지 자체를 조성하지 않은 경우만을 구 지방세특례제한법 제78조 제1항 본문에 따라 감면된 지방세를 추징할 수 있도록 규정하고 있을 뿐 산업단지를 조성한 후 산업용 건축물 등을 신·증축하지 않은 경우를 이에 포함하고 있지 않은 점 등을 고려하면, 산업단지 조성이 완료된 후에도 산업단지 조성 과정에서 취득한 부동산에 대해 감면된 취득세를 반드시 추징해야 할 논리적인 근거가 있다고 보기 어려움. 한편 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제78조 제3항에서는 위와 같은 법률의 개정에도 불구하고 산업단지 조성공사가 완료된 후 산업용 건축물 등을 신·증축하지 않은 경우에 추징할 수 있는 취득세에 ｢산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해 감면된 취득세｣를 포함하지 않았음은 해석상 명백함.

[사례]산업단지 개발사업시행자의 감면추징(행안부 지방세특례제도과-570, 2018.2.22.)

사업시행자가 산업단지를 3년 이내에 개발·조성하여 사업시행자가 산업단지 조성용 토지를 이미 감면받은 후 당해 토지를 제3자에게 분양 또는 임대한 경우라면 같은 조 단서에서 규정하고 있는 추징요건에 해당된다고 볼 수는 없을 뿐만 아니라 나아가 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하였는지 여부 또한 달리 볼 이유는 없음. 따라서 산업단지개발사업 시행자가 산업단지개발 개발·조성사업을 완료한 후 준공인가를 받고 그 토지를 감면받은 경우라면, 사업시행자가 산업단지를 개발·조성한 후 제3자에게 분양 또는 임대하여 사용하는 경우 단서에서 추징대상으로 규정하고 있는 ｢3년 내에 정당한 사유 없이 산업단지를 개발·조성하지 아니하는 경우｣에 해당하지 아니하기 때문에 추징의 범위에 포함하는 것은 타당하지 아니함.

5. 결어

각종 개발사업을 시행하는 사업시행자가 취득한후 보유중인 토지에 대하여 공사를 착수한 날부터 공사를 완료한 때까지 재산세 등을 감면하고 있다. 그런데 개발사업을 종료한 이후에도 해당 개발조성한 토지를 보유한 경우 재산세 감면 대상으로 할 것인지 여부에 대하여 지특법상 명확한 규정이 없어 논란의 소지가 있는 것이다. 특히, 지특법(§71①)의 경우 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 35%를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 25%를 각각 경감되는바 여기서 『해당 사업에 직접 사용하는 부동산』의 범위에 ①개발하기 위하여 취득한 부동산만을 의미하는지 아니면 ②해당 사업인 물류단지 개발사업에 사용하는 부동산을 의미하는지가 명확하지 아니하기 때문이다. 이에 따라 물류단지 개발사업이 종료된 이후에는 개발된 부동산으로 개발사업이 아니므로 감면 대상이 아니라는 논리가 나오기 때문이다. 이와 유사한 산업단지 개발사업 시행자의 경우 조성중인 토지와 조성이 완료된 토지에 대하여 구분하여 재산세를 감면하고 있는바, 개발이 완료된 이후에는 분양자가 분양을 받을 때 까지 이를 사업시행자가 소유하기 되므로 그 보유기간중에는 재산세 문제가 발생하게 된다. 이에 따라 현행 지특법(§78② 제2호)의 규정에 사업시행자가 개발조성후 취득·보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함)에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 35%(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우 60%)를 경감하도록 규정을 두고 감면 범위를 명확히 하고 있다. 따라서 물류단지 사업시행자가 소유하는 토지중 개발조성이후에 미분양 등의 사유로 보유하고 있는 토지에 대하여 재산세 감면 범위를 명확히 하도록 입법적 보완이 필요하다.(끝)