「지방세특례제한법」 제87조에서는 신용협동조합이 신용사업, 복지사업 및 조합원 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서는 ⅰ) 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우, ⅱ) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것인바[(대법원2003두7392, 2004.05.28.) 판결], 비록, 부동산 소유자의 의사에 반하여 ‘수용’이 이루어진다 하더라도 수용의 경우 수용물건에 대한 반대급부로서 보상금이 지급되므로 이를 매각과 달리 볼 수 없으며, 일반적 추징 조건을 규정하고 있는 「지방세특례제한법」 제178조 제2호에서 매각의 경우에는 정당한 사유를 명시하고 있지 않아 유예기간 이내 매각으로 소유권이 이전되는 경우 수용에 의한 것인지 여부는 추징을 판단하는 고려사항이 아니라 할 것이다. 따라서 신용협동조합의 감면받은 부동산이 도시계획 결정에 따라 수용되었다면 이는 매각과 달리 볼 수 없으며, 감면 유예기간 내에 매각된 이 건 부동산의 경우 정당한 사유를 불문하고 추징대상이라 할 것이다(지방세특례제도과-1532, 2016.07.05.).

이 유권해석은 구 「지방세법」 제276조 제1항 단서에 “그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 추징한다”라고 규정되어 있었는데, 이 규정에서 “정당한 사유 없이”라는 문구도 후단에도 연결되어 “정당한 사유 없이 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우”로 해석되어 적용하여 왔었다.

그런데 현행 규정에서는 ⅰ) 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우, ⅱ) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나^* 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다라고 규정되어 있어서 후단에는 “정당한 사유 없이”라는 문구가 없다는 점에서 위와 같이 해석하여 적용하였었다.
　

이 사건에서 문제되는 추징은 당초 취득세를 감면받은 자가 그 감면 취지에 합당한 사용을 하지 않을 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 취득세 부과처분과는 그 요건을 달리 하는 별개의 처분이고, 그 실질은 사후관리의 측면에서 감면 취지와 다른 용도로 사용하여서는 안 될 의무가 있음에도 이를 위반하여 다른 용도로 사용하였다는 「행정법」상의 의무 위반에 대한 제재의 성격을 가진다[(대법원2002두516, 2003.09.26.) 판결 등 참조]. 그런데 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정 목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의ㆍ과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에까지 부과할 수 있는 것은 아니다[(대법원2002두5177, 2003.09.02.) 판결 등 참조]. 따라서 추징에 관하여 ‘정당한 사유 없이’라는 명문의 규정이 없더라도 납세의무자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 추징이 허용될 수 없다[(대법원98두922, 2003.09.02) 판결 등 참조][(수원행법2017구합71230, 2018.07.05); (서울고법2018누56208, 2018.11.06) 대법원 심리불속행 기각].

농업협동조합이 어느 부동산을 업무에 ‘직접 사용’한다고 함은 농업협동조합이 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 농업협동조합의 업무에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다[(대법원2014두43097, 2015.03.26.) 판결).

따라서 부동산을 농협경제지주에 현물출자하고 그 대가로 주식을 교부받아 소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 해당 부동산이 업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로, 부동산을 그 사용일부터 2년 이내에 현물출자한 이상, 이는 추징조항이 규정한 추징사유인 ‘매각’에 해당한다.

또한 농축산물의 제조ㆍ가공 및 도매ㆍ소매사업을 수행하는 농협경제지주를 의제하는 구 「농업협동조합법」 제134조의 2 제6항, 구 「농업협동조합법 시행령」 제15조의 4 [별표 4] 제2호의 규정이 「지방세특례제한법」상 과세요건의 해석에까지 영향을 미친다고 볼 근거가 없다.^* 농협이 농협경제지주의 1인 주주라고 하더라도 농협과 농협경제지주는 별개의 법인격을 갖는 권리 주체에 해당하므로 추징 규정에 해당한다고 보아야 한다.

추징은 당초 취득세를 감면받은 자가 그 감면 취지에 합당한 사용을 하지 않을 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 취득세 부과처분과는 그 요건을 달리 하는 별개의 처분이고, 그 실질은 사후관리의 측면에서 감면 취지와 다른 용도로 사용하여서는 안 될 의무가 있음에도 이를 위반하여 다른 용도로 사용하였다는 「행정법」상의 의무 위반에 대한 제재의 성격이다[(대법원2002두516, 2003.09.26.) 판결 등 참조].

그런데 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정 목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의ㆍ과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에까지 부과할 수 있는 것은 아니다[(대법원2002두5177, 2003.09.02.) 판결 등 참조].

따라서 추징에 관하여 ‘정당한 사유 없이’라는 명문의 규정이 없더라도 납세의무자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 추징이 허용될 수 없다[(대법원98두922, 2000.10.06.) 판결 등 참조].

• ① 개정 「농업협동조합법」은 경제사업을 활성화하기 위한 취지로 이를 구현하기 위하여, 법 시행일부터 3년 이내에 원고로 하여금 판매ㆍ유통 관련 경제사업을 농협경제지주에 이관하도록 의무를 부과하였으며, 이관의 성격은 기존에 수행하던 경제사업 부문의 관할을 농협경제지주로 옮김으로써 경제사업의 수행 주체를 농협경제지주로 변경하기 위하여 이전하는 것을 의미한다. 따라서 경제사업의 수행주체가 변경될 뿐 사업의 목적이나 내용은 동일하게 유지된다고 보아야 한다.
• ② 비록 추징 조항이 규정한 추징사유인 ‘매각’에 해당하는 현물출자의 형식으로 이관이 이루어졌으나, 이는 개정 「농업협동조합법」 시행에 따라 불가피하게 선택할 수밖에 없는 방법으로 보이며 이관의 형식이 이관의 성격에 영향을 미친다고 할 수 없다.
• ③ 이관을 통하여 농협은 당초의 부동산을 취득한 사용목적을 포기한 것이 아니라 오히려 개정 「농업협동조합법」에 따라 신설된 농협경제지주로 하여금 부동산 취득 당시 목적하였던 사업계획을 계속 수행하도록 한 것이므로, 감면 규정의 취지를 벗어났다고 할 수도 없다. 따라서 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서의 매각 금지라는 법령상의 의무를 위반한 데 대하여 그 의무 위반을 탓할 수 없다.