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1. 지출증명서류의 수취 및 보관

세법에서는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 금액이 건당 3만원을 초과하는 경우에는 반드시 그 지출증명서류로 신용카드매출전표, 현금영수증, 세금계산서 또는 계산서를 받아 보관하도록 하고 있습니다.

이는 경비지출의 투명성을 확보하고 거래 상대방의 과세표준을 양성화하기 위한 목적으로 이러한 증명서류를 받지 않거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 받지 않거나 사실과 다르게 받은 금액과의 차액의 2%를 가산세로 납부하게 됩니다.

하지만 비영리법인의 경우에는 수익사업과 관련된 부분에 대해서만 이러한 지출증명서류의 수취 및 보관의무가 있습니다. 그러므로 수익사업을 영위하는 비영리법인의 경우에는 거래 건당 3만원을 초과하는 경비를 지출하는 경우에는 세법에서 요구하는 지출증명서류를 수취해야 가산세를 부담하지 않습니다. ■ 법인세법 제116조【지출증명서류의 수취 및 보관】 ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년 간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1항 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다) 2. 현금영수증 3. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서 4. 제121조 및 「소득세법」 제163조에 따른 계산서
■ 법인세법시행령 제158조【지출증명서류의 수취 및 보관】 ① 법 제116조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 1. 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 가. 비영리법인(제3조 제1항의 수익사업과 관련된 부분은 제외한다) 나. 국가 및 지방자치단체 다. 금융보험업을 영위하는 법인(「소득세법 시행령」 제208조의 2 제1항 제3호의 규정에 의한 금융·보험용역을 제공하는 경우에 한한다) 라. 국내사업장이 없는 외국법인 - 중 략 - ② 법 제116조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 공급받은 재화 또는 용역의 건당 거래금액(부가가치세를 포함한다)이 3만원 이하인 경우 2. 농·어민(한국표준산업분류에 의한 농업 중 작물재배업·축산업·복합농업, 임업 또는 어업에 종사하는 자를 말하며, 법인을 제외한다)으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받은 경우 3. 「소득세법」 제127조 제1항 제3호에 규정된 원천징수대상 사업소득자로부터 용역을 공급받은 경우(원천징수한 것에 한한다) 4. 제164조 제8항 제1호에 따른 용역을 공급받는 경우 5. 기타 기획재정부령이 정하는 경우
■ 법인세법 제75조의 5【증명서류 수취 불성실 가산세】 ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제1항의 가산세를 적용하지 아니한다. 1. 제25조 제2항에 따른 접대비로서 손금불산입된 경우 2. 제116조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우 ③ 제1항에 따른 가산세는 산출세액이 없는 경우에도 적용한다. 그렇다면 비영리법인이 수익사업을 영위하지 않는 경우에는 세법에서 요구하는 지출증명서류를 받지 않아도 될까요?

세법에서는 이 경우에 가산세를 부담하지 않기 때문에 세법에서 요구하는 지출증명서류가 아닌 계약서, 금융거래내역, 영수증 등으로 거래사실이 확인 가능하면 됩니다. 하지만 비영리법인은 국가의 정책과 그 성립목적에 맞게 투명하게 운영되어야 하므로 해당 지출에 대한 사용목적과 용도를 구체적으로 기록하고 가급적 세법에서 요구하는 지출증명서류를 받는 것이 바람직해 보입니다.

간혹 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 금액하면서 세금계산서를 요구하면 부가가치세 10%를 별도로 요구하는 경우가 있어 세금계산서를 받지 않는 경우가 있습니다. 이 경우 다른 증명서류로 거래사실이 확인되면 가산세 등 문제는 없으나 이는 재화나 용역을 공급하는 사업자가 세금을 탈세하기 위한 목적이므로 바람직하지 않습니다.

하지만 다른 증명서류로도 사업과 관련되었다고 확인이 불가능한 상황에서 지출이 이루어졌다면 세법에서는 지출한 사람의 인건비 등으로 보아 소득세가 부과될 수 있으며, 세법 이외에 횡령, 배임 등의 문제가 발생할 수 있습니다.

2. 세금계산서 VS 계산서

부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대해 부과되는 세금입니다. 부가가치세는 원칙적으로 모든 재화나 용역의 소비행위에 대하여 과세하며, 그 세부담의 전가를 예정하는 간접소비세입니다. 여기서 세부담의 전가란 법률상 부가가치세의 납세의무를 지는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만, 그 세액은 다음 거래단계로 이전되어 궁극적으로 최종소비자가 부담하게 되는 것입니다.

부가가치세 과세사업을 영위하지 않는 비영리법인이 사업자로부터 재화나 용역을 공급받으면 비영리법인은 부가가치세 납세의무가 없으니 부가가치세를 부담하지 않고 세금계산서가 아닌 계산서를 요청하는 경우가 있습니다.

이러한 부가가치세 과세여부는 공급받는 자를 기준으로 하는 것이 아니라 재화나 용역을 공급하는 공급자를 기준으로 판단해야 합니다. 그러므로 비영리법인이 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급받는 경우에는 부가가치세를 부담하고 계산서가 아닌 세금계산서를 교부받아야 합니다.

3. 부가가치세 대리납부

부가가치세 과세사업을 영위하지 않는 경우에도 부가가치세를 과세관청에 납부해야 하는 경우가 있습니다. 비영리법인이 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 부가가치세 과세대상인 용역 또는 권리를 유상으로 공급받아 과세사업이 아닌 사업(면세사업 또는 비수익사업)에 사용하는 경우 비영리법인이 그 대가를 지급하는 때에 공급자를 대신하여 부가가치세를 징수하여 대리납부하여야 합니다.

이러한 대리납부제도는 국외사업자로부터 공급받는 용역 또는 권리에 부가가치세를 과세하지 않으면 국외사업자로부터 공급받는 경우에 국내사업자로부터 공급받는 경우보다 부가가치세만큼 가격이 저렴해져서 조세중립성과 과세형평성을 유지할 수 없기 때문입니다. 그러므로 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 용역 또는 권리를 제공받는 경우 주의가 필요합니다. ■ 부가가치세법 제52조【대리납부】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조, 제53조 및 제53조의 2에서 “국외사업자”라 한다)로부터 국내에서 용역 또는 권리(이하 이 조 및 제53조에서 "용역 등"이라 한다)를 공급(국내에 반입하는 것으로서 제50조에 따라 관세와 함께 부가가치세를 신고·납부하여야 하는 재화의 수입에 해당하지 아니하는 경우를 포함한다. 이하 이 조 및 제53조에서 같다)받는 자(공급받은 그 용역등을 과세사업에 제공하는 경우는 제외하되, 제39조에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 용역 등을 공급받는 경우는 포함한다)는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여야 한다. 1. 「소득세법」 제120조 또는 「법인세법」 제94조에 따른 국내사업장(이하 이 조에서 "국내사업장"이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인 2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역등을 공급하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다) ② 제1항에 따라 부가가치세를 징수한 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부가가치세 대리납부신고서를 제출하고, 제48조 제2항 및 제49조 제2항을 준용하여 부가가치세를 납부하여야 한다. ③ 제1항과 제2항을 적용할 때 공급받은 용역 등을 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용하여 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우의 안분계산방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
■ 부가가치세법시행령 제95조【대리납부】 ① 법 제52조 제1항에 따라 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 대리납부신고서와 함께 부가가치세를 징수한 사업장 또는 주소지 관할 세무서장에게 납부하거나 「국세징수법」에 따른 납부서를 작성하여 한국은행(그 대리점을 포함한다. 이하 같다) 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 1. 용역등 공급자의 상호·주소·성명 2. 대리납부하는 사업자의 인적사항 3. 공급가액 및 부가가치세액 4. 그밖의 참고 사항

4. 원천징수

비영리법인이 직원들에게 급여를 지급하거나 사업자가 아닌 개인에게 행사진행을 위한 용역비, 초빙강사에게 강사료, 이사회 참석을 위해 수당 등 인건비를 지급하면서 과세관청에 신고 없이 관련된 급여대장과 금융자료로 경비처리를 하는 경우가 있습니다.

세법에서는 원천징수대상 사업소득자로부터 용역을 공급받아 원천징수를 한 경우에는 지출증명서류를 수취한 것으로 보아 이에 대한 가산세가 발생하지 않으며, 비영리법인이 인건비를 지급하는 경우에는 원천징수를 하지 않은 경우 수익사업과 관련 여부와 상관없이 원천징수 불이행에 따른 가산세가 부과됩니다.

여기서 원천징수란 특정소득을 지급하는 자가 해당 소득을 지급할 때 일정한 방법으로 계산한 세액을 차감하여 지급하고 차감된 세액을 납세지 관할세무서장에게 납부하는 것을 말합니다. 결국 납세의무자인 소득자를 대신하여 소득을 지급하는 자가 원천징수의무자가 되어 원천징수된 세액을 납부하는 것입니다.

이렇게 원천징수된 세액은 원천징수한 달의 다음달 10일까지 신고·납부하여야 합니다. 하지만 원천징수 신고·납부 편의를 위해 직전 과세기간의 상시고용인원이 20명 이하인 비영리법인은 신청을 통해 반기별로 원천세 신고·납부가 가능합니다.

■ 소득세법 제127조【원천징수의무】 ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호 또는 제9호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. 1. 이자소득 2. 배당소득 3. 대통령령으로 정하는 사업소득(이하 "원천징수대상 사업소득"이라 한다) 4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다. - 생략 -
■ 소득세법 집행기준 127-0-1【원천징수의무자의 범위】 ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 세법에 따른 원천징수 대상 소득을 지급하는 자는 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수해야 한다. ② 소득을 지급하는 자가 사업자등록번호 또는 고유번호가 없는 경우에도 원천징수의무자에 해당되는 경우 원천징수납부의무가 있다. ③ 원천징수를 해야 할 자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권(授權) 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 원천징수의무규정을 적용한다. ④ 사업자(법인을 포함한다)가 음식ㆍ숙박용역이나 서비스용역을 공급하고 그 대가를 받을 때 봉사료를 함께 받아 해당 소득자에게 지급하는 경우에는 그 사업자가 그 봉사료에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.