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법인세 신고시즌을 지낸 세무인 여러분 고생 많으셨습니다. 이번에 다룰 주제는 법인의 본지점 이전과 관련한 세금 이슈입니다. 법인이 설립하면서 가장 먼저 하는 것 중에 하나가 바로 법인에 대한 본점과 지점 등록입니다. 이후 이러한 본지점을 이전(변경)할 때 상황에 따라 많은 세금 이슈가 발생하는데요. 때로는 혜택(지방세 감면)이, 때로는 불이익(중과)이라는 상황이 펼쳐집니다.

본지점 이전에 따른 등록시 다양한 세금 이슈를 간과하면 중과 문제가 발생했을 때 더 큰 문제의 발단이 될 수도 있으니 항상 이 점을 염두에 두어야 할 것입니다.

그동안 법인 본지점 이전에 따른 취득세 중과세는 여러차례 검토하였지만 그와 반대되는 경우나 사례별로 검토해본 시간은 없었던 것으로 생각됩니다. 이번 원고에서는 법인의 본지점 이전과 관련해 발생하는 세금 이슈에 대해 지방세를 중심으로 살펴 보도록 하겠습니다.

법인 본지점 이전 필요서류 요약

본격적인 사례 등을 확인하기 전에 먼저 실무적으로 요긴한 법인 본지점 이전 시 필요한 서류를 간단히 알아보고자 합니다. 아래 표를 참조해 주십시오.

법인 본지점 이전등기 관련법령

법인의 이전등기 관련하여 다양한 법령이 흩어져 있습니다. 아래에서 관련법령을 한번에 모아보도록 하겠습니다.  ■ 상법 
제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

제182조(본점, 지점의 이전등기) ① 회사가 본점을 이전하는 경우에는 2주간내에 구소재지에서는 신소재지와 이전년월일을, 신소재지에서는 제180조 각호의 사항을 등기하여야 한다. ② 회사가 지점을 이전하는 경우에는 2주 내에 본점과 구지점소재지에서는 신지점소재지와 이전 연월일을 등기하고, 신지점소재지에서는 제180조제1호 본문(다른 지점의 소재지는 제외한다) 및 제3호부터 제5호까지의 사항을 등기하여야 한다. 다만, 회사를 대표할 사원을 정한 경우에는 그 밖의 사원은 등기하지 아니한다.
 ■ 지방세법 
제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)
① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2제1항제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다. 1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우 2. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우 ③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다. 1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.
가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우
나. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우 2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우
나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우
 ■ 지방세특례제한법 
제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면)
① 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다)에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 과밀억제권역 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 법인을 이전하여 5년 이내에 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우 2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 대도시에 등기되어 있는 법인이 과밀억제권역 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대해서는 2024년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다. ③ 제1항 및 제2항에 따른 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

제80조(공장의 지방 이전에 따른 감면)
① 대도시에서 공장시설을 갖추고 사업을 직접 하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 과밀억제권역 외의 지역으로서 공장 설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 해당 사업을 계속하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 공장을 이전하여 지방세를 감면받고 있는 기간에 대도시에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 공장을 다시 설치한 경우
2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 제1항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

제80조의2(기회발전특구로의 이전 등에 대한 감면)
① 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제23조에 따라 지정된 기회발전특구(이하 이 조에서 “기회발전특구”라 한다)에서 창업(제58조의3제6항 각 호에 해당하지 아니하는 경우로서 같은 조 제4항 각 호의 업종을 영위하는 경우로 한정한다)하는 기업에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 1. 창업하기 위하여 취득하는 사업용 부동산에 대해서는 2026년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 해당 용도로 직접 사용하는 그 사업용 부동산에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세를 면제(수도권 지역에 있는 기회발전특구의 경우에는 3년간 재산세를 면제하며, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감)한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 감면한 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도로 사용하는 경우
나. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 2. 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 제1호에 따라 취득세를 감면하는 경우에는 100분의 50(수도권 지역에 있는 기회발전특구의 경우에는 100분의 25)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있고, 재산세를 감면하는 경우에는 5년간 감면기간을 연장하여 100분의 50(수도권 지역에 있는 기회발전특구는 제외한다)의 범위에서 조례로 정하는 율에 따라 경감할 수 있다. ② 수도권(제75조의5에 따른 인구감소지역 또는 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역을 제외한다)에서 본점 또는 주사무소를 설치하거나 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 기업이 해당 본점이나 주사무소 또는 공장을 폐쇄하고 수도권 외의 기회발전특구로 이전하는 경우 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 이 경우 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위 및 공장의 범위, 업종, 규모 및 공장용 부동산의 요건은 행정안전부령으로 정한다. 1. 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 사업용 부동산에 대해서는 2026년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 해당 용도로 직접 사용하는 그 사업용 부동산에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세를 면제한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 감면한 취득세와 재산세를 추징한다.
가. 본점이나 주사무소 또는 공장을 이전하여 지방세를 감면받고 있는 기간에 수도권에서 이전하기 전에 하던 사업과 동일한 사업을 수행하는 본점, 주사무소, 공장을 수도권에 다시 설치하는 경우 나. 본점이나 주사무소 또는 공장을 이전하여 취득한 날부터 5년 이내에 해당 사업을 폐업한 경우
다. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도로 사용하는 경우
라. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 2. 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 제1호에 따라 취득세를 감면하는 경우에는 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있고, 재산세를 감면하는 경우에는 5년간 감면기간을 연장하여 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율에 따라 경감할 수 있다.

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본지점 관련 세금 이슈 묻고 답하기

이러한 본지점과 관련하여 자주 질의하는 사안에 대해 아래와 같이 QnA로 꾸며보았습니다. 실무상 중요한 내용이 많으므로 꼼꼼하게 확인하는 시간을 갖겠습니다.
대도시 안에서 법인의 설립과 지점 등의 설치시 중과세 여부?
대도시 안에서 법인의 설립(설립 후 또는 대통령령으로 정하는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 포함)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 외의 법인이 대도시 내로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 포함)에 따른 등기를 하는 때에는 등록분 등록면허세를 중과하도록 규정하고 있습니다.

법인설립 후 5년이 경과한 법인으로서 임대사업을 목적으로 건물을 신축하였고, 부가가치세법상의 지점 사업자등록은 하였지만 임대업무는 본점에서 수행하는 경우 취득세(구 등록세) 중과대상에 해당하는지 여부?
지방세법 제13조 및 지방세법시행령 제27조의 규정에 의하여 대도시내 법인의 지점설치 및 그 지점설치 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 대한 등기에 대하여 취득세를 중과세 하는바, 대도시 내에서 법인설립 후 5년이 경과된 법인이 부동산 임대업을 영위하기 위하여 부동산을 취득 등기한 후 당해 임대용 부동산에 별도의 인적·물적 설비를 갖춘 지점을 설치하지 아니하고 본점에서 임대업무를 수행하는 경우에는 취득세 중과세대상에 해당하지 않는 것입니다.

법인설립 후 7년이 경과한 법인이 다른 법인으로부터 계약, 승계 한 당해 개발사업의 부동산계약(계약금만 지급한 상태에서의 승계)과 관련하여 추후 중도금, 잔금을 지급하고 소유권을 취득하게 될 경우 법인의 과밀억제권역 내 부동산 신규취득에 대한 취득세 중과 여부?
지방세법 제13조 및 지방세법시행령 제27조의 규정에 의거 법인이 과밀억제권역 안에서 부동산을 신축 또는 증축하여 그 신축, 증축(취득)일로부터 5년 이내에 본점 또는 주사무소로 사용하는 경우 취득세가 중과세되는 것이므로 부동산을 승계취득하는 경우에는 취득세 중과세 대상이 아니라 하겠으며, 대도시 내에서 법인 또는 지점 등을 설립·설치·전입한 이후 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기(지방세법시행령 제26조의 업종 제외)에 대하여는 취득세가 중과세되는 것이므로 법인설립 후 7년이 경과한 법인이 취득·등기하는 부동산의 경우 취득세가 중과세 되지 않는 것입니다.

본점의 관내이전과 관외이전 차이?
법인이 다른 관할 지역으로 이사를 하게 되면 관외이전(다른 등기소 관할 구역으로 이전)이고, 동일한 관할 구역 내에서 본점이 이전한다면 관내이전입니다. 변경 기준은 행정구역소재지 상 ‘시’입니다. 시가 변경되는 경우 관할 구역이 변경되는 것이므로 관외 이전을 등기를 이행해야 하는 것입니다.
이때 관할이 변경되므로 구 본점등기소와 신 본점등기소에 각각 등기해야 하며, 만약 지점이 있다면 지점등기소에도 등기해야 합니다.

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사례로 보는 본지점 이전에 따른 세금 이슈 쟁점해설

아래에서는 구체적으로 여러 사례를 구성하여 본지점 관련 내용을 살펴보겠습니다.

◦ [사례1] 실질변동 없이 서류상 법인의 본지점 이전시 세무 이슈  [사실관계] 
- (서울 본사) 판매법인 A의 사무실 및 주요 인원은 서울시 건물 내에 위치․임차하여 상주
- 또한, 본점 이전 이후 서울 본사는 지사로, 제주 지사는 본사로 변경되지만 본사의 임대차는 종료되지 아니하고 그대로 존속
◦(경남 지사) 경남 oo시에는 사무실(사무직 3명) 및 판매시설(판매인원 : 도급) 존재
◦ (지방세 관련 납부 현황) 현재 주민세종업원분과 법인지방소득세를 납부 중

 [질의] 
- 법인 본점의 주소지 이전 시 파생되는 세무상 이슈가 무엇이 있을까요?(실제 근무인원 이동이 없는 상황임)

 [해설] 
◦ 주어진 사실관계에 따르면 실제로 본사 이전이 이루어지지 않아, 본사 이전에 따른 법인세, 취득세, 재산세의 감면 규정은 적용할 수 없는 것으로 판단됩니다.
(부가가치세 측면)
본점을 “경남 oo"로 등기부상 본점소재지를 변경하는 경우 사업장이 이전된 것으로 사업자등록정정 신고의무가 있으며,
사업자단위 과세사업자가 종된 사업장을 신설하거나 이전하는 경우에도 사업자등록정정 신고의무가 있습니다.

(주민세 종업원분 측면)
사업장별 소재지 근무인원 급여총액 기준으로 하므로, 변동이 없는 것으로 판단됩니다.

(법인지방소득세 측면)
“경남 oo"로 주된 사업장을 변경하여 신고하되, 서울 지점과 안분계산이 필요한 것으로 판단됩니다.

- 일반적으로 법인 본점이 수도권 내 과밀억제권역으로 이전하는 경우 형식상 주소지 변경에 해당하더라도 취득세 중과세 등의 리스크가 발생하는 것(조심2002-143, 2002.01.07)이나, 당사의 경우 반대로 법인의 본점을 지방으로 이전(서류상 변경)한 것에 해당하여 지방세특례제한법상 지방이전에 따른 각종 감면 규정 적용 여부를 고려할 수 있을 것입니다. - 다만, 사례의 경우 법인의 지방 이전에 대한 감면 검토 결과 당사는 본점 주소지 이전(변경)에는 해당하나 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 과밀억제권역 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당하지 않아 지특법 제79조의 법인의 지방 이전에 대한 감면 대상에 해당하지 아니한다고 판단됩니다.
◦ [사례2] 법인 본점 등기에만 지점에 관한 사항 등록 후 지점등기소에는 미등기한 경우 지점소재지에 납부한 등록면허세 환급 가능여부  [사실관계] 
2023. 5. 23. 광주에 본점을 둔 법인이 본점소재지인 광주에 등록면허세 40,200원, 지점소재지인 담양에 40,200원을 납부하고 본점인 광주 법인 등기 ‘지점에 관한 사항’에 담양지점 등기를 함.
지점소재지인 담양에는 지점등기를 하지 않겠다고 하며 담양에 납부한 등록면허세(지점, 분사무소설치) 40,200원을 환급해달라는 청구 제기

 [질의] 
지방세법시행령 제43조 제3항에 따라 법인이 지점이나 분사무소를 설치하는 경우, 본점 또는 주사무소 소재지에는 법 제28조제1항제6호바목에 따라, 지점 또는 분사무소의 소재지에는 같은 호 마목에 따라 각각 등록면허세를 납부하여야 한다. 이 규정에 따라 지점등기소에 등기를 하지 않더라도 지점설치로 본점등기소에 등기를 하였다면 지점 소재지에 등록면허세 납부의무가 생긴다고 봐야할까요?

 [해설] 
◦ 지방세법시행령 제43조 제3항에서 법인이 지점이나 분사무소를 설치하는 경우 본점 또는 주사무소 소재지에는 법 제28조제1항제6호바목에 따라, 지점 또는 분사무소의 소재지에는 같은 호 마목에 따라 각각 등록면허세를 납부하여야 한다고 규정하고 있고, - 법인의 본점과 동일한 등기소의 관할 구역내에 지점을 설치하여 그 등기를 신청할 경우에 별도의 지점등기부가 작성되지 않고 본점등기부 지점란에만 등기사항을 기재한다 하더라도 「지방세법」 제28조제1항제6호마목에 따른 지점 또는 분사무소의 설치에 해당한다고 할 것(지방세운영과-1063, 2018.05.08., 참조)이며, - 지방세법 제25조 제1항 제6호에서 법인등기에 따른 납세지를 등기에 관련되는 지점의 소재지를 납세지로 규정하고 있으므로,
- 본점 등기부에 담양군 지점을 등기하였다면, 담양군에 지점등기에 따른 등록면허세를 납부하는 것이 타당하다고 판단됩니다.

 [관련 해석사례] 
(지방세운영과-1063, 2018.05.08.) 가. 「지방세법」 제28조제1항제6호에서 법인 등기에 대한 등록면허세의 세율을 규정하고, 그 마목에서는 ‘지점 또는 분사무소의 설치: 건당 4만2백원’, 바목에서는 ‘그 밖의 등기: 건당 4만2백원’으로 규정하고 있음.
- 또한, 같은 조 제2항 및 제4항에서는 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기를 할 때에는 제1항제6호에 규정한 해당 세율의 100분의 300(이하 “중과세율”라 함)으로 하나, 제1항제6호바목의 경우에는 중과세율을 적용하지 않도록 규정하고 있음. 나. 한편, 「법인등의 등기사항에 관한 특례규칙」 제4조제2항에서 당해 등기소의 관할구역 내에 주사무소 또는 본점이 있는 경우에는 분사무소나 지점의 등기기록을 따로 편성하지 아니하고, 그 분사무소 또는 지점에 둔 대리인 또는 지배인에 관한 사항을 주사무소나 본점 등기기록에 등기한다고 규정하고 있어,
- 설치하려는 지점이 본점과 동일한 등기소의 관할 구역 내에 위치할 경우 별도의 지점 등기부 개설 없이 본점 등기부에 지점에 관한 사항으로 등기토록 규정하고 있음. 다. 법인에 관한 어떠한 등기가 등록면허세 법인 등기 중 어느 세율에 해당하는지는 실질과세의 원칙에 의하여 그 명칭이나 형식과 관계없이 실질내용에 따라 판단하여야 할 것(대법원 98누6364, 1999.12.10.)이므로,
- 법인의 본점과 동일한 등기소의 관할 구역내에 지점을 설치하여 그 등기를 신청할 경우에 별도의 지점등기부가 작성되지 않고 본점등기부 지점란에만 등기사항을 기재한다 하더라도 「지방세법」 제28조제1항제6호마목에 따른 지점 또는 분사무소의 설치에 해당하며, 같은 조 제2항에 따라 중과세율을 적용하여 등록면허세를 신고납부하여야 할 것임.
◦ [사례3] 법인 본점이전 관련 감면 여부  [사실관계] 
- 「민법」상 재단법인이 대도시 안에 주사무소를 임차하여 사용- 주사무소를 이전하기 위해 과밀억제권역 외의 지역의 토지를 취득

 [질의] 
질의1) 「지방세특례제한법」 제79조의 법인의 지방 이전에 대한 감면에 있어서 “법인”이라 함은 법인격을 가진 모든 법인의 감면이 가능한지
질의2) 모든 법인이 감면대상에 해당된다면 「상법」상 법인이 아닌 사단법인, 「민법」상 재단법인 등 수익창출 사업을 하지 않은 법인은 사업실적을 어떻게 입증하여야 하는지 여부
 [해설] 
질의1)
◦ 지방세특례제한법은 지방세법상의 과세대상에 대한 감면 및 특례를 규정한 것이므로 지방세특례제한법에서 “법인”에 대한 범위를 구체적으로 명시하여 놓지 않았다면 지방세법상의 “법인”에 해당하는 「법인격을 가진 법인」 여부를 가려 판단하는 것이 타당하다고 사료됩니다.
질의2)
◦ 상법상의 법인이 아닌 사단법인, 민법상 재단법인 등 수익창출 목적의 사업을 하지 않은 법인에 대한 지방세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항 제2호의 사업실적은 법인 재무제표, 지출내역 등을 조사하여 판단하여야 할 사항으로 사료됩니다.

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최근 유권해석 및 판례

지금까지 다양하게 본지점 관련 이슈사항을 살펴 보았는데요. 이번엔 최근 유권해석이나 판례에서 본지점 이전과 관련해 어떠한 해석과 판결을 하는지 확인해 보겠습니다. 평소 본지점 관련 판례를 따로 살펴보기 어려운 만큼 이번 기회에 확인해보고자 하니 관심있게 살펴보시기 바랍니다.   본점 지방이전 시 감면 범위 관련 해석례   

(지방세특례제도과-2270, 2022.10.07) 재산세
법인의 본점 지방이전 시 재산세 감면 범위 관련 회신

【질의요지】
「지방세특례제한법」제79조 제1항 과밀억제권역에 대도시외의 지역으로 본점을 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 지방세 경감 관련, 본점의 부대시설용 부동산에 공장을 지원하기 위해 동일한 구내에 설치되는 종업원의 복리후생시설이 포함되는지 여부
【답변요지】
대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 수행하기 위하여 취득하는 부동산에는 사무실 용도로 사용하는 부동산뿐만 아니라 본점을 지원하기 위하여 동일한 구내에 설치되는 복리후생시설도 부대시설로서 본점 등에 포함된다고 할 것이나,
- 공장 또는 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 별도의 감면규정(지특법 제80조)을 두고 있는 각종 부대시설은 법인의 지방 이전에 대한 감면(지특법 제79조)의 적용대상에서 제외(지특칙 제8조)되어야 할 것임.
【해설】
법문에 충실한 해석으로 보이나 만약 지방세특례제한법 제80조가 없었다면 과연 동일한 해석이 있었을지 의문시 됩니다.
어쨌든 감면 적용에 있어서는 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 의거해 개별 조문에 따라 감면을 적용해야 하는 것이 타당할 것이므로 본점의 부대시설용 부동산에 공장을 지원하기 위해 동일한 구내에 설치되는 종업원의 복리후생시설은 각 조문에 맞게 감면 신청을 하여야 할 것입니다.   중과제외 업종 법인이 대도시 내로 본점이전하는 경우의 등록면허세 세율 적용   

(부동산세제과-684, 2022.03.11) 등록면허세
중과제외 업종 법인이 대도시 내로 본점이전하는 경우 등록면허세 세율 관련 회신

【질의요지】
○ 중과 제외업종을 영위하는 법인이 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 이전한 경우, 법인 설립에 따른 등록면허세 세율(일반세율)을 적용하는지 여부

※ 본점 이전(§28①) : 건당 112,500원 / 법인 설립(§28②) : 납입한 주식금액 * 0.4%(일반세율)
【회신내용】
가.「지방세법」 제28조 제1항 제6호 라목에 따라 법인의 등기와 관련하여 본점 또는 주사무소의 이전에 대해서는 건당 11만2천5백원의 세율이 적용되고,
- 같은 법 제28조 제2항 제2호에서 대도시 밖에 있는 법인의 본점을 대도시로 전입함에 따른 등기에 대해서는 중과세율을 적용하되, 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용하고, 다만 대도시 내 설치가 불가피하다고 인정되는 업종에 대해서는 그러하지 아니하다고 규정하고 있습니다. 나. 같은 법 제28조 제2항 제2호에서 ‘전입을 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다’는 의미는 등록면허세 중과세 대상인 법인등기에 대하여 중과세 제도의 취지에 부합하도록 그 세율의 적용에 관하여만 본점 등의 전입을 법인의 “설립”으로 보도록 하는 것(대법원2012두28940, 2013.05.09.)이며,
- 한편 인구와 경제력의 대도시집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경 보존·개선 및 지역간 균형발전을 위해 중과제도를 시행(헌재2001헌바51, 2002.03.28)하지만 이러한 중과제도 취지를 반영하여 주민생활 밀접사업 등 대도시 설치가 불가피한 업종에 한해 예외를 인정하고 있습니다.
- 그에 따라 중과 제외 업종을 영위하는 법인은 중과 대상 법인으로 볼 수 없으므로, 이러한 법인의 대도시내 이전에 대해 설립에 따른 세율을 적용할 대상은 아니라고 판단됩니다. 다. 따라서, 해당 사안의 경우 「지방세법」제28조 제2항 단서에 따라 대도시 중과 제외 업종을 영위하는 법인이 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 이전 한 경우에는 「지방세법」제28조 제1항을 적용하여 건당 11만2천5백원의 등록면허세가 적용됩니다.
- 이는 질의 당시 취득 사실관계만을 바탕으로 판단한 해석으로서 과세권자인 해당 자치단체에서 구체적인 사실관계를 확인한 후 최종 결정할 사안입니다. 끝.
【해설】
본지점 이전에 따른 대도시 내 중과 대상이라 하더라도 그 업종에 있어 배제대상 업종을 영위한다면 등록면허세도 중과를 면할 수 있으므로 이전에 따른 중과세 검토시에는 반드시 중과대상 업종에 해당하는지를 면밀히 살펴보고 신고하여야 할 것입니다.   대도시내 본점 이전에 따른 취득세 등 감면대상 여부 및 추징 시 정당한 사유   

(조심2022지1174, 2023.09.15.) 취득세
① 대도시내 본점 이전에 따른 취득세 등 감면대상에 해당된다는 청구주장의 당부 ② 유예기간 내에 일부 부동산을 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다는 청구주장의 당부

【결정요지】
① 청구법인의 경우 당초 과밀억제권역 중 대도시에서 제외되는 산업단지 내에서 법인을 설립하여 사업을 영위하다가 이 건 토지를 취득한 후 본점 등을 이전한 것으로서, 지특법 제79조 제1항의 감면대상에 해당되지 아니함.
② 코로나로 인한 경영상의 어려움으로 쟁점토지를 유예기간 이내에 공장용으로 사용하지 못한 것은 청구법인의 내부적인 사정에 불과하다 할 것으로서 이러한 사유를 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 보기 어려우므로 이에 대한 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠음.
【해설】
지방세특례제한법 제79조 제1항의 감면대상에 해당하기 위해서는 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에만 가능합니다.
또한, 처분청과 MOU를 체결할 당시 지방이전에 따른 감면대상에 해당된다고 확인하였다는 사정만으로는 신의칙 대상이 아니라 하였습니다. 따라서 처분청과 단순히 MOU를 체결하였다는 것만으로는 감면을 하겠다는 ‘공적인 견해표명’으로 보기 어려우므로 사전 검토시 처분청의 유권해석을 받아 추진하는 것도 방법일 것입니다.

마치면서

이번 포스트에서는 법인의 본지점 이전시 발생하는 다양한 세무이슈를 지방세를 중심으로 살펴 보았습니다. 서류상으로는 형식상 주소지 변경에 해당하더라도 취득세 중과세 등의 리스크가 발생하는 것이나, 법인의 본점을 지방으로 이전하여 감면 대상에 해당하기 위해서는 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료해야 하는 요건이 반드시 구비되어야 합니다. 때문에 취득세 중과나 지방세특례제한법상 지방이전에 따른 각종 감면 규정 적용 여부를 검토할 때에는 면밀하게 따져보아야 합니다. 즉, 중과는 형식만 갖추어도 발생하나 감면은 형식과 실질 모두를 갖추어야 하는 면이 있다는 것을 잊지 마십시오.

갑자기 여름이 성큼 다가온 것처럼 한낮에 더위가 느껴지는 때입니다. 이번 포스팅에서는 자주 발생하는 사례이나 정리하여 보기 어려운 법인의 본점 이전과 관련한 지방세 이슈를 다뤄보았는데요. 앞으로 이보다 더욱 유익하고 알찬 내용으로 찾아 뵐 것을 약속드립니다. 감사합니다.