부가가치세법은 영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는자인 ‘사업자’를 부가가치세 납세의무자로 정하고 있다. 다만, 앞서 언급한 것처럼 부가가치세법은 신탁재산에 관하여 부가가치세 납세의무자가 누구인지에 관한 명시적인 규정을 두지 않았는데, 신탁의 경제적 실질은 수탁자가 자기 명의로 그러나 위탁자의 계산으로 재화를 공급하거나 공급받는다는 측면에서 ‘위탁매매’와 유사하고, 부가가치세법은 ‘위탁매매’의 경우 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 보도록 명시하고 있어, 대법원은 이러한 위탁매매의 법리를 신탁재산 관리처분의 법률관계에 원용함으로써 원칙적인 부가가치세 납세의무자를 위탁자로 파악하였다. 즉, 신탁에서는 수탁자 자신이 계약당사자가 되어 신탁재산을 관리처분하게 되는 것이나, 그로 인한 이익과 비용은 최종적으로 위탁자에게 귀속하게 되어 실질적으로는 위탁자의 계산에 의한 것이라고 할 것인 점에 비추어, 신탁재산의 관리처분 등 신탁업무를 처리함에 있어서의 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자로 보아야 한다는 것이다(대법원 2000다33034, 2003.4.25. 판결).

한편, 위 판시 사안은 ‘자익신탁’, 즉 위탁자 자신이 수익자가 되어 신탁재산의 관리처분으로 인한 이익과 비용이 위탁자인 수익자에게 우선 귀속되는 경우였다. 그런데 대법원은 위탁자 외 제3자가 수익자인 ‘타익신탁’의 경우에도 자익신탁에서 적용한 법리를 일관하여, 그 우선수익권이 미치는 범위 내에서는 신탁재산의 관리처분 등으로 발생한 이익과 비용도 최종적으로 수익자에게 귀속되어 실질적으로는 수익자의 계산에 의한 것으로 되므로, 이 경우 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수익자로 보아야 한다고 판단하였다(대법원 99다59290, 2003.4.25. 판결).
정리하면, 종래 대법원은 신탁재산의 관리처분으로 인한 부가가치세 납세의무자를 자익신탁의 경우에는 위탁자, 타익신탁의 경우에는 우선수익권이 미치는 범위 내에서는 수익자로 구분하여 파악하였다고 볼 수 있다.

앞서 살펴본 대법원의 판단 이후로 과세관청과 조세심판원 역시 신탁재산의 관리처분과 관련하여 부가가치세 납세의무자를 유사한 취지로 판단하여왔다. 다만, 과세관청은 신탁재산에 대한 사용ㆍ수익 및 처분 등의 권한을 ‘실질적 통제권’으로 지칭하면서, 타익신탁에서 이러한 실질적 통제권이 위탁자에서 우선수익자로 이전되는 경우에는 그 이전시기에 위탁자가 우선수익자에게 재화를 공급한 것으로 해석하였다(서면3팀-76, 2008.1.9.). 즉, 신탁재산의 관리처분에 대한 부가가치세 납세의무자는 대법원 판례와 같이 우선수익권이 미치는 범위 내에서는 수익자라고 보면서도, 그 전(前)단계에서 위탁자로부터 수익자에게로 신탁재산에 대한 ‘실질적 통제권’이 이전된다고 보고 이를 위탁자가 수익자에게 재화를 공급한 별도의 부가가치세 과세거래로 파악하겠다는 것이다. 이는 타익신탁의 신탁재산 관리처분을 위탁자-수익자-매수인으로 이어지는 순차 거래로 파악함으로써 타익신탁의 법률관계를 전단계 세액공제 제도를 취하고 있는 현행 부가가치세법에 부합하도록 보충한 것으로 이해할 수 있다.한편, 조세심판원도 타익신탁에서 과세관청과 마찬가지로 신탁재산에 대한 ‘실질적 통제권’이라는 개념을 인정하되, 구체적인 사안에 따라 신탁계약의 내용 등을 종합하여 위탁자로부터 수익자에게 ‘실질적 통제권’이 이전되었는지를 판단하였다.

다만, 신탁재산의 ‘실질적 통제권’ 이전 법리에 대해서는 ‘실질적 통제권’ 이전을 재화의 공급과 동일하게 볼 수 있는지, 위탁자와 수익자 사이에 ‘실질적 통제권’을 이전하기로 하는 거래가 없었고, 법령에서 이를 의제하는 근거가 없음에도 불구하고 이를 거래로 볼 수 있는지, 개별 사안에서 ‘실질적 통제권’이 위탁자로부터 수익자에게 이전되었는지를 어떤 기준으로, 언제 판단해야 하는지, ‘실질적 통제권’의 이전을 재화의 공급으로 볼 경우 그 공급가액을 어떻게 파악하는지에 대한 기준이 없었고, 그 때문에 세법 이론상 및 실무상 많은 논란이 발생하였다.

타익신탁에서는 우선수익권이 미치는 범위 내에서 수익자가 신탁재산의 관리처분으로 인한 부가가치세 납세의무자가 되므로, 이 사건 건물의 양도로 인한 부가가치세 납세의무자는 이 사건 신탁계약의 수익자인 은행이지 위탁자인 원고가 아니다(다만, 이 사건 건물의 소유권을 은행이 취득하였으므로 결국 재화를 공급하는자와 공급받는자가 동일하여 부가가치세를 과세할 수 없을 것이다). 결국, 이 사건 처분은 납세의무자 아닌 자에 대한 처분이어서 위법하다.

부가가치세는 재화나 용역이 생산ㆍ유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 부가가치세법은 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화와 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 부가가치세 과세원인이 되는 재화의 공급으로서의 인도 또는 양도는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는자는 위탁매매나 대리와 같이 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다고 보아야 한다.

신탁법상의 신탁은 위탁자가 수탁자에게 특정한 재산권을 이전하거나 기타의 처분을 하여 수탁자로 하여금 신탁 목적을 위하여 그 재산권을 관리ㆍ처분하게 하는 것이고, 이는 담보신탁을 체결한 경우에도 마찬가지이다. 따라서 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리처분하면서 재화를 공급한 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로, 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 하고, 그 이익과 비용이 위탁자나 수익자에게 최종적으로 귀속된다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다. 이와 달리 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자는 그 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 귀속되는 위탁자 또는 수익자가 되어야 한다는 취지로 판시한 판결들은 이 판결의 견해에 저촉되는 범위에서 이를 변경한다. 이 사건 건물 공급에 따른 부가가치세 납세의무자는 수탁자인 신탁회사이므로, 결론적으로 원고가 납세의무자가 아니라는 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 본 원심판결은 정당하다.

대상 판결은 “신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자는 그 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 귀속되는 위탁자 또는 수익자가 되어야 한다”는 취지로 판시한 기존 대법원 판결들을 변경하는 대법원 전원합의체 판결이다. 이에 따라 2003년 이후 현재까지 약 10년 이상 기존 대법원 판결을 신뢰하여, 그에 따라 이루어진 수많은 거래의 처리 방안, 부가가치세 신고 및 납부의 효력 등과 관련한 복잡한 법률분쟁이 발생할 우려가 있다. 단순히 조세채권자(국가)와 조세채무자(납세의무자) 양자 간의 문제 이외에, 위탁자, 수익자, 수탁자 및 수탁자로부터 신탁재산을 이전받은 거래 상대방이 포함된 다자간의 문제가 얽혀 있다. 특히, 이들 중 일방에게 무자력이 있는 경우 법률 분쟁이 발생할 가능성은 더욱 커질 것이다.

기존 대법원 판결의 법리에 따르면 부가가치세 납세의무자는 자익신탁의 경우 위탁자, 타익신탁의 경우 수익자가 된다는 점에서 기존 법리 하에서도 일견 납세의무자의 판단은 명확하였다고 볼 여지가 있다. 그러나 대법원은 타익신탁에서 수익자는 ‘우선수익권이 미치는 범위 내에서만’ 부가가치세 납세의무자가 된다고 제한적으로 판시함으로써, 우선수익권이 미치지 않는 범위에서는 여전히 위탁자가 납세의무자가 될 수 있는 여지를 남겨놓고 있었다. 그 결과 수익자가 여러 명인 경우나 신탁계약의 조건에 따라 우선수익권의 범위가 달라지는 경우와 같이 우선수익권이 미치는 범위가 구체적으로 어디까지인지 명확하지 않은 경우에는 부가가치세 납세의무자가 누구인지 확정하기 어려운 문제가 있었다. 나아가, 과세관청이 ‘실질적 통제권’ 법리까지 도출한 결과 구체적 사안에 이를 경우 부가가치세 처리를 어떻게 해야 하는지 판단하기가 쉽지 않았었다.

이와 같은 문제는 기본적으로 대법원이 신탁재산의 공급에 위탁매매의 법리를 원용하여 신탁재산의 관리처분으로 인한 이익과 비용이 최종적으로 귀속되는 자를 부가가치세 납세의무자로 파악한 점에 기인한다. 이러한 전제 하에서는 신탁재산으로 인한 이익과 비용이 위탁자나 수익자 중 누구에게 최종적으로 귀속되는지를 사안마다 따져보아야만 했기 때문이다. 그런데 대상판결은 부가가치세법이 재화 또는 용역의 공급이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하는 ‘거래세’의 형태를 띠고 있다는 점을 근거로, 부가가치세 납세의무자를 판단함에 있어서는 그 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화의 공급이라는 거래행위를 기준으로 하여야 한다고 판시함으로써 판단의 기준 자체를 변경하였다. 즉, 이익이나 비용의 최종적인 귀속을 고려하여 부가가치세 납세의무자를 판단하던 기존의 위탁매매의 법리를 폐기하는 대신, 재화를 공급하는 자는 원칙적으로 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자로 파악하도록 한 것이다.

대상판결에 따라 앞으로는 신탁과 관련된 부가가치세 납세의무자를 거래행위를 기준으로 쉽고 명확하게 판단할 수 있게 됨으로써, 신탁에 관한 거래상 부가가치세 납세의무자가 누구인지에 관한 실무상의 혼란을 방지할 수 있게 되었다. 요컨대, 대상판결은 부가가치세의 거래세로서의 특성을 고려하여, 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산의 소유권을 이전받은 다음 수탁자가 계약당사자가 되어 신탁재산을 처분한 경우의 부가가치세 납세의무자는 수탁자라는 점을 명확히 하였다는 점에서 중대한 의의를 갖는다고 하겠다.

대상판결은 수탁자가 신탁재산을 처분한 경우에 관한 것이어서, 수탁자의 신탁재산 처분 이전에 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전시키는 행위를 별도로 재화의 공급으로 보아 부가가치세 과세대상으로 삼아야 하는지에 관해서는 명확하게 알 수 없다. 전단계 세액공제 제도를 취하고 있는 현행 부가가치세법상으로는 위탁자로부터 수탁자에게로의 신탁재산 이전 행위와 수탁자의 신탁재산 처분행위가 부가가치세 과세대상거래로 연결되어야 한다는 견해도 상당한 설득력이 있다는 점, 과세관청은 타익신탁에서 수익자를 부가가치세 납세의무자로 보던 과거 법리 하에서도, 위탁자에서 우선수익자로 실질적 통제권이 이전되는 시점을 별개의 부가가치세 과세거래로 파악하였던 점을 고려하면 위탁자로부터 수탁자에게로 신탁재산의 이전을 별개의 부가가치세 과세거래로 볼 것인지에 대해서도 서둘러 정립될 필요가 있다. 다만, 이를 별도의 부가가치세 과세거래로 파악한다고 가정하더라도, 신탁재산에 대한 부가가치세 과세표준을 어떻게 산정할 것인지의 문제는 여전히 남는다.
이외에도, 수탁자가 신탁 부동산에 대한 공사계약을 체결하여 신탁업무를 처리한 경우 수탁자를 용역을 공급받은 자로 보아야 할 것인지 등의 문제는 대상판결만으로 그 결론을 명확하게 내리기는 어려울 것으로 보인다. 결국, 신탁에서 파생되는 다양한 부가가치세 관련 문제들에 대해 대상판결만으로 명확한 결론을 도출하기 어려운 이상, 이에 관한 구체적인 대법원 판결들이 나오기 전까지는 부득이 과세관청의 유권해석 등을 통하여 처리할 수밖에 없을 것으로 생각된다.