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- (조심2019서1687, 2019.9.10., 중심) -

Ⅰ. 머리말

현재 상장주식을 양도하는 경우 대주주나 장외 양도분에 대하여 양도소득세가 과세된다. 그런데 상장주식은 그 특성상 거래가 빈번하게 일어나며, 그 취득원인은 주로 “매매”에 의하여 발생하지만 그 외에도 증여, 상속, 스톡옵션, 증자 등 다양하다.

이러한 주식의 취득시기를 특정하여야 하는 가장 큰 이유는 “취득가액” 산정에 있다. 왜냐하면 주식, 그 중에서도 상장주식은 거래가액이나 시가가 수시로 변동하기에 언제 취득한 것인지에 따라 취득가액이 달라지기 때문이다.

Ⅱ. 관련 규정

소득세법 시행령(이하 “소득령”)에서는 "양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것”으로 본다(소득령 §162 ⑤). 즉, 선입선출법을 적용하도록 규정하고 있다.

이에도 불구하고 대법원은 (구)조세감면규제법(이하 “조감법”) 및 증권회사의 관행 등을 들어 양도하는 상장주식의 취득시기에 대해 “후입선출법”을 적용하는 것으로 보았다. 이에 비해 조세심판원은 “선입선출법” 적용을 고수하고 있다. 최근 조세심판원 결정에서는 선입선출법 적용 논거가 상당히 설득력 있게 피력하고 있다.

Ⅲ. 각 기관별 해석

1. 과세관청의 해석

과세관청 해석은 유상증자 등으로 주식의 취득시기가 각각 다른 경우로서 양도주식의 주권발행번호, 비치기장한 장부 및 거래명세서 등으로 취득시기를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인되는 날이 취득시기가 되나, 취득시기가 분명하지 않은 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.¹⁾ 1) 자본거래관리과－179, 2020.4.1.
2. 대법원 판결 등

(1) 서울고등법원 2005누27163, 2006.12.21. 판결

① 원고(납세자)의 주장
1997년부터 2000년까지 주식을 매매한 바, 주식의 매매 당시 모든 증권회사들이 증권예탁원에 예탁된 주식의 출고방식에 있어 후입선출법을 채택함에 따라, 원고가 위탁자계좌를 개설한 증권회사 등은 주식을 양도함에 있어 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 처리하였음에도 불구하고, 피고가 선입선출법을 적용한 것은 위법하다.

② 피고(과세관청)의 주장
피고는 주식의 취득시기가 분명하지 않고 설령 그 취득시기가 분명하다고 하더라도 취득한 주식과 양도한 주식이 직접 대응되는 것이 아니어서 결국 취득시기가 분명하지 않은 경우와 마찬가지이기에 선입선출법을 적용한 것은 소득세법 시행령 제162조 제5항에 따른 적법한 처분이다.

③ 판단
서울고등법원은 다음과 같은 이유로 “후입선출법”을 적용하여야 한다고 판단하였으며, 이후 대법원에서 심리불속행으로 유지되었다.²⁾ 2) 대법원 2007두2432, 2007.4.13.
첫째, 유가증권시장 등에 상장된 주식의 소유자는 그 주식의 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권을 소유하고 있다고 보아야 한다. 그리고 주식 소유자가 유가증권시장에서 종목과 수량을 특정하여 주식을 양도하더라도 실제로는 그 양도 대상이 실물인 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권에 불과하다.

주식에 대한 공유지분권은 특정 주권이 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권 전부에 대하여 그 효력이 미치므로 수회에 걸쳐 취득한 주식의 일부를 양도한 경우 그 주식을 특정하는 것은 공유지분권 양도라는 성질에 비추어 본질적으로 불가능하다. 그러나 주식 양도의 성질이 증권예탁원에 예탁된 주권에 대한 공유지분권의 양도이어서 양도되는 주식을 주권 자체로 특정할 수 없더라도 양도되는 공유지분권을 취득일자에 따라 특정하는 것이 기술적으로 반드시 불가능하다고 볼 수는 없다.

둘째, (구)조감법 제81조의 3 시행으로 장기보유 주식에 대한 배당소득에 대하여 과세상 혜택을 부여하게 된 1998.1.1.부터 주식 소유자가 소유한 주식이 장기보유 주식인지 여부를 구분하여야 할 필요성이 있었으므로 그 주식의 취득일자를 따로 관리하여야 하였고, 양도되는 주식 역시 취득일자에 따라 특정하지 않을 수 없게 되었다. (구)조감법 시행령 제80조 제7항 역시 후입선출법에 따라 주식 양도가 이루어짐을 전제로 장기보유 주식 여부를 판단하도록 하고 있다. (구)조감법 제81조의 3(장기보유주식 배당소득에 대한 원천징수 특례)
① 대통령령이 정하는 주식을 3년 이상 보유한 거주자로서 소득세법 제20조 제3항의 규정에 의한 소액주주에 해당하는 자 중 대통령령이 정하는 자가 받는 배당소득에 대한 원천징수세율은 소득세법 제129조 제1항 제2호의 규정에도 불구하고 100분의 10으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 배당소득은 소득세법 제14조 제2항의 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.
<부칙(법률 제5417호, 1997.12.13.)>
제1조(시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제3조(소득세 등에 관한 적용례)
④ 제81조의 3의 개정규정은 이 법 시행일 이후 상법 제354조의 규정에 의한 기준일이 도래하는 배당소득분부터 적용한다.
(구)조감법 시행령 제80조(주식의 보유기간 계산 등)
⑦ 주식의 보유기간 중에 동종 주식의 보유 주식 수에 변동이 있는 경우에는 먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것으로 보아 장기보유한 주식수를 계산한다.
<부칙(대통령령 제15562호, 1997.12.31.)>
제1조(시행일) 이 영은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제4조(소득세 등에 관한 적용례)
④ 제80조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 상법 제354조의 규정에 의한 기준일이 도래하는 배당소득분부터 적용한다. 셋째, (구)조감법 시행령이 장기보유한 주식수를 계산함에 있어 후입선출법에 의하도록 규정하고 있다고 하여 반드시 소득세법상 주식 양도의 경우에도 그와 같은 방식이 적용된다고는 볼 수 없다. 그러나 증권회사들이 (구)조감법 등의 입법취지와 고객의 이익을 고려하여 1998.1.1. 이후 고객 계좌의 잔고 주식을 취득일자별로 분류하고 그중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 나중에 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 관리하여 오고 있어 일반적인 회계원칙과 관행으로 자리 잡게 되었다. 이러한 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식이 (구)조감법의 입법취지 및 고객 이익에 비추어 공정ㆍ타당한 것으로 보이므로 국세기본법 제20조의 취지에 따라 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 존중하여야 한다. <증권계좌 관리 및 후입선출법 관리>

(1) 유가증권시장 및 코스닥시장에서는 주식의 실물보유에 따른 분실ㆍ도난 등 사고의 위험, 실물교부로 인한 거래 시 수납업무의 복잡함, 주권 발행비용의 증가 등 실물을 수반한 주식의 양도가 비효율적이라는 이유로 증권회사 또는 고객이 소유한 주식을 모두 증권예탁원에 예탁하면서 예탁자 또는 고객의 계좌부에 그들이 예탁한 주식의 발행인, 종류, 종목 및 수량을 기재하도록 하고, 그 이후의 주식거래에 있어서는 주식을 매수한 경우 계좌부상 그 주식이 입고된 것으로, 주식을 매도한 경우 계좌부상 그 주식이 출고된 것으로 기재하였다.

(2) 1997.12.31. 신설된 (구)조감법 제81조의 3에 의하면, 주식 소유자는 주식 일부 양도 시 나중 취득한 주식을 먼저 양도하고 먼저 취득한 주식을 계속 소유하는 방식으로 회계처리를 하여야만 장기 보유하는 주식의 수가 많아지게 되어 보다 많은 세제상 혜택을 받을 수 있다. (구)조감법 시행령 제80조 제7항에서 먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것으로 보아 장기보유한 주식수를 계산한다고 규정하였다.

(3) 이에 따라 증권회사는 주권상장법인 등이 배당을 실시하는 경우 주식 소유자의 주식이 장기보유 주식인지 여부를 구분하여 그 내용을 증권예탁원에 통지하여야 하였는데, 증권회사로서는 고객의 계좌에 입고되어 있는 주식을 종목과 수량만으로 특정하여서는 그 주식이 장기보유주식인지 여부를 확인할 수 없으므로, 1998.1.1. 이후부터 고객이 소유한 잔고 주식의 매수일자를 고객 계좌부에 기재하여야 하였고, 증권회사가 잔고 주식의 매수일자를 특정하기 위해서는 고객이 같은 종목의 주식 중 일부만을 양도하는 경우, 양도한 주식을 취득일자별로 특정하여 양도되는 것으로 처리하게 되었다.

(4) 결국, 모든 증권회사는 (구)조감법 및 (구)조감법 시행령 제80조 제7항의 규정취지와 고객의 이익을 고려하여, 고객이 주식의 양도 당시 특별히 양도되는 주식을 특정하지 아니한 이상 나중에 취득한 주식이 먼저 출고되는 방식으로 처리하여 고객의 계좌를 관리하였다. (2) 이후의 판결들
위 판결은 이후 사건들에도 동일하게 적용되어 후입선출법을 지지하였다.³⁾ 3) 서울행정법원 2006구단661, 2007.7.26.; 서울고법 2006누80, 2007.9.19.; 대법원 2007두22030, 2010.4.29.; 창원지법 2010구합1604, 2011.4.28.
3. 조세심판원 결정
조세심판원은 상장주식의 취득시기 및 취득가액 적용과 관련하여 일관되게 “선입선출법”의 적용이 타당하다고 보았다.⁴⁾ 그동안의 사례들에서 논거는, 크게 “선입선출법을 규정한 소득령 제162조 제5항” 및 공유지분 논리상 “양도하는 상장주식의 특정 불가”에 있다.
4) 조심2009부3656, 2010.2.23.; 조심2011중1165, 2011.12.27.; 조심2017구3058, 2017.12.18.; 조심2014서1965, 2014.7.21.; 조심2012서530, 2012.5.31. 등
첫째, 소득세법 시행령 제162조는 “양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.”라고 규정하고 있다.

둘째, 코스닥시장의 주식거래시스템이나 증권회사의 매도주식 입출고 관리방법과 주식의 양도에 대한 과세방법은 별개의 문제이다.

셋째, 조세특례제한법(이하 “조특법”) 제91조 제4항은 소액주주의 배당소득세 관련으로 양도소득세 등과는 무관한 규정으로 보이며, 증권계좌를 통하여 거래한 것으로 주권발행번호를 확인할 수 없어 그 취득시기를 확인하기가 어렵다.
(구)조특법 제91조(장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수 특례)
① 거주자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 이 조에서 “주권상장법인”이라 한다)의 주식(「법인세법」 제51조의 2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 “상장주식”이라 한다)을 주권상장 이후 3년 이상 보유하고 해당 법인으로부터 2010년 12월 31일까지 지급받는 3년 이상 보유주식의 배당소득에 대하여는 제1호에 해당하는 거주자의 경우 소득세를 부과하지 아니하고, 제2호에 해당하는 거주자의 경우 「소득세법」 제129조에도 불구하고 원천징수세율을 100분의 5로 하며, 해당 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 다만, 법인의 주식을 보유한 거주자가 해당 법인의 대통령령으로 정하는 지배주주 및 그 특수관계자에 해당되는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 주식의 보유기간 중에 동종 주식의 보유 주식 수에 변동이 있는 경우에는 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 제1항 및 제3항의 규정을 적용한다. ※ 동 규정은 조세감면규제법이 조세특례제한법으로 개정되면서 기존 규정과 유사한 취지에서 유사하게 규정되었고, 2010.12.27. 개정 시 삭제됨(경과조치 없음)

Ⅳ. 최근 조세심판원 결정

최근 조세심판원의 결정은 기존의 서울고등법원(대법원) 등이 취한 후입선출법 적용 논거에 대해 각 항목별로 상세히 근거를 들어 선입선출법을 적용함이 타당하다고 보았다. 각 논거를 항목별로 구분하여 살펴보기로 한다.

1. 상장주식의 성격
상장주식의 소유자는 그 주식의 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권의 공유지분권을 소유하고 있다. 이에 따라 주식 소유자가 유가증권시장 등에서 종목과 수량을 특정하여 주식을 양도하더라도 실제는 그 양도 대상이 실물인 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권에 불과하다.

그리고 주식에 대한 공유지분권은 특정한 주권이 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권 전부에 대하여 그 효력이 미치게 되므로 수회에 걸쳐 취득한 주식의 일부를 양도한 경우 그 주식을 주권 자체로 특정하는 것은 공유지분권의 양도라는 성질에 비추어 본질적으로 불가능하다.

한국예탁결제원에 예탁된 주식의 매매 시 주권실물의 입ㆍ출고를 수반하지 않고, 증권예탁원과 증권회사 간 주식수량에 대한 정산만 이루어지므로 그 주권발행번호를 확인할 수 없다. 이와 같이 주식위탁계좌를 통하여 거래되어 주권발행번호가 확인되지 않는 양도주식의 경우 주식의 취득시기가 불분명한 것이다.

2. 조세특례 규정의 삭제 및 후입선출법 관행
기존 판례는 증권사에서 후입선출법에 의하여 양도주식을 특정한 방식이 1998.1.1.부터 장기보유 주식에 대한 배당소득 과세특례를 적용하기 위한 (구)조감법 시행령 제80조 제7항의 입법취지 및 고객의 이익 등에 비추어 공정ㆍ타당한 것으로 보인다고 하였다.

그러나 당시 배당소득 원천징수 특례 규정은 2010.12.27. 조특법 개정으로 삭제된바 더 이상 적용될 여지가 없다. 따라서 배당소득 원천징수특례규정에 따른 주식 특정 방식을 명시적 규정 없이 계속하여 양도소득 계산을 위한 주식 특정방식에 적용하기 어렵다.

3. 국제회계기준에 의한 후입선출법 인정 문제
IFRS(국제회계기준) 도입에 따라 2011년부터 상장기업에 적용된 K-IFRS에서 후입선출법은 재고자산의 물적흐름과 역행하게 되어 실제 원가흐름을 신뢰성 있게 반영하지 못하고 선입선출법 등 다른 방법에 비해서 재무제표에 나타나는 재무상태와 영업성과를 왜곡시킬 가능성이 크다고 하여 재고자산의 가격결정방법으로 허용하지 않고 있다. 따라서 더 이상 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것이라고 보기 어렵다.

Ⅴ. 검토 의견

앞에서 살펴 본 상장주식 양도와 관련하여 취득시기 산정에 대해 종전에 서울고등법원 등은 후입선출법을 지지하였고, 조세심판원은 선입선출법을 고수하고 있다. 그리고 과세관청 해석은 주권발행번호, 비치기장한 장부 및 거래명세서 등으로 취득시기를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인되는 날이 취득시기가 되나, 취득시기가 분명하지 않은 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

그런데 조특법 규정이 삭제된 이후에도 상당수 증권사들이 후입선출법으로 고객 증권계좌를 관리하고 있는 것으로 보인다. 그렇다면 이것을 하나의 “납세 관행”으로 인정하여야 하는가?

첫째, 국세기본법 제18조 제3항에서는 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”라고 규정한다.

그렇다면 후입선출법이나 선입선출법이 세법의 해석이나 국세관행의 관행으로 일반적으로 납세자에게 받아 들여졌는가? 과세관청의 해석으로 명시적으로 후입선출법을 적용하는 것으로 해석한 바 없고, 대법원 판례와 조세심판원 입장이 대립해 온 것을 고려하면 후입선출법이 과세관행으로 볼 수는 없다고 생각한다.

둘째, 국세기본법 제20조에서는 “세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.”고 규정한다.

현재 상당수 증권사들이 종전의 관행에 따라 후입선출법으로 증권계좌를 관리하고 있다. 그런데 배당소득 관련하여 후입선출법을 규정한 (구)조감법 및 (구)조특법 특례규정은 삭제되었다. 즉, 증권사들의 후입선출법 관행에 대한 근거규정이 사라진 것이다. 오히려 벤처기업 주식 특례규정 등과 관련하여 선입선출법으로 규정한 경우가 적지 않다. 즉, 조특령 제12조 제1항 제1호, 조특령 제82조의 4 제5항, 조특령 제97조의 6 제7항 제1호 등에서는 선입선출법을 규정하고 있다.

결론적으로 후입선출법은 실제 운용상뿐만 아니라 그 법적 근거도 사라진 것이다. 그렇지만 관행이 유지되고 있다면 이를 차단할 필요가 있다. 그리고 기존에 후입선출법을 취하다가 선입선출법으로 전환하는 경우 통상 경제규모 및 주가가 상승하는 경우 갑자기 양도차익이 커질 수 있다. 특히 98년은 IMF 구제금융을 받던 시기로, 우리 경제가 매우 어려웠고 주식시장도 예외는 아니었다. 따라서 당시 취득한 주식들은 그 가격이 매우 낮았을 것이다. 이를 선입선출법으로 양도할 경우 후입선출법에 비해 양도차익이 클 수 있다.

따라서 과세관청이 선입선출법으로 과세할 경우 대법원이 기존 입장을 유지할 것인지 여부는 미지수이다. 즉, 증권사들이 계속 후입선출법으로 주식 입출고를 관리할 경우 기존에 대법원이 “주권 자체로 특정할 수 없더라도 양도되는 공유지분권을 취득일자에 따라 특정하는 것이 기술적으로 반드시 불가능하다고 볼 수는 없다.”고 한 부분이 있기 때문이다.

필자의 생각은 차라리 기존에 관행을 종결하는 방법으로는, 소득령 제162조에 상장주식의 경우 취득시기를 선입선출법으로 보도록 하는 명문의 규정을 신설하는 것이 논쟁의 소지를 없애는 것이 아닐까 한다.