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I. 서론
II. 공익법인 범위
1. 상증세법상의 공익법인
2. 법인세법상 지정기부금단체 III. 공익법인의 사후관리 1. 상증세법상의 조세혜택을 받은 공익법인 등에 대한 사후관리체계
2. 직접사후관리
3. 간접사후관리
4. 과다 주식보유 제한 IV. 요약

I. 서론

공익법인은 국가 등을 대신하여 공익활동을 수행하고 이에 대한 반대급부로 여러 가지 세제 혜택을 부여받고 있으며, 과세관청은 세제 혜택에 대한 의무사항을 규정하고 있다. 과세관청은 공익법인 의무사항의 원활한 이행을 위하여, 2017년 12월 공익법인 회계기준을 발표하였고, 2018년 1월 1일부터 공익법인에 대해서 공익법인 회계기준이 적용하도록 하였다. 또한 2018년 12월 공익법인회계기준 실무지침서가 발표되어, 구체적인 회계처리 방법을 제시하였다. 이처럼 공익법인의 세무 업무환경이 변화되는 상황에, 공익법인 스스로가 과거와는 다르게 의무사항의 철저한 이행을 하여야 한다. 상속세 및 증여세법(이하, 상증세법)은 공익법인이 대가 관계없이 공익성을 목적으로 받는 출연재산 등은 특정 요건을 충족하는 경우에는 과세하지 않고 있다.
법인세법은 비영리법인의 수익사업에 대해서만 과세를 하되, 수익사업에 발생하는 소득에 대해서는 고유목적사업준비금을 설정하는 경우 손금산입하여 일정 부분을 비과세 되도록 하고 있다. 또한 공익법인에 기부하는 법인 또는 개인에게는 일정 범위 내에서 손금산입 또는 소득공제를 하고 있다.
과세관청은 비과세한 소득 등에 대한 사후관리 목적으로 실제로 공익활동을 하지 않거나 의무사항을 위반하는 경우에는 증여세나 가산세 등을 부과하는 제재 등을 하고 있다.

II. 공익법인의 범위

공익법인은 크게 상증세법상 열거된 공익법인과 법인세법상 지정기부금단체등으로 볼 수 있다.

1. 상증세법상의 공익법인

상증세법상 증여세 비과세라는 조세혜택이 부여되는 대상을 ‘공익법인 등’이라고 규정하면서 그 개념을 공익목적 등과 같은 공익성을 기준으로 정하는 것이 아니라 주로 열거하는 공익사업과 주무관청을 허가를 받는 경우를 기준으로 하고 있다.
상증세법은 출연재산의 가액을 과세가액에 미산입하는 공익법인 등을 종교, 자선, 학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자라고 정의한다.
상증세법의 위임을 받은 그 시행령 제12조는 공익성을 고려하여 공익법인 등을 제한적으로 열거하고 있는데, 크게 3가지 유형으로 나뉘어 열거되고 있다.

① 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업이다. 여기서는 유일하게 공익사업이 아니라 특정한 공익성을 기준으로 증여세 특혜를 부여받을 공익법인 등을 정하고 있다. 위와 같이 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 공익목적을 가진 비영리법인, 개인 등을 포섭하는 개념으로 이해한다. ② 설립근거법에 열거된 것들로서, 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업, 사회복지사업법의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업, 의료법에 따른 의료법인이 운영하는 사업이 열거되어 있다. 이는 설립근거법의 취지와 목적을 고려할 때 열거된 법인은 허가를 받아 공익목적사업을 수행을 목적으로 설립되었고 실제 공익목적사업을 실행하도록 하는 여러 제도적 장치들이 구비되어 있는 관계로 공익성이 당연히 충족되었다고 보아 그 사업을 곧바로 공익사업으로 정한 것이다. ③ 법인세법 제24조 제3항에 해당하는 법정기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업, 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 각 목에 의한 지정기부금단체 등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상 민간단체가 운영하는 고유목적사업(제9호), 법인세법 시행령 제39조 제1항 제2 다목에 해당하는 기부금을 받는자가 해당 기부금으로 운영하는 사업을 열거하고 있다.

2. 법인세법상 지정기부금단체

법인세법상 지정기부금 단체 등은 설립근거법이 있거나 특정한 공익 목적의 단체 외에는 아래의 요건을 모두 충족하여 주무관청의 추천으로 기획재정부장관이 지정한 단체이다.

① 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 ② 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접수혜자가 불특정 다수인 경우 ③ 해산하는 경우 잔여재산을 국가 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하는 내용이 정관에 포함된 경우 ④ 인터넷홈페이지가 개설되고 연간 기부금 모금액과 사용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 경우
지정기부금단체는 민법 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인, 비영리외국법인, 협동조합 기본법 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합, 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조에 따른 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관이다.

상증세법 시행령 제12조가 2018년 2월 13일자 개정으로 상증세법상 공익법인 등과 법인세법상의 법정기부금 수령단체와 지정기부금단체를 대체적으로 일치시킴으로써 재산 출연으로 인한 소득공제와 상속세, 증여세 비과세를 대응하도록 하였다.

III. 공익법인의 사후관리

1. 상증세법상의 조세혜택을 받은 공익법인 등에 대한 사후관리체계

상증세법령은 민간에서 수행하는 공익사업을 지원할 목적으로 공익법인에게 다양한 조세 혜택을 제공하는 한편, 공익법인을 통한 조세회피 방지 또는 공익목적 활동을 수행하지 않는 것을 방지하기 위하여 증여세를 추징하거나 가산세를 부과하는 제재를 가하는 사후관리를 하고 있다.
사후관리규정은 아래와 같이 3가지로 구분 될 수 있다.

① 직접사후관리 ② 간접사후관리 ③ 과다 주식보유 제한

2. 직접사후관리

상증세법은(48조 2항 1호)은 공익법인이 재산을 출연 받은 때에는 출연 받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하도록 되어 있다.
직접 공익목적사업 등에 사용이라 함은 다음을 의미한다.

① 출연받은 재산을 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하거나, 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 해당 재산을 수익사업등으로 운용하는 것 ② 출연받은 재산을 해당 공익사업의 효율적인 수행을 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인에 출연하는 경우
출연받은 재산은 공익사업을 수행하는 재원으로서 공익법인이 이를 임의로 장기간 방치하는 것은 조세지원 취지에 맞지 않으므로 출연일로부터 3년이내에 전부 사용하도록 되어있다. 그러나 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상 부득이한 사유 등으로 인하여 3년이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우에는 주무관청등이 인정하는 경우에는 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 자산을 직접 공익목적사업등에 사용해야 한다.

출연받은 재산을 직접 공익목적사업등 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우에는 공익목적사업등 외에 사용하였거나 미사용된 재산가액을 증여가액으로 하여 공익법인에 증여세가 과세된다. 증여세 과세가액 = (①+②) ① 직접 공익목적사업 외에 사용한 재산의 가액
② 3년 이내에 직접 공익목적사업등에 미사용 또는 미달 사용한 재산가액 공익법인이 출연재산을 매각하는 경우에는 그 매각대금을 공익목적사업에 사용하여야 하며, 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90% 이상을 직접 공익목적사업 사용하여야 한다.
사용하지 않는 경우 증여세 규정은 다음과 같다. 증여세 과세가액
= (매각대금의 사용기준금액 × 목적외 사용금액 /매각대금) + 미달사용금액
*) 매각대금에는 증가된 재산이 포함되며 당해 자산의 매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외
**) 사용기준금액 = 매각대금 × 90% 출연재산을 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 30%, 2년 이내에는 60% 이상을 직적공익목적사업에 사용하지 아니한 경우에는 각 비율이 미달하게 사용한 금액의 10%에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

3. 간접 사후관리

상증세법령은 공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적활동에 사용하도록 국가와 시민사회에 그 과정과 결과를 드러내 보이게 함으로써 간접적인 방법으로 관리하는 규정을 두고 있다.

① 공익법인 등이 주무관청에 결산에 관한 서류(재무상태표, 운영성과표)와 출연받은 재산의 명세, 출연재산의 사용계획 및 진도현황, 출연재산의 매각재산 및 그 사용명세, 운용소득사용명세를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 세무서장에게 제출해야 한다. 보고서를 미제출 또는 누락한 경우 미제출분 또는 누락분 금액에 해당하는 상속세액 또는 증여세액의 1%를 가산세로 부과한다. ② 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등의 이사수 1/5를 초과하여 이사가 되거나 임직원이 되지 못하며, 이를 위반하는 경우 관련하여 지출된 직접, 간접 경비 전액에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. ③ 공익법인 등의 총자산가액이 5억 원 이상이거나 해당 사업연도 수입금액과 출연재산가액 합계액이 3억 원 이상인 경우 출연재산 공익목적사업 사용 등에 관하여 2명 이상의 변호사, 공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인을 받고, 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 세무서장에게 보고 하여야 한다. 외부회계감사를 받는 법인, 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 법인 등은 제외된다. 이러한 의무 미이행 시 사업연도 수입금액과 출연재산가액 합계액의 0.07%와 100만원 중 큰 금액을 가산세로 부과한다. 만약 공익법인 등의 총자산가액이 100억 원 이상인 경우 감사인이 작성한 감사보고서를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 세무서장에게 제출하여야 한다. 종교 및 교육사업을 영위하는 공익법인은 제외되고, 미이행 시 가산세 등 제재규정이 없다. ④ 공익법인 등이 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우 직접 공익목적사업용 전용계좌를 개설, 사용하여야 한다. 종교사업 영위 법인은 제외된다. 전용계좌 미사용 시 전용계좌 미사용액의 0.5%를 가산세로 부과하고, 전용계좌 미개설 시에는 공익목적사업 관련 수입금액의 0.5%와 전용계좌 사용의무대상 거래금액 합계액의 0.5% 중 큰 금액을 가산세로 부과한다. ⑤ 공익법인 등(총자산가액이 5억 원 이상이거나 해당 사업연도의 수입금액과 그 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억 원 이상)은 결산서류 등(재무상태표, 운영성과표, 기부금 모집 및 지출 내용 등)을 과세기간 도는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청 인터넷 홈페이지에 게재하는 방법으로 공시하여야 한다. ⑥ 공익법인 등은 출연받은 재산 및 공익사업 운용 내용 등에 관한 장부를 작성하여 그 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치하여야 하고, 이를 10년간 보존하여야 한다.

4. 과다 주식보유 제한

공익법인 등에 대한 주식 출연이 편법증여의 수단이 되거나 공익법인 등의 지주회사화를 방지하기 위하여 의결권 있는 주식의 취득, 보유 등에 관하여 일정한 제한을 두고 있다.

공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분을 출연 받거나 출연받은 재산으로 내국법인의 의결권 있는 주식 등 취득하는데 사용하는 경우 출연 받거나 취득한 주식 등과 이미 보유하고 있는 동일 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분 제외) (5%, 10%, 20%)에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액은 증여세 과세가액에 산입한다.
공익법인 등이 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인 등은 제외)로서 그 내국법인의 주식 등의 가액이 해당 공익법인의 총 재산가액의 100분의 30 (외부회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등은 100분의 50)을 초과하는 경우에는 가산세를 부과한다.


기준일(취득일등)에 공익법인이 동일한 내국법인의 주식을 5%(10%, 20%)초과하여 보유하는 경우에는 초과부분을 증여세 과세가액에 산입하여 증여세를 과세한다.
하지만 다음의 경우에는 증여세를 과세를 제외한다.
① 지분율 20%까지 과세제외 (아래 요건 모두 충족 시 적용)
i) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않은 성실공익법인 등
ⅱ) 출연받은 주식의 의결권을 행사하지 않을 것(공익법인 정관에 규정)
ⅲ) 자선·장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것 *) 2018.1.1. 이후 출연 받거나 취득하는 분부터 적용
② 지분율 한도 없이 과세제외 (아래 중 하나에 해당시 적용) i) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않은 공익법인 등(성실공익법인 또는 국가ㆍ지방자치단체가 출연)이 그 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 출연 받고 주무관청이 공익법인의 목적 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우 *) 2001. 1. 1. 이후 최초로 상속세 또는 증여세를 결정하는 분부터 적용
ⅱ) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않은 성실공익법인 등이(공익법인등이 설립일부터 3개월 이내에 주식 등을 출연 받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 성실공익법인 등이 되는 경우 포함) 발행주식총수 등의 100분의 10을 초과하여 출연받은 경우로서 초과보유일로부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 주식 등의 출연자 또는 그의 특수관계인^* 이외의 자에게 매각하는 경우 * 출연자와 상증령 §2의2 ①의 어느 하나의 관계에 있는 자 *) 2011. 1. 1. 이후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하는 분부터 적용 추가적으로 성실공익법인의 요건은 다음과 같다. ① 운용소득의 80%이상을 직접 공익목적사업에 사용
② 출연자와 그 특수관계인이 이사 현원 1/5를 초과하지 않음
③ 외부감사
④ 전용계좌 사용
⑤ 결산서류 공시
⑥ 장부작성 비치
⑦ 자기내부거래 금지
⑧ 특수관계법인 광고 금지 등
<주식 5% 초과 취득 판단시기> ◎ 전환사채를 주식으로 전환하는 경우
공익법인이 보유하던 전환사채를 주식으로 전환하는 경우 주식 취득비율(5%,10%) 초과 여부는 주식전환일을 기준으로 판정함(서면법규과-419, 2013.04.12.). ◎ 감자결의 시 주주명부 폐쇄일 기준으로 주식 초과 보유 여부 판정
공익법인등이 보유하고 있는 주식을 발행한 내국법인이 주주총회에서 감자결의한 주식수는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제1항의 발행주식총수에 포함되지 아니하는 것이며, 공익법인 등의 주식보유비율 초과여부 판정은 감자를 위한 주주총회결의일이 속하는 연도의 주주명부 폐쇄일로 하는 것임 (재산-934, 2010.12.13.). <주식 5% 등 초과 취득에 대한 증여세 과세> ◎ 2개의 일반 공익법인과 1개의 성실공익법인이 보유한 내국법인인〔갑〕법인 주식의 지분율 합계가 5%인 상황에서 현물출자로 인하여 동시에 〔갑〕법인 주식을 추가로 취득하는 경우, 2개의 일반공익법인이 해당 주식을 취득한 날 현재〔갑〕법인 보유지분율이 증가하지 않은 경우에는 증여세가 과세되지 아니함(상속증여세과-380, 2014.10.02.). ◎ 2개의 일반공익법인과 1개의 성실공익법인이 보유한 동일한 내국법인 주식의 지분율 합계가 5%인 상황에서 동시에 주식을 추가로 취득하여 지분율이 증가하는 경우 일반공익법인이 추가로 취득하는 주식에 대하여는 증여세가 과세되고, 성실공익법인이 추가로 취득하는 주식은 추가로 취득하는 주식의 지분율 5%까지는 증여세가 과세되지 않음(서면법규과-557, 2014.05.30.). ◎ 공익법인등이 주식을 취득하는 경우 증여세 과세가액 불산입 해당 여부
공익법인이 93. 12. 31. 이전부터 동일 내국법인의 주식을 5% 초과하여 보유하고 있는 상태에서 그 법인의 유상증자에서 새로운 주식을 취득하는 경우 증여세를 부과하는 것임(상속증여세과-591, 2013.10.31.). ◎ 우선주의 보통주 전환 시 전환일 현재의 시가상당액을 기준으로 증여세 과세 공익법인이 보유한 내국법인 발행 우선주를 보통주로 전환함으로써 그 전환한 날이 속하는 사업연도의 주주명부폐쇄일(주식회사외의 회사의 경우에는 사업연도의 종료일)을 기준으로 당해 공익법인 보유주식이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5%를 초과하게 된 경우에는 그 초과분에 대하여 전환일 현재의 시가상당 액을 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세하는 것임(서면4팀-3004, 2007.10.18.). ◎ 5% 초과 시 지분율 변동유무에 불구하고 증여세 과세
93.12.31.현재 동일종목의 주식을 5%를 초과하여 소유하고 있는 공익법인이 94. 1. 1. 이후 유상증자에 의하여 새로이 주식을 취득하는 경우에는 주식지분율이 5% 미만으로 떨어지지 않는 한 지분율 변동유무에 불구하고 5% 초과지분의 증자 금액에 대하여 증여세가 과세됨(재삼 46014-872, 1996.04.03.).

IV. 요약

고유목적사업 관련하여 공익법인 따라야 할 사항은 다음과 같다. ㆍ출연재산을 3년 내 직접공익목적으로 사용
ㆍ출연재사 매각대금을 1년 내 30%, 2년 내 60%, 3년 내 90% 이상 직접공익목적에 사용
ㆍ출연재산 운용소득을 1년 이내에 70%이상 직접공익목적에 사용
ㆍ내국법인 주식은 발행주식총수의 5%(성실공익법인은 10%, 20%) 이하 취득 및 보유
ㆍ출연자 또는 그 특수관계인의 이사(1/5초과) 및 임직원 취임제한
ㆍ특정기업 광고 등 금지
ㆍ특수관계인간 부당 내부거래 금지
ㆍ특정계층에만 공익사업의 혜택 제공 금지
ㆍ공익법인 해산이 잔여재산 국가 등에 귀속 수익사업관련 법인세의무사항은 다음과 같다. ㆍ수익사업에 대한 법인세 신고납부 의무
ㆍ고유목적사업준비금 손금산입(50%, 80%, 100%)
ㆍ이자소득에 대한 법인세 신고특례
ㆍ자산양도소득에 대한 과세특례 공익법인의 납세협력의무는 다음과 같다. ㆍ공익법인 출연재산등에 대한 보고서 제출의무
ㆍ공익법인 결산서류 공시의무
ㆍ장부의 작성비치의무
ㆍ외부전문가의 세무확인 및 보고의무
ㆍ외부, 회계감사를 받아야할 의무
ㆍ공익목적사업용 전용계좌 개설, 사용의무
ㆍ공익법인 등의 회계기준 적용의무
ㆍ기부금영수증등 발급내역 보관, 제출의무
ㆍ(세금)계산서합계표 등 자료제출의무