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1. 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인의 세무신고

(1) 원천세신고

비영리법인이 수익사업을 영위하지 않는 경우에도 직원들에게 급여를 지급하거나 행사진행을 위한 용역비, 초빙강사에게 강사료, 이사회 참석을 위해 임원들에게 지급하는 수당 등 인건비를 지급하는 경우에는 원천징수를 하여 원천세 신고를 하여야 합니다.

원천징수란 특정소득을 지급하는 자가 해당 소득을 지급할 때 일정한 방법으로 계산한 세액을 차감하여 지급하고 차감된 세액을 납세지 관할세무서장에게 납부하는 것을 말합니다. 결국 납세의무자인 소득자를 대신하여 소득을 지급하는 자가 원천징수의무자가 되어 원천징수된 세액을 납부하는 것입니다. 이렇게 원천징수된 세액은 원천징수한 달의 다음달 10일까지 신고·납부하여야 합니다. 하지만 원천징수 신고·납부 편의를 위해 직전 과세기간의 상시고용인원이 20명 이하인 비영리법인은 신청을 통해 반기별로 원천세 신고·납부가 가능합니다.

(2) 계산서 및 세금계산서 합계표 제출

○ 세금계산서 합계표 제출

세금계산서를 교부받은 비영리법인은 부가가치세 납세의무가 없는 경우에도 매입처별 세금계산서합계표를 당해 과세기간 종료 후 25일 이내(1.1~6.30 → 7.25, 7.1~12.31 → 다음 해 1.25)에 납세지 관할세무서장에게 제출해야 합니다.

○ 계산서 합계표 제출

부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급받아 교부받은 계산서의 매입처별 계산서합계표는 매년 2월 10일까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 합니다.

2. 수익사업을 영위하는 비영리법인의 세무신고

비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우 위의 신고 이외에 법인세 신고가 필요하며, 과세사업을 하는 경우에는 부가가치세 신고도 해야 합니다.

(1) 부가가치세

비영리법인이 부가가치세법에서 정하는 재화 또는 용역을 사업장을 가지고 독립적으로 공급하게 되면 부가가치세 납세의무자가 됩니다. 여기서 사업장이란 재화 또는 용역을 계속 반복적으로 공급하는 곳을 의미합니다.

부가가치세 과세사업자는 신고기간에 대한 과세표준과 납부세액을 그 신고기간이 끝난 후 25일 이내에 각 사업장 관할세무서장에게 신고하고 해당 납부세액을 납부해야 합니다.

(2) 법인세

비영리법인이 법인세법 제4조와 같은 법 시행령 제3조에서 열거한 수익사업에서 발생된 소득에 대해서만 법인세 납부의무를 지는 바 당해 소득에 대한 과세표준 및 세액의 산정방법, 신고납부절차는 영리법인과 일반적으로 동일합니다.

이러한 수익사업을 영위하는 경우에는 각 사업연도의 수익사업에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제하여 계산된 법인세를 각 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 신고·납부해야 합니다.

○ 법인세 신고기한(사업연도가 1.1. ~ 12.31.인 법인을 가정함)


○ 영리법인과 차이점

비영리법인은 영리법인의 경우와 달리 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없으며 그 외 다음과 같은 차이가 있습니다. ① 고유목적사업준비금의 손금산입 비영리내국법인은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 한도 범위 안에서 각 사업연도 소득금액계산에 있어 이를 손금에 산입할 수 있습니다.
② 이자소득에 대한 선택적 분리과세 비영리법인의 이자소득에 대하여는 다른 소득과 달리 법인세 신고를 하지 않을 수 있습니다. 이 경우 과세표준에 포함하지 않은 이자소득은 이자소득 수령 시 원천징수납부 한 것으로 신고의무가 종결됩니다. 즉, 종합과세인 신고납부방법과 분리과세인 원천징수방법 중 하나를 택할 수 있습니다.

비영리법인이 수익사업을 영위하지 않는 경우에도 보유한 금융자산에서 이자소득이 발생할 수 있습니다. 이러한 이자소득에 대해서는 원천징수분리과세가 가능하므로 법인세 신고를 하지 않아도 되는 것입니다.

하지만 이자소득에서 원천징수된 세금을 환급받기 위해서는 법인세 신고가 반드시 필요합니다. 법인세법에서는 이자소득에 대해 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있지만 원천징수방법을 선택할 경우 고유목적사업준비금 설정대상에서 제외되어 이자소득을 지급받을 때 원천징수된 법인세를 환급받을 수 없습니다. 따라서 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한후 신고 또는 경정 등으로 과세표준에 포함할 수 없으므로 원천징수된 법인세를 환급받기 위해서는 법인세 신고·납부 방법을 선택해야 합니다.

3. 공익법인의 세무신고

세법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인으로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 말합니다. 세법에서는 사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대해 각종 혜택을 부여하고 있는 반면, 이러한 조세지원 제도를 탈세나 부의 편법 상속 등으로 악용하는 행위를 규제하기 위해 공익법인이 지켜야할 의무를 구체적으로 규정하고 있습니다.

(1) 일반 공익법인의 세무신고

총자산가액　또는 수입금액과 출연받은 재산가액에 관계없이 모든 공익법인(일부항목의 경우 종교법인 등은 제외)에게 적용되는 사항입니다.

○ 출연재산 보고서 등 제출

재산을 출연받은 공익법인은 납세지 관할세무서장에게 결산에 관한 서류 및 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 제출해야 합니다. 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서에 출연재산·운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우에는 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 1%를 가산세로 부과합니다.

○ 결산서류 등 공시

공익법인(종교법인 제외)은 결산서류 등을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 홈택스에 공시해야 합니다. 다만, 총자산가액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산의 합계액이 3억원 미만인 공익법인은 간편서식으로 공시할 수 있습니다.

국세청장은 공익법인이 결산서류 등을 공시하지 않거나 그 공시내용에 오류가 있는 경우에는 해당 공익법인 등에 대하여 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록 하거나 오류를 시정하도록 요구할 수 있으며, 이를 이행하지 아니하는 공익법인에 대해서는 해당 공익법인의 재무상태표상 자산총액의 0.5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과합니다. 다만, 총자산가액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산의 합계액이 3억원 미만인 공익법인의 2022년 12월 31일 이전에 개시하는 과세기간 또는 사업연도의 공시에 대해서는 가산세를 부과하지 않습니다.

○ 기부금 모금액 및 활용실적 공개

기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인 홈페이지와 홈택스에 공개해야 합니다. 다만, 2021년 2월 17일 이후 결산서류 등을 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한 것으로 봅니다.

○ 공익법인 의무이행 여부 등 보고

공익법인(종교법인 제외)은 매 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청장에 의무이행 여부 등을 보고하여야 합니다. 국세청장은 의무이행 여부를 점검하여 공개하지 않거나 그 공개내용에 오류가 있는 경우에는 기부금 지출내역에 대한 세부 내용을 제출할 것을 해당 법인에 요구할 수 있고, 공익법인은 관련 자료를 요구받은 날부터 1개월 이내에 제출해야 합니다.

국세청은 공익법인이 의무이행을 하지 않아 지정 취소 요건에 해당할 경우 기획재정부장관에게 지정취소를 요청해야 하며, 기획재정부장관은 공익법인 등의 지정을 취소할 수 있습니다.

○ 기부금영수증 발급명세서 제출

기부금영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도의 기부금영수증 총 발급 건수 및 금액 등이 적힌 기부금영수증 발급명세서를 해당 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 다만, 2021년 7월 1일 이후 전자기부금영수증을 발급한 경우에는 그러하지 않습니다.

(2) 일정규모 요건을 갖춘 공익법인의 세무신고

총자산가액　또는 수입금액과 출연받은 재산가액이 일정규모 요건을 갖춘 공익법인(일부항목의 경우 종교법인 등은 제외)에게 적용되는 사항입니다.

○ 외부전문가 세무확인

공익법인 운영의 투명성을 확보하기 위해 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산의 합계액이 3억원 이상인 공익법인은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 2명 이상의 외부전문가로부터 세무확인을 받아 납세지 관할세무서장에게 보고해야 합니다.

세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니할 경우에는 해당 사업연도 수입금액과 출연받은 재산을 합친 금액에 0.07%을 곱하여 계산한 금액과 100만원 중 큰 금액을 가산세로 납부해야 합니다.

○ 외부회계 감사보고서 제출

직전 사업연도 총자산가액이 100억원 이상이거나 직전 사업연도의 수입금액과 출연재산 합계액이 50억원 이상 또는 출연재산가액이 20억원 이상인 경우 및 내국법인의 발행주식 총수의 5%, 계열주식 총재산가액의 30%(50%)를 초과하여 보유하고 있으나 성실공익법인 요건을 충족하여 가산세가 부과되지 않는 공익법인(종교 및 학교법인 제외)은 과세기간별 또는 사업연도별로 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 합니다.

회계감사를 받은 공익법인은 감사인이 작성한 감사보고서를 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 의무를 이행하지 아니할 경우에는 해당 사업연도 수입금액과 출연받은 재산을 합친 금액에 0.07%을 곱하여 계산한 금액을 가산세로 납부해야 합니다.

○ 성실공익법인 확인 신고

발행주식 총수의 5%, 계열주식 총재산가액의 30%(50%)를 초과하여 보유하는 공익법인은 매년 요건 총족 여부를 해당 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 관할 지방국세청에 신고해야 합니다. 미신고시 자산총액의 0.5%를 가산세로 부과합니다.

4. 비영리법인의 세무일정(12월말 법인인 경우)