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1. 의의

지방세 특례는 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함) 등을 말한다. 지방세 당국에서는 지방세특례를 정함에 있어서 목적의 공익성, 지방자치단체 사무와의 연계성, 국가의 경제·사회정책에 따른 지역발전효과 및 지역균형발전에의 기여도 등을 감안하여 정하게 된다. 지방세특례는 과세원칙에 대한 예외인 만큼 엄격하게 해석하고 운영한다. 따라서 당초 지방세 특례 취지에 부합하게 사용하는지 여부를 사후 관리하게 된다. 지방세특례제한법 제181조에서는 무분별한 감면 등을 방지하고 억제하기 위해 지방세 특례의 사전·사후관리를 규정하는 입법적 관리제도를 두고 있다.

또한 개별 지방세 특례조문에 따라 지방세 감면을 받은 납세의무자에 대하여도 사후 관리를 하게 된다. 지방세 특례에 관한 조문의 형식은 통상적으로 『---한 경우에는 지방세를 감면한다. 다만 취득후 유예기간(1년) 내에 정당한 사유 없이 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면세액을 추징한다』라고 규정하고 있다. 그리고 지방세관계법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다. 산출세액은 취득세를 경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외)을 공제한 세액을 말한다. 따라서 납세의무자가 당초 취득으로 인하여 감면을 받았으나 감면 조건을 이행하지 아니함에 따라 추징대상에 해당되는 때에는 이를 신고납부하여야 한다. 추징대상인 경우 납세의무자가 추징 기산일로부터 60일 이내 신고납부를 하지 아니하는 경우에는 무신고가산세와 납부지연가산세를 부과하게 된다(지방세법§20③).

그러나 납세자가 당초 감면받을 당시 감면조건을 위배하여 감면추징사유가 발생하더라도 당초 감면조건을 이행할 수 없는 불가항력적인 사유 등 정당한 사유가 발생한 경우에는 감면세액을 추징당하지 아니하게 된다. 그런데 지방세를 감면 받은 후 유예기간내 정당한 사유가 발생하여 감면 추징을 면하게 되더라도, 감면 추징 배제사유인 정당한 사유가 소멸한 이후에는 또다시 감면추징사유 기산일이 진행하는 것인지 여부가 쟁점이다. 이 경우 지방세 감면 추징사유 기산일을 언제로 볼 것인지 여부와 정당한 사유의 범위에 대해 분석하고, 감면 추징시 신고납부의무를 어떻게 이행할 것인지를 살펴보고자 한다.

2. 당초 처분과 감면 추징사유의 기산일

(1) 당초처분과 추징처분과의 관계 : 각각 별개의 처분

당초 처분은 부동산을 취득하는 등 납세의무가 성립함으로써 발생하게 된다. 이 경우 납세의무자는 취득일로부터 60일 이내 신고납부하여야 한다. 그러나 취득세를 감면받은 경우에는 유예기간 내에 당초 취득시 감면 취지에 따라 직접 사용하지 아니할 경우 당초 감면을 배제하고 추징하게 된다. 따라서 추징처분은 당초 처분에 대한 수정신고로서의 성격이 아니라 별개의 처분에 해당한다. 즉, 추징은 일단 감면 요건에 해당하면 그 세액을 감면한 후에 당초의 감면취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것이다[(대법원2002두516, 2003.9.26.) 등 참조]. [판례] 감면 추징처분의 성격과 요건(대법원99두11677, 2001.3.9.)

추징처분은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 해당 법에서 규정한 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없음.

(2) 추징사유 발생과 추징기산일 유형

(가) 원칙 : 유예기간 종료일 익일

정당한 사유가 없는 한 감면 추징에 대한 기산일은 유예기간 종료일 익일이 된다. 납세의무자에게 해당 부동산 등을 고유목적사업에 직접 사용할 수 있는 기간을 부여하여야 하고, 그 유예기간을 부여하였음에도 불구하고 유예기간내에 사용하지 아니한 경우에는 유예기간 종료일의 익일을 추징기산일로 하게 된다[(대법원2024두35170, 2024.5.30.) 참조].

그리고 특수한 형태의 취득인 연부취득의 경우 매 연부금 지급일을 취득일로 보나, 감면을 받은 경우에는 매 연부금 지급일로부터 각각의 유예기간을 산정하는 것이 아니라 최종 연부금 지급일로부터 유예기간을 산정하게 된다. 따라서 연부취득의 경우 최종 연부금 지급일로부터 기산하여 산정한 유예기간종료일의 익일이 추징기산일에 해당하는 것이다[(대법원2023두39939, 2023.8.31.) 참조].

[도표1] 연부취득시 감면 추징기산일 [판례] 추징사유 발생일과 부과제척기산일(대법원2024두35170, 2024.5.30.)

조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립한다[(대법원97누9253, 1997.10.14.) 판결 등 참조]. 한편 지방세법 규정에 의하여 면제된 취득세 등의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간의 경과도 포함된다고 할 것이므로, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 유예기간이 경과한 날이 된다[(대법원2006두11781, 2009.3.12.) 판결 등 참조]. 이 경우 법정신고기한은 추징 사유 발생일부터 30일 이내라고 할 것이고, 이때부터 5년 이내에 경정청구를 할 수 있다.

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[판례] 연부취득의 취득일과 추징기산일(대법원2023두39939, 2023.8.31.)

소송요건인 제소기간의 준수 여부는 법원의 직권조사사항으로서 취소소송의 대상이 되는 개개의 처분마다 독립적으로 판단하는 것이 원칙이다[(대법원2014두1260, 2016.11.9.) 판결 등 참조]. 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제3항 본문에 따라 관광진흥법상 호텔업을 하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 원고의 계약보증금 지급에 따른 연부취득에 대하여는 중과세율의 적용이 배제되고 달리 위 규정의 단서 제1호에서 정한 추징사유도 발생하지 않았다고 보아 이 사건 거부처분의 계약보증금에 관한 부분 중 취득세 표준세율을 초과하는 취득세 부분과 관련 지방교육세 부분은 위법하다(대법원2023두39939, 2023.8.31.). 지방세법 시행령 제20조 제5항은 ‘연부로 취득하는 것은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다.’라고 규정하고 있으나, 위 규정은 조세채권의 조기인식을 위하여 특례를 둔 것으로서 함부로 확장해석할 수 없고, 토지의 성질상 연부금에 상응하는 부분으로 분할하여 사용할 수는 없으며 전체를 일괄 사용하여야 하는 점을 감안하면, 구 지방세특례제한법 제54조 제3항의 취득세 중과 유예기간의 기산일은 원칙적으로 연부대금을 완납한 때이고, 그 대금완납 전에 소유권이전등기를 한 때에는 그 등기일이라고 봄이 상당하다[(대법원2003두3857, 2005.6.24.) 판결 참조]. 연부취득의 경우 잔금지급일을 취득일로 보는 일반적인 취득과 달리 각 연부금 지급일에 그 지급액 상당만큼을 취득한 것으로 보아야 하므로, 각 연부금 지급일 당시 법령이 적용되어 아래와 같이 중과세가 배제되거나 취득세 등이 경감되어야 한다.

(나) 수시 추징사유 발생일

이러한 지방세 감면규정은 감면정책목적을 위한 조세감면 및 사후관리를 위한 추징이라는 형식의 전형적인 조건유보부 감면조항이라고 할 수 있다. 따라서 일단 지방세특례제한법상의 감면규정에 따라 취득세 면제요건에 해당하였다고 하더라도 사후적으로 단서의 추징요건이 발생하게 되면 유보된 조건의 성취로 인하여 당초의 취득세 면제사유에 해당하지 않게 된다[(대법원2016두38730, 2016.7.7.) 참조]. 위에서 본 바와 같이 원칙적인 감면추징기산일은 유예기간 종료일 익일에 해당하나, 유예기간이 경료되기 이전이라도 매각·증여¹⁾ 등 소유권을 이전하거나 목적사업에 직접사용하지 아니하고 당초 감면 용도이외 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면추징하는 규정을 두고 있다. 2) [지방세특례제한법] 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8의2. “매각·증여”란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 소유권 이전은 제외한다.

3. 감면추징 배제와 정당한 사유의 범위

(1) 정당한 사유의 의미

감면된 취득세에 대한 추징 제외사유로서의 ‘정당한 사유’는 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다. 그러나 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다[(대법원2022두36049, 2022.6.16.) 참조].

정당한 사유의 유형은 크게 법인의 외부사유와 내부사유로 구분할 수 있으나 실제에 있어서는 구체적 개별사안별로 상이하기 때문에 실무처리에 있어서는 개별 사안별로 판단할 수밖에 없는 것이며 이에 대한 해석사례가 많이 있는 편이다. 대표적으로, 정당한 사유를 판단함에 있어서 건축공사에 착공한 때에는 별도의 규정이 없더라도 판례 등을 고려할 때 당해 사업에 사용하기 위한 정당한 사유가 있는 경우로 인정하고 있으며, 그 시기는 건축물의 건축공사를 착공한 때(착공일이 분명하지 아니한 때에는 착공신고서 제출일을 착공일로 봄)로부터 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 본다. 다만 건축공사에 착공한 후 정당한 사유없이 건축공사를 중단하였다면 정당한 사유가 그때부터 없는 것으로 보는 것이다.

(2) 최근 정당한 사유로 인정한 판례

[판례] 노인복지시설의 직접사용과 정당한 사유(대법원2023두62441, 2024.3.14.)

쟁점 부동산의 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 노인요양시설 용도로 직접 사용하지 않은 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당함. 당초 사우나, 찜질방으로 사용되어 다수가 점유 중이어서 점유 이전에 시간이 걸리고, 그 철거 규모도 커서 노인요양시설로 용도를 변경하는 데에 많은 시간이 걸릴 수밖에 없는 점, 원고는 용도변경 허가를 받기 위해 필요한 노력을 하였고, 원고의 귀책사유로 인하여 용도변경이 지연되었다고 볼 만한 사정을 찾을 수 없는 점, 원고는 용도변경설계가 확정된 이후 바로 공사에 착공하였고, 이 사건 부동산의 취득 후 1년 내에 사용승인까지 신청한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 원고는 노인요양시설을 완공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 사업의 규모, 법령상 제한에 따른 협의 절차 이행 등으로 인하여 유예기간을 경과하여, 쟁점 부동산의 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있다.

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[판례] 의료법인의 직접사용하지 못한 정당한 사유(대법원2022두48721, 2023.8.18.)

정당한 사유라고 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다[(대법원2017두42293, 2017.8.18.) 판결 등 참조]. 부동산을 의료업이 아닌 다른 목적이나 용도로 사용하는 것은 사실상 불가능하고 이 사건 부동산에 종합병원을 건축하는 데에 상당한 시간이 소요되며 원고가 종합병원을 건축하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 원고가 마음대로 할 수 없는 다양한 사유로 유예기간을 경과하였다는 등 판시와 같은 이유로, 부동산을 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다.

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[판례] 농업경제지주회사의 추징사유와 정당한 사유(대법원2023두30413, 2023.4.13.)

각 토지를 취득한 이후 이 사건 사업을 정상적으로 추진하였으나, 법령에 의한 금지, 제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유 및 공기업으로서 준수하여야 하는 관계 법령에 따른 절차를 진행하기 위한 내부적 사유 등으로 부득이하게 유예기간 내에 이 사건 사업을 완료하지 못한 것으로 보이므로, 원고에게는 이 사건 추징규정에서 정한 ‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하고, 이 사건 사업 과정에서 도로공사의 진행 상황이나 관련 법령의 개정 경과 등을 미리 파악하지 못한 데에 다소간의 과실이 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 ‘정당한 사유’가 부정된다고 볼 수는 없음

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[판례] 매매계약해제와 정당한 사유 판단(대법원2021두60977, 2022.3.31.)

취득세 추징사유인 이 사건 조례 제8조 단서 제1호는 그 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과한 경우뿐만 아니라 재산을 취득한 후 정당한 사유없이 당해 사업에 사용하지 않은 채 2년 이내에 이를 타에 매각처분하는 등으로 당해 사업에 사용하지 아니하게 된 경우도 포함하는 취지라고 봄이 타당하다[(대법원2005두4212, 2006.2.9.) 판결 참조]. 감면된 취득세 및 지방교육세의 추징처분을 예상하고 이 사건 매매계약을 취소하였다고 볼 만한 사정이 보이지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 고용우수기업의 사업 등에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다[(대법원2005두4212, 2006.2.9.) 판결 등 참조].

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[판례] 산업단지 분양자의 직접사용과 정당한 사유(대법원2022두47063, 2022.11.17.)

사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 취득하여 취득세를 감면받은 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 취득일을 기준으로 기산하여 판단하여야 한다. 토지를 취득한 2015. 3. 18.부터 3년의 유예기간이 경과한 2018. 3. 18.까지 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 이상, 2016. 6. 30.부터 2018. 3. 18.까지 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에도 정당한 사유가 있는지 여부를 심리하여 적법 여부를 판단하였어야 한다.

4. 정당한 사유 존속기간과 감면추징 사유 기산일의 관계

(1) 추징사유 발생과 신고납부 기산일

지방세 감면 조건으로 의무사용기간을 추가로 부여하는 조문이 있는 경우에는 그 의무사용기간도 추징요건으로 판단하여야 한다. 즉 유예기간 종료일 현재 정당한 사유가 지속되어 추징을 할 수가 없다고 하더라도 의무사용기간을 이행하여야 추징대상에서 제외되는 것이다. 지방세 감면의 유예기간 중에는 추징을 할 수가 없고, 의무사용기간을 별도의 추징사유로 두고 있는 경우 유예기간이 종료한 이후 그 의무사용기간을 충족하지 아니하였다면 추징대상에 포함된다고 할 것이다. 추징사유가 발생한 경우 그날을 기준으로 신고납부를 하여야 하므로 해당일이 추징대상에 대한 신고납부 기산일이 된다.

[도표2] 의무사용기간과 감면추징기산일 유형

(2) 유예기간중 정당한 사유 존속기간과 신고납부 기산일

감면 유예기간 이내에 불가항력적인 정당한 사유가 발생하였으나 유예기간 중에 소멸한 경우나 취득일 이전부터 정당한 사유가 발생하였으나 유예기간중에 소멸한 경우 정당한 사유의 존속 여부에 불구하고 추징 판단시점은 유예기간 종료일을 기준으로 한다. 이는 기 감면된 취득세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간(1년, 3년)의 경과도 포함되기 때문이다[(대법원96누14494, 1997.7.11.) 등 참조].

취득주체가 부동산을 취득한 날로부터 유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도 추징기산일은 부동산 취득일로부터 유예기간종료일이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 새로이 유예기간(1년, 3년)이 경과한 날이 되는 것은 아닌 것이다[(대법원2003다66271, 2005.5.27.) 참조]. 이는 정당한 사유가 소멸한 때로부터 새로이 유예기간이 기산된다고 본다면, 정당한 사유가 소멸한 때로부터 당초 유예기간의 종료일까지의 기간에는 납세자에게 정당한 사유가 존재하지 않음에도 부당한 혜택이 주어지는 것으로 불합리하기 때문이다[(대법원2021두58059, 2024.5.30.) 참조].

[도표3] 정당한 사유 존속기간과 감면 추징기산일 [판례] 추징사유 기산일과 정당한 사유와의 관계(대법원2021두58059, 2024.5.30.)

(1) 경정청구제도는 객관적으로 존재하는 진실한 세액을 초과하여 착오 등으로 과다신고․납부한 경우에 이를 시정하거나 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액 등의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 납세의무자의 이익을 위하여 그러한 사정을 반영하여 시정하게 하는 법적 장치로서, 지방세에는 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 지방세기본법이 제정되면서 도입되어 제51조에 경정청구에 관한 규정이 신설됨. 취득세 등 납세의무 성립일은 모두 2011. 1. 1. 이후이므로 원고에게 지방세기본법상 경정청구권이 인정됨

(2) 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고[(대법원92누8934, 1993.4.27.) 판결 등 참조], 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적․구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다[(대법원2008두8147, 2010.10.14.) 판결 등 참조].

(3) 구 지방세특례제한법 제41조 제1항 본문에 따라 취득세·등록세가 비과세 또는 면제된 부동산에 대하여 쟁점 추징사유를 근거로 취득세·등록세를 부과할 수 있는지 여부는 위 부동산의 취득일․등기일부터 3년 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 인정되는지에 따라 판단하여야 하고, 3년의 유예기간 기산일을 법문과 달리 ‘취득일․등기일’이 아니라 ‘정당한 사유가 소멸한 날’로 볼 수는 없다.

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[판례] 정당한 사유 소멸과 추징사유 기산일(대법원2003다66271, 2005.5.27.)

취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 그 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 1년의 경과도 포함된다고 할 것이므로[(대법원96누14494, 1997.7.11.) 등 참조], 법인이 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 1년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 1년이 경과한 날이 되는 것은 아니라고 할 것이다.

5. 결어

지방세 추징처분은 당초처분과 별개의 처분이기 때문에 이를 당초처분에 대한 수정신고 대상으로 볼 수 없다. 당초처분은 과세요건성립으로 발생하는 반면 추징처분은 기감면된 추징세액에 대한 추징요건이 성립한 경우 발생하기 때문이다. 다만, 당초 감면취지와는 달리 유예기간중에 추징사유가 발생한 경우라고 하더라도 감면목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 발생한 경우에는 추징사유에 해당하지 아니한다. 그런데 그동안 감면추징 배제사유인 정당한 사유가 소멸한 경우에는 그 날을 기준으로 추징기산일로 보아 신고납부하여야 하는지 여부가 논란이 되어 왔다. 정당한 사유가 유예기간중에 발생하여 유예기간 종료일 이전에 소멸한 경우에는 정당한 사유 소멸일을 기준으로 다시 유예기간이 진행되는 것이 아니라 당초 취득일을 기준으로 산정된 유예기간을 종료일을 기준으로 추징기산일로 판단하는 것이다. 그러므로 유예기간 종료일 이전에 정당한 사유가 소멸한 경우 해당 추징세액은 유예기간종료일을 기준으로 60일 이내 신고납부하여야 하는 점을 유념하여야 할 것이다.(끝)