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1. 의의

지특법(§2① 제8호)에서는 『직접 사용』은 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 정의하고 있다. 통상적으로 감면대상 법인들이 토지를 취득한 후 목적사업에 직접 사용하기 위하여 건물을 신축하게 되는데 이를 위하여 건물설계 후 시공사 선정, 터파기공사, 착공공사, 준공 들의 일련의 과정을 거치게 된다. 건축을 위한 이러한 과정을 거치면서 취득한 토지는 일정기간 나대지 상태로 있거나 착공 이후라면 건축중인 상태에 놓이게 된다. 이와 같이 지특법상 감면을 받은 법인 등이 토지취득후 건축 준비를 하기 위한 기간이 소요되는 만큼 그 유예기간중에 재산세 과세기준일(매년 6월1일)이 도래하는 경우가 발생한다. 이 경우 토지분 재산세를 부과함에 있어 감면을 할 것인지 여부와 관련하여 사용유형에 따른 2가지 과세문제가 발생하게 된다. 첫째, 감면 유예기간중 건축공사에 착공하여 건축중인 상태에서 과세기준일이 도래되는 경우이다. 둘째, 토지 취득후 유예기간내에 사용개시나 착공을 하지 아니 한 상태에서 과세기준일이 도래되는 경우이다.

지특령(§123)의 규정에 따르면 지방세특례제한법 등에 근거하여 토지분 재산세 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함하고 있다. 그러므로 감면법인이 과세기준일 현재 건축공사에 착공을 하여 공사중인 때에는 토지분 재산세 감면을 적용받게 된다. 따라서 착공일(=규준틀 설치일)이 과세기준일 이전인 경우에는 건축중인 상태이므로 토지분 재산세 감면이 적용된다. 그런데 이러한 경우라도 감면사업이 아닌 임대용 등에 사용하는 건축면적이 포함되어 있다면, 현실적으로 임대를 하고 있지 아니함에도 건축중인 토지에 대하여 감면을 배제하고 과세대상에 해당하는 것인지 여부가 쟁점이다. 물론 건물 신축당시 설계도면 등에 감면사업에 사용하는 부분과 임대 등에 사용하는 부분이 있다고 하더라도 임대 등은 건물이 준공되어야 그 이후 임대차 계약 등을 체결함으로서 실제 임대용으로 사용할 수 있다. 앞서 본 바와 같이 감면대상 법인이 토지를 취득해도 이를 즉시 감면사업에 직접사용할수 없고 건축물 등을 신축하여야 한다. 감면유예기간을 둔 것은 그 기간 중에 목적사업에 사용을 하기 위한 준비기간을 둔 것이기 때문에 유예기간중에는 매각이나 다른 목적사업, 토지 임대를 하지 아니한 이상 나대지 상태로 있다고 하더라도 취득세 과세를 유예하고 있다가 유예기간 종료 이후 직접사용 개시를 하지 아니한 경우에 추징하게 된다. 그런데 토지분 재산세의 경우 유예기간 중이더라도 과세기준일 현재 토지의 이용상황을 고려하여 현실적으로 사용하지 아니하는 경우 감면을 배제해야 하는지 여부가 쟁점인 것이다. 따라서 여기서는 감면법인의 유예기간중 건축중인 토지와 미사용 토지의 재산세 감면 범위에 대하여 분석하고자 한다.

2. 지특법상 토지분 재산세 감면과 직접사용의 의제

(1) 재산세에 있어서 건축중인 경우에 「직접 사용」의 범위

지특법(§2 제8호)의 규정에서 「직접 사용」의 의미는 「부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것」이라고 규정하고 있으며, 지특령(§123)의 규정에서는 「직접 사용의 범위」에 대하여 「토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함」하고 있다. 따라서 건축중인 경우에는 현실적으로 고유업무에 직접 사용하고있지 않더라도 토지분 재산세감면을 적용하기 위해서 건축공사가 착공개시되었기 때문에 직접 사용하는 것으로 의제를 하고 있는 것이다. 당해 법인이 고유업무 등에 ｢직접 사용｣한다는 것은 현실적으로 당해 부동산을 당해 법인의 고유목적사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ｢그 사업에 사용의 범위」는 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원2001두878, 2002.10.11. 참조). 만약 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 스스로 그와 같은 용도에 제공하는지 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부 등 그 사용의 방법은 가리지 않는다고 볼 경우(대법원2018두46643, 2018.10.4. 판결, 대법원2008두15039, 2011.01.27. 판결 참조)에는 현행 지특법 규정상 직접사용의 개념과 차이가 있어 직접사용에 해당하지 아니한다. 다만 토지분 재산세를 감면하는 경우에는 비록 고유목적사업에 실제적으로 제공되지 아니하고 있다고 하더라도 지특령(§123)의 규정에 따라 직접 사용하는 것으로 보아야 하는 것이다. 감면법인이 건축중인 건물을 준공하기 전에는 어떠한 임대 등의 행위도 발생되지 않는다. 대법원판례(대법원2001두878, 2002.10.11. 참조)에서 설시하는 직접사용의 개념에 비추어 볼 때 직접 사용은 당해 용도에 「실제 현실적으로 사용하는 것」이기 때문에, 「현실적」으로 임대행위가 없고 실제로도 다른 용도로 사용하는 것도 아님에도 불구하고 이를 다른 용도로 사용한다고 추정하여 감면을 배제하는 것은 근거과세에 위배된다. 이는 토지분 재산세 감면추징요건이 성립되지 아니하였음에도 불구하고 임대 등을 의제하여 「소급적으로 추정」 과세하는 것으로서 「소급과세금지 및 과세요건확정주의 원칙」에도 위배되는 것이다.

(2) 건축허가서 상의 용도와 「직접 사용」의 추정가능성

직접사용에 대하여 토지분 재산세에 있어서는 현실적으로 사용하는 것만을 의미하는 것이나, 지특령(§123)의 규정은 건축중인 경우 현실적으로 고유업무에 직접 사용하지 않아도 직접사용의 범위에 포함되는 것으로 그 예외를 인정하고 있다. 이 때 건축허가서상 「예정용도를 기준」으로 고유업무인 감면목적 용도에 직접 사용하지 아니한다고 판단하는 것이 적절한지가 쟁점인바, 판례에 따르면 당해 토지를 감면목적 사업 자체에 직접 사용하였는지에 달려있을 뿐, 당해 토지에 관한 건축허가시 정해진 이용목적에 쟁점 토지를 사용하였는지에 좌우되는 것은 아닌 것이다(대법원2014두12741, 2014.12.24. 참조). 건축허가서상의 용도는 추후 당해 건물이 완공되는 경우에 그 용도에 사용될 것으로 상정하는 것일 뿐, 건축공사중에는 그 임대나 다른 용도로 사용된 바도 없고 공사중에 그 용도가 변경되거나 없어지거나 또는 그 부분이 확대될 수가 있는 등 변동의 여지가 있는 것임에도 불구하고 건축허가서상 예정용도만 보아 직접사용하지 않았다고 의제하는 것은 건물 준공이후 실제 임대 등의 용도로 사용될 것을 소급적으로 추정하는 것으로 합당하지 않다. [판례] 비영리법인의 고유목적 사업에 직접사용(대법원2014두12741, 2014.12.24.)

㈎ 쟁점 토지를 취득 또는 등기한 날로부터 3년 이내에 이 사건 쟁점 토지를 종교사업 자체에 직접 사용하였는지에 달려있을 뿐, 쟁점 토지에 관한 토지거래허가시 정해진 이용목적에 쟁점 토지를 사용하였는지에 좌우되는 것은 아님. ㈏ 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용하는 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 함(대법원2001두878, 2004다58901 등 참조).

3. 건축중인 토지의 재산세 감면추징 타당성

지특법(§178① 제1호)의 규정은 부동산에 대한 감면을 적용할 때 지특법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 그런데 토지분재산세 감면 적용시 과세기준일 현재 건축중인 경우에는 감면법인이 해당 감면 목적사업에 직접 사용하는 것으로 의제하고 있기 때문에 감면을 적용하게 된다. 그런데 건축중인 감면법인(예: 대학 병원) 건물내 장례식장, 임대사용 등 감면사업 외에 사용되는 면적에 대하여 토지분 취득세와 재산세 추징 기산일을 언제로 하여야 하는 것인지 여부가 쟁점이다.

(1) 건축기간 중의 감면추징

｢건축 중｣의 의미는 사실상 건축공사에 착공하여 공사가 진행 중인 상태를 의미하는 것이므로 ｢건축 중인 건축물｣이라 함은 ｢과세기준일 현재 공사에 착수한 경우｣만을 말하고 그 착공에 필요한 준비작업을 하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없다(대법원2008두3319, 2008.5.29.참조). 나아가 건축물을 감면목적사업에 직접 사용하기 위한 건축공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다(대법원2006두11781, 2009.3.12. 판결 참조). 건축중인 경우에 현실적으로 고유업무에 직접 사용하지 않고 있지만 건축공사가 착공된 시점부터 건축이 개시되었기 때문에 직접 사용하는 것으로 의제를 하고 있는 것이다.

「직접 사용」여부에 대하여 당해 법인이 고유업무 등에 ｢직접 사용｣이라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 당해 법인의 고유목적사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ｢그 사업에 사용의 범위」는 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원2001두878, 2002.10.11. 참조). 이 경우 현실적으로 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 스스로 그와 같은 용도에 제공하는지 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다고 할 것이므로(대법원2018두46643, 2018.10.4. 판결, 대법원2008두15039, 2011.01.27. 판결 참조) 「현실적」으로 임대행위가 없고 장례식장으로 실제 사용하는 것이 아님에도 불구하고 이를 현실적으로 사용한다고 추정하여 감면을 배제하는 것은 타당하지 아니하는 것으로 사료된다(조심2016지0365, 2016.9.28. 참조). 그러나 최근 조세심판원 결정(조심2020지3331, 2021.12.28.)은 건물부분은 건축물 건축허가서상의 면적을 기준으로 판단하여 이를 추징기산일로 하되 장례식장 등의 토지부분은 3년이 경과된 날을 기준으로 추징토록 하고 있어 차이가 있다.
[사례] 건축중인 대학병원내 상가및 장례식장 추징기산일(조심2020지3331, 2021.12.28.)

청구법인은 임시․사용승인일 이전부터 건축물 건축허가 등을 통해서 일부가 병원용 이외의 용도(장례식장, 상가)로 건축 중인 사실을 알 수 있었던 것으로 보이므로 그 사실을 확인한 때에 「지방세기본법」 제49조의 규정에 따라 신고를 한 후 건축물이 준공(사용승인)될 때 그 과세면적의 변동사항을 바로잡는 것이 타당해 보이는 점, 「지방세특례제한법」 제41조에서 취득일부터 3년이 경과할 때까지를 유예기간으로 두고 있어 적어도 토지 취득일부터 3년이 경과한 날을 장례식장용 토지의 추징사유발생일로보는 것이 타당해 보이는 점, 감면요건을 충족하지 못하여 과세대상이 된 경우 그 사유발생일부터 60일 이내에 신고납부를 한 경우에만 가산세가 부과되지 않는 것임

※ (조심2021지605, 2021.12.28.) 결정도 동일한 취지임
또한 감면법인이 건물을 건축중인 경우 향후 감면목적 사업 외에 임대사업이나 다른 용도로 사용될 부분을 감면사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 추징할 수 있는 것인지 여부는에 대하여 개별 지특법의 규정에서는 「과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함)」를 감면한다」라고만 규정하고 있다. 해당 조문에 별도의 추징규정이 없는 경우에는 일반적인 추징규정(지특법§178)을 적용하여야 하나, 일반적 추징규정도 감면된 취득세를 추징하는 경우에 적용하는 것으로 재산세의 추징규정이 아니다. 따라서 감면한 재산세를 추징하려는 경우에 별도 추징규정이 있어야 하는 것이며 추징규정이 없는한 별도 추징할 수가 없는 것이다(행자부 세정 13407－639, 2000.5.19. 참조).
[사례] 조세특례제한법에 의거 추징사유가 없는 경우 추징대상판단

조세특례제한법 제119조 제1항 제4호 및 제120조 제1항 제3호 규정에 의하여 동법 제32조 현물출자방식의 법인전환으로 사업용 재산이 양도되는 경우라면 서울특별시세감면조례 제19조 제1항 단서규정의 취득세․등록면허세 추징사유에 해당되지 않음. 사업양수도로 조세특례제한법에 의한 감면을 받은 경우에는 비록 시도세감면조례에 의한 추징사유에 해당되더라도 추징할 수가 없는 것임.(행자부 세정13407-639, 2000.5.19.)

(2) 재산세 현황과세원칙과 타 목적사용의 입증책임

재산세는 매년 과세기준일 현재(6월1일) 해당 부동산을 의료업에 직접사용여부를 판단하여 감면하는 것이며, 과세기준일 현재 직접 사용하는지 여부는 과세관청에서 당해 부동산의 현황을 기준으로 사용여부 등을 사실조사하여 결정한다. 이 경우 현황은 「실제 사용현황을 기준」으로 판단한다, 지법(§106③)에서 재산세 현황부과원칙을 규정하고 있으며 그 내용을 보면 「재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재되지 아니하였거나 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다」라고 규정하고 있다. 「건축중인 토지」의 경우 감면대상건물을 신축하고 조성하는 과정에 있는 만큼 실제 사용 현황을 보면 감면사업외의 용도로 사용되거나 임대 등 그 밖의 용도로도 사실상 사용된 사실이 없는 것이다. 설령 매년 재산세 과세기준일 현재 현실적으로 감면법인의 감면사업에 사용하지 아니한다고 하더라도 지특법시행령 제123조의 규정에서 토지분 재산세의 감면 적용 시 건축중인 경우 해당업무에 직접 사용하는 것으로 간주하도록 규정하고 있기 때문에 이를 두고 다른 업무에 사용되는 것으로 의제하고 있지 아니하는 이상 직접 사용에 해당하는 것이며 추징요건에도 해당되지 아니하는 것이다.

그러면 과세기준일 현재 임대 등의 용도로 사용하였다는 입증책임이 누구에게 있는지가 쟁점이다. 과세관청은 과세의 정당성을 입증하는 근거를 제공하여야 하는 것인바, 그에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이며, 세법에 있어서 과세관청의 과세처분에 대하여 과세요건사실 존재의 입증책임은 원칙적으로 과세관청이 부담하게 된다. 따라서 납세의무자에 대한 재산세 과세처분을 하면서 기 감면한 세액을 추징하는 경우 추징의 근거를 제시하여야 하는바 감면대상물건을 임대하거나 다른 용도로 사용하였다는 사실 즉, 과세요건사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이다(대법원 2016두1035, 2017.6.29.참조). 처분청에서는 건축중인 기간에 감면법인이 쟁점토지에 대하여 임대를 하였거나 타 용도로 사용한 사실과 그 면적에 대하여 입증을 하여야 하고 이를 입증하지 못하는 경우 위법한 처분에 해당하는 것이다(대법원2013두26194, 2014.4.10.참조).
[판례] 과세요건의 정당성에 대한 입증책임(대법원2013두26194, 2014.4.10.)

일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에 있으므로 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 그 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 됨[(대법원2010두20805, 2013.3.28.) 등 참조].

4. 감면법인의 유예기간중 미착공과 재산세 감면배제

지특법 규정중 일부 규정은 취득세감면과 재산세 감면을 『동일 조문』에 규정하고 있는 경우와 각각 구분하여 『분리규정』하는 경우로 구분된다. 이 경우 ① 동일조문에 규정된 경우(예: 지특법 제15조 제1항)에는 유예기간내 건축공사를 착공하거나 직접사용을 하지 아니하더라도 취득세 및 재산세 감면을 배제하고 있지 아니한다. 그러나 대부분의 지특법상 감면 규정은 취득세 감면과 재산세감면을 동일 조문내에서도 각항(각호)을 달리하고 있어 이와 같이 ② 분리규정된 경우에는 유예기간내 건축공사 등을 하지 아니하는 경우 취득세는 추징하지 아니하면서 재산세는 감면을 배제한다는 문제가 제기된다.

왜냐하면 취득세의 경우 유예기간내 직접 사용하는데 소요되는 기간을 감안하여 명문의 추징규정을 두고 있는데 비하여 재산세는 『매년 과세기준일』 현재 현실적으로 직접사용하는 경우 감면하도록 하되 건축공사중인 경우에만 직접 사용하는 겻으로 의제하는 규정(지특령§123)을 두고 있기 때문이다. 따라서 감면대상법인이 당해 감면사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면하더라도 『정당한 사유 없이 그 취득일부터 1(3)년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우』에는 추징대상으로 하며 사용 개시를 위한 준비기간으로 1년(종교단체, 학교 등 3년, 창업중소기업 4년(5년))이라는 유예기간을 두고 있다.

그러므로 감면대상법인이 토지를 취득후 목적사업에 사용하기 위해 준비하도록 주어진 일정한 유예기간(1년, 3년 및 4년)중에 건축을 착공하거나 현실적인 사용 등 직접 사용을 하지 아니한다고 하여 재산세를 추징할 수 있는지 여부가 쟁점이다. 감면법인이 부동산을 취득한 그 날부터 바로 사용 개시하기 어렵기 때문에 일정 기간(1년, 3년, 4년)을 두어 준비를 하도록 하며, 재산세도 1년(3년)간 감면 지원을 하는 것이 아니라 그 후에도 감면사업(예: 종교용 등)으로 사용하는 경우에는 재산세를 감면하도록 지특법상 별도 분리하여 규정을 두고 있다. 취득세의 경우 종교용으로 사용 유예기간(3년)을 주고 있음에도 불구하고 재산세는 취득 즉시 사용하여야만 감면을 받을 수 있다면 불합리한 결과를 초래하게 된다는 것이다. 왜냐하면 나대지 상태의 토지를 취득한 후 현실적으로 감면목적에 사용하기 위해서는 건물 건축 등 공사과정을 거쳐야 하는데, 준공이후에 감면사업용으로 사용할 수 있기 때문에 감면법인과 같이 나대지를 취득한 쟁점 토지를 건축공사에 착공하지 아니하였다고 하여 감면을 배제하는 것은 감면취지에 부합되지 아니한 것이다. 예를 들면, 지특법 제50조 제2항의 규정에서 『② 제1항의 종교단체』라는 표현으로 규정되어 있는 이상 동조 제1항의 규정을 전체적으로 인용하는 것이므로 취득세 추징대상이 아닌 경우에는 재산세도 감면대상에 해당하다고 볼수 있는 것이다. 그리고 조세법해석은 법문대로 엄격하게 해석하여야 하기 때문에 동조 제1항의 종교단체는 취득세 추징사유가 발생하지 아니한 단체를 의미하기 때문에 감면유예기간이 경과되지 아니한 경우에는 취득세 추징대상에도 해당되지 아니함으로 재산세도 추징대상에 해당되지 아니한다고 할 것이다(조심2016지0116, 2016.08.19.참조).
[사례] 유예기간 경과전 미사용시 재산세 추징대상(조심2016지116, 2016.8.19.)

직접 감면된 산업용 건축물 등에 대한 추징요건이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우로서, 이와 같이 직접 사용의 유예기간 동안 사업자가 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 전혀 사용을 하지 않고 있는 상태라 하여도 이 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다 할 것인바, 이 건의 경우, 이 건 부동산의 입주계약서 등에서 제조업을 영위하도록 하고 있는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하여 공장등록(금속조립구조재제조업)을 한 것으로 보아 청구법인은 이 건 부동산에서 제조업을 영위하기 위하여 취득한 것으로 보이는 점, 본격적인 제조활동을 영위하기 전에 이 건 부동산을 활용하기 위하여 창고 등으로 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건 부동산 취득일부터 유예기간인 3년이 경과하지 아니한 상태에서 이 건 부동산을 해당용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있음

5. 결어

감면법인이 토지를 취득한 경우 당해 토지를 즉시 목적사업에 사용할 수는 없다. 특히 과세기준일 직전에 토지를 취득하는 경우 과세기준일 현재 감면법인의 목적사업에 직접 사용하는 것은 사실상 불가능하다. 그럼에도 불구하고 과세기준일 현재 목적사업에 직접사용하지 아니하거나 착공을 하지 아니하였다고 하여 토지분 재산세 감면을 배제하거나 취득세 유예기간중에 과세기준일이 도래하는 경우 재산세도 감면추징하는 것은 타당하지 아니하다고 할 것이다. (끝)