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비영리법인이 회계를 기록 관리할 때에는 각 회계단위별로 구분해서 하여야 합니다. 예를 들면, 정부업무 등을 수탁 받아 처리하는 비영리법인의 경우 일반회계와 수탁사업의 회계를 구분하며, 경우에 따라 감독기관이나 근거법규에 의하여 일반회계와 특별회계로 구분하여 경리할 수 있습니다.

그리고 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 목적사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리해야 합니다. 이렇게 구분 경리를 하기 위해서는 수익사업과 목적사업의 증빙을 별도로 구분하여 관리할 필요가 있으며, 나아가 그 수익사업 중 일부가 법률에 의한 조세의 감면 또는 면제대상 사업인 경우에는 그 수익사업을 다시 감면대상사업과 과세대상사업으로 구분하여 경리해야 합니다. 비영리법인이라 하더라도 법인세법에서 열거하고 있는 수익사업을 영위하는 경우 해당 수익사업에서 생긴 소득에 대해 법인세 신고·납세의무가 있기 때문입니다.

1. 구분경리의 목적

비영리법인의 구분경리는 비영리법인 고유목적사업의 목적달성 여부를 측정하고 세법상 수익사업에 해당하는 부분에서 발생한 소득에 대하여 납세의무를 부여하기 위하여 회계를 구분하여 경리하는 것을 말합니다.

① 과세소득의 계산
② 고유목적사업 달성 정도를 측정

〈관련 법령 및 규정〉 ■ 사회복지법인및사회복지시설재무ㆍ회계규칙 제6조(회계의 구분) ① 이 규칙에서의 회계는 법인의 업무전반에 관한 회계(이하 "법인회계"라 한다), 시설의 운영에 관한 회계(이하 "시설회계"라 한다) 및 법인이 수행하는 수익사업에 관한 회계(이하 "수익사업회계"라 한다)로 구분한다. ② 법인의 회계는 법인회계, 해당 법인이 설치·운영하는 시설의 시설회계 및 수익사업회계로 구분하여야 하며, 시설의 회계는 해당 시설의 시설회계로 한다.
■ 의료기관회계기준규칙 제3조(회계의 구분) ① 병원의 개설자인 법인(이하 "법인"이라 한다)의 회계와 병원의 회계는 이를 구분하여야 한다. ② 법인이 2 이상의 병원을 설치·운영하는 경우에는 각 병원마다 회계를 구분하여야 한다.
■ 사학기관재무ㆍ회계규칙 제2조(통칙) 법인과 학교의 재무와 회계에 관하여는 법과 동법시행령(이하 "시행령"이라 한다)에 규정된 경우를 제외하고는 이 규칙에 의한다.
■ 사학기관재무ㆍ회계규칙에대한특례규칙 제2조(적용범위 등) ① 이 규칙은 사립의 대학·산업대학·전문대학·사이버대학 및 이에 준하는 각종학교(이하 "학교"라 한다)와 이를 설치·경영하는 학교법인(이하 "법인"이라 한다)에 대하여 적용한다. ② 학교의 교비회계(이하 "학교회계"라 한다)와 법인의 일반업무회계(이하 "법인회계"라 한다)에 관하여 이 규칙에 규정한 것을 제외하고는 사학기관재무·회계규칙을 적용한다. ③ 학교의 부속병원회계는 일반적으로 인정되는 의료법인의 병원회계에 준하여 회계처리를 하고, 법인의 수익사업회계는 일반적으로 인정되는 기업회계에 준하여 회계처리를 한다.
■ 공익법인의설립ㆍ운영에관한법률시행령 제23조(회계의 구분) ① 공익법인의 회계는 법인의 목적사업 경영에 따른 회계(이하 "목적사업회계"라 한다)와 수익사업경영에 따른 회계(이하 "수익사업회계"라 한다)로 구분한다. ② 제1항의 경우에 법인세법에 따른 법인세 과세대상이 되는 수익과 이에 대응하는 비용은 수익사업회계로 처리하고, 그 밖의 수익과 비용은 목적사업회계로 처리한다. ③ 제2항의 경우에 목적사업회계와 수익사업회계로 구분하기 곤란한 비용은 공동비용의 배분계산에 관한 법인세에 관한 법령의 규정을 준용하여 배분한다.
■ 보조금관리에관한법률 제34조(별도계정의 설정 등) ① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 교부받은 보조금 또는 간접보조금에 대하여 별도의 계정을 설정하고 자체의 수입 및 지출을 명백히 구분하여 회계처리 하여야 한다. ② 보조사업자가 지방자치단체의 장인 경우 제1항에 따른 회계는 보조사업 집행에 소요되는 국비 및 지방비의 내역과 각각의 집행실적을 구분하여 처리하여야 한다.
■ 비영리조직회계기준 제11조(재무상태표의 목적과 작성단위) ② 재무상태표는 비영리조직 전체를 하나의 재무제표 작성단위로 보아 작성하고 비영리조직 전체의 자산, 부채, 순자산의 내용과 금액을 표시하여야 한다. 다만, 비영리조직의 특성과 필요에 따라 재무상태표에 고유목적사업부문과 수익사업부문별로 열을 구분하고, 자산, 부채, 순자산의 금액을 각 열에 배분하는 방식으로 표시할 수 있다.
■ 비영리조직회계기준 제24조(운영성과표의 목적과 작성단위) ② 운영성과표는 비영리조직 전체를 하나의 재무제표 작성단위로 보아 작성한다. 다만, 비영리조직의 특성과 필요에 따라 운영성과표에 고유목적사업부문과 수익사업부문별로 열을 구분하고, 수익과 비용의 금액을 각 열에 배분하는 방식으로 표시할 수 있다.
■ 공익법인회계기준 제10조(재무상태표의 목적과 작성단위) ② 재무상태표의 작성은 공익법인을 하나의 작성단위로 보아 통합하여 작성하되, 공익목적사업부문과 기타사업부문으로 각각 구분하여 표시한다.
■ 공익법인회계기준 제23조(운영성과표의 목적과 작성단위) ② 운영성과표의 작성은 공익법인을 하나의 작성단위로 보아 통합하여 작성하되, 공익목적사업부문과 기타사업부문으로 각각 구분하여 표시한다.

2. 구분경리의 방법

(1) 재무상태표 항목의 구분경리

자산 및 부채는 구분경리의 대상이 되는 수익사업과 목적사업별로 각각 구분하여 기장하여야 하며, 수익사업의 자산 및 부채라 함은 수익사업의 수익을 획득하기 위하여 사용되는 자산과 수익을 발생시키는 직·간접적으로 관련하여 발생하는 부채를 말합니다. 수익사업과 목적사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 하며, 비영리법인은 영리법인과 달리 자본금이란 개념이 별도로 있지는 아니하나, 세무조정 등에 필요하므로 다음 산식에 의하여 자본금을 산정합니다.


그리고 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하며 이 경우 자산가액은 시가에 의합니다.

(2) 운영성과표 항목의 구분경리

수익사업과 기타사업에 공통되는 익금과 손금은 다음의 방법으로 구분 계산합니다.


한편 개별손금이 없는 경우나 기타 사유로 위의 방법을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산합니다. 수개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업종별로 안분계산하고 다음에 동일업종 내의 공통손익을 안분계산하여야 합니다.

그리고 종업원에 대한 급여 상당액(복리후생비, 퇴직금 등을 포함함)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분하며, 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고, 근로의 제공이 주로 고유목적사업에 관련된 것인 때에는 고유목적사업에 속한 비용으로 합니다. 만약, 그 여부가 불분명한 경우에는 해당 급여를 공통손금으로 보아 안분계산합니다.

(3) 수익사업과 목적사업 간의 자본원입

수익사업과 목적사업 간의 자산의 전출입은 다음과 같이 처리합니다.



〈관련 법령〉 ■ 법인세법시행령 제89조【시가의 범위 등】 ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등 및 가상자산은 제외한다. 2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.
ㆍ목적사업용 자산을 수익사업에 지출 또는 전입하는 경우

비영리법인은 고유목적사업의 목적달성에 필요한 경우 그 본질에 반하지 아니하는 범위 내에서 수익사업을 영위할 수 있으므로, 출연받은 자산을 직접 목적사업에 지출하기보다는 수익사업으로 원입하여 운영하고, 발생된 수익을 목적사업에서 지출하는 것이 재정 자립도를 높일 수 있습니다.
□ 자산의 전입: 목적사업 → 수익사업(자산가액은 시가로 평가)
① 목적사업 :　차)　순　　자　　산　　100　　　대)　자　　　산　　100
② 수익사업 :　차)　자　　　　　산　　100　　　대)　순　자　산　　100

※ 장부가액 100(취득가액 150, 감가상각누계액 50, 시가 120)인 건물을 수익사업에 전입하는 경우

① 목적사업 :　차)　순　　자　　산　　100　　　대)　건　　　물　　150
　 　　　　　 　　　감가상각누계액　　 50
② 수익사업 :　차)　건　　　　　물　　120　　　대)　순　자　산　　120
그렇다면 목적사업에 사용하던 고정자산을 수익사업에 전입한 후 처분할 경우 양도차익은 어떻게 계산할까요? 위 예와 같이 시가 120(장부가액 100)인 건물을 수익사업에 전입한 후 수익사업에서 감가상각을 30을 추가로 계상한 상태에서 수익사업에 사용 중인 건물을 150에 처분하였다면 회계처리는 다음과 같습니다.
① 수익사업 : 차)　보　통　예　금　　150　　　대)　건　　　　　　물　　120
　 　　　　　 　　감가상각누계액　　 30　　　　 　고정자산처분이익　　 60
이 경우 해당 건물의 취득가액을 목적사업에서 수익사업에 전입할 당시의 시가로 계산하여 고정자산처분이익이 60으로 계산되나, 법인세 과세대상이 되는 고정자산처분이익은 취득 당시의 실제 취득가액으로 하여야 합니다. 그러므로 건물의 취득가액은 90(= 수익사업 전입 시점 시가 120 － 감가상각누계액 30)이 아닌 70[= 취득 당시 취득가액 150 － 감가상각누계액 (50 + 30)]이 되므로 목적사업에서 수익사업으로 전입한 시점의 시가와 장부가액의 차이금액인 20을 세무조정을 통해 익금산입해야 합니다¹⁾.
〈관련 판례〉 취득가액의 산정기준에 대하여

1심 : (서울행법2015구합70980, 2016.5.19.) 판결
2심 : (서울고법2016누48586, 2016.11.29.) 판결
3심 : (대법원2016두64722, 2017.7.11.) 판결

구 법인세법 제41조 제1항 제1호, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제1호에 의하면, 내국법인이 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세, 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 한다. 한편, 구 법인세법 제62조의2 규정에 의하면, 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인이 토지 또는 건물 등 자산의 양도로 인한 소득이 있는 경우 소득세법을 준용하여 계산한 양도차익에서 일부 금액을 공제한 액수를 과세표준으로 하여 산출한 세액을 법인세로 납부할 수 있는데, 그 양도차익을 계산하기 위해 자산 취득에 든 실지거래가액이 확인되는 경우 그 실지거래가액을 취득가액으로 한다. 따라서 이 사건 토지의 처분수입, 즉 양도차익을 산정하기 위해서는 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 계산하여야 하고, 그 취득가액은 이 사건 토지를 실제 취득한 시점에 이 사건 토지의 취득에 든 실지거래가액으로 하여야 한다. 원고는 비영리내국법인이 처분일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하고 있지 않아 비과세혜택을 받지 못하는 경우라도, 과거 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 제공한 이상 그 기간만큼의 평가이익은 비과세될 수 있도록 취득가액을 산정하여야 한다는 취지로 주장하나 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 시행령 조항에 의하면, 문언상 비영리내국법인의 고정자산처분수입은 원칙적으로 과세대상이 되나, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 비과세대상으로 삼겠다는 취지이고, 과세표준을 정함에 있어서 과거 고유목적사업에 사용한 기간 동안의 평가차익 부분을 손금으로 반영하여 공제할 수 있다는 취지가 아님이 명백하다. 원고의 주장과 같은 해석은 문언의 한계를 넘는 것이고, 법령상 근거가 없는 것으로서 허용되지 아니한다고 볼 것이다.
ㆍ수익사업에 속하는 자산을 목적사업에 지출한 경우

비영리법인의 수익사업을 허용하는 것은 그 수익사업에서 발생한 수익을 목적사업에 사용하는 것을 전제로 하고 있습니다. 비영리법인의 경우 수익사업에서 발생한 소득에 대해 그 법인의 목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 경비로 인정되어 법인세 부담을 줄일 수 있습니다.

또한 출연재산에 대해 상속세 및 증여세가 과세되지 않는 상속세 및 증여세법상 공익법인의 경우 수익사업용으로 사용하는 출연재산 운용소득금액의 70%(성실공익법인²⁾ 및 일반공익법인이 2022.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터는 80%)에 상당하는 금액 이상을 그 사업연도 종료일로부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하여야 합니다. 이처럼 수익사업을 영위하는 비영리법인의 경우 주무관청의 관리·감독과 세법상 가산세 등의 불이익을 당하지 않기 위해 수익사업에서 발생한 수익은 목적사업에 전출하여 목적사업을 위해 사용하여야 합니다. □ 자산의 전출: 수익사업 → 목적사업(자산가액은 시가로 평가), 고유목적사업준비금 100, 잉여금이 20이 있는 경우
① 수익사업 :
차)　고유목적사업준비금　　100　　　대)　현금　및　현금등가물　　150
　 　잉　　　여　　　금　　 20
　 　기본(보통) 　순자산　　 30

② 목적사업 :
차)　현금 및 현금등가물　　150　　　대)　고유목적사업준비금환입　100
　 　　　 　 　　　　　　　　 　　　　 　잉　　　　여　　　　금　　 20
　 　　　 　 　　　　　　　　 　　　　 　기본　(보통) 　　순자산　　 30 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 목적사업에 지출한 때는 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 합니다.

〈관련 법령〉 ■ 법인세법 제113조【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
■ 법인세법시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】 ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. ⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다. ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산 하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산 한다. 1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산 ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.
■ 법인세법 기본통칙 113-156…3 【비영리법인의 잉여금의 범위】 ① 규칙 제76조 제4항에서 "잉여금"이라 함은 이미 법인세가 과세된 소득(법 및 조세특례제한법에 의하여 비과세되거나 익금불산입된 금액을 포함한다)으로서 수익사업부문에 유보되어 있는 금액을 말한다. ② 규칙 제76조 제4항을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다. 1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금산입된 금액(같은 조 제2항 후단의 금액을 포함한다) 2. 고유목적사업준비금 중 손금 부인된 금액 3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다) 4. 자본의 원입액

※ 사례1 : 고유목적사업준비금 설정대상 법인인 경우
│수익사업 B/S│ │수익사업 I/S│ ex 1) 수익사업의 소득금액을 목적사업용 자산(취득가액 150)에 사용한 경우

① 수익사업 :
차)　고유목적사업준비금　100　　대)　현금　및　현금등가물　150
　 　잉　　　여　　　금　 50
② 목적사업 :
차)　현금 및 현금등가물　150　　대)　고유목적사업준비금환입　100
　 　　　　　　　　　　　　 　　　 　잉　　　　여　　　　금 　 50
차)　자　　　　　　　산　150　　대)　현금 　및　 현금등가물　 150

ex 2) 수익사업의 소득금액을 목적사업용 자산(취득가액 250)에 사용한 경우

① 수익사업 :
차)　고유목적사업준비금　100　　대)　현금　 및　 현금등가물　250
　 　잉　　　여　　　금　 90
　 　기　본　순　자　산　 60
② 목적사업 :
차)　현금 및 현금등가물　250　　대)　고유목적사업준비금환입　100
　 　　　　　　　　　　　　 　　　 　잉　　　　여　　　　금 　 90
　 　　　　　　　　　　　　 　　　 　기 　본　　순 　자 　산 　 60
차)　자　　　　　　　산　250　　대)　현금　 및　 현금등가물 　250

※ 사례2 : 고유목적사업준비금 설정대상 법인이 아닌 경우
│수익사업 B/S│ │수익사업 I/S│
ex) 수익사업의 소득금액을 목적사업용 자산(취득가액 100)에 사용한 경우

① 수익사업 : 차)　기　　　부　　　금　　100　　대)　현금　및　현금등가물　100
② 목적사업 : 차)　현금　및　현금등가물　100　　대)　기　부　금　　수　입　100
　　　　　차)　자　　　　　　　산　　100　　대)　현금 및 현금등가물　100
법인으로 보는 단체 중 고유목적사업준비금 설정대상법인을 제외한 단체의 수익사업에서 발생한 소득을 목적사업비로 지출하는 금액은 기부금으로 봅니다. 그러므로 기부금 손금산입한도 내에서 손금인정을 받기 위해서는 회계처리에서도 기부금의 지출로 처리하여야 합니다.