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【제목】 청구법인이 쟁점조항의 일몰기간 경과한 후인 2015.5.27. 쟁점아파트를 취득하였다 하더라도 쟁점아파트의 취득과 밀접하게 관련된 원인 행위(쟁점아파트 건축공사 착공)는 쟁점조항이 시행 중일 때 이루어진 사실은 다툼이 없는 이상 쟁점아파트의 취득세는 쟁점조항 및「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조에 따라 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다 것임.경정
【문서번호】 조심2019지2123, 2019.09.27 【주어】 주택 공급 확대를 위한 감면
【세목】 지방세특례제한 【구분】 심판청구

주문

OOO이 2019.2.20. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 청구법인이 2015.5.27. 신축한 OOO 소재 공동주택 994세대 중 전용면적 60㎡ 이하인 563세대에 대한 취득가액을 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.5.27. OOO 토지상에 공동주택 994세대(전용면적 60㎡이하 563세대, 전용면적 60㎡초과 431세대, 이하 "이 건 공동주택”이라 한다) 및 근린생활시설(상가)을 신축한 후, 2015.6.1. 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2017.3.2. 청구법인이 당초 취득세를 신고ㆍ납부하면서 학교용지부담금 OOO원을 취득가격에서 누락한 사실을 확인하고, 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 2017.4.10. 청구법인에게 부과ㆍ고지하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 2017.11.16. 기각결정을 받았다.

다. 이후 청구법인은 2018.12.19. 이 건 공동주택 중 전용면적 60㎡이하인 공동주택 563세대(이하 "쟁점공동주택”이라 한다)는 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것, 이하 "지특법”이라 한다) 제33조 제1항에 따라 취득세가 면제되어야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.2.20. 이를 거부하는 통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

대법원에서는 세법이 개정된 경우에 세법 부칙에 일반적 경과조치를 규정하고 있다면, 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 한 특별규정이라 할 것이므로, 구법을 적용하여야 한다(대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 같은 뜻임)고 해석하고, 납세의무자가 종전규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우 납세의무 성립 당시 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결, 같은 뜻임)고 판시하고 있으며,

조세심판원에서도 지식산업센터 설립에 관한 승인 및 건축허가, 착공, 입주자 모집 공고까지 마쳤다면 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 원인행위에 나아간 것이므로 착공 당시에 시행되던 유리한 종전 조례를 적용하여 보다 낮은 감면율을 적용할 수 있다(조심 2017지1075, 2018.2.14. 같은 뜻임)고 결정한 사례도 있는바,

청구법인은 2012.7.16. 이 건 공동주택 사업부지를 매매로 취득하고, 2012.8.14. 건축관계자 변경 신고를 하여 2012.10.26. 사업계획변경승인을 받았으며, 2012.11.2. 공동주택공사재개 수리 통보를 받아, 같은 해 11.15. 입주자모집공고까지 완료하는 등 종전 지특법 제33조 제1항에 따른 취득세 감면 규정을 신뢰하여 이 건 공동주택을 건축하고자 한 것으로서, 이 건 공동주택 취득과 밀접하게 관련된 부지 매입, 사업계획변경승인, 착공, 입주자 모집 공고는 모두 종전 지특법이 시행되던 당시에 이루어졌으므로, 개정된 지특법 부칙 제14조의 일반적 경과조치 규정에 따라 청구법인의 이 건 공동주택 중 쟁점공동주택에 대하여는 종전 지특법 제33조에 따라 취득세를 면제하여야 할 것으로서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

지특법 제33조 제1항에서 주택건설사업자가 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제1조에서 이 법은 2015.1.1.부터 시행한다고 규정하면서 제3조에서 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제34조에서 취득세의 납세의무 성립시기는 과세물건을 취득하는 때로, 「지방세법 시행령」제20조 제6항에서 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있는바,

조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다고 할 것으로서(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임),

지특법 부칙 규정에 의하면 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있고, 취득세 등의 감면규정은 취득세 과세대상물건의 취득세 납세의무 성립일 현재 적용되는 규정을 적용하는 것이 타당하므로, 지특법 개정 이후 청구법인이 취득한 쟁점공동주택이 취득세 등이 감면대상이 되는지 여부를 판단함에 있어 개정 전의 지특법을 적용할 수 없다 할 것(조심 2012지0816, 2012.12.24. 같은 뜻임)이며,

청구법인이 2012.11.2. 처분청으로부터 공동주택공사재개 수리 통보를 받고 쟁점공동주택을 착공할 당시에 시행 중인 지특법 제33조 제1항에서 2012.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 2013.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있는 상황이어서 청구법인이 그 후에 쟁점공동주택을 취득한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란한 점(조심 2017지806, 2017.11.6. 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 공동주택을 신축하는 도중에 종전 지특법상 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택에 대한 감면규정의 감면시한이 종료된 경우 일반적 경과규정을 적용하여 종전의 규정에 따라 취득세를 면제하여야 하는지 여부

나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정된 것)

제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

<부 칙>(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것)

제33조(주택 공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 주택건설업 등을 목적사업으로 하여 1993.11.26. 설립하였음이 법인등기사항증명서에 나타난다.

(2) OOO은 2006.10.13. 이 건 공동주택에 대한 사업계획승인을 받았고, 사업부진으로 인하여 공사가 중단됨에 따라 OOO가 이를 인수하였다가, 2012.4.26. OOO과 공동주택 건설부지 및 그 지상의 건축중인 건축물에 대한 매매계약을 체결하였다.

(3) 청구법인은 2012.7.9. OOO과 이 건 공동주택 사업부지의 계약자 지위 이전계약을 체결하여 매수인지위를 승계받고, 2012.7.16. 매도인인 OOO와 부동산매매계약 인수계약을 체결한 후 2012.10.26. 이 건 공동주택 사업부지를 취득한 사실이 부동산매매계약서 등에서 확인된다.

(4) 청구법인이 2012년 8월경 처분청에 주택건설사업계획 변경신청(사업주체 변경)하여 처분청이 이를 승인하였음이 관련공문(건축디자인과-12270호, 2012.10.26.)에서 확인된다.

(5) 청구법인이 2012.11.1. 처분청에 이 건 공동주택 공사재개 신청을 하여 처분청이 이를 수리한 사실이 관련 공문(건축과-32458, 2012.11.2.)에서 확인된다.

(6) 청구법인은 2015.5.27. 이 건 공동주택에 대한 사용검사확인을 받은 사실이 관련 공문(건축과-15426)에서 확인된다.

(7) 청구법인은 2015.5.27. 이 건 공동주택을 취득하고 2015.6.1. 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였음이 취득세 신고서 등에 나타나며, 그 취득신고내역은 아래 <표>와 같다.

<표> 취득신고 내역

(표-생략)

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 소규모 공동주택에 대한 감면 연혁을 보면, 감면조례 및 「지방세법」에서 1979년부터 주택건설사업자가 건설하는 전용면적 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 대하여 취득세를 감면하도록 규정하다가, 지특법이 2010.3.31. 제정되면서 종전과 동일하게 소규모 공동주택에 대하여 취득세를 감면하도록 규정하였고, 2013.1.1. 지특법이 개정되면서 감면시한을 2014.12.31.로 연장하였으며, 2014.12.31. 지특법이 개정되면서 당해 감면규정의 감면시한을 별도로 연장하지 아니함에 따라 당해 감면규정은 사실상 폐지되었다.

(나) 일반적으로 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 경과규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 경과규정에 따라 종전의 규정에 따라 감면혜택을 부여할 수 있다 할 것인데, 지특법상 소규모 공동주택에 대한 감면시한을 연장하지 아니함에 따라 결과적으로 당해 감면규정이 사실상 폐지됨으로써 납세자에게 불리하게 개정된 것과 동일한 효과가 발생하였으며, 이와 같이 감면시한이 있는 감면규정을 연장하지 아니함에 따라 사실상 감면규정이 폐지된 것과 동일한 경우에 결국 납세자에게 불리하게 지특법이 개정된 것과 마찬가지라 할 것이므로 이러한 경우에도 일반적 경과규정을 적용할 수 있다고 보아야 할 것이다(조심 2018지1116, 2019.6.17. 같은 뜻임).

(다) 청구법인의 경우를 보면, 2012.7.9. 공동주택부지의 매수인지위 승계계약을 체결하고, 2012.10.26. 이를 취득하였으며, 같은 날 사업계획변경승인OOO을 받고, 2012.11.2. 공사재개신고를 하여 2015.7.25. 이 건 공동주택의 사용검사를 받은 것으로 확인되고, 지특법이 개정되기 이전에 일련의 취득 원인행위를 지체없이 시행하였으므로 감면시한 내에 건축을 완료하면 취득세를 면제받을 수 있다고 기대할 만한 사정이 있었다고 보이므로, 이러한 신뢰를 보호하기 위하여 지특법 부칙 제14조의 규정에 따라 종전의 감면규정을 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(라) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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