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기업의 연구개발투자는 새로운 성장원천 발굴과 지속가능한 성장을 위한 필수불가결한 요소이며 나아가 국가경쟁력의 핵심요소다. 정부가 재정지원과 조세지원 등을 통해 민간기업들의 연구개발활동을 촉진하는 이유다. 특히 기업부설연구소에 대한 지원은 기업의 연구개발 지원을 위한 핵심정책 중 하나다.
기업부설연구소 설립 신고제도가 도입된 지 37년만에 국내 기업부설연구소가 4만개를 넘어섰다. 1981년 과학기술처(현재 과학기술정보통신부)는 기업의 연구개발(R&D) 활동을 효율적으로 지원하기 위해 기업부설연구소 설립 신고제를 신설했다. 첫 해 53개가 인정받은 것을 시작으로 2004년 1만개, 2010년 2만개, 2014년 3만개를 돌파하는 등 꾸준한 증가세를 유지하고 있다.

< 기업부설연구소 증가 추이(2000～2018) > 기업부설연구소의 설립 증가는 정부가 2005년부터 국가경쟁력 강화와 중소기업의 연구 개발 능력을 향상시키기 위해 연구소 설립요건을 완화하고 지원책을 강화한 것이 주요 요인으로 보인다. 기업이 연구소를 설립하면 필요한 기술력을 확보하면서도 여러 정책지원과 세제혜택을 누릴 수 있다. 연구개발비 세액공제와 연구활동비, 부동산 관련 지방세와 관세 감면 등을 받을 수 있고 병역특례사업장 지정 시 인력지원 혜택과 정책자금지원도 받을 수 있다.

그 중에서도 기업부설연구소에 대한 지방세 감면은 기업부설연구소 설립 신고제도와 맥을 같이 하고 있다. 기업의 경쟁력 향상을 위한 연구개발 투자를 확대시키고 이를 지원하기 위하여 기업부설연구소용으로 취득하는 부동산에 대한 취득세와 재산세 감면규정은 1982년에 처음 신설되었다. 1984년에는 부동산을 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받도록 규정하였고, 1991년에는 그 기간이 2년에서 4년으로 연장되었다. 2004년에는 추징요건이 강화되어 추징 유예기간이 2년에서 4년으로 확대되었으며, 2011년도에는 지방세법이 분법되면서 구 지방세법 제282조 제1항 및 제284조의 규정이 현재의 지방세특례제한법 제46조로 이관되었다. 2015년에는 과세형평성 제고를 위해 대기업, 중견기업, 중소기업 등 기업규모에 따라 감면율을 차등하였고, 기업부설연구소로 인정받아야 하는 기간도 4년에서 2년(승계취득은 1년)으로 조정되었다. 현재 기업부설연구소에 대한 지방세 감면대상자는 기업부설연구소(연구개발전담부서는 제외)를 설치ㆍ운영하려는 기업(개인기업 포함)이고, 감면대상은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이다. 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정된다. 감면율은 2014년까지는 기업규모에 상관없이 취득세와 재산세가 면제되었으나 2015년부터는 기업규모에 따라 차등적으로 적용되고 있다. 2015년과 2016년도에는 취득세와 재산세를 대기업은 25%, 중견기업은 50%, 중소기업은 75%를 적용하였고, 2017년부터는 취득세와 재산세를 대기업과 중견기업에 대해 35%로 적용하면서 수도권 과밀억제권역 내 대기업은 감면대상에서 배제하였다. 중소기업은 취득세 60%, 재산세 50%를 적용하고 있다.


기업부설연구소에 대한 지방세 감면은 2014년 이후 감면율이 계속 변동되었고 2014년 법 개정 시 세부담의 급격한 증가를 방지하기 위해 부칙에 경감세율 특례를 두어 부칙 적용대상자를 별도로 규정하고 있으므로 법에서 규정한 세제혜택을 놓치지 않으려면 주요 쟁점 해석사례를 꼼꼼하게 살펴볼 필요가 있다.

쟁점 1. 기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적은 감면대상일까?

< 기업부설연구소 감면요건 > < 지방세특례제한법 §46 > ㆍ취득세：기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산
※ 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정 < 지방세특례제한법 시행령 §23 > ㆍ기업부설연구소란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 의미(단, 과밀억제권역 내 대기업은 제외) < 기본통칙 특법 46-2(2013년～2018년) > ㆍ기업부설연구소용에 직접 사용하는 취득세 감면대상 부동산의 범위는 ‘「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것’을 한도로 한다. 지금까지 기업부설연구소 지방세 감면 관련 유권해석, 조심 결정례, 법원 판례 등에서 가장 많이 거론된 쟁점은 기업부설연구소용 부동산의 감면 범위이다. 과학기술정보통신부장관에게 기업부설연구소로 인정받은 기업부설연구소 전용면적만 감면대상으로 볼 것인지 아니면 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적 중 기업부설연구소와 공용으로 사용하는 부분도 감면대상으로 볼 것인 지 여부다. 그 간 유권해석, 조심결정례, 법원 판례 등에서 판단한 내용이 서로 상이(相異)하여 운영상 혼선이 있었으나 2015년 판례(대법원 2015두39477, 2015.6.23.) 이후 다툼의 여지가 줄어 들었다.

사례 1) 기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적은 감면대상이 아님 대법원 판례가 나오기 이전에 조세심판원은 기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적은 취득세 감면대상이 아니라고 판단했다. 지방세특례제한법 제46조제1항 및 같은 법 시행령 제23조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 기업부설연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 면적을 한도로 보는 것이 타당하다는 이유에서다(조심 2013지1026, 2014.02.21.). 그 당시 지방세특례제한법 기본통칙도 기업부설연구소용에 직접 사용하는 취득세 감면대상 부동산의 범위는 ‘「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣ 제14조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것’을 한도로 한다고 규정했다. 따라서 대법원 판례 이전까지는 기업부설연구소 면적으로 인정받지 아니한 공용면적은 취득세 감면대상으로 볼 수 없다고 할 것이다.
사례 2) 공용부분 중 기업부설연구소용 전용면적 비율은 감면대상에 해당 기업부설연구소로 인정받은 전용면적 이외의 공용면적에 해당하는 기계실, 주차장, 식당, 방재센터, 수면실, 로비, 방송실, 전산통신실, 연결통로 등이 감면대상에 해당하는 지가 쟁점이다. 2심까지는 조세감면규정에 대한 엄격해석의 원칙상 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산은 연구소 시설의 가동ㆍ운영에 필수불가결한 부동산에 한정된다고 해석함이 타당하고, 면제대상인 기업부설연구소의 물적범위가 ‘기업부설연구소 면적으로 신고하여 인정받은 면적’에 한정되는 것으로 충분히 예측할 수 있다는 이유로 공용부분은 감면대상이 아니라고 판단했다.
그러나 대법원에서는 기업부설연구소로 인정받은 전용부분의 정상적인 이용을 위해서 공용부분의 이용이 필수적이라고 보이므로 ‘건축물의 전체 전용면적에서 기업부설연구소용으로 인정받은 전용면적이 차지하는 비율’에 해당하는 면적은 기업부설연구소용으로 직접 사용되고 있다고 보는 것이 타당하다고 하였다(대법원 2015두39477, 2015.6.23.).
행정안전부도 최근 유권해석에서 대법원 판단과 동일하게 기업부설연구소로 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 전용면적을 기준으로 기업부설연구소가 직접 사용하는 부분을 한정하여 공용면적 비율을 산정하여 감면하는 것이 타당하다고 하였다(지방세특례제도과-4001, 2016.12.29.).

쟁점 2. 기업부설연구소 경감세율 특례(취득ㆍ재산세 75%)는 어떤 경우에 받을 수 있나?

< 기업부설연구소 경감세율 특례 적용대상 > ㆍ2015년 1월 1일 이전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위해 부동산을 취득한 자가 2016년까지 기업부설연구소로 인정받는 경우에는 취득세 및 재산세 75% 감면율 적용 제24조【기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례】
이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다. 기업부설연구소에 대한 지방세 감면은 2014년에 기업규모에 따라 감면율이 차등 적용되도록 지방세특례제한법이 일부 개정되었다. 중소기업의 지원 강화와 지역균형발전 차원에서 취득세와 재산세의 감면율을 중견기업과 대기업은 50%, 중소기업은 75%, 과밀억제권역 내 대기업은 25%로 각각 차등 적용하였다. 감면율이 축소되고 차등화되는 과정에 대한 경과조치로 지방세특례제한법 부칙 제24조에서 경감세율 특례조항을 마련하였다. 부동산을 취득하여 연구소 설치를 준비하고 있던 기업들이 감면율 축소로 급격히 세부담이 증가하는 것을 완화하기 위한 한시적 경과 규정이었다. 구체적인 사례를 살펴보면서 감면대상 여부에 대해 살펴보자.

사례 1) 2014년 이전에 토지를 취득하고 2015년에 건물을 준공한 경우 －건물은 경감세율 특례 대상임
2014년 이전에 토지를 취득한 후 2015년에 그 지상에 건축물을 준공하고 기업부설연구소로 인정받은 경우 2015년에 취득한 건축물이 부칙 제24조 적용대상인지 여부가 쟁점이다.
부칙 제24조의 입법취지가 이법 시행 전에 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하여 건축물을 신축하거나 기업부설연구소를 설치ㆍ운영하기 위한 시설을 갖추는 준비기간을 거쳐 2016.12.31.까지 기업부설연구소로 인정받을 예정인 자에게 취득세 75%를 경감하기 위한 것으로 75% 경감 대상인 자의 자격을 규정한 것이므로 이법 시행 전에 기업부설연구소용 토지를 취득한 경우라면 이번 시행 이후에 취득한 건축물도 부칙 제24조를 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다(지방세특례제도과-2276, 2015.8.25.).
사례 2) 2014년 이전에 부동산을 취득하고 기업부설연구소로 인정받은 경우 －2015년 재산세는 경감세율 특례 대상임.
2014년 이전에 부동산을 취득하고 기업부설연구소로 인정받은 경우 해당 부동산 취득세는 종전 규정에 따라 100% 감면을 적용받는다. 문제는 재산세 감면율이다. 2015년부터는 법개정으로 과밀억제권역 내 대기업의 경우 재산세가 25%다. 과밀억제권역 내 대기업이 2014년 이전에 부동산을 취득하고 기업부설연구소로 인정받았다면 2015년 재산세 감면율은 75%인 경감세율 특례를 적용해야 하는 지 아니면 법 개정을 반영하여 25%를 적용해야 하는 지가 쟁점이다.
행정안전부는 부칙 제24조에서 감면 적용특례 대상의 범위를 ‘이 법 시행 전에 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지 기업부설연구소를 신고하여 인정받고, 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산’이라고 규정하면서 최조 인정시기에 대해서는 별도의 기간을 명시하지 않았기 때문에 2014년 12월 31일 이전 인정된 과밀억제권역 내 대기업 기업부설연구소에 대하여 취득세 및 재산세 감면율 25%를 적용하는 것이 타당하지 않다고 하였다. 따라서 2014년 12월 31일 이전 인정된 기업도 부칙 제24조의 경감특례 적용대상에 포함된다고 할 것이다(지방세특례제도과-1612, 2016.7.11). 사례 3) 일부 토지는 취득하고, 일부 토지는 연부취득 중인 경우 －2015년에 준공한 건축물은 경감특례 대상임
2011년 2월에 일부의 토지는 취득하였고 2011년부터 일부의 토지를 연부로 취득 중에 있으며, 2015년 8월에 건축물 사용 승인을 받고 10월에 기업부설연구소로 인정을 받은 경우 부칙 제24조 적용대상에 해당하는 지가 쟁점이다.
다른 사례와 같이 부칙 제24조가 부동산을 취득하여 연구소 설치를 준비하고 있던 기업들이 감면율 축소로 인해 급격히 세부담이 증가하는 것을 완화하기 위한 점, 기업부설연구소 감면이 취득 당시 일단 취득세를 면제하고, 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소로 인정받는 경우 비로소 그 인정받은 것에 대해 취득세 감면 범위를 확정하도록 규정하고 있는 사후적 감면이라는 점 등을 고려하여 행정안전부는 일부 토지는 취득하고, 일부 토지는 연부취득 중인 경우 2015년에 준공한 건축물에 대해 경감세율 특례대상이라고 판단하였다(지방세특례제도과-272, 2017.8.18).

지금까지 기업부설연구소에 대한 지방세 감면 쟁점을 살펴보았다. 기업부설연구소에 대한 지방세 감면요건과 관련 판례들을 제대로 알아 기업부설연구소를 준비하거나 기업부설연구소를 운영하는 기업들이 지방세 감면혜택을 놓치지 않길 기대해 본다.