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힘차게 시작된 2025년도 달력이 벌써 한 장이나 넘어갔네요. 1월 부가가치세를 열심히 마무리 하였지만 제대로 된 것인지 언제나 맘이 놓이지 않는 것이 사실입니다. 특히 매입세액공제는 일률적으로 10% 공제를 받는 것이기에 신고시 부담이 있습니다.

실무에서는 매입세액불공제를 제대로 파악하기 어렵거나 번거롭다는 이유로 보수적으로 신고하는 경우가 많지만, 공격적으로 신고한 이후 공제 받은 부분에 대해 세액과 더불어 가산세까지 추징당하는 사례도 빈번합니다.

부가가치세법에서는 전단계 세액공제법을 취하면서 과세 및 불공제에 대해 열거하는 방식으로 그 사유를 명확히 하고 있는데요. 실무상으로는 과세 및 불공제 대상 여부에 대한 해석에 있어 문제가 있을 수 있기에 이번 포스트에서는 주택 관련 특히 그중에서도 상가시설과 같은 근린생활시설 등을 중심으로 부가가치세 과세 이슈를 다뤄보도록 하겠습니다.

주택(근린생활시설) 관련 매입세액 관련법령

부가가치세법상 사업자의 사업관련 비용을 지출하고 그에 대한 세금계산서를 수취하였다면 매입세액공제 대상이지만 그 중 국민주택 규모에 대한 재화나 용역의 공급에 대해서는 부가가체세가 면제되고, 그에 해당하는 매입세액도 불공제에 해당합니다. 매입세금계산서에서는 공제 여부가 핵심인데 공제 여부는 매출세금계산서가 과세분으로 거래된 것인지가 중요합니다. 아래에서 관련 조항을 살펴보겠습니다. ■ 부가가치세법 제4조 (과세대상)
부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

■ 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

■ 조세특례제한법 시행령 제51조의2(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례) ③ 법 제55조의2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 규모”란 ｢주택법｣에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.
■ 주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다. 1의2. "준주택"이란 주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설 등을 말하며, 그 범위와 종류는 대통령령으로 정한다. 3. "국민주택"이란 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.
■ 주택법 시행령 제4조(준주택의 종류와 범위)
법 제2조제4호에 따른 준주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.
1. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호 라목에 따른 기숙사
2. 「건축법 시행령」 별표 1 제4호 거목 및 제15호 다목에 따른 다중생활시설
3. 「건축법 시행령」 별표 1 제11호 나목에 따른 노인복지시설 중 「노인복지법」 제32조제1항 제3호의 노인복지주택
4. 「건축법 시행령」 별표 1 제14호 나목2)에 따른 오피스텔


■ 건축법 제2조(정의)
② 건축물의 용도는 다음과 같이 구분하되, 각 용도에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다.
1. 단독주택
2. 공동주택
3. 제1종 근린생활시설
4. 제2종 근린생활시설
■ 건축법 시행령 제3조의5(용도별 건축물의 종류)
법 제2조 제2항 각 호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표 1과 같다. [별표 1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)
1. 단독주택
가. 단독주택
나. 다중주택
다. 다가구주택
라. 공관(公館) 2. 공동주택
가. 아파트
나. 연립주택
다. 다세대주택
라. 기숙사 3. 제1종 근린생활시설
4. 제2종 근린생활시설

주택(근린생활시설) 부가가치세 관련 묻고 답하기

아래에서는 부가가치세에서 주택 부분 중 근린생활시설에 대한 과세이슈와 관련한 주요 질의사항을 묶어 보았습니다. 잘 살펴보시기 바랍니다. 상가주택 양도시 주택분(2·3층)을 근린생활시설로 용도변경 하였다면 부가가치세 과세는 어떻게 되나요?

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 면세사업에 사용하던 자산을 양도하는 경우 부가가치세가 과세되지 않으므로 2·3층 주택을 부가가치세가 면제되는 주택임대사업에 공한 경우라면 부가가치세가 면제됩니다.
* 부가, (서면3팀-2584, 2007.09.13.) 참조 → 부가가치세가 면제되는 주택 임대업을 영위하는 사업자가 면세사업에 사용하던 사업용 건물을 양도하는 경우에는 「부가가치세법」 제12조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것입니다. 종교단체(교회·개인명의가 아니고 종교단체명의)가 잡종지인 토지위에 있는 제2종 근린생활시설을 매입하여, 토지는 종교용지, 건물은 제2종 근린생활시설(종교집회장)로 용도변경하여 직접 사용하는 경우 매입시 건물분 부가가치세를 납부해야 하는지요?

부가가치세법 제26조 제1항 제18호에 따라 종교라는 공익목적사업을 하는 종교단체에 해당하여 부가가치세가 면세되는 사업자인 경우에도 부가가치세 과세 대상 자산을 취득하는 경우 부가가치세를 납부하는 것이고, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 면세사업과 관련된 매입세액은 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아니므로 환급이 되지 않습니다. 근린생활시설과 주택이 같이 있는 건물을 공사한 경우 부가가치세 안분계산을 할 때 전용면적으로 과세·면세를 나누는지 아니면 연면적으로 과세·면세를 나누는지요?

해당 건물이 면세와 과세분을 함께 공급하는 경우에는 토지 면적을 제외한 건물 예정사용면적비율로 안분계산하면 될 것이며, 면적으로 안분계산시에는 아래 예규와 같이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 건물의 면적(공유면적)은 총예정사용면적 및 면세사업에 관련된 예정사용면적에 포함하지 않는 것입니다. 공급가액이 없어 매입가액, 예정공급가액, 예정사용면적 비율로 안분계산한 경우 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 공통매입세액을 정산하는 것입니다. "확정되는 과세기간"이란 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 당해 재화를 과세사업과 면세사업에 사용하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 발생하는 과세기간을 말하는 것입니다. (부가가치세과-99, 2011.01.25) 다가구주택(3층)에 딸린 1층 근린생활시설의 경우 매각시 부가가치세가 과세되나요?

부가가치세 과세사업에 사용하던 고정자산을 매각하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것으로 부가가치세 과세사업인 상가임대업에 사용하던 건물을 양도하는 경우에는 건물분에 대하여 부가가치세가 과세되는 것입니다.
다만, 주택 및 상가로 된 겸용주택을 임대하는 경우에는 임차인별로 임대면적을 계산하여 주거용 부분의 면적이 사업용 부분의 면적보다 큰 경우에는 그 전부를 주택의 임대로 보아 부가가치세가 면제되는 것이며, 이 경우 당해 임대업에 공하던 건물을 양도하는 때에는 주택의 양도로 보아 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이나 임차인이 동 주택부분을 상시 주거용으로 사용하였는지 여부는 관련 사실에 따라 사실판단하는 것임에 주의해야 합니다.
결국 사례별로 정확한 사실관계에 따라 판단할 사안이나, 임차인별로 구분하여 상가와 주택을 동일인에게 임차한 경우로 주택면적이 상가면적보다 큰 경우에는 전체를 주택임대로 보아 부가가치세가 면제되는 것이며, 면세사업에 사용하던 건물을 양도하는 경우에 부가가치세가 면제되는 것입니다.
반면, 주택과 상가의 임차인이 다른 경우에는 상가임대에 대하여는 부가가치세가 과세되며, 해당 과세사업에 사용하던 상가부분에 대하여는 양도시 부가가치세가 과세될 것으로 사료됩니다. 고시원의 신축과 관련된 매입세액은 공제 가능한가요?

사업자가 근린생활시설에 해당하는 고시원 건물을 신축하여 구획된 실(室)안에 학습자가 공부 할 수 있는 시설을 갖추고 숙박 또는 숙식을 제공하는 영업(고시원업)을 하는 경우에는 부가가치세가 과세되고, 이 경우에 해당 고시원 건물의 신축에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것입니다.
다만, 해당 건물에 독립된 화장실, 주방설비 등을 갖추고 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거활동을 하도록 임대하는 경우에는 주택임대에 해당하여 부가가치세가 면세되는 것이고 이 경우에는 해당 건물 신축에 관련된 매입세액은 면세사업 관련 매입세액에 해당되어 공제되지 않는 것입니다.
* 부가, (부가가치세과-294 , 2011.03.24.) 참조

주택(근린생활시설) 부가가치세 이슈와 쟁점해설

도소매 vs 온라인 상거래 [사실관계]
- A법인은 건물을 신축하여 부동산 임대업을 목적으로 하여 2023년 1월 사업자 등록
- 2023년 3월 공사 착공하여 지하 2층, 지상 8층 규모 건물 완공
- 2023년 12월 사용승인 완료
- 2024년 세무조사 시 ○○세무서에서 사실과 다른 세금계산서로 봄

층	용도	비고
지하2층	기계실, 발전기실 등	-
지하1층	제1종근린생활시설(목욕장)	임대 및 직영
1층	제1종근린생활시설(목욕장, 휴게음식점, 미용원)
	제2종근린생활시설(일반음식점)
2～5층	주차장	-
6층	업무시설(오피스텔 12호)	임대
7층	업무시설(오피스텔 12호)
8층	업무시설(오피스텔 6호)

※ (서면법령부가-6, 2019.04.02.)[법령해석과-809] 각색

[질의] - 사업자가 부동산임대업 등 과세사업을 영위하기 위하여 근린생활시설 및 오피스텔을 신축하며 매입세액을 공제받은 경우로서
1. 건물 완공 후 오피스텔 일부를 주거용으로 임대한 경우 면세전용 여부 및 공급가액 산정방법
2. 주거용 임대용역에 대하여 부가가치세 신고‧납부한 경우 2025년 경정청구 가능 여부
[해설] - 부가가치세법 제4조 제1호에 따라 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 부가가치세를 과세하는 것이며, 같은 법 제26조 제1항 제12호에서 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 부가가치세를 면세하는 것으로 규정하고 있습니다. - 또한 같은 법 제38조에서 제41조는 공제하는 매입세액과 불공제세액, 공통매입세액 등의 방법을 명시하고 있습니다. - 사례의 경우 사업자가 부동산임대업 등 과세사업을 영위하기 위하여 근린생활시설 및 오피스텔을 신축하며 관련 매입세액을 전액 공제받은 후 오피스텔 중 일부를 주거용으로 임대하는 때에는 부가가치세법 제10조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며 이 경우 같은 법 시행령 제66조 제3항에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 하는 것입니다. - 따라서 부가가치세가 면제되는 주거용 임대용역에 대하여 부가가치세를 신고‧납부한 경우라면 당연 국세기본법 제45조의 2 제1항 제1호에 따라 경정청구할 수 있으므로 제척기간 5년 내 청구하여 환급을 검토하여야 할 것으로 사료됩니다.

최근 예규 및 판례

지금까지 다양하게 주택분 그중에서도 근린생활시설 위주로 구성하여 살펴 보았는데요. 이제는 유권해석이나 판례에서 해당 사례 관련 부가가치세에 대해 어떻게 해석하고 판결했는지를 확인해 보겠습니다. 아파트 및 상가를 신축하기 위하여 기존건물 철거 시 관련 매입세액의 공제 여부 (부가46015-2429, 1997.10.25.) 【요지】
아파트 및 상가를 신축하기 위하여 기존건물을 철거하는 경우, 해당 철거비용은 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당되지 않는 것이며, 따라서 동 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당함.

【회신】
귀 질의의 경우에는 붙임 기 질의회신문(부가46015-1477, 1996.07.22)을 참조. 붙임 : (부가46015-1477, 1996.07.22)
아파트 및 상가를 신축하기 위하여 기존 건물을 철거하는 경우, 당해 철거비용은 부가가치세법시행령 제60조 제6항에 규정한 토지 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액에 해당되지 않는 것이며, 동 매입세액은 동법 제17조 제1항의 규정된 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하는 것임.
해설 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련한 매입세액공제는 불공제 되는 것이나 아파트 포함 상가 신축을 위한 기존 건물 철거비용은 해당 건물에 대한 자본적 지출에 해당한다고 명시한 해석으로 합리적으로 보입니다. 만약 이러한 철거비용을 토지관련 매입세액으로 본다면 상당한 세액을 공제받지 못할 것임에 반해, 건물 철거가 결국 최종적으로 건물 신축을 위한 것이므로 토지 조성과 무관하다는 입장이 타당하다 할 것입니다.
근린생활시설 및 다중주택으로 신축된 건물을 원룸 형태로 개조하여 임대 후 양도시 부가가치세 면제 여부 (사전법령부가-286, 2018.05.14.)[법령해석과-1307] 【요지】
근린생활시설 및 다중주택으로 신축된 건물을 원룸 형태로 개조하여 주택으로 임대 후 양도하는 경우 주거전용면적의 합계가 국민주택규모 이하인 다중주택의 양도는 부가가치세가 면제되며, 근린생활시설의 양도는 상시 주거용 임대인지 일시적, 잠정적 임대인지에 따라 해당 건물의 양도시 과면세가 달라짐

【회신】
주택신축판매업을 영위하는 사업자가 단독주택(다중주택) 및 근린생활시설로 건축허가를 받아 신축한 건물을 용도변경의 허가를 받지 아니하고 건물 전체를 원룸 형태로 개조하여 주택으로 임대하다 양도하는 경우로서 주거전용면적의 합계가 국민주택규모 이하인 단독주택(다중주택)의 양도는 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이며, 근린생활시설을 상시 주거용으로 임대하여 「부가가치세법」 제10조제1항제1호에 따라 부가가치세가 과세된 근린생활시설의 양도는 같은 법 제14조 제2항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것임.
다만, 해당 건물이 양도되기 전까지 일시적, 잠정적으로 임대하여 같은 법 제10조 제1항 제1호에 따른 재화의 공급에 해당하지 아니하는 경우 근린생활시설의 양도는 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 해당 근린생활시설의 임대가 일시적, 잠정적인 임대에 해당하는지는 사실판단할 사항임.

해설 앞선 이슈의 쟁점해설과 같이 근린생활시설을 상시 주거용으로 임대하여 부가가치세법 제10조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 과세된 근린생활시설의 양도는 같은 법 제14조 제2항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것으로 볼 수 있습니다.
그러나 이 때 건물 양도 전 일시적·잠정 임대하는 부분이 문제될 수 있는데 공급에 대해 과세하는 부가가치세 특성상 양도도 공급된 것으로 보아야 하므로 당연 부가가치세 과세대상이 되는 것은 타당하다 보이나 이때 임대가 일시적인지 여부는 납세자가 증빙할 수 있는 임대차계약서, 전입증명서 등을 갖추어야 대응할 수 있을 것입니다.
쟁점근린생활시설이 부가가치세 면제대상인 국민주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부 (조심2019서3172, 2020.02.13) 【요지】
부가가치세가 면제되는 국민주택 규모이하의 주택은 「주택법」에 따른 주거전용 면적이 85㎡이하인 것만을 의미하는 점, 쟁점시설은 제2종 근린생활시설로 건축허가 및 사용승인을 받아 건축물 대장의 용도란에 제2종 근린생활시설이라고 되어 있으므로 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하지 아니하므로 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없음.

해설 납세자는 쟁점 근린생활시설은 주택신축과정에서 부득이하게 근린생활시설로 건축허가 및 사용승인을 받았으나, 실질적인 용도는 주택이고 신축시 매입세액을 공제받은 사실이 없는바, 쟁점근린생활시설은 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급으로 보아 부가가치세 면제 대상으로 주장합니다.
쟁점 근린생활시설이 실제 주거용으로 사용되고 있다는 점을 들어 국세기본법 제14조에 따른 실질과세원칙을 말하고자 하는 것으로 보이는데, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다[(대법원2003두7392, 2004.5.28.) 판결 참조]. 따라서 조세법률주의에 따라 실제 현황보다는 법령에서 규정하는 주택의 범위에 당초부터 포함되지 않았다면 부가가치세는 과세됨이 타당하다 보입니다.

마치면서

이번 포스트에서는 부가가치세에서도 주택, 그중에서도 상가와 같은 공동주택에 있어 필수적인 근린생활시설에 대한 이슈를 확인해 보았습니다. 부가가치세는 면세와 과세가 겸용될 수 있고 이에 대한 실무 처리가 생각보다 까다로우므로 부가가치세 신고 시 검토를 꼼꼼히 하시고 추후 오류 발견시 경정청구제도를 통해 매입세액에 대한 환급도 가능하리라 봅니다.

시간 가는게 정말 무서울 정도로 빠릅니다. 부가가치세 이후 면세사업장신고, 법인세 등 앞으로도 세무업계시간은 쉴새없이 흐를 것입니다. 바쁘겠지만 다양한 세무 이슈를 저의 포스트와 함께 하시길 바라며 이만 줄입니다. 독자 여러분 건강하십시오~