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1. 의의

통상 주민세라고 인식하는 세목은 개인 세대주에게 부과되는 세금으로 인식하고 있다. 그러나 주민세에는 세대주에게 부과되는 개인분 주민세 이외에 사업주에게 부과되는 사업소분 주민세와 종업원분 주민세가 있다. 특히 종업원분 주민세는 당해 법인 소속 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과되는 만큼 사업주에게는 부담이 되는 세금이다. 과거에 종업원분 주민세에 대하여 관심이 적었던 이유는 급여 총액이 낮은 것도 있었지만 50인 이하의 사업장의 경우 종업원수에 따른 면세점이 적용되었기 때문이다. 그런데 최근에는 임금인상에 따라 종업원 급여가 가파르게 인상되고 종업원수를 기준으로 면세점을 인식하는 것이 아니라 1개의 사업장별 월 총평균 급여 총액 1.5억원을 기준으로 과세여부가 결정되므로 종업원분 주민세의 중요성이 부각되고 있다.

이에 따라 법인 등이 운영하는 사업장에서 종업원급여 문제가 곧바로 종업원분 주민세 과세여부와 직결되는 문제가 발생하게 되었다. 최근 지방세 당국에서 2025년도 시행 지방세법령 개정시 종업원분 주민세의 면세점기준을 상향 조정하는 지방세법시행령(지령§85의2②) 개정안을 발표한 바 있다. 2019년 종업원분 주민세의 면세점 기준금액 상향(270만원→300만원) 이후 고용노동부의 월평균 임금총액이 물가 상승등을 반영하여 인상되었으므로 종업원분 주민세 면세기준을 상향조정하고 고용 확대를 유도하기 위함이다. 개정안에 따르면 1년간 종업원 급여총액의 월평균 금액이 360만원(아래 [표1])에 50을 곱한 금액(1.8억원) 이하인 경우에는 면세점이 적용되어 사업주의 종업원분 주민세 부담이 낮아지게 된다.

[표1] 연도별 근로자 월 임금총액 ※ 출처: 고용노동부, 고용형태별 근로실태조사(｢통계법｣ §18에 따른 지정통계)

이에 여기서는 최근 종업원분 주민세와 관련된 각종 임금문제, 즉 통상 임금의 범위와 관련된 소송결과 반영과 국세와의 차이점, 육아휴직기간중의 급여에 대한 종업원분 주민세의 비과세적용 범위 및 종업원분 주민세 신고납부와 관련된 납세지 및 가산세 등 제반 쟁점을 분석하고 종업원분 주민세 신고납부와 관련한 기업의 대응방안을 모색하고자 한다.

2. 주요쟁점 분석

(1) 1구의 사업소의 범위와 종업원분 주민세 납세의무

1구의 사업장 범위와 관련하여 동일 건물내에 같은 법인의 본사가 있고 다른 층에 지점이 있는 경우로서 동일 건물 내에 같은 법인이 사업자번호가 다른 두 개의 사업장이 있는 경우 종업원분 주민세를 각각 납부하는 것인지 여부가 쟁점이다.

1구의 범위는 동일한 경제적 효용이 미치는 범위를 의미한다[(대법원2012두18608, 2012.11.29.) 참조]. 따라서 1구의 범위는 공부상이나 건축허가상 주택의 부지로 되어 있는 토지를 말하는 것이 아니라 실제 담장이나 울타리 등으로 경계가 지어진 건축물의 부속 토지를 말하게 된다[(대법원91누10985, 1993.7.27.) 참조]. 지방세법 제74조 제4호의 규정에 의거 “사업소”는 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말하며 동일건물내 본점과 지점이 있는 경우 각각의 사업자 등록번호로 구분되나 각 사업장간에 서로 유기적인 협조체제를 가지고 고유 업무를 수행하고 있는 것으로 볼 수 있는 경우라면 같은 건물내 두개의 사업장으로 보지 아니하고 1개의 사업소로 종업원분 주민세를 신고납부하여야 하는 것이다[(대법원2016두53562, 2018.4.26.) 참조].

이 경우 각각의 사업장을 별개의 사업소로 볼 것인지의 여부는 그 각 사업장의 인적, 물적 설비에 독립성이 인정되어 각기 별개의 사업소로 볼 수 있을 정도인지 등 사업 또는 사무부문의 『독립성』 여부를 기준으로 판단하여야 할 것으로서 이는 건물의 간판이나 사무소의 표지 등과 같은 단순히 형식적으로 나타나는 사업장의 외관보다는 주민세의 목적, 장소적 인접성과 각 설비의 사용관계, 사업 상호간의 관련성과 사업수행방법, 사업조직의 횡적․종적 구조와 종업원에 대한 감독구조 등 실질내용에 관한 제반 사정을 종합하여 판단하여야 할 것이다[(대법원2008두10188, 2008.10.9.) 참조].

[표2] 1구의 사업소요건 판단실무기준 [판례] 1구의 사업장과 주민세 납세의무(대법원2019두36254, 2019.6.13.)
각 영업지점 등 소속 종업원들은 원고에 의해 채용되어 해당 사업부문에 배치되고 있고 순환근무제도, 현장직원의 전환배치제도 등을 통해 해당 사업부문에서 다른 사업부문으로 이동하는 것에 별다른 제약도 없고 각 영업지점 등 소속 종업원들이 원고의 다른 종업원들과 동일한 건물에서 함께 근무하고 있으므로, 사업장별 업무의 기능이 다소 상이하다는 점만을 내세워 기능별로 별개의 사업소로 볼수 없음[(대법원2016두53562, 2018.4.26.) 참조]

[사례] 1구의 사업장의 범위와 동일 사업장 판단(조심2018지0436, 2018.4.24.)
쟁점사업장은 청구법인의 본점 내 소속 부서 또는 지점으로서 대외적으로는 ○○○으로 통하는 점, 쟁점사업장이 동일한 건축물 내에 소재하고 있을 뿐 아니라 그 명칭 및 지배인의 존재 여부에 관계 없이 종업원에 대한 인사 및 예·결산 등에 대한 권한이 청구법인의 대표이사에게 있다고 보이는 점, 쟁점사업장이 업무분장에 따라 각 소관 업무를 수행한다 하더라도 청구법인의 입장에서 보면 각 사업장간에 서로 유기적인 협조체제를 가지고 청구법인의 고유 업무인 은행업을 수행하고 있는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점사업장을 별개의 사업소로 보기는 어려움[(조심2017지622, 2017.8.7.) 참조].

[판례] 1구의 사업소 범위와 종업원분 주민세 납세의무(대법원2016두53562, 2018.4.26.)
각 영업지점 등 소속 종업원들은 원고에 의해 채용되어 해당 사업부문에 배치되고 있고 순환근무제도, 현장직원의 전환배치제도 등을 운영하면서 해당 사업부문에서 다른 사업부문으로 이동하는 것에 별다른 제약도 없어 보이는데, 이러한 이 사건 각 영업지점 등 소속 종업원들이 원고의 다른 종업원들과 동일한 건물에서 함께 근무하고 있으므로 사업장별 업무의 기능이 다소 상이하다는 점만을 내세워 기능별로 별개의 사업소가 있다고 섣불리 단정하여서는 아니 됨. 이러한 사정들과 함께 종업원분 주민세가 지방자치단체의 환경개선 및 정비에 필요한 비용에 충당하기 위하여 해당지역 내에 사업소를 둔 자로부터 징수하는 목적세의 성격을 갖는 점 등을 고려하여 보면, 이 사건 각 영업지점 등이 동일한 건물에 위치한 다른 사업장과 기능적으로 다른 업무를 수행하고 있다고 하더라도, 이를 별개의 사업소라고 하기는 어려움.

[사례] 공사현장 종업원의 종업원분 주민세 과세범위(조심2023지3542, 2024.7.1.)
현장소장의 업무는 수급인을 대리하여 도급받은 공사의 시공관리 및 기타 기술상의 관리를 담당하며 작업일지를 작성하여 도급인에게 제출하여 확인받는 것으로, 직접 일용근로자를 채용하거나 하는 등의 독립된 사업주로서의 역할을 하는 것으로 보이지 않고, 본사는 모든 공사현장의 총괄관리 및 종업원에 대한 급여지급 및 원천징수의무 등을 수행하는 것으로 보이므로, 청구법인의 종업원들은 모두 본사 사업소의 종업원으로 보는 것이 타당하며, 각 공사현장은 본사와 독립된 별개의 사업소라고 보기 어렵고, 이에 따라 각 공사현장의 직원들도 쟁점사업소의 종업원으로 보는 것이 타당함

(2) 통상임금관련 소송에 따른 추가 급여지급시 종업원분 주민세 과세범위

최근 법인과 근로자간의 통상임금협상 등 임금 범위에 대한 법원의 판결이나 상호 합의에 따라 종업원에게 지방세기본법상 부과체척기간이 경과된 과거 근로시간에 해당하는 임금을 추가로 지급할 때 종업원분 주민세를 신고납부하여야 하는지 여부가 쟁점이다.

소득세법 등 국세의 경우 근로자가 판결에 따라 추가적으로 지급받는 금원의 귀속시기가 부과제척기간 이전 과세기간이고 이에 대한 부과제척기간이 「국세기본법」제26조의 2 제1항 제3호가 적용되어 5년간이라면, 「국세기본법」제26조의 2 제2항 제5호의 규정은 같은 법 부칙 제2조에 따라 같은 법 시행 당시(2018.1.1.) 국세부과의 제척기간이 만료되지 아니한 과세기간에 대하여만 적용하는 것으로 해석하고 있다[(서면법령기본-3482, 2018.12.11.) 참조]. [사례] 국세청 (서면법령기본-3482, 2018.12.11.)

원천납세의무자의 종합소득세 부과제척기간이 만료되어 국세의 부과권이 소멸된 경우에는 원천징수의무도 소멸하는 것이며「국세기본법」제26조의2제2항제5호는 법 시행 당시 부과제척기간이 이미 만료된 과세기간에 대하여는 적용되지 아니함

(질의내용) 근로자가 판결에 따라 추가적으로 지급받는 통상임금의 귀속시기가 2010∼2012 과세기간인 경우, 이에 대한 종합소득세의 부과제척기간 만료 여부

(회신) 근로자가 판결에 따라 추가적으로 지급받는 금원의 귀속시기가 2010∼2012년도 과세기간이고 이에 대한 부과제척기간이 「국세기본법」제26조의 2 제1항 제3호가 적용되어 5년간이라면, 「국세기본법」제26조의 2 제2항 제5호의 규정은 같은 법 부칙 제2조에 따라 같은 법 시행 당시(2018.1.1.) 국세부과의 제척기간이 만료되지 아니한 2012년도 과세기간에 대하여만 적용하는 것임. 그러나 지방세기본법 제34조 제1항 제6호 나목의 규정에 의거 종업원분 주민세의 납세의무 성립일은 종업원에게 급여를 지급하는 때이고 당해 월에 지급한 급여가 없다면 납세의무가 성립되지 아니하며, 지방소득세의 납세의무성립일은 과세표준이 되는 소득에 대하여 소득세·법인세의 납세의무가 성립하는 때로 하고 있다. 따라서 종업원분 주민세는 근로제공에 따른 급여발생여하에 불구하고 실제 급여지급여부를 기준으로 납세의무 성립여부를 판단하는 것이다. 이에 반하여 지방소득세의 경우 소득세의 납세의무가 그 지급여하에 불구하고 국세기본법 제21조 제2항 제1호의 규정에 따라 과세기간이 끝나는 때에 성립하는 것이므로 지방소득세 납세의무 성립일은 매년 12월 31일을 과세기준일로 판단하는 것이다[(조심2011지0306, 2013.01.31.) 참조]. 이와 같이 종업원분 주민세의 납세의무 성립일을 달리 정하고 있는 점은 기업사정으로 체불된 임금을 지급하지도 못하는 상황에서 종업원분 주민세를 납부하도록 하는 것은 불합리하다는 점에서 실제 체불임금을 지급할 때 종업원분 주민세를 납부하도록 하는 것이 입법 취지이다.

이에 지방세법 제75조 제3항의 규정에 의거 종업원분의 납세의무자는 종업원에게 급여를 지급하는 사업주이며, 종업원분 주민세의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 하여 신고납부하도록 하고 있는 것이다. 따라서 통상임금 판결에 따라 근로시간에 대한 추가 임금을 지급하는 경우에는 임금 채무발생여하에 불구하고 그 달에 실제 지급한 급여총액을 기준으로 종업원분 주민세를 신고 납부하여야 하는 것이다[(행자부 세정과-4074, 2006.8.30.) 참조]. [사례] 종업원분 지방소득세 납세의무 부과제척기간 기산일(조심2011지306, 2013.01.31)
지방소득세(종업원분)의 납세의무는 종업원에게 급여를 지급하는 때 성립하는 것이고, 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음 날부터 5년이 경과한 경우에는 제척기간이 경과하여 이를 부과할 수는 없다.

[사례] 급여미지급 종업원에 대한 종업원분 주민세 납세의무 판단
사업소 또는 사무소에 근무하지 아니하고 사업주로부터 급여를 지급받지 아니하는 임원에 대한 종업원분 주민세의 납세의무가 없음(행자부 세정과-4074, 2006.8.30.). 그리고 연차 수당 지급을 요청하는 퇴직자와의 소송이 진행되어 하급심에서 회사가 패소하여 해당 연차수당을 법원에 공탁한 후 항소를 하여 최종 대법원에서 수당을 지급하라는 판결이 있는 경우 종업원 급여공탁에 대한 종업원분 주민세의 신고납부의무는 어떻게 이행하는지 여부가 쟁점이다.

지방세법 제75조 제3항의 규정에 의거 종업원분의 납세의무자는 종업원에게 급여를 지급하는 사업주로 하고 동법 제84조의2에서 종업원분의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 하는 것으로, 법원에 연차 수당에 해당하는 급여를 공탁한 경우라도 공탁일을 수령일로 보지 아니하고 실제 수령하는 날을 기준으로 판단하는 것이다. 따라서 최종 대법원 판결에 따라 연차수당에 해당하는 급여를 최종 정산 지급한 날짜를 기준으로 그 다음달 10일까지 납부기한으로 신고납부하여야 한다.

(3) 후생복리적 성격의 급여 등에 대한 종업원분 주민세 과세표준 범위

사업주가 종업원에게 지급하는 급여중 복리후생적 성질의 급여에 대하여는 종업원분 주민세 과세표준에서 제외한다. 따라서 상품권 등을 종업원에게 지급하는 경우 복리후생적 비용에 포함하는지 여부가 쟁점이다.

지방세법시행령 제78조의2제1호의 규정에 의거 종업원분 주민세 과세표준에는 사업주가 그 종업원에게 지급하는 급여로서 「소득세법」 제20조제1항에 따른 근로소득에 해당하는 급여의 총액을 말하나 「소득세법」 제12조제3호에 따른 비과세 대상 급여로서 소득세법시행령 제17조의4에 정하는 복리후생적 성질의 급여는 제외하는 것이다. 이 경우 복리후생적 급여의 범위는 다음과 같다. 1. 다음에 해당하는 사람이 기획재정부령으로 정하는 사택을 제공받음으로써 얻는 이익
(1) 주주 또는 출자자가 아닌 임원
(2) 기획재정부령으로 정하는 소액주주인 임원
(3) 임원이 아닌 종업원(비영리법인 또는 개인의 종업원을 포함)
(4) 국가 또는 지방자치단체로부터 근로소득을 지급받는 사람
2. 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업의 종업원이 주택(주택에 부수된 토지를 포함)의 구입·임차에 소요되는 자금을 저리 또는 무상으로 대여 받음으로써 얻는 이익
3. 종업원이 계약자이거나 종업원 또는 그 배우자 및 그 밖의 가족을 수익자로 하는 보험·신탁 또는 공제와 관련하여 사용자가 부담하는 보험료·신탁부금 또는 공제부금(“보험료등”) 중 다음의 보험료등 (1) 종업원의 사망·상해 또는 질병을 보험금의 지급사유로 하고 종업원을 피보험자와 수익자로 하는 보험으로서 만기에 납입보험료를 환급하지 않는 단체순수보장성보험과 만기에 납입보험료를 초과하지 않는 범위에서 환급하는 단체환급부보장성보험의 보험료 중 연 70만원 이하의 금액 (2) 임직원의 고의(중과실을 포함) 외의 업무상 행위로 인한 손해의 배상청구를 보험금의 지급사유로 하고 임직원을 피보험자로 하는 보험의 보험료
4. 공무원이 국가 또는 지방자치단체로부터 공무 수행과 관련하여 받는 상금과 부상 중 연 240만원 이내의 금액 그러므로 사업주가 종업원에게 상픔권을 지급한 경우 상품권은 급여에 포함되는 것이고 상품권은 소득세법시행령 제17조의4에 정하는 복리후생적 성질의 급여에 포함되지 아니하므로 종업원분 주민세 과세표준에 포함하여야 하는 것이다. [사례] 공무원 국외연수비용의 근로소득과세대상 범위(조심2020지2545, 2021.02.22.)
비독립적 지위에서 일시적으로 용역을 제공하고 받는 대가가 아닌 포괄적인 근로관계의 연속선상에서 특별공로나 후생복리차원에서 비정기적으로 수령한 대가성의 지원금에 해당하므로 주기성(週期性) 유무, 지급수단의 형태 또는 명칭 등에 불구하고, 근로의 제공과 대가관계에 있는 일체의 급여로서 근로소득으로 봄이 합리적임. 쟁점금액은 청구인이 지방자치단체에서 장기근속 등을 하였다는 명목으로 부부동반 국외연수비용을 수령한 것으로 지방자치단체에 제공한 근로와 일정한 상관관계 내지 경제적 합리성에 기한 대가관계가 있다고 보이는 점 등에 비추어 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받은 포상금 성격이라는 이유만으로「소득세법」제12조 제5호 다목 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 각 호에 따른 비과세되는 기타소득이라고 보기는 어려움. 「소득세법」제12조 제1항 제3호 자목 및 같은 법 시행령 제12조 제3호에는 비과세되는 근로소득으로서 ‘일직료·숙직료 또는 여비로서 실비변상정도의 급여’를 규정하는바, 쟁점금액 중 청구인 본인에 대한 국외연수여비는 조례 등의 지급규정에 따라 지급한 통상적인 범위 내의 실비변상 정도의 금액으로 비과세되는 근로소득에 해당하는 것으로 본인 외에 대한 국외연수여비는 이러한 통상적인 범위의 실비변상 정도를 초과하는 것으로 보는 것임

(4) 육아휴직기간중의 급여와 비과세

저출산 대책의 일환으로 종업원의 출산 및 육아휴직관련 종업원분 주민세의 비과세범위는 다음과 같이 3가지 유형으로 구분된다. 그런데 종업원이 육아휴직기간 동안 받는 급여의 범위와 관련하여 고용보험법에 따라 받는 급여만 해당하는지 아니면 육아휴직동안 지급한 모든 급여를 말하는 것인지 여부가 쟁점이다. 종업원분 주민세의 과세표준은 지방세법 제74조 제7호의 규정에 의거 “종업원의 급여총액”를 말하며 이는 사업소의 종업원에게 지급하는 봉급, 임금, 상여금 및 이에 준하는 성질을 가지는 급여로서 사업주가 그 종업원에게 지급하는 「소득세법」 제20조제1항에 따른 근로소득에 해당하는 급여의 총액을 말한다. 해당 종업원이 「남녀고용평등과 일·가정 양립 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 육아휴직을 한 종업원이 그 육아휴직 기간 동안 받는 급여는 사업주로부터 받는 급여를 한정하여 과세표준으로 하되 고용보험법에 따라 받는 급여를 제외하여야 하는 것이다.

그리고 지방세법 제84조의2의 규정에 의거 종업원분의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 하며 급여총액의 범위에는 같은 법 시행령 제78조의2 각호에 해당하는 종업원의 급여는 제외한다. 지방세기본법 제34조 제1항 제6호 나목의 규정에 의거 종업원분 주민세 납세의무 성립일은 종업원에게 급여를 지급하는 때이므로 육아휴직기간중의 급여지급분의 종업원분 주민세의 비과세 적용시기는 2020.1.1.부터이고 출산전후 육아휴가 급여는 2021.1.1. 이후 급여지급하는 분부터 종업원분 주민세를 비과세 적용하는 것이다. (1) 육아휴직기간 및 6개월 이상 계속하여 육아휴직을 한 종업원이 직무 복귀 후 1년 동안 받는 급여 제외 : 2020.1.1. 시행

(2) 출산전후 휴가를 사용한 종업원이 그 출산전후휴가 기간동안 받는 급여 : 2021.1.1.시행 또한 종업원 육아휴직기간중 성과에 대한 성과급을 육아휴직기간 이후에 지급한 경우 종업원분 주민세 비과세되는지 여부가 쟁점이다. 지방세법 제74조 제3호의 규정에 의한 종업원분 주민세는 지방자치단체에 소재한 사업소 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말하고 종업원의 급여총액의 범위는 사업소의 종업원에게 지급하는 봉급, 임금, 상여금 및 이에 준하는 성질을 가지는 급여로서 사업주가 그 종업원에게 지급하는 「소득세법」 제20조제1항에 따른 근로소득에 해당하는 급여의 총액을 말한다. 그러나 그 급여총액에서 「남녀고용평등과 일·가정 양립 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 육아휴직을 한 종업원이 그 육아휴직 기간 동안 받는 급여는 제외하는 것이다. 그런데 성과급은 직원의 업무성과(결과)에 대한 평가에 따른 급여이므로 육아휴직기간 중에 종업원에서 지급한 성과급이 아니라 육아휴직기간 이후에 지급한 것이라면 종업원 급여총액에 포함하여야 할 것이다.

그리고 통상 회사에서 급여를 익월 10일에 지급하는 경우, 예를 들어 육아휴직기간이 2024년 08월 1일 ~ 2025년 07월 31일이면 8월10일 지급한 7월 귀속분 지급금액(예:5,000,000원)이 육아휴직기간에 지급한 금액으로 주민세 종업원분 비과세에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면 다음과 같다. 지방세법시행령 제78조의2 제2호의 규정에 의거 종업원의 급여총액 범위에는 사업주가 그 종업원에게 지급하는 급여로서 「소득세법」 제20조제1항에 따른 근로소득에 해당하는 급여의 총액을 말하나, 「남녀고용평등과 일·가정 양립 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 육아휴직을 한 종업원이 그 육아휴직 기간 동안 받는 급여는 제외하는 것이다. 또한 지방세기본법 제34조 제1항 제6호의 규정에 따라 종업원분 주민세의 납세의무 성립일은 근무기간 여하에 불구하고 종업원에게 급여를 지급하는 때로 규정하고 있는 것이다. 따라서 해당 종업원의 육아휴직기간이 2024년 08월01일~2025년07월31일이나 당해 종업원의 2024년 7월 귀속분 급여를 2024년 8월10일 지급한 금액(5,000,000원)도 육아휴직기간에 지급한 급여에 해당되어 주민세 종업원분의 과세표준에서 제외하는 것이다.

(5) 종업원분 주민세의 면세점과 월 평균급여액의 계산

종업원분 주민세의 면세점은 1개의 사업장에서 월평균 종업원에 대한 급여총액 1.5억원을 기준으로 판단한다. 아래 사례에 있어서 종업원분 주민세 면세 대상에 해당하는지 여부를 살펴보면 다음과 같다. [사례] A물류사업 법인 세종지점 종업원은 30명이며 연간 급여지급액이 다음과 같은 경우

구분	인원(30명)	1인당 연간급여	연간급여총액
병원장	1	1억6000만원	1억6000만원
전문의	3	8000만원	2억4000만원
전공의	9	6000만원	5억4000만원
간호원 등	20	4000만원	8억원
계	30		17억4000만원

(1) 종업원 급여총액의 월평균금액 : 1,740,000,000원 ÷ 12 = 145,000,000원
(2) 면세점 판단 : 145,000,000원 < 150,000,000원(300만원 × 50)이므로 과세제외임 그리고 종업원 급여총액의 월평균금액 산정기준(지령 §85의2 ①)을 보면 종업원 급여총액의 월평균금액은 「지방세기본법」 제34조에 따른 납세의무 성립일이 속하는 달을 포함하여 최근 12개월간(사업기간이 12개월 미만인 경우에는 납세의무성립일이 속하는 달부터 개업일이 속하는 달까지의 기간을 말함) 해당 사업소의 종업원에게 지급한 급여총액을 해당 개월 수로 나눈 금액을 기준으로 한다. 이 경우 개업 또는 휴·폐업 등으로 영업한 날이 15일 미만인 달의 급여총액과 그 개월 수는 종업원 급여총액의 월평균금액 산정에서 제외한다. 종업원 급여총액의 월평균금액을 산정하는 경우 『납세의무 성립일이 속하는 달을 포함하여 최근 12개월간』의 급여액을 계산하여야 하므로 매달 종업원분 주민세 신고납부시 역산하여 12월간의 종업원 급여총액을 계산하고 이를 12개월(사업기간)으로 나누어서 면세점 여부를 판단하여야 한다.

만약 사업장을 이전하는 경우 20×4년 7월 주민세 종업원분 신고납부시 종업원 급여총액의 월평균금액 산정을 위해 20×3년 08월 ~ 20×4년 7월 12개월 월평균금액 계산시 근무지를 A시에서 B시로 근무지를 변경한 종업원분 급여를 어떻게 계산하는지 여부가 쟁점이다. 지방세법시행령 제85조의2 제1항의 규정에 의거 종업원 급여총액의 월평균금액은 납세의무 성립일이 속하는 달을 포함하여 최근 12개월간(사업기간이 12개월 미만인 경우에는 납세의무성립일이 속하는 달부터 개업일이 속하는 달까지의 기간을 말함) 해당 사업소의 종업원에게 지급한 급여총액을 해당 개월 수로 나눈 금액을 기준으로 하되 개업 또는 휴·폐업 등으로 영업한 날이 15일 미만인 달의 급여총액과 그 개월 수는 종업원 급여총액의 월평균금액 산정에서 제외한다. 이전한 사업장인 경우에는 휴·폐업 등으로 영업한 날이 15일 미만에 해당되지 아니하고 계속 사업장에 해당하므로 종업원 급여총액의 월평균금액은 각각의 사업장(A시, B시)을 기준으로 12개월의 월평균 급여로 면세점을 산정하여야 하는 것이다.

(6) 종업원의 근로유형과 월 통상 종업원수의 계산

종업원의 범위에는 당해 사업장에 종사하는 중 상시근무자 이외 수시 근로를 제공하는 임시직 종업원도 포함된다. 월 통상 종업원의 수를 계산할 경우 지방세법시행규칙 제38조의2의 규정에 의거 다음 계산식에 따라 산정하게 된다. 이 경우 상시 고용 종업원의 범위를 어떻게 산정하는 것인지 여부가 쟁점이다. 월통상 인원 = 해당 월의 상시고용 종업원 수 + (해당 월의 수시고용 종업원의 연인원 / 해당월의 일수) 지방세법 제74조 제8호의 규정에서 “종업원”은 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 급여의 지급 여부와 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 계약에 따라 해당 사업에 종사하는 사람을 말한다. 그리고 종업원의 월 통상인원을 산정하는 경우 해당 월의 상시고용 종업원 수 + 해당 월의 수시고용 종업원수 연인원/해당월의 일수로 하여 산정하는바, 여기서 상시고용 종업원 수는 당해 사업장에 급여의 지급 여부와 상관없이 사업주 또는 그 위임을 받은 자와의 고용계약에 따라 해당 사업에 상시적으로 종사하는 사람을 의미하는 것이다. 해당월에 근무하여 급여를 지급받은 종업원 수에 해당 월에 휴직 등으로 인해 급여지급은 되지 아니하지만 고용계약이 유지되는 종업원도 상시고용종업원 수에 포함해야 할 것이다[(행자부 지방세운영과-1613, 2015.6.2.) 참조]. 또한 해당 월에 휴직 등으로 인해 급여지급은 안되었지만, 고용관계에 있는 종업원도 상시고용종업원 수에 포함해야 하는 것이다. [사례] 월상시 종업원의 범위(행자부 지방세운영과-1613, 2015.6.2.)
월 상시 고용하는 종업원이라 함은 급료의 지급형태에 불구하고 월간 계속하여 노무를 제공하는 임직원은 물론 특정업무의 수요가 있을 경우에만 이를 수임 처리키로 하고 월간 또는 연간 일정액의 급료를 지급받는 자를 포함한다 할 것이고, 수시 고용하는 종업원이라 함은 필요에 따라 불특정인이 수시로 고용되어 노무를 제공하고 급료를 지급받는 자를 말한다고 할 것(심사2002-52, 2001.12.5.)인바, 일용근로자에 해당하지 아니하는 간이세액 인원은 상시 고용 인원으로 보아야 할 것임. 시간제 고용 종업원의 경우 근로계약에 따라 3개월 이상 계속하여 동일 사업소에 고용되어 해당 사업에 종사하고 있고, 관련법에 따른 4대 보험을 적용 받고 있는 점, 소득세법에 따른 원천징수이행상황신고서상 간이세액 인원에 해당하는 점 등을 고려할 때 상시 고용 종업원에 해당한다 할 것임. 또한 중소기업의 사업주가 종업원을 추가로 고용한 경우에 종업원분 주민세 공제액 계산 중 전년도 월평균 종업원수보다 사업소 인원이 감소하여 공제액이 (–)로 발생하여 산출과표가 과세급여총액보다 많아졌을 때, 종업원분 주민세 신고는 어떻게 하는지 여부가 쟁점이다.

지방세법 제84조의5 제1항의 규정에 의거 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업의 사업주가 종업원을 추가로 고용한 경우(해당 월의 종업원 수가 50명을 초과하는 경우만 한정함)에는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액(공제액)을 종업원분의 과세표준에서 공제하며 직전 연도의 월평균 종업원 수가 50명 이하인 경우에는 50명으로 간주하여 산출하는 것이다. 그런데 전년도 월평균 종업원수보다 사업소 인원이 감소하여 공제액이 (–)로 발생하여 산출과표가 과세급여총액보다 많아졌을 때, 중소기업 고용지원관련 공제액이 없는 것으로 보아 신고납부하여야 하는 것이다. 공제액 = (신고한 달의 종업원수 – 직전년도의 월평균 종업원수)× 월적용 급여액

(7) 종업원분 주민세 납세지와 무신고가산세

종업원분 주민세의 납세지는 공사현장인 사업장 소재지를 관할 하는 시군이 되는바, 납세지 착오에 따라 종업원분 주민세를 사업장 소재지가 아닌 법인의 본점소재지에 함께 신고납부가 된 경우 무신고가산세 과세대상인지 납부지연가산세 대상인지 여부가 쟁점이다. 이 경우 지방세법 제84조의6의 규정에 의거 종업원분 주민세는 신고납부의 방법으로 하여야 하고 종업원분의 납세의무자는 매월 납부할 세액을 다음 달 10일까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 하나 종업원분 주민세 납세의무자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 산출한 세액 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수하는 것이다. 본래 종업원분 주민세 납세지는 공사현장 사업장 소재지관할 해당 시군구에 신고납부하지 아니한 이상 무신고가산세 및 납부지연가산세(납부불성실가산세) 과세대상이고 납세지 착오신고나 무지는 정당한 이유에 해당되지 아니하고 납세지 착오지인 타시군에 세입이체를 통해 가산세 없이 받는 것이 가능하지 아니하다.

또한 종업원분 주민세신고납부와 관련하여 본점과 현장 사업장을 오가며 겸직하는 인원에 대해서는 주된 소속 근무지 관할 시군소재지에 신고하면 되는지 아니면 안분 신고납부해야 하는지 여부가 쟁점이다. 지방세법 제76조제3항의 규정에 의거 종업원분의 납세지는 급여를 지급한 날(월 2회 이상 급여를 지급하는 경우에는 마지막으로 급여를 지급한 날을 말함) 현재의 사업소 소재지로 한다. 그러므로 종업원분 주민세 납세지는 급여를 지급한 날 현재의 사업소 소재지로 하나 본점과 사업장을 오가며 겸직하는 종업원 급여에 대한 종업원분 주민세에 대해서는 주된 소속 사업장 소재지를 관할하는 지방자치단체를 납세지로 하여 신고납부하여야 한다.

(8) 겸직 종업원에 대한 종업원분 주민세 감면기준

의과대학과 대학부속병원에서 겸임하는 교수에 대하여 종업원분 주민세 감면 대상에 해당하는 것인지 여부가 쟁점이다. 통상 학교법인의 경우 의과대학부설 대학병원을 운영하고 있는바 의과대학교수로 임상연구를 주된 목적으로 파견하고 일부 시간에는 진료 등 병원업무를 담당하는 겸임교수에게 지급하는 급여는 학교법인이 부설대학병원에서 용역계약에 따라 전액 용역비를 수령하면 그 용역비를 의과대학 교수들에게 수당형식으로 지급하게 된다.

지방세특례제한법 제41조 제3항의 규정에서 학교등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 면제하되, 다만 수익사업에 관계되는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다. 이 경우 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 판단하되 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따라 판단하는 것이다. 주된 직무의 판단과 관련하여 종업원이 수행하는 직무 중 무엇이 주된 직무인지 여부를 판단하여야 하는 것이다. 종업원은 당해 사업소에 근무하거나 당해 사업소에 근무를 하지 아니하더라도 해당 사업에 종사를 하는 경우 종업원으로 보는 것이며 사업주의 사업에 종사하는 것으로 족하고 당해 사업주의 사업장을 근무지로 할 필요는 없는 것이므로 파견 종업원의 경우 별도의 사업장이 설치되지 아니한 경우에는 파견종업원은 파견지 사업소의 종업원으로 볼 수 없다[(대법원2010두8034, 2010.10.28.) 등 참조]. 대학병원에 파견한 교수의 직무는 비과세사업부분(교육,연구)와 과세사업부분(진료 등)에 해당하고 특히, 파견교수들은 『학생들의 교과과정에 환자의 진료, 처치, 치료 등의 임상실습이 필수적임에도 그 부속병원이 없어 의과대학생들의 임상실습』을 주로 하게 되는 경우에는 주된 직무가 비과세사업인 교육이나 연구에 해당하게 되는 것이다[(대법원2010두573, 2010.04.15.) 참조]. [판례] 파견교원의 면세대상사업과 주된 직무 범위 판단(대법원2010두573, 2010.04.15.)

종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 묻고 있을 뿐이므로, 위와 같은 수익사업을 통하여 마련된 재원으로 파견교원들에게 급여를 지급한 것이라 하여 위 수익사업이 파견교원들의 주된 직무(주로 이에 종사한 대가로서 급여가 지급되는 직무)라고 할 수는 없는 점, 파견교원들의 주된 직무는 비과세대상사업인 의대학생 교육·연구였고, 원고 역시 주로 이에 대한 대가로 파견교원들에게 급여를 지급하였다고 봄이 상당함

3. 유의점

기업에서는 매달 사업주가 종업원에게 급여를 지급할 때 총급여액의 0.5%를 사업장 소재지를 관할하는 시군구에 종업원분 주민세로 신고납부하여야 한다. 신고납부시 과세표준이 되는 종업원의 급여총액의 범위는 종업원에게 지급한 급여액을 기준으로 판단하는 것이지 지급할 급여를 기준으로 판단하지 아니한다. 그리고 종업원분 주민세의 신고납부와 관련하여 종업원이 근무하는 사업소 소재지 시군에 납부하여야 하는 것이지 본점에서 일괄하여 급여를 지급한다고 하여 본점소재지에 종업원분 주민세를 신고 납부하여서는 아니됨을 유념하여야 할 것이다. (끝)