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1. 의의

정부(행정안전부)에서는 내년도 시행 지방세 관계법 개정안을 발표하였다. 이번 개정안은 인구감소지역 등 지방에 대한 세제 지원을 통해 국가 균형발전 및 역동적 지역경제 구축을 도모하고, 경제 여건이 어려운 소상공인·중소기업 등에 대한 지원을 강화하여 기업활력을 제고하는데 중점을 두고 있다. 또한 저출생 대응 등 인구위기에 대한 대책에 적극 지원하고, 주거안정 등 주민 생활 환경 개선을 위해 서민·취약 계층 세제 지원을 강화하였다. 그리고 납세자 권익 보호 및 납세편의 제고를 위한 납세자 친화적 환경 조성함과 동시에 과세체계를 합리적이고 효율적으로 정비하여 공평과세 구현 등 지방세제 선진화를 도모하도록 개정방향을 두고 있다. 이에 여기서는 지방세관계법 등에서 개정된 내용중 기업관련 지방세 개정사항에 대하여 쟁점을 분석하고 향후 유의하여야 할 사항을 위주로 고찰하기로 한다.

2. 지방세관계법상 주요 개정내용 분석

(1) 후발적 경정청구 대상 확대(지기법§50)

현재 후발적 경정청구는 주로 신고납부 세목을 그 대상으로 하고 있으나, 허가·처분의 취소, 계약의 해제, 장부의 압수 등 후발적 사유 발생 시에는 신고납부세목은 물론 부과고지세목을 포함한 모든 세목에서 대하여 경정 등의 청구가 가능하도록 하여 납세자 권익을 제고하도록 개정된다.

(2) 지방소득세 환급가산금 기산일 규정 합리화(지기령§43)

국세과세자료통보에 따라 지방소득세 환급시, 환급가산금 기산일은 ‘지자체장 결정일로부터 30일이 지난 날’의 다음날로 규정되어, 지자체장이 환급 결정 후 30일 내에만 환급하면 환급가산금을 지급하지 아니하여도 되는 불합리한 문제가 발생하였다. 이에 납세자 권익 제고를 위해 국세 통보자료에 따라 지방소득세를 환급하는 경우에도 지자체장 직권경정 및 납세자 경정청구와 동일하게 환급가산금 기산일을 ‘납부일’의 다음날로 개정함으로서 지방소득세 경정청구 유무에 관계없이 납부일의 익일이 환급가산금 기산일로 개선된다.

(3) 공매 매각결정 기일 변경 근거 신설(지징법§92)

낙찰자가 매수인이 되기 위하여 다른 법령에 따라 갖추어야 할 자격을 갖추지 못한 경우, 10일 이내의 범위에서 매각결정 기일을 연기(1회에 한정)할 수 있는 근거를 마련하여 보완된다.

(4) 중소기업 고용지원을 위한 주민세 종업원분 과표공제 합리화(지법§84의5)

현행 규정은 사업소를 신설하거나 사업소 신설후 1년 이후 50명을 초과하여 고용한 사업소에 대하여 공제혜택을 부여하나, 사업소 신설 1년 이내 50명 초과 고용한 사업소는 공제를 받지 못하는 불합리한 문제가 발생하였다. 사업소 신설 1년 이내인 사업소도 추가 고용으로 그 종업원 수가 50명을 초과하는 경우 공제를 받을 수 있도록 확대 보완하고, 중소기업 고용창출에 대한 지원을 강화하려는 것이다.
또한 현행 규정은 주민세 종업원분 신고 시 해당 월의 종업원 수가 50명을 초과하지 않는 경우에도 종업원 수 50명에 해당하는 월 적용급여액을 과세표준에서 공제하는 것으로 오인될 여지가 있어 50명을 초과하는 달만 공제한다는 것을 명확히 규정하였다.

(5) 주민세 종업원분 면세점 기준 상향(지령§85의2②)

종업원분 주민세의 면세점은 2019년 기준금액 상향(270만원→300만원) 이후 변동이 없었다. 그 동안 물가 상승등을 반영하여 월평균 임금총액이 인상되었으므로 종업원분 주민세 면세기준을 상향조정하고 고용 확대를 유도하기 위한 것이다.


[연도별 근로자 월 임금총액] ※ 출처: 고용노동부, 고용형태별 근로실태조사(｢통계법｣ §18에 따른 지정통계)

(6) 기업합병·분할 등에 대한 감면 조정 (지특법§57의2)

기업의 합병의 경우 유상취득에 해당하는 세율(4%)이 적용되나 적격합병의 경우에는 세율의 특례가 적용되어 4%-2%를 공제한 2%가 적용될 뿐만 아니라 감면(예: 50%)을 동시에 적용받게 되어 실제 세부담은 1%를 적용받게 된다. 그러나 개편안에서는 중복 세제감면을 받지 못하도록 취득세 특례세율과 감면적용중 선택하여 1개만 적용하도록 변경되어 세부담은 사실상 2%로 증가하게 된다. 또한 적격합병이라 하더라도 합병이후 5년내 취득세 중과대상이 되는 경우 감면대상에서 제외되고 추징된다. 그리고 적격분할 등에 따른 사업용재산 감면, 개인이 현물출자 등에 따라 법인전환시 취득세 감면율을 75%에서 50%로 축소하였고, 금융기관 간 적격합병시 등록면허세 감면이 배제되며, 코스닥상장법인의 경우 부실금융기관 주식 등 취득따른 과점주주 간주취득세 납세의무가 없도록 개정된다.

(7) 대도시내 취득세 중과세율 적용 배제 축소 조정 (지특법 §180의2①·②)

부동산투자회사 등이 부동산 개발을 목적으로 대도시내에서 부동산 취득시 중과세를 제외하고 있으나, 이러한 개발부동산이 대도시내로의 인구 유입요인으로 작용하고 있어 사모펀드 등 특수목적법인, 기업구조조정투자회사를 중과세배제 대상에서 삭제하는 등 개정·정비되었다.

(8) 재건축사업에 대한 취득세 감면 신설(지특법 §74조의3)

지법(§7⑧)의 규정에 의거 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말함)은 그 조합원이 취득한 것으로 의제되어 사실상 취득세를 부담하지 아니하게 된다. 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 부동산은 과세 대상에 해당하나, 사업시행자가 규제지역외 지역에서 대지조성용 부동산, 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대하여는 40% 범위내에서 취득세가 감면될 예정이다. 그리고 승계조합원이 아닌 원조합원이 1가구 1주택으로 취득하는 분양가격 12억원 이하 조합원분 주택에 대하여도 취득세 40%가 감면되도록 개정된다.


그리고 지법(§7⑯)에 따라 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 원조합원인 부동산의 소유자(상속인을 포함)가 환지계획 또는 관리처분계획에 따라 공급받거나 토지상환채권으로 상환받는 건축물은 그 소유자가 원시취득한 것으로 보며, 토지의 경우에는 그 소유자가 승계취득한 것으로 본다. 이 경우 토지는 당초 소유한 토지 면적을 초과하는 경우로서 그 초과한 면적에 해당하는 부분에 한정하여 취득한 것으로 의제하기 때문에 초과취득분의 산출세액의 40%범위내에서 감면을 받게된다.

(9) 지분적립형 분양주택에 대한 재산세 감면 신설(지특법 §31⑦)

청년‧신혼부부 등 무주택 실수요자의 안정적인 내 집 마련을 지원하기 위해, 지분적립형 분양주택에 대한 재산세 25% 감면제도가 도입된다. 여기서 지분적립형 분양주택은 수분양자가 집값의 일부(10～25%)만 내고 입주한 뒤, 공공주택사업자와 20～30년 동안 소유권을 공유하면서 소유 지분을 분할 취득하는 주택을 말한다.

(10) 인구감소지역에 대한 주택 취득세 감면 신설 (지특법 §75의5③·④)

인구감소지역에서의 3억원 이하의 세컨하우스 마련 및 생활인구 유입을 통해 지역경제 활성화에 기여하기 위한 취지이다. 최근 발표된 인구감소지역 활성화방안에서 인구감소지역에 추가 주택을 취득하더라도 재산세 및 종부세, 양도세 산정 시 1주택 특례를 적용하는 등 세제지원 방안을 마련한 바 있으며, 「인구감소지역 부활 3종 프로젝트 추진방안(2024.4.15.)」 은 기존 1주택자가 인구감소지역 내 1주택 추가 취득 시에도 종전의 1주택 특례 혜택을 그대로 유지하도록 하는 것이 주요 골자이다.


[인구감소지역 주택과 생애최초 취득주택감면 비교]

(11) 임대주택 감면 확대 및 조문정비 등(지특법 §31‧§31의3)

1인 가구 증가 및 라이프스타일 변화에 따라 부엌, 거실 등을 공유하는 기숙사 형태의 대규모 임대주택 서비스 수요 증가 및 임대형기숙사의 주거사다리 역할 등을 고려하여 이를 임대주택 감면대상에 포함하는 것이다. 여기서 임대형기숙사는 「건축법 시행령」 [별표 1] 제2호라목의 규정에 의거 공공주택사업자 또는 「민간임대주택법」상 임대사업자가 임대사업에 사용하는 것으로서 임대 목적으로 제공하는 실이 20실 이상이고 해당 기숙사의 공동취사시설 이용 세대 수가 전체 세대 수의 50% 이상인 것을 의미한다. 다만, 감면대상 범위에 임대형기숙사는 전용면적 40㎡이하에 한정하여 감면 혜택이 부여된다. ※ 임대형기숙사는 ‘23.2월 「건축법 시행령」 개정을 통해 유형이 신설되었고 ’23.9월 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 개정을 통해 민간임대주택 등록대상에 새로 포함되었음

[공공임대주택 및 장기임대주택의 감면 비교]

(12) 임대 목적 주택등을 매도약정을 체결한 자에 대한 감면 확대(지특법§31의5)

「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 10%을 경감하는 것을 15%로 확대 감면한다. 이 경우 부동산 취득전에 매도계약 약정 체결을 하여야 하나 부동산을 취득한 후 매입약정을 체결한 경우에도 감면대상에 해당한다.[(조심 2024지204, 2024.5.7.) 참조]

[사례] 공공임대사업자의 매도약정계약이후 취득시 감면

공공주택사업자의 민간 신축임대 약정 사업의 일반적 진행절차를 보면 먼저 사업부지 등을 취득한 후 매입약정을 체결하는 것으로 확인되고, 쟁점부동산을 취득하기 전 이미 LH에 임대약정을 위한 매도신청을 하였으며, 쟁점부동산을 취득한 후 매입약정을 체결한 것으로 확인되며, 쟁점규정에 대한 추징규정에서 부동산 취득 후 1년 이내에 미착공을 할 경우 추징하도록 보완규정을 두고 있어 쟁점부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 세제 혜택을 부여하는 것이 합리적임(조심2024지204, 2024.5.7.)

(13) 신축 소형주택에 대한 취득세 감면 신설(지특법§33의2)

서민 주거안정을 지원하기 위해 신축 소형주택 취득세 감면 신설, 소형주택 생애최초 구입자 취득세 감면한도 상향(200→300만원) 등 지원을 강화하도록 개정된다.


[신축 소형 주택 취득자에 대한 감면 비교]

(14) 지방 준공 후 미분양주택에 대한 취득세 감면 신설(지특법§33의3)

지방 준공 후 미분양아파트 물량 해소 및 전․월세시장 안정 지원을 위하여 전용면적 85㎡이하 공동주택으로서 분양가격 3억원 이하인 경우에 2025.12.31.까지 임대계약 체결하는 것을 조건으로 감면대상에 포함된다.

(15) 지방공사 등의 국가 등에 무상귀속 부동산에 대한 감면 축소 조정 (지특법 §85의2①4)

국가 등 기부채납이나 무상으로 귀속되는 것을 조건으로 취득·보유하는 부동산에 대하여 취득세와 재산세를 면제하나 사용권 부여 등 반대급부가 있는 경우에는 재산세를 전액 면제하지 아니하고 재산세 50%만 감면하도록 일괄 축소된다.

(16) 위탁운영 직장어린이집 등 감면 확대(지특법§19①·②))

기업에서 직장 어린이집을 직영 운영하는 경우 사업주로서 해당 사업을 소유자가 직접 사용에 해당하기 때문에 취득세와 재산세가 면제된다. 그러나 사업주인 기업이 제3자에게 위탁운영을 하는 경우에는 소유자가 직접 사용하지 아니하기 때문에 비록 직장어린이집 설치의무가 있더라도 취득세 50%만 감면되었으나, 직장어린이집 설치의무 여하에 불구하고 위탁운영하는 직장어린이집에 대하여도 취득세와 재산세가 전액 면제된다.


[직장어린이집 지방세 감면 비교]

(17) 자동차세 연납공제율 상향 조정(지령§125)

자동차세를 한꺼번에 연납하려는 경우, 납부 기한의 다음 날부터 12월 31일까지의 기간에 대해 10% 범위 내에서 공제할 수 있도록 하고 있다. 그 동안 자동차세 연세액의 10%를 공제하였으나 징수율제고에 기여하지 않고 기준금리(0.5%) 대비 공제율이 높아 순차적으로 공제율을 축소해 왔으나 공제율 인하검토 당시(‘20년) 저금리 기조와 달리 2023년 이후 고금리(3.5%)가 이어지고 있어, 국민 부담을 고려하여 2025년 이후부터 기존의 연납시 3% 공제율 적용 계획을 변경하여 연납 공제율을 5%로 상향적용하도록 개정된다.

(18) 주민세 사업소분 가산세 면제 특례 연장(지법 법률 제17769호 부칙§12)

2021년 주민세 과세체계 개편으로 주민세 개인사업자·법인 균등분이 주민세 사업소분으로 전환되면서 납부방식이 보통징수에서 신고납부로 변경되었으나, 영세 자영사업자 등 납세자 인식 부족으로 가산세 부담이 우려되어 가산세 면제 기간을 2년 연장하게 된다.

(19) 특별징수 납부지연가산세 규정 보완(지기법§56)

지방소득세 등 특별징수의무자가 납기내 미납시, 미납부분을 포함하여 납부기한의 다음날부터 납부지연가산세(월 0.66%)가 적용되도록 개정되어 특별징수의무 이행을 촉진하도록 개선된다.

(20) 어린이집 경영자에 대한 주민세 사업소분 비과세(지령§79②)

주민세 사업소분 납세의무자인 개인사업자 중 유치원의 경영자는 비과세 대상으로 규정하고 있으나 어린이집의 경영자는 규정하고 있지 않아, 비과세 대상에 어린이집의 경영자를 추가하여 유치원과 어린이집의 경영자 간 과세형평성 제고하도록 개선된다.

3. 유의점

행정안전부에서 발표한 2025년도 시행 지방세 개편방안은 『인구감소위기 대응을 위한 국가균형발전과 지역경제활성화』을 우선 과제로 하여 지역기업과 주민생활의 안정을 지원하고 납세 편의를 개선하는 등 납세자 친화적 환경을 조성하는 지방세제 개편방안을 마련하였다는 점에서 긍정적인 평가를 하고 있다. 그런데 일부 지방세 개편내용중 기업과 관련된 세제에 대하여 기업에서는 세부담 차원에서 대응할 필요가 있다.

첫째, 후발적 사유 발생 시 신고납부세목은 물론 부과고지세목을 포함한 모든 세목에 대하여 경정 등의 청구가 가능하도록 개정됨에 따라 재산세 등 부과고지 세목의 불복기간이 경과한 이후에도 후발적 경정청구 사유가 발생한 경우 권리 구제를 받을 수 있으므로 이에 대응 하여야 한다.

둘째, 기업의 적격합병의 경우에는 세율의 특례와 감면(예: 50%)을 동시에 적용받지 못하고 취득세 특례세율과 감면적용중 선택하여 1개만 적용되고, 합병이후 5년내 취득세 중과대상이 되는 경우 감면대상에서 제외될 뿐만 아니라 중과세추징되는 점과 적격분할 등에 따른 사업용재산 감면, 개인이 현물출자 등에 따라 법인전환 시 취득세 감면율이 75%에서 50%로 축소적용하게 되는 점을 유의하여야 한다.

셋째, 대도시내에서 부동산투자회사 등이 부동산 취득시 중과세를 제외하고 있으나 그 중 사모펀드 등 특수목적법인, 기업구조조정투자회사에 대하여는 중과세배제 대상에서 제외되기 때문에 중과세 대상으로 전환하게 되는 점을 유념하여야 한다.

넷째, 국가 등 기부채납이나 무상으로 귀속되는 것을 조건으로 취득·보유하는 부동산에 대하여 취득세와 재산세를 면제하나 지방공사, 한국농어촌공사, 한국토지주택공사, 한국수자원공사가 국가 등에 귀속후 사용권 부여 등 반대급부가 있는 경우에는 재산세를 전액 면제하지 아니하고 재산세 50%만 감면하도록 일괄 축소되어 세부담이 증가되는 것이다.

그 외에도 원천징수의무자겸 특별징수의무자가 지방소득세 등을 특별징수한 후 미납하거나 기간경과후 납부시 미납부분을 포함하여 납부기한의 다음날부터 납부지연가산세(월 0.66%)가 적용되도록 강화되는 점을 유념하여야 한다. 그리고 기업에서는 상기에 언급한 2025년도 시행 기업관련 주요 지방세 개정사항을 면밀히 검토하여 적극 대응하기 바란다. (끝)