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제목 건축공사 착공 후에 법 개정으로 감면 규정이 없어진 경우 종전 감면규정이 적용되는지 여부
저자 박광현  - 공인회계사, 우리회계법인 부대표 등록일 2019.10.15
세목 지방세특례제한 관련문서번호 조심2019지1024, 2019.08.21
* 1) 같은 취지의 심판례 : (조심2018지867, 2019.06.24.); (조심2018지1116, 2019.06.17.)
1. 쟁점 사항
청구법인이 향후에도 감면조항이 그대로 유지될 것이라고 착공하였는바, 준공 당시 감면규정이 일몰이 되었으나 착공 당시의 감면규정에 의하여 감면대상이 되는 것이 정당한지 여부
2. 관련법령
  • 구 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)
제33조 【주택공급 확대를 위한 감면】
  • 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
부 칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)
제14조 【일반적 경과조치】 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
 
  • 구 「지방세특례제한법 시행령」
제15조 【주택건설사업자의 범위 등】
  • 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 주택건설사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
    • 1. 해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 이전에 「부가가치세법」 제8조 에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자
       
  • 구 「서울특별시세 감면조례」1994.12.31. 서울특별시조례 제3145호로 제정된 것)
제16조 【공동주택에 대한 감면】
  • 공공단체ㆍ주택건설사업자(당해 건축물의 사용검사일까지 「부가가치세법」 제5조의 규정에 의하여 건설업 또는 부동산매매업의 사업자 등록증을 교부받거나 동법시행령 제8조의 규정에 의한 고유번호를 부여받은 자) 및 「주택건설촉진법」 제44조 제3항의 규정에 의한 고용자가 분양을 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(아파트ㆍ연립주택ㆍ다세대주택 및 그 부대복리시설을 말한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 사용검사일부터 2월 이내에 보존등기를 하지 아니하는 때에는 그러하지 아니하며, 「지방세법」 제120조 제3항 및 제150조의 2 제3항의규정에 의하여 취득세와 등록세를 신고 납부하여야 한다.
3. 관련해석 등
(1) 취득과 밀접하게 관련된 원인 행위(건축공사 착공) 시의 종전 규정에 따라 감면되어야 한다는 사례
「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 5세대 이상의 공동주택에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

위의 부칙 제14조에서 납세자의 신뢰보호를 위하여 개정 전 규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있는 바, 여기에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”에는 개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에도 이를 적용하여야 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다 할 것이다[(대법원2015두42763, 2015.10.15.) 판결, 같은 뜻임].

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조의 일반적 경과 조치에 관한 규정은 종전 규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전 규정을 신뢰하고 원인 행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점, 납세의무의 성립이 건축물의 사용승인에 있는 경우에는 건축물을 착공 하는 것이 그 원인행위에 해당하는 점, 주택건설사업자가 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택(5세대 이상)에 대한 취득세 면제 규정은 1995.1.1. 「서울특별시세 감면조례」 제16조 제1항에 신설되어 2014.12.31. 쟁점조항이 일몰되기 전까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인으로서는 쟁점아파트의 사용승인을 받을 때까지 동 규정이 유지될 것이라고 기대한 것이 무리는 아닌 것으로 보이는 반면 행정안전부는 청구법인이 쟁점아파트의 건축공사를 시작하기 전 쟁점규정을 삭제하거나 감면율을 인하하겠다는 내용을 골자로 하는 입법예고를 한 사실이 없는 점, 청구법인은 쟁점조항이 시행 중인 2012.9.24. 쟁점아파트의 건축공사를 착공하였고 그 당시 쟁점아파트는 주택건설사업자가 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 5세대 이상의 공동주택으로 쟁점조항에 따른 취득세 면제 규정을 충족하는 점 등에 비추어 비록, 청구법인이 쟁점조항의 일몰기간 경과한 후인 2015.9.22. 쟁점아파트를 취득하였다 하더라도 쟁점아파트의 취득과 밀접하게 관련된 원인 행위(쟁점아파트 건축공사 착공)는 쟁점조항이 시행 중일 때 이루어진 사실은 다툼이 없는 이상 쟁점아파트의 취득세는 쟁점조항 및 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조에 따라 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이와 다른 견해에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심2019지1024, 2019.08.21.).
1) 사례 1
유동화전문회사인 원고가 구 조특법 규정의 시행 당시 이 사건 부동산을 담보로 하는 채권을 양수하여 보유하다가 개정 조특법 규정이 시행된 후 그 채권의 회수를 위한 경매절차에 참여하여 위 부동산을 취득하였으므로, 그 부동산의 취득에 대해서는 개정 조특법 규정이 적용되어 취득세가 감면되지 않는다고 본 원심의 판단은 정당함(대법원2015두42763, 2015.10.15.).
개정 조특법 규정이 취득세 감면범위를 축소함으로써 유동화전문회사에 불리하게 개정되었는데, 구 조특법 규정은 2012.12.31.까지의 한정된 기간 동안 유동화전문회사가 양수한 유동화자산을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 행위의 일환으로 부동산을 취득하는 경우에 취득세를 감면하도록 정한 것으로 볼 수 있고, 이 사건 부칙조항은 유동화전문회사의 신뢰보호를 위하여 구 조특법 규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 정하고 있으므로, 구 조특법 규정의 시행 당시 유동화자산을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 행위의 일환으로 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위가 이루어진 경우에는 그 원인행위 당시의 구 조특법 규정이 적용된다. 따라서 유동화전문회사가 구 조특법 규정의 시행 당시 유동화자산인 부동산 담보부 채권을 양수한 후 담보 부동산의 경매절차에서 매수신청을 하고 매각허가결정을 받아 매수신청인 또는 매수인의 지위를 취득하는 등으로 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 행위로 나아간 경우에는, 비록 개정 조특법이 시행된 후 매각대금을 완납하였다고 하더라도 그 유동화전문회사의 신뢰보호를 위하여 이 사건 부칙조항에 따라 구 조특법 규정이 적용되어 취득세가 감면되나, 이에 이르지 아니한 채 유동화전문회사가 구 조특법 규정의 시행 당시 단순히 유동화자산인 부동산 담보부 채권을 양수하여 보유하고 있었던 경우에는, 설령 장래의 담보 부동산 취득에 대한 취득세 감면을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 그 신뢰가 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 없으므로, 구 조특법 규정이 적용되지 않고 납세의무의 성립 당시 법령인 개정 조특법 규정이 적용되어 취득세가 감면되지 않는다고 할 것이다.
2) 사례 2
납세의무자에게 불리하게 세법이 개정된 경우 부칙에서 “종전의 예에 의한다”는 경과규정을 두고 있다면 납세의무자에게 유리한 구법을 적용해야 함(대법원93누5666, 1994.05.24.).
신법이 시행되기 전에 있어서는 장난감제조업과 같은 도시형 업종의 공장 이전을 위하여 취득하는 공장용 건물에 대하여는 구 「지방세법」의 규정에 따라 취득세와 등록세가 면제되어야 하고, 위 위임근거가 없던 당시의 구 「지방세법 시행규칙」 제47조의 2에 따라 면제대상에서 제외하여서는 안된다 할 것이며, 신법이 시행된 이후에는 그 근거규정이 마련된 위 시행규칙(1990.7.26. 개정된 것)에 따라 그 취득세와 등록세가 면제대상에서 제외되게 되었다 할 것인바, 이와 같이 풀이할 때, 위 「지방세법」은 결국 납세의무자에게 불리하게 개정되었다 할 것이다. 그런데, 개정 「지방세법」(법률 제4269호) 부칙 제1조는 위 개정된 「지방세법」 조항을 1991.1.1부터 시행한다고 규정하면서 같은 부칙 제3조는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다’라고 규정하고 있으므로, 원고에게 불리하게 「지방세법」이 개정된 이 사건에 있어서는 위에서 본 법리에 따라 마땅히 구법을 적용하여 취득세와 등록세를 면제하여야 할 것이다. 따라, 이와 달리 본 원심판단에는 개정 지방세법이 시행되기 전의 무효인 위 시행규칙 제47조의 2를 유효한 것으로 오해하였거나 개정 「지방세법」 부칙 제3조의 법리를 오해한 위법이 있다 할 것이다.
(2) 취득세 납세의무성립(취득 시점)의 새로운 규정을 적용하여야 한다는 사례
구 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제6조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

또한 「경상남도 도세 감면조례」 제12조의 2에서 구 「지방세특례제한법」 제97조의 2 제1항에 따라 지방세 감면율을 인하하는 대상과 그에 따른 감면율의 적용은 다음 각 호의 구분에 따른다고 규정하면서, 그 제5호에서 「지방세특례제한법」 제78조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경우에는 각각 취득세의 100분의 75를 2014년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조례 부칙 제3조에서 제12조의 2의 개정규정은 이 조례 시행(2013.2.7.) 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있다.

청구법인은 2013.10.24. 산업단지 내에서 산업용 건축물인 쟁점건물을 건축하여 취득하였으므로 취득세 등은 특별한 사정이 없는 한 당시 시행 중인 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 구 「경상남도 도세 감면조례」 제12조의 2 제5호를 적용하여 75% 감면대상으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인은 쟁점건물 취득세 등이 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 부칙 제6조의 경과규정에 따라 면제되어야 하고, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 유리한 종전 규정을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 이를 적용하여야 할 것[(대법원94누15387, 1995.06.30.) 판결 등 다수, 같은 뜻임]이라고 주장하나, 개정된 법령 등에 경과규정이 없다면 법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 할 것인바, 쟁점건물의 취득세 등이 75% 감면대상이 된 것은 같은 법 제78조 제4항이 개정된 때문이 아니므로 동 경과규정을 적용할 수 없고, 2013.2.7. 신설된 「경상남도 도세 감면조례」 제12조의 2 제5호에 따른 것이나 동 부칙에는 경과규정이 없으며 이 경우 납세의무가 성립할 당시에 시행 중인 조례가 적용되어야 하므로 결국 쟁점건물의 취득세 등이 면제대상인 것으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 2012.9.27. 쟁점건물을 착공할 당시 시행 중인 지방세 관련 법령에는 취득세 등이 면제되도록 규정하고 있어 장차 동 건물을 신축하여 취득할 경우에도 면제될 것으로 신뢰하였으므로 이 건 거부처분은 신뢰보호원칙에 위배된다고 주장하나, 쟁점건물을 착공할 당시에 시행 중인 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 2013.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있는 상황이어서 청구법인이 그 후에 쟁점건물을 취득한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 이 건 거부처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 2013.10.24. 취득한 쟁점건물에 대한 취득세가 취득할 당시에 시행 중인 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 「경상남도 도세 감면조례」 제12조의 2 제5호 등에 따라 75% 감면대상인 것으로 보아 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심2017지806, 2017.11.06.).
4. 검토 해설
(1) 신뢰보호원칙과 경과규정의 관계
법 개정으로 불이익을 당하는 납세자가 최소한이 되도록 지방세관계법을 좀 더 체계적으로 하여야 할 것이다. 법 개정 시 간과하였던 것으로 소급과세금지 원칙에 위배되었다고 판단될 수 있는 내용은 다음과 같다.
1) 소급입법에 대한 법원의 판단
대도시 외로 이전하는 경우 취득세 비과세(구 「지방세법」 제110조의 2 : 1994.12.22. 삭제)규정이 현행 「지방세법」에서는 삭제되었으나 삭제될 시점에 소급과세 문제가 대두된 것이었다. 이에 대하여 대법원의 판례를 살펴보면 “오랜 기간 동안 지속적으로 시행되어 온 제도이고, 1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 「지방세법」에서 개정 법 제275조로 조문 정리되면서 같은 법 부칙 제2조에 의하면 1997.12.31.까지 적용한다고 규정하였으므로 같은 법 부칙 제2조에서 법률 조항의 지속을 보장한 1997.12.31.이 되기 전인 1995.8.21. 갑자기 부산광역시나 대구광역시를 종전과 달리 대도시의 범위에서 제외하는 것으로 시행령을 개정하여 유예기간도 없이 동일부터 시행되게 함으로써 모법에서 보장한 과세면제의 혜택을 배제한 것은 당사자들이 예상하기 어려운 사정이라 할 수밖에 없고, 1995.6.15. 건축허가를 받아 공장 건축공사에 착공까지 한 일단의 원인행위가 모두 개정령 시행 이전으로서, 이와 같은 원인행위 시 이미 원고에게는 종전 규정에 의하여 취득세를 면제받을 것이라고 하는 신뢰가 발생하였고, 이러한 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 하는 것이 대법원판례의 정신이다[(대법원97누201, 1998.11.13.); (대법원93누5666, 1994.05.24.) 등 다수]”라고 판시하고 있다.
2) 전부 개정 또는 일부 개정 시 경과규정과 소급과세금지 원칙의 관계
구 「서울특별시세 감면조례」 제19조에서 재개발주택 조합원에 대한 감면대상이 사업시행인가일 당시 소유자에서 정비구역지정일 현재 소유자가 사업시행자로부터 취득하는 85제곱미터 이하 주택에 대하여 취ㆍ등록세를 감면한다고 개정(2008.3.12. 제4611호), 부칙 제2조에서 “제19조의 개정규정은 이 조례 시행 이후 최초 정비구역으로 지정 고시일 현재 소유자가 취득하는 부동산에 적용한다”고 명시하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전규정을 적용하도록 개별적 경과규정을 두었으나, 분법으로 「지방세특례제한법」이 전면 개정되어 재건축조합원과 관련된 감면규정이 같은 법 제74조 제3항으로 신설되면서 기존 조례의 부칙규정이 반영되지 않았다.

법률의 일부 개정인 경우에는 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 규정이 없고 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효하는 것은 아니지만, 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 같은 것으로 종전의 본칙은 물론 부칙규정도 모두 소멸된 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효된다 할 것인바[(대법원2001두11168, 2002.07.26.) 참조]2), 전부 개정할 때에 그 효력 여부를 확인하여 전부 개정된 법령의 부칙에 구체적으로 감면요건이 되는 규정을 두어야 하는 것이고, 만일 명시적인 조항이 없다면 누락된 부칙 규정은 그 효력을 상실하는 것으로 보아야 할 것으로, 분법된 새 「지방세특례제한법」은 제정 법률로서 부칙 제3조에 일반적인 경과규정을 두고 있으나 이는 종전 처분에 대한 것으로 부칙규정 그 자체에 대한 것은 아니며, 종전의 감면조례가 폐지되어 감면 혜택을 받을 수 있었던 자의 기대이익을 충족시키지 못하는 면이 있다고 하더라도, 제정된 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아니다(지방세운영과-786, 2011.02.22.).
*2) 법령의 전부 개정은 기존 법령을 폐지하고 새로운 법령을 제정하는 것과 마찬가지여서 특별한 사정이 없는 한 새로운 법령이 효력을 발생한 이후의 행위에 대하여는 기존 법령의 본칙은 물론 부칙의 경과규정도 모두 실효되어 더는 적용할 수 없지만, 법령이 일부 개정된 경우에는 기존 법령 부칙의 경과규정을 개정 또는 삭제하거나 이를 대체하는 별도의 규정을 두는 등의 특별한 조치가 없는 한 개정 법령에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여 기존 법령 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아님[(대법원2011두18229, 2014.04.30.) 참조].
(2) 신뢰보호원칙을 중시한 심판례
1) 신뢰보호원칙이 적용되지 아니한다는 처분청의 견해
판례에서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무성립일 당시의 법령이 적용되어야 한다고 판결하고 있다.

이 건은 2012.9.24. 착공을 하였고, 2014.9.15. 안전행정부의 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안) 입법예고(공고 제2014-279호)를 통해 일몰도래한 지방세 감면사항들을 일괄 종료시킬 예정임을 밝힌 점, 2014년 취득을 위한 일련의 행위를 할 당시 해당 조항에 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 2015.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있는 상황이어서 청구법인이 그 후에 쟁점주택을 취득한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란한 점[(조심2017지806, 2017.11.06.), 같은 뜻임] 등에 비추어 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설사 청구법인이 종전 감면규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것[(대법원98두13713, 2001.05.29.) 판결, 같은 뜻임]이다.

쟁점조항은 일몰조항으로 2014.12.31.까지 효력을 유지되다가 그 후 개정을 하지 아니하여 2015.1.1.부터 효력을 상실하였을 뿐만 아니라 구 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙에서 쟁점조항을 향후 일정기간 동안 적용하겠다는 내용의 경과 규정을 별도로 규정하지 않고 있음을 볼 때, 청구법인이 쟁점조항 일몰기한 도래 여부에 관계 없이 향후에도 계속 유지될 것이라고 믿고 쟁점아파트의 신축공사를 시작하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과한 것으로 신뢰보호의 대상이 될 수 없다고 할 것인바, 쟁점조항 및 구 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조에 따라 쟁점아파트에 대한 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장 또한 받아들일 수 없다.

「지방세기본법」 제34조에서 취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때 납세의무가 성립된다고 규정하고, 「지방세법 시행령」 제20조 제6항에서 취득의 시기에 대해 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 보도록 하고 있는바, 취득세는 특별한 사정이 없는 한 납세의무가 성립한 당시 시행되는 법령을 적용하여야 한다.
2) 신뢰보호원칙이 적용되어야 한다는 심판례의 취지
쟁점아파트를 비롯한 이 건 아파트의 착공신고(2012.9.24.)를 할 당시에는 청구법인과 같은 주택건설사업자가 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 공동주택(5세대 이상)에 대하여는 취득세를 면제한다는 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항(이하 “쟁점조항”이라 한다)이 시행 중에 있었고, 청구법인은 향후에도 쟁점조항이 유지될 것이라고 믿고 쟁점아파트를 착공하였는바, 비록 쟁점아파트의 사용승인(2015.9.22.) 당시에는 일몰기한의 도래로 쟁점조항이 효력을 상실하였다 하더라도 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조의 일반적 경과조치와 납세자의 신뢰보호원칙에 따라 쟁점아파트에 대하여는 일몰기한의 도래에 관계 없이 쟁점조항을 적용하여야 하므로 청구법인이 분양할 목적으로 취득한 전용면적 60㎡ 이하 공동주택(5세대 이상)인 쟁점아파트는 취득세 면제대상이라는 것이다.

따라서 청구법인이 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항의 일몰기간이 경과한 후인 2015.9.22. 쟁점아파트를 취득하였다 하더라도 쟁점아파트의 취득과 밀접하게 관련된 원인 행위는 위 조항이 시행 중일 때 이루어졌는바, 쟁점아파트의 취득세는 위 조항 및 부칙 제14조에 따라 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.
5. 대상 심판례의 취지 등
1) 대상 심판례의 취지와 의미
향후에도 감면조항이 그대로 유지될 것이라고 믿고 아파트를 착공하였고, 종전 법령에 의하여 자금조달 등을 계획하였으나 법 개정으로 자금조달 등에 차질이 생기게 된 결과로 나타나게 될 것이다. 상기 심판례는 감면규정의 일몰기간이 경과한 후에 아파트를 취득하였다 하더라도 아파트의 취득과 밀접하게 관련된 원인 행위는 감면규정이 시행 중일 때 이루어졌는바, 아파트의 취득세는 면제대상으로 보는 것이 타당하다는 것은 감면규정을 해석함에 큰 의미가 있는 것이다.
2) 추징규정과 대상 심판례의 취지와의 관계
대상 심판례의 취지에 따르면 감면된 세액에 대한 추징규정이 적용되는 경우에도 이를 적용할 여지가 있는 것이다. 심사례에 의하면 취득세 등의 면제에 관한 「지방세법」이 개정된 경우에 있어서 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득 당시의 법률에 따라 판단되어져야 할 것이지만, 추징사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 사유발생 당시의 법률에 따라 판단되어야 할 것이다(행심2002-121, 2002.03.25.)라고 결정하고 있다. 이러한 이유는 「지방세기본법」 제34조 제2항 제2호에 의하면 추징사유의 경우 납세의무성립은 추징사유발생일이기 때문이다. 그런데 부칙 등 경과규정에 의하여 달리 판단될 수 있는데, 예를 들어 “납세의무성립분부터”로 규정되어 있는지 아니면 “취득분부터”로 규정되어 있는지에 따라 감면 당시의 법률에 따라 추징대상 여부를 판단할 수도 있다.

한편, 별도의 규정이 없다면 납세자에게 불리하게 적용되는 경우를 제외하고는 개정 법률이 적용되는 것이다. 이는 세법의 개정이 있을 경우에 일반적으로는 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 하나, 개정된 세법 부칙이 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 예에 의한다”는 경과규정을 두고 있다면, 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이므로, 구법을 적용하여야 할 것이기 때문이다[(대법원2007두1545, 2007.03.16.); (대법원93누5666, 1994.05.24.) 참고].
3) 감면율이 축소된 경우 대상 심판례의 취지에 따라 종전 감면율이 적용될 수 있는지 여부
감면 축소방안으로 인하여 「지방세특레제한법」상 감면규정이 개정되어 감면율이 축소되고 있는데, 이 감면율에 대하여도 대상 심판례의 취지에 취득과 밀접하게 관련된 원인 행위인 건축공사 착공 시점의 감면율이 적용되어야 하는 것이 타당하다라고 주장할 수 있다. 이에 대하여는 상기 3. (2)의 심판례(조심2017지806, 2017.11.06.)3)에서는 계속 면제로 유지될 것이라는 믿을 수 있는 상황이 아니라는 점을 들어 청구인의 주장(축소되기 전의 감면율인 면제)을 받아들이지 아니한 것이나, 이 취지는 대상 심판례의 취지와는 달리 판단된 것으로 해석되어질 여지가 있다. 그런데 물류단지에 대한 감면규정이 개정된 연혁을 보면, 「지방세법」이 1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되면서 유통단지에 대한 감면규정이 도입된 이후로 특별한 변동없이 계속하여 취득세 면제규정이 연장되어 왔으며, 「지방세특레제한법」이 2014.12.31. 개정되면서 감면율이 일부 축소되었을 뿐 계속 감면대상으로 규정하고 있는 점을 보면, 지방세법령상 감면규정이 여러 차례 법령 개정에도 불구하고 법령 개정을 통하여 계속하여 연장 적용되어 온 경우에 있어서 감면시한을 두고 있다고 하더라도 이러한 감면시한까지만 감면규정을 적용하여야 할 특별한 사유가 없는 경우에 있어서는 감면시한을 근거로 일반적 경과규정의 적용을 배제할 수 없다고 해석하는 것이 합리적이라 할 것이고, 행정안전부의 「지방세특레제한법」 개정안에 대한 입법예고는 지특법상 감면규정이 대부분 일정한 감면시한을 두고 있고, 이러한 감면시한 이후에도 계속할 필요성이 있는지, 감면율이 적절한지 여부에 대하여 재검토를 할 수 있다는 일반적인 예고에 불과하고, 직접적으로 물류사업용 부동산에 대한 개정안이 포함된 입법예고(안)이 2014.9.15. 공고되었고, 이러한 입법예고 이전에 이미 건축공사가 진행 중인 경우에 사전에 감면율이 축소될 것이라고 예측할 수 있었다고 보는 것은 부적절하다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다(조심2018지3500, 2019.05.09.)라고 결정하고 있다.
*3) 쟁점건물을 착공할 당시에 시행 중인 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 2013.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있는 상황이어서 청구법인이 그 후에 쟁점건물을 취득한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 이 건 거부처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 2013.10.24. 취득한 쟁점건물에 대한 취득세가 취득할 당시에 시행 중인 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 「경상남도 도세 감면조례」 제12조의 2 제5호 등에 따라 75% 감면대상인 것으로 보아 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다.

전자는 면제가 유지될 것이 것이라는 점을 믿을 수 있는 상황이 아니라는 점을 들어 기각하였으나, 후자는 감면율이 축소될 것이라 예측할 수 있었다고 보는 것은 부적절하다는 점을 들어 인용한 것으로 상이한 결정내용이다.

따라서 명확한 판례가 없어서 축소되기 전의 감면율이 적용될 수 있는지 여부에 대하여도 논란의 쟁점이 될 수 있으나, 최근 심판례에서는 종전 감면율을 적용하여야 한다는 결정내용은 실무상 큰 의미가 있다고 본다.

한편, 감면율이 높아진 경우로서 별도의 경과규정이 없는 경우 준공 당시의 개정된 감면율에 의하여 적용될 것으로 판단된다. 이는 납세자에게 유리하게 개정된 것이므로 새로운 감면율이 적용되는 것이 더 타당하기 때문이다.
4) 종전 감면규정에서 최소납부제 적용되지 아니하는 경우 최소납부제 적용되는지 여부
대상 심판례처럼 종전 감면규정이 적용될 경우 종전 감면규정애서는 최소납부제가 적용되지 아니하였으나, 건축물 취득 시점에서는 최소납부제가 적용되는 경우 종전 감면규정에 의하여 면제가 된다고 하더라도 건축물 납세의무성립 시점에서 최소납부제가 적용되는 것이므로 최소납부제가 적용되어야 한다고 주장할 수 있다. 그런데 종전 감면규정이 적용되는 것이므로 최소납부제 또한 적용되지 아니하는 것이 타당하다고 판단된다.
6. 향후 대책
향후에도 감면조항이 그대로 유지될 것이라고 믿고 아파트를 착공하였으나, 준공일인 취득 시점에 감면규정이 없어진 경우에는 대상 심판례의 취지에 따르면 종전 감면규정이 적용되는 것으로 해석되어지는바, 이와 관련하여 법 개정 시의 감면규정과 경과규정을 잘 살펴 종전 감면규정이 적용될 수 있는지 검토할 필요가 있으며, 종전의 감면규정이 적용될 여지가 있다면 경정청구 등의 절차를 취해 볼 필요가 있을 것이다.
예규판례
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