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1. 의의

그 동안은 지방세와 국세에 있어서 과점주주 특수관계인 판단기준이 서로 달랐다. 이 때문에 법인세에 따르면 제2차 납세의무자로 지정되지만 지방소득세에 따를 때에는 제2차 납세의무자로 지정되지 아니하는 불합리한 점이 발생하였다. 그런데 국세와 특수관계인 범위를 일치시킬 경우 특수관계인 범위가 확대되어 납세자나 과세권자의 입장에서 유·불리한 점이 공존하게 된다. 이에 올해부터는 특수관계인의 범위를 각 세법의 취지에 맞게 구분적용토록 지방세관계법이 개정되었다. 지방세법상 과점주주는 비상장법인의 주식을 취득하여 실질적인 지배력을 행사하고 나아가 주식지분에 상응하는 부동산 등을 취득한 것으로 간주하여 취득세 납세의무가 부여된다. 주주 또는 사원이 주식이나 지분을 취득한다는 것은 실질적인 면에 있어서 당해 법인의 자산을 그 지분비율만큼 취득한 것이므로 실질과세 원칙에 충실하기 위한 것이다[(대법원92누11138, 1994.5.24.) 참조]. 또한 제2차 납세의무자로서의 과점주주는 당해 주식발행 법인의 지방세 채무이행을 보충적으로 이행할 의무가 있는 것으로, 주된 납세의무자는 아니다. 보충적 납세의무자인 제2차 납세의무자로서 과점주주는 주된납세자가 미납하거나 납부할 부족액을 그 법인의 발행주식총수 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 제2차 납세의무를 부담한다.(지기법§46 제2호)

여기서 과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 친족관계등 특수관계인으로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 50%를 초과하고 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말한다. 특수관계인의 범위에 따라 『과점주주의 범위와 지분비율』이 달라지게 되기 때문에 특수관계인의 범위가 매우 중요하다. 그런데 종전에는 지기령(§2의2)상 특수관계인의 범위를 지방세법 등에도 동일하게 적용하였으나, 2023년부터는 각 지방세관계법별로 달리 적용되도록 지방세기본법, 지방세법 및 지방세특례제한법상 특수관계인의 범위가 개정되었다. 이에 따라 과점주주의 범위판단과 취득세 신고납부시 유의할 사항이 발생하게 된다. 특히 지방세법령상에서는 간주취득세를 부담하는 과점주주의 특수관계인의 범위가 축소되었는데, 지방세법 부칙(§3)에서 개정 과점주주 간주취득세 적용에 대해 『제7조제5항 전단의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우부터 적용한다』라고 특수관계인의 축소에 따른 적용례를 두었다. 이와 같이 과점주주의 범위가 축소된 상태에서 주식을 추가 취득한 경우 새로이 과점주주가 되거나 이미 과점주주인 상태에서 과세비율을 산정하는 기준을 종전 지분비율로 할 것인지 아니면 새로운 특수관계에 따른 과점주주의 비율을 기준으로 할 것인지 등 문제가 발생되므로 이에 따른 제반 문제를 고찰하고자 한다.

2. 지방세상 과점주주의 특수관계인 범위

(1) 과점주주의 개념과 지방세법상 지위

지방세법령상 과점주주의 지위는 『보충성의 원리』에 의거 납세의무를 부담하는 『제2차 납세의무』 뿐만 아니라 취득세 『본래적 납세의무』인 『주된 간주납세의무』를 부담하고 있는 점이 국세와는 차이가 있다. 과점주주에게 간주납세의무를 부여하는 것은 과점주주가 당해 법인의 자산을 임의로 처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 있어 실질상 그 법인의 자산을 소유한 것이나 다름이 없다는 점에서 실질과세원칙과도 부합된다. 과점주주에 대한 과세는 비상장법인의 주식이나 지분을 특정인이 독·과점하는 것을 억제하고 다수인의 기업참여를 유도하는데 그 목적이 있기도 하다. 그러나 주주 또는 사원이 주식이나 지분을 취득한다는 것은 실질적인 면에 있어서도 당해 법인의 자산을 그 지분비율만큼 취득한 것이므로 납세의무를 부여하는 타당성 논거가 있다[(대법원92누11138, 1994.5.24.) 참조].

간주취득세란 주주·사원 등이 당해 법인의 주식 또는 지분을 일정비율 이상 취득하여 과점주주가 되었을 경우 당해 부동산 등 과세대상물건을 직접적으로 취득하는 것은 아니지만, 사실상으로 그 법인에 대한 지배권을 취득한 것으로 보아 취득으로 의제하는 것이다. 당초 부동산을 취득함으로서 취득세를 납부한 주식발행법인과는 별도로 과점주주에게 추가로 취득세를 부과하는 과점주주 간주취득세는 ｢사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위｣를 취득한 경우에 한하여 부과된다[(대법원2013두19523, 2013.12.26.) 참조]. 그러므로 주된 납세의무자의 조세채무 불이행에 대한 보충적 납세의무와 과점주주 자체가 납세의무를 부담하는 주된 납세의무를 구분하는 차원에서 지방세법상 과점주주의 지위는 이원적이며 실제로 각각 다르게 적용된다.
따라서 국세와 거의 유사한 제2차 납세의무자 지정과 국세와 달리 별도의 과세요건과 법리를 구성하는 과점주주 간주취득은 주된 납세의무(본래적 의무)의 부담 여부가 다르므로 반드시 동일하게 특수관계를 설계할 이유가 없는 것이다. 국세의 특수관계 기준과 동일하게 하지 아니하면 과세불형평 문제가 발생하는 지방소득세 제2차 납세의무자 지정 부분은 과점주주의 범위를 국세와 동일하게 하는 것이 타당성이 있다. 반면에 과세법리가 다른 간주취득세는 ①당해 법인의 재산 등에 대한 임의 처분이 가능한 실질적 지위에서 납세의무를 부여하는 점에서 차이가 있어 달리 규정하더라도 입법적 목적을 달성할수 있고, ②공평과세에 위배되지 아니하며 ③개정에 따른 유·불리가 공존한다면 납세자 측면에서도 개정의 실익이 중립적이라는 점에서 지방세법령의 개정논거상 타당성이 있다.

(2) 과점주주의 특수관계 비교 및 차이점

ㆍ국세와 지방세 과점주주의 특수관계인 비교

지기령(§2)의 규정에서도 특수관계인의 범위를 규정하고 있으나 국세기본법 시행령(§1의2)상의 특수관계인과는 다소 다르다. 특히 아래 [표1]과 같이 본인과 친족관계와 관련한 특수관계인의 범위에서 차이가 있다. 지방세의 경우 혈족은 6촌, 인척은 4촌 이내로 확대하고 있는데, 국세에서는 지방세와는 달리 『본인이 「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정)』도 특수관계인의 범위에 포함하고 있다.

[표1] 국세와 지방세에 있어서 특수관계인의 비교

ㆍ지방세법령상 과점주주의 특수관계인 범위와 적용상 구분

지방세에 있어서 특수관계인의 유형은 아래 [표2]와 같이 3개 유형으로 구분된다. 제2차 납세의무자를 판단할 때의 특수관계인의 범위는 과점주주에 대한 간주취득세 과세시 과점주주의 범위와 차이가 있다. 그러므로 특수관계인의 범위에 대하여 종전과는 달리 지방세 과세 적용상에 있어서 구분하여 적용하여야 한다.

[표2] 지방세에 있어서 특수관계인의 범위 비교

(3) 지방세에 있어서 특수관계인의 세부적용 범위

ㆍ 간주취득세와 과점주주의 특수관계인 범위

지령(§10의2①)의 규정에 의거 과점주주의 범위는 지기법(§46 제2호)에 따른 과점주주 중 주주 본인과 그의 특수관계인 중 상기 [표2]의 유형(3)에 해당하는 특수관계인을 말한다. 따라서 특수관계인 유형(1), 유형(2)를 기준으로 과점주주의 간주 취득세 납세의무를 판단하지 아니한다. 친족관계는 동일하지만 경제적 연관관계와 지배경영관계에 있어서 많은 차이가 있으며, 지배경영관계에 있어서 지배적 영향력을 판단하는 경우 일반 특수관계인 범위와 달리 출자총액의 50% 이상 출자하는 경우에 한하여 영리·비영리법인에 대하여 지배적 영향력이 있다고 보는 점이 차이점이다.

ㆍ 제2차 납세의무자로서 과점주주의 특수관계인 범위

지기법(§46 제2호)의 규정에 따르면 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주의 범위는 『주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 상기 [표2]에서 유형(2)에 해당하는 특수관계인으로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들』을 의미하는 것이다. 그러므로 『일반 특수관계인의 범위와 제2차 납세의무자인 특수관계인의 범위를 비교하면 친족관계와 경제적 연관관계는 동일하지만 『지배경영관계』에 있어서 차이가 있다. 나아가 지배경영관계에 있어서 지배적 영향력을 판단할 때 일반 특수관계인은 출자총액의 30% 이상, 제2차 납세의무자는 50% 이상 출자하는 경우에 지배적 영향력이 있다고 보는 점이 차이점이다.

ㆍ 부당행위계산부인과 특수관계인의 범위

지법(§10의3②)에 따르면 유상승계취득이라고 하더라도 특수관계인간의 거래로 그 취득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시키는 행위 또는 계산을 한 것으로 인정되는 경우 사실상 취득가격을 적용하지 아니하고 시가인정액을 취득당시 가액으로 적용한다. 이 때 부당행위계산 부인 적용대상이 되는 특수관계인의 범위는 상기 [표2]에서 유형(1)에 해당하는 특수관계인으로 한다. 지법(§2)에서 『이 세법에서 사용하는 용어의 뜻은 별도의 규정이 없으면 「지방세기본법」 등 에서 정하는 바에 따른다』라고 규정하고 있어서 지기령(§2)의 특수관계인의 범위가 준용되기 때문이다.

ㆍ 지방세 우선징수와 특수관계인 범위

지기법(§71④)의 규정에 따르면 소액주택임대금은 지방세우선징수 예외대상이지만 납세자와 특수관계인이 거짓 임대차계약 등을 하는 경우에는 지방세 체납액을 우선징수하게 된다. 여기에서 납세자가 지방세의 법정기일 전 1년 내에 임대차계약을 체결한 특수관계인의 범위는 해당 납세자와 지기령 제24조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 따라서 지방세 우선징수 예외대상에서 제외되는 특수관계인의 범위는 상기 [표2]에서 유형(2)에 해당하는 특수관계인으로 한다. 그러므로 지방세 제2차 납세의무자의 특수관계인의 범위와 동일하다.

ㆍ 지방소득세 감면특례 적용시 특수관계인 범위

지방세특례제한법에는 특수관계인의 범위에 대하여 별도의 규정이 없으나, 지특법(§2②)의 규정에 『이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 「지방세기본법」, 「지방세징수법」 및 「지방세법」에서 정하는 바에 따른다. 다만, “제3장 지방소득세 특례”에서 사용하는 용어의 뜻은 「지방세기본법」, 「지방세징수법」 및 「지방세법」에서 정하는 경우를 제외하고 「조세특례제한법」 제2조에서 정하는 바에 따른다.』라고 규정하고 있다. 그런데 지방세기본법(§2① 제34호)에서 특수관계인의 범위를 규정하고 있기 때문에 지방소득세 감면 등 특례를 적용할 경우에도 지방세기본법상의 특수관계인([표2] 유형(1))의 범위를 적용하여야 하는지 여부가 쟁점이다.

만약 지방소득세 특례 적용시 『특수관계인』의 범위에 지방세기본법상 특수관계인을 적용한다면 국세인 소득세 등에서는 특수관계인이 되지만 지방소득세에서는 이에 해당되지 아니하는 등 국세와 지방세의 특수관계인 범위가 달라지는 문제로 혼선을 초래하게 된다. 그러나 「조세특례제한법」 제2조에서 정하는 바에 따라 지방소득세 특례를 적용한다면 각 세법에서 정한 특수관계인의 범위를 적용하기 때문에 국세와 특수관계인의 범위를 동일하게 적용할 수가 있는 것이다. 국세의 경우 법인세법, 상증세법 등에서 국세기본법과 달리 특수관계인을 규정하고 있어 각 세목에서 추구하는 징수목적을 달성하고 있는 것과 마찬가지로, 지방세기본법상 제2차납세의무와 본래적 주된 납세의무를 부담하는 「지방세법」상 특수관계인의 범위 또한 달리 규정함으로써 과점주주 지분비율에 따른 문제를 해소하고 나아가 국세인 법인세와 지방소득세 제2차 납세의무자 불일치 문제도 시정할 필요가 있는 것이다. 따라서 지방소득세 특례적용시 특수관계인의 범위는 조세특례제한법상의 규정에 따라 적용되어야 할 것이다.

ㆍ 소결

종전과는 달리 특수관계인의 범위판단시 지방세관계법별로 달리 적용하도록 규정하고 있어서, 각각의 세목이나 적용례를 구분하여 특수관계인의 범위를 3가지 유형중에서 구분적용하여야 한다. 특히 지방소득세 특례적용시 특수관계인의 범위는 현행 지특법상 입법적 미비로 보여지므로 조세특례제한법상 특수관계인의 범위를 준용하여야 할 것이다.

3. 지방세법상 과점주주의 특수관계인 변경과 적용상 유의점

(1) 적용원칙

과점주주에 대한 특수관계인 판단은 원칙적으로 납세의무 성립일을 기준으로 판단하는 것이므로 간주 취득세 과점주주의 납세의무는 주식개서일을 기준으로 판단한다. 이 경우 취득세 납세의무 성립당시 시행중인 지방세법령을 적용하는 것이 원칙이다. 과점주주의 특수관계인의 범위 등에 대하여 별도의 적용례를 두는 부칙 규정이 있는 경우에는 부칙 규정을 우선 적용하여야 할 것이다. 그런데 별도의 부칙 적용례를 두고 있지 아니한 경우에는 납세의무자에게 불리하게 적용될 수 있고 유리하게 적용될 수도 있는 만큼 원칙적으로 취득세 납세의무 성립당시 시행중인 지방세법령을 적용하는 것이 타당하다.

(2) 과점주주 특수관계인 범위가 확대된 경우

지방세기본법시행령의 개정(2013.1.1.)으로 특수관계의 범위가 확대된 이후 추가로 주식을 취득하여 과점주주 비율이 증가된 경우 과점주주의 과세비율산정은 어느 기준으로 하여야 하는지 여부가 쟁점이다. 예를 들면 구 지기령 개정시 아래와 같이 종전 과점주주의 과점비율보다 증가된 35%를 적용하는지 아니면 주식취득시 과점비율을 기준으로 증가분 20%만 과세하는 것인지가 쟁점이다.

ㆍ 특수관계인 확대시 과점주주의 범위

과점주주 특수관계 여부를 판단할 때 ｢특정주주를 기준으로 했을 때 여타 주주들 사이에 친족 기타 특수관계가 없다 하더라도 특정주주를 기준으로 볼 때 특수관계에 해당하면 다른 주주 모두 특수관계에 해당한다｣라고 보는바, 이는 특수관계 여부를 판단함에 있어서는 주주들간의 특수관계가 쌍방적인 관계가 아니더라도 ｢일방성 관계｣가 형성되면 전부 과점주주로 판단한다는 것이다[(대법원2008두150, 2011.7.21.) 참조)]. 지령(§11②) 규정에 의거 최초 과점주주가 된 이후에 주식지분변동이 있는 경우 과점주주의 지위(보유지분이 50% 초과한 상태)를 보유한 이후의 추가분에 대하여 과점주주의 납세의무를 부담하는 것이므로, 구 지기령(§2의2)에 의한 특수관계자의 과점주주의 비율을 기준으로 그 추가분에 대하여 과세한다. 이는 구 지기령 부칙(대통령령 제24295호)(§2)에서 『이 영 시행 당시 이미 성립한 납세의무의 경우 2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위에 관해서는 제2조의2 및 제24조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다』라고 규정하고 있어서 2013.1.1.이후 납세의무 성립시에는 개정된 특수관계인 규정을 기준으로 판단하여야 하기 때문이다.

ㆍ 과점주주에 대한 과세비율 적용

과점주주에 대한 과세비율은 지령(§11)의 규정에 의거 판단하는 것이며 동 규정 제2항의 규정에서는 『이미 과점주주』 인 상태에서 추가로 주식을 취득하여 증가분이 있는 경우에 그 추가분에 대하여 과점주주의 납세의무를 부담한다고 되어 있다. 따라서 증가된 후의 주식등의 비율이 이미 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니하며 추가분에 대하여만 과세하는 것이다. 또한 과점주주의 과세비율을 산정함에 있어서 『해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율 산정시 개정 법령에 따라 추가된 과점주주가 소유했던 주식까지 포함한 최고비율로 산정하는 것』이므로 과점주주 과세비율 보다 증가한 20%에 대해 과세하여야 한다[(행안부 지방세운영과-1778, 2013.08.06.) 참조]. 이와 달리 이미 과점주주의 과세비율을 산정함에 있어서 『해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율 산정시 개정 법령에 따라 추가된 과점주주가 소유했던 주식까지 포함한 최고비율로 산정하는 것은 아님』이라는 해석사례도 있다.¹⁾ 그러나 과점주주의 특수관계를 적용함에 있어서 개정 법령은 2013.1.1. 이후 납세의무 성립분부터 적용하는 것이고 예외적으로 허위사실 등으로 추정되는 경우에만 종전 규정을 적용하도록 규정하고 있는 점을 고려하면 타당하지 아니하다. 1) [사례] 과점주주의 과세비율 산정기준(조심2019지3513, 2020.10.20.)
개정 법령에 따라 새로 추가된 과점주주는 기존 법령상 과점주주에 해당되지 않으므로 2013.1.1. 이전에 소유한 주식 등은 과점주주가 소유한 주식 등에 해당되지 않아 OOO가 소유한 주식 등을 제외한 기존 법령상 과점주주가 소유한 주식 등을 가지고 최고비율을 산정하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율 산정시 개정 법령에 따라 추가된 과점주주가 소유했던 주식까지 포함한 최고비율로 산정하는 것은 아님 [사례] 과점주주의 과세비율 산정기준(행안부 지방세운영과-1778, 2013.08.06.)

「지방세기본법」등의 개정으로 2013.1.1.부터 과점주주가 되었던 점, 「지방세법」 제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조 제2항 에서는 주식 등을 취득함으로써 과점주주가 되면 취득세를 납부하되 이미 과점주주가 된 주주 등이 주식 등을 취득하여 그 비율이 증가된 경우에는 그 증가분에 대해서 취득세를 납부하도록 규정하고 있는 점, 조세법률주의의 원칙 등을 감안했을 때, 주식 등의 추가 취득분에 대해서만 취득세를 납부하는 것이 타당할 것으로 판단됨.

(3) 과점주주 판단기준이 축소된 경우

과점주주의 범위 축소와 관련하여 2007.1.1.시행 구 지방세법 부칙(§2②)²⁾의 규정에서는 종전 과점주주기준[51% 미만, (예:50.5%)]이 개정 지방세법에 의거 변경(51%→50%)되었다고 하더라도 추가 주식을 취득하는 경우(예: 20%)에는 전체 취득비율(70.5%)을 과세범위로 하도록 별도 규정을 두고 있다. 이와 같이 과점주주의 범위가 축소된 경우 그 적용례를 별도로 두고 있는 경우에는 부칙 규정에 따라 적용되어야 한다. 2) [지방세법 부칙] 제2조 (출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) ①제22조제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
②제22조제2호의 개정규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조제6항을 적용한다. 대법원 판례에서는 주식을 추가로 취득하여 과점주주가 된 경우 과점주주의 비율을 적용함에 있어서 ①과점주주의 요건을 완화한 법률의 개정에 따라 과점주주가 되었다가 주식을 추가로 취득한 경우와 ②당초에는 소수주주였다가 주식을 추가로 취득함으로써 그 보유주식의 비율이 100분의 50을 초과하여 과점주주에 해당하게 된 일반적인 경우를 달리 규율하여야 할 본질적인 차이가 없다고 보아, 취득한 전체 과점주주 비율에 따라 최초 과점주주의 과세비율을 적용한다[(대법원2011두12252, 2012.6.28.) 참조]. [판례] 과점주주 취득세의 과세범위(대법원2011두12252, 2012.6.28.)

과점주주의 간주취득세 제도를 규정한 구 지방세법 제105조 제6항이 증자에 의하여 과점주주가 되는 경우에도 적용될 뿐만 아니라 법인이 유상증자를 함에 있어 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 나머지 주주들이 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우에도 적용된다고 판단한 조치는 정당하고, 거기에 자본주의 시장경제질서 및 이중과세금지 원칙에 관한 합헌적 법률해석의 법리를 오해한 위법이 없음. 또한 해당 법인의 주식을 추가로 취득하였기 때문이 아니라 과점주주의 요건을 완화한 법률의 개정에 따라 과점주주가 되었다가 주식을 추가로 취득한 경우와 당초에는 소수주주였다가 주식을 추가로 취득함으로써 그 보유주식의 비율이 100분의 50을 초과하여 과점주주에 해당하게 된 일반적인 경우를 달리 규율하여야 할 본질적인 차이가 있다고 보기 어려움. 이는 종전에는 과점주주가 아니었으나 과점주주의 판단기준이 축소됨에 따라 과점주주가 된 경우에도 최초 과점주주 과세비율을 적용하도록 한 구 지방세법 부칙규정에 의거 적용한 것이다.

(4) 과점주주 특수관계인 범위가 축소된 경우

2023년도 지방세법령의 개정으로 과점주주의 특수관계인 범위가 축소되었다. 이에 대한 과점주주의 간주취득세 과세비율에 대하여 적용례는 지령 부칙(§4)³⁾의 규정에 의거 『이 영 시행 전에 종전의 제11조제1항에 따라 최초로 과점주주가 된 경우(제11조 제2항 본문에 따라 주식등의 비율이 증가된 경우를 포함)의 취득세 부과에 관하여는 제11조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정』에 따르도록 규정하고 있다. 따라서 과점주주의 간주취득세 과세비율을 적용함에 있어서 특수관계인의 범위에 따른 과세비율은 종전 규정에 따라 판단하여야 한다. 3) [지방세법시행령 부칙(대통령령 제33325호, 2023.3.14.)] 제4조(과점주주의 부동산 취득에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 제11조제1항에 따라 최초로 과점주주가 된 경우(같은 조 제2항 본문에 따라 주식등의 비율이 증가된 경우를 포함한다)의 취득세 부과에 관하여는 같은 조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 과점주주의 특수관계인 기준 중 경제적 연관관계의 경우 임원과 그 밖의 사용인으로서 주주인 경우에만 특수관계가 형성된다. 개정된 과점주주 특수관계인 기준에 따라 주식을 취득하여 최초 과점주주가 되는 경우라도 종전 지분비율을 기준으로 판단하여야 하므로 상기 사례에서 과점비율이 65%→45%로 과점주주가 되지 아니하였다가 30% 주식 취득으로 다시 과점주주가 된 경우 최초 과점주주 비율인 75%를 적용할 것인지 아니면 이미 과점주주인 상태에서 추가 증가분인 30$나 10%만 과세할 것인지가 쟁점이다. 지방세법시행령 부칙(§4)에 따르면 이러한 경우 종전규정을 적용하도록 규정하고 있어 종전 과점주주인 상태에서 그 최고 과점비율보다 증가분(75%-65%=10%)인 10%가 과세비율이 된다.

4. 결어

지법(§7⑤)의 규정에 의거 『법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주가 되었을 때』 취득세 납세의무가 발생되며 이는 『주주명의 개서일』을 기준으로 한다. 과점주주의 특수관계인 판단기준은 종전에는 지기령(§2)에 의거 판단하였으나 2023.3.14. 이후 주식취득분부터는 지령(§10의2①)의 규정에 따라 주식취득일 당시 특수관계에 있는지 여부를 판단하는 것이기 때문에 지방세법상 과점주주의 특수관계 적용은 『주식요건불요설』을 취하고 있다[(대법원2021두48342, 2021.11.25.) 참조]. 2023년 지방세법시행령 개정으로 과점주주 특수관계인 범위가 축소(예: 경제적 연관관계 등)된 경우 원칙적으로 부칙규정에 따라 적용하는 것이다. 그러므로 과점주주의 주식취득으로 최초로 과점주주가 된 경우(이미 과점주주인 상태에서 주식등의 비율이 증가된 경우를 포함)의 취득세 부과에 관하여는 지방세법 제11조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 과점주주의 과세비율을 산정하여야 한다. 또한 특수관계인을 3가지 유형으로 구분하고 각각 달리 적용되므로 지방세기본법이나 지방세관계법상에서 달리 적용하여야 함을 유의하여야 한다. (끝) [판례] 과점주주의 특수관계와 납세의무 판단(대법원2021두48342, 2021.11.25.)

과점주주 집단 내부에서 주식이 이전되는 경우나 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우뿐만 아니라 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에도 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 간주취득세의 과세대상이 될 수 없음[(대법원2012두12495, 2013.7.25.) 판결]. 과점주주 집단이 소유한 ｢총주식 비율의 증가｣를 기준으로 간주취득세 납세의무 유무를 판단하여야 함은 분명한 점 등에 비추어 보면, 관련 법리는 기 발행 주식의 일부 또는 전부가 이전되는 경우뿐만 아니라 유상증자를 통해 새로 발행되는 주식을 취득하는 경우에도 적용된다고 봄.