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일반적으로 사업자를 대상으로 하는 세무조사는 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 모든 세목을 조사하는 통합조사 형태로 이루어집니다. 그 중 부가가치세는, 특히 세금계산서 가 관련된 이슈에 있어서는 조사를 받는 본인뿐만 아니라 거래상대방에게까지 여파가 미치게 되므로 상당한 주의를 요합니다.

이하에서는 세무조사시 쟁점이 될 수 있는 부가가치세 이슈 중, 매수인이 기존 건물을 철거하고 부속토지만 이용할 목적으로 기존 건물과 부속토지를 일괄매수하는 경우의 공급가액 안분계산 문제에 대하여 설명드리겠습니다.¹⁾

가정

설명의 편의를 위하여 다음과 같은 상황을 가정해 보겠습니다. ㅇ 사업자 甲은 다른 사업자 乙에게 아래의 부동산을 일괄매각하기로 함. 乙은 매수 즉시 해당 건물을 철거하고 새 건물을 신축하여 본사 사옥으로 사용할 예정임. 甲과 乙은 협상을 거쳐 총 매매대금을 500억원으로 하되 乙에게 건물은 사용가치가 없으므로 전부를 토지의 대금으로 정함.

구분	甲의 취득가액	계약당시 현황		매매대금
		甲의 장부가액	감정평가가액
토지	300억원	300억원	515억원	500억원
건물	100억원	40억원	45억원	-
합계	400억원	340억원	560억원	500억원

공급자 입장에서의 이슈 : 건물분 매출세액 누락

부가가치세법 제29조 제9항 제2호는, 납세자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 감정평가액 등에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상의 차이가 있는 경우에는 감정평가가액 또는 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있습니다(이하 “30%룰”).

그렇다면, 甲의 토지, 건물 공급가액은 다음과 같이 계산될 것입니다.


즉, 공급가액 합계는 같지만, 면세대상인 토지의 공급가액은 40억원이 과다하게, 과세대상인 건물의 공급가액은 40억원이 과소하게 산정되었으므로, 결과적으로 甲은 부가가치세 4억원을 과소하게 신고납부한 셈이 됩니다. 더구나, 甲은 乙에게 토지분 500억원에 대한 계산서만 발급하였을 뿐 건물분 세금계산서는 발급하지 않았을 것이므로 乙로부터 해당 부가가치세를 거래징수하는 것도 불가능합니다(민사상의 청구 가능성은 논외로 함).

그런데, 위의 부가가치세법 제29조 제9항 제2호는 ‘자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지’를 목적으로 2018. 12. 31. 신설된 조항으로서, 부칙 규정에 따라 2019. 1. 1. 이후 공급분부터 적용됩니다.

참고로, 2018. 12. 31. 이전 공급분에 대해서도 매수인이 해당 건물을 철거할 것임이 명확하지 않은 등의 사정이 있는 경우에는, 구 부가가치세법 제29조 제9항 본문(토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우)을 적용하여, 위와 동일한 방식으로 과세한 사례가 있습니다. 의정부지방법원 2021. 12. 7. 선고, 2020구합14781 판결의 판시내용을 보면, 이 사안을 대하는 과세당국의 입장이 잘 드러나 있음을 알 수 있습니다. ㅇ(중략) 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 매도하는 경우, 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것인바, 만일 매수인이 장차 지상 건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액(예컨대, 0원)으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 등으로 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 된다.(중략) [(의정부지법2020구합14781, 2021.12.7.) 판결]. 즉, 2018. 12. 31. 이전 공급분에 대해서는 매수인 단계의 사정 등을 고려하여 과세가 이루어지는 반면에, 2019. 1. 1.부터 2021. 12. 31.까지의 기간에 이루어지는 공급분에 대해서는 매수인의 사정과 관계없이 30%룰에 위배되면 바로 과세될 가능성이 높습니다. 과세당국의 유권해석도 같은 취지로 생산되고 있습니다. ㅇ 사업자(이하 “양도인”)가 2019.1.1. 이후 토지와 그 토지에 정착된 사업용 건물을 일괄 양도함에 있어 매매계약상 건물가액은 없는 것으로 하고 양수인이 잔금 지급일 또는 소유권이전등기일 전에 양도인의 승낙을 받아 건물을 철거하기 시작한 경우에도 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 가액이 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 제29조제9항에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 것임.[(사전법령부가-544, 2020.08.24.), (서면법령부가-4052, 2021.06.29) 등 다수]

공급받는 자 입장에서의 이슈 : 토지 관련 매입세액 불공제

일반기업회계기준(제10장 ‘유형자산’ 문단 10.13.)에 따르면, 새 건물을 신축하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 기존 건물의 철거 관련 비용에서 철거된 건물의 부산물을 판매하여 수취한 금액을 차감한 금액은 토지의 취득원가에 포함하여야 합니다. 또한, 소득세법(기본통칙 33-67…1)과 법인세법(기본통칙 23-31…1)에 따르면, 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 자본적 지출로 해야 합니다.

따라서, 乙은 일괄매매대금 500억원 전액과 기존 건물 철거에 추가로 소요될 비용을 모두 토지의 취득원가로 계상하게 됩니다. 그렇기 때문에 건물 대금을 0, 토지 대금을 500억으로 정한 것은 乙의 입장에서는 합리성이 인정될 수 있다고 생각됩니다.

위 사례에서는 건물 대금을 0으로 하였기 때문에 乙이 거래징수 당한 부가가치세(매입세액)가 없었는데, 만약, 양 당사자가 감정평가가액에 따라 안분계산한 금액을 기준으로 토지와 건물 대금을 정하였다고 가정한다면 乙은 甲으로부터 세금계산서를 수취하면서 4억원의 매입세액을 거래징수 당하였을 것입니다. 그렇다면, 乙은 매입세액 4억원을 공제받을 수 있을까요?

부가가치세법 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 제2호에 따르면, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 ‘토지에 관련된 매입세액’에 해당되어 공제대상이 아닙니다.

위 규정의 취지에 관한 법원의 판시 내용을 살펴보겠습니다. ㅇ 토지 관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되기 때문[(대법원2007두20744, 2010.1.14.) 판결 등 참조]
ㅇ 매입세액 불공제대상으로서 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’에서의 ‘토지만을 사용하는 경우’라 함은 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함한다고 할 것임[(대법원2007두2524, 2008.2.1.) 판결 등 참조]
ㅇ 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거한 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용이 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’로서 필요경비로 인정받기 위해서는 취득 후 단시일 내에 건축물의 철거에 착수하는 등 당초부터 건축물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 그 지상 건축물을 매수한 것이었음이 명백할 것이 요구되는바[(대법원89누53, 1990.1.25.) 판결, (대법원92누7399, 1992.9.8.) 판결], 부가가치세법 시행령 제80조에서 규정하고 있는 매입세액 불공제 요건인 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’ 역시도 마찬가지로 해석되어야 할 것임[(서울행법2016구합68649, 2017.3.24.) 판결 참조] 그런데, ‘당초부터 건축물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 그 지상 건축물을 매수한 것이었음이 명백한 경우’에 해당되는지 여부의 판단은 간단한 일이 아닙니다. 아래 사례에서 보는 바와 같이, 취득 후 단기간 내에 신건물 신축을 위한 행위에 착수한 경우에는 대체적으로 ‘토지만을 이용할 목적’으로 판단하였으나, 일부는 개별적이고 특별한 사정을 이유로 들어 ‘토지만을 이용할 목적으로 보기 어렵다’고 판단한 사례도 있어, 명확한 판단 기준이 정립되어 있다고 보기는 어렵습니다. ㅇ (부산지법2021구합21607, 2021.9.17.) 판결 : 불공제 대상(토지만 이용) - 2016.8.5. 매매계약, 2017.3.15. 잔금청산 및 소유권 이전등기 - 2016.8.6. 신축사업과 관련한 컨설팅계약 체결 - 2017.1.26. 관할구청에 신축사업 관련 건축위원회 심의 신청 - 2017.2.23∼2017.5.31. 쟁점건물 임차인 중 임대기간이 남아 있는 임차인 전원에게 보상금을 지급하고 계약종료일 이전에 해지하기로 합의 - 2017.11.16. 주택건설사업계획 승인, 2017.12.11. 쟁점건물 철거공사 계약 체결
ㅇ (부산지법2011구합6357, 2012.10.25.) 판결 : 불공제 대상(토지만 이용) - 2008.5.29. 매수 - 2008.9.9. 관할구청에 공장건물 신축을 위한 건축신고 - 2008.10.9. 쟁점건물 철거 - 쟁점건물에 대한 화재보험 가입(보험가입기간 : 2008.8.29.∼2008.10.29.) - 쟁점건물을 공동담보로 대출을 받았으나 대출기간이 4개월에 불과
ㅇ (조심2018서2250, 2019.6.13.) :불공제 대상(토지만 이용) - 2015.5.31. 매매계약, 2015.10.8. 소유권 이전등기 - 2015.10.8. 쟁점건물을 부동산임대사업장으로 하여 지점 등록 - 2016.1.12. 관할구청에 건물 신축허가 신청, 2016.5.20. 건축허가 - 쟁점건물의 기존 임대차계약을 승계하여 철거 전까지 임대(2015.10.8.∼2016.6.15.)(기존계약 2011.12.23.～2016.12.22. → 변경 2015.10.8.∼2016.10.7. → 조기 퇴거)
ㅇ (서울행법2016구합68649, 2017.3.24.) 판결 : 공제 대상 - 2014.4.28. 매수(토지 848억원, 건물 87억원, 합계 935억원) - 2014.4.30.～2014.12.19. 쟁점건물을 매도인에게 임대(보증금 31억, 월세 합계 35억) - 2014.4.30. 신건물 신축공사 계약 체결 - 2014.12.30. 쟁점건물 철거 신고, 2015.1.5.～2015.9.30. 쟁점건물 철거 - 쟁점건물이 1979년 준공, 2000년 대수선 이후 지속적으로 보수·관리되어 왔고, 매매계약 당시 매도인 외에도 다수의 임차인들이 사무실로 사용하고 있었으며, 원고의 주된 사업은 부동산임대를 통한 투자수익 분배로서 매매계약 체결 이후 36억원의 임대수익에 대해 부가세 신고납부후 투자자에게 분배한 점 등을 감안
ㅇ (조심2018서1596, 2018.12.24) : 공제 대상 - 2014.9.26. 매매계약, 2015.9.25. 취득 - 2015.9.26.부터 9개월간 쟁점건물 임대 - 2016.6월경. 쟁점건물 철거 시작 - 궁극적으로 부동산 개발사업을 추진할 목적으로 취득한 것이기는 하나, 인허가에 3년 가량이 소요될 것으로 예상하고 쟁점건물을 임대업에 사용할 계획이 있었음. 이후 사정 변경으로 개발사업의 조기 착공이 가능할 것으로 예상하여 쟁점건물을 조기 철거한 점 등을 감안
ㅇ (조심2016중341, 2016.05.19) : 공제 대상 - 2013.6월 취득하여 2014.8월까지 임대 - 2014.8월 철거 후, 2015.3.24. 관광호텔 신축 - 쟁점건물을 3개 과세기간 임대에 공하였고, 쟁점건물 취득시부터 관광호텔 신축을 시도하기는 하였으나 관련 법의 제약으로 순조롭게 진행되지 아니하다가 한시적 특별법에 따른 조례 변경으로 건축허가를 취득하여 철거한 것이므로, 당초 취득시 반드시 쟁점건물을 철거할 수밖에 없었다고 보기는 어려움

문제점 및 해결방안 모색

건물대금을 0으로 하는 경우(부가가치세를 거래징수하지 않음)에는 매도인이 ‘매출세액 누락’으로 과세를 당하고, 건물대금을 안분계산한 가액으로 하는 경우(부가가치세를 거래징수함)에는 매수인이 ‘매입세액 불공제’로 과세를 당하므로, 어떤 방식을 선택하더라도 공급자와 공급받는 자 중 어느 한 쪽에는 반드시 과세 문제가 발생하게 됩니다.

(1) 공급자와 공급받는 자 입장을 조화롭게 고려하여 세법 적용

우리나라의 부가가치세제는 전단계세액공제법을 채택하고 있으므로, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세 납부세액은 매출세액에서 재화 또는 용역의 구입시 거래징수 당한 매입세액(수취한 세금계산서상의 부가가치세)을 공제하는 방식으로 계산되는데, 여기에는 “공급자의 입장에서 말하는 매출세액은 이를 공급받는 자의 입장에서의 매입세액이다”⁴⁾라는 전제가 숨겨져 있는 것입니다.
한편, 이러한 매입세액 공제는 부가가치세법상의 납세의무자인 사업자의 경우에만 가능하므로, 최종소비자는 재화 또는 용역을 구입하면서 부가가치세를 거래징수 당하였더라도 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.

앞의 사례로 돌아가 보면, 甲의 매출세액은 乙의 매입세액이 되고 甲과 乙은 모두 사업자이므로, 甲이 납부한 매출세액은 원칙적으로 乙이 공제받을 매입세액입니다(토지 관련 매입세액 여부를 따지기 이전 단계). 그렇다면, 건물 대금을 40억원으로 정한 경우와 0원으로 정한 경우에 있어 각각 국고에 귀속될 부가가치세액에는 차이가 있을까요? 40억원인 경우에는 甲이 4억원을 납부하고 乙이 4억원을 공제받게 되므로 국고에 귀속되는 세액 합계는 0원입니다. 0원인 경우에는 甲이 납부할 세액도 없고, 乙이 공제받을 세액도 없으므로 역시 국고에 귀속되는 세액 합계는 0원입니다.

즉, 거래당사자가 모두 사업자임을 전제로 할 때, 중간재에 해당되는 건물의 가액을 얼마로 정하든 국고에 귀속되는 세액은 0원으로 동일하므로, 앞의 의정부지방법원 2020구합14781 판결에서 우려하는 국가의 부가가치세 징수권의 무력화는 발생하지 않을 것입니다.

오히려, 매수인은 매도인에게 거래징수 당한 매입세액을 공제받지 못하게 되어 국고수입이 늘어나게 되는데, 이는 결국 세법 적용이 부가가치세제의 기본원리에 어긋나는 것은 물론이고, 매수인을 공제받지 못할 매입세액임을 알면서도 거래징수 당하여야 하는 처지에 둠으로써 경제적 합리성도 결여한 부당한 거래를 강요하는 방향으로 이루어지는 셈이 됩니다.

한편, 위와 같은 문제점을 인식한 매수인이 기존건물과 부속토지를 함께 취득하지 않고, 매도인이 먼저 건물을 철거한 후 나대지 상태의 토지만 매수인이 취득하는 방식으로 거래하게 되면, 동일한 경제적 목적을 달성하면서도 양 당사자의 부가가치세 납부세액은 달라지게 됩니다. 즉, 사적자치 원칙에 따라 당사자가 자유롭게 선택할 수 있는 여러 방식에 대해 조세가 그 선택을 제한하게 되므로, 조세중립성이 훼손되는 결과가 됩니다.

따라서, 이와 같은 이슈를 해결하기 위해서는, 매수인이 건물을 철거할 목적으로 취득하는 경우에는 건물가액을 0으로 정하여 거래하더라도 그대로 인정함으로써 공급자 단계에서부터 문제의 소지를 원천적으로 제거하는 것이 최선이라고 생각됩니다. 이렇게 하면, 설령 매수인이 철거 목적으로 취득하였다가 후발적인 사정 변경으로 철거하지 않고 기존 건물을 그대로 사용하게 되더라도 당초 거래징수 당한 매입세액이 없어 매수인의 납부세액에 영향을 미치지 않으므로, 다른 문제는 없을 것입니다.

(2) 2021. 12. 8. 부가가치세법 개정 취지도 함께 고려

기획재정부는 ‘토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화’를 도모하기 위해, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호에 “대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우 사업자가 구분한 실지거래가액을 인정”하는 단서를 추가하는 내용으로 부가가치세법 개정안을 마련하였고, 동 개정안은 2021. 12. 8. 국회 본회의를 통과하였습니다. 2022년 1월중 입법예고를 거쳐 2월경 공포될 예정인 개정 부가가치세법 시행령 제64조 제2항에는 “다른 법령에서 정한 토지 또는 건물의 양도가액을 따른 경우, 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우”가 신설되었습니다.

위 개정 법률과 관련하여 국회 기획재정위는 “현행 규정은 예외 규정을 두지 않고 있어서 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물의 가액을 구분한 경우, 사실상 재산적 가치가 미미한 철거예정 건물 등의 경우에도 일률적으로 30%룰이 적용됨에 따라 안분계산한 금액이 공급가액으로 적용되는 문제점이 지적되고 있다.”⁵⁾고 언급하고 있습니다.
여기에는 자의적인 조세회피 방지를 위해 도입한 제도(30%룰)가 오히려 제도 도입 이전(매수인의 개별적 사정을 고려하던 시기)보다 불합리하게 작용할 가능성이 있다는 점도 함께 고려되었을 것으로 생각되는 바, 본 건에 있어서도 이러한 점을 감안할 필요가 있을 것입니다.