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세법에서는 사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대해 각종 혜택을 부여하고 있는 반면, 이러한 조세지원 제도를 탈세나 부의 편법 상속 등으로 악용하는 행위를 규제하기 위하여 공익법인이 지켜야 할 의무 또한 구체적으로 규정하고 있습니다.

법인세법 시행령 제38조 제3항에 따른 해외 한국학교와 제4항에 따른 전문모금기관 중 기획재정부장관이 지정한 공익법인, 그리고 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호에 해당하는 공익법인의 경우(종교단체는 제외)에는 기부금 모금액 및 활용실적 공개 등의 의무이행 여부를 매년 자체 점검하여 『공익법인 등 의무이행 여부 점검결과 보고서』를 매 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 주무관청 또는 국세청에 제출하여야 합니다.

그 중 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호(종교단체는 제외)에 해당하는 공익법인이 제출해야 하는 의무이행 여부 점검결과 보고서 작성에 대해 알아보겠습니다.

1. 보고서 양식

1) 2022년 3월 18일 개정서식으로 현재 서식에는 상속세 및 증여세법 시행령 제43조의3 제4항에 따른 표준서식으로 기재되어 있으나 상속세 및 증여세법 시행령 제43조의5 제4항에 따른 표준서식으로 서식 수정이 필요하다. 법인세법 시행령 제39조 제5항 제3호에 동일한 오류가 있어 해당 시행령이 수정되면 서식도 이를 반영할 수 있으리라 판단된다. 2) 위와 동일하게 상속세 및 증여세법 시행령 제43조의 5 제2항으로 수정이 필요하며, 법인세법 시행령 제39조 제5항 제7호에 동일한 오류가 있어 해당 시행령이 수정되면 서식도 이를 반영할 수 있으리라 판단된다.

2. 보고서 작성하기

법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호에 해당하는 공익법인 중 바목에 따라 기획재정부장관이 지정하는 공익법인의 경우에는 (가) ~ (다)의 의무를 이행하여야 합니다.

(가)에서 (다)의 의무는 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목에 따른 지정기부금단체로 신청하기 위해서 필요한 요건에 해당하기도 합니다. 특히 사업의 수혜자가 불특정 다수일 것을 규정한 내용의 취지는 사업의 직접 수혜자가 회원 및 소수의 특정인만을 위해 한정되는 것을 방지하기 위한 것입니다.

(라)에서 (카)의 의무는 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호에 해당하는 공익법인이 모두 지켜야 하는 의무로 이 중 몇 가지를 살펴보겠습니다.

① 결산서류 등 공시 - 표준서식

(마) 기부금 모금액 및 활용실적을 기부금단체와 국세청의 인터넷 홈페이지에 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 각각 공개할 것. 다만, 상속세 및 증여세법 제50조의3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의5 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 기부금 모금액 및 활용 실적을 공개한 것으로 봄.
공익법인의 경우 기부금 모금액 및 활용실적명세서를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 홈택스를 통해 제출³⁾하고, 제출한 내용을 해당 법인 내부 홈페이지를 통해 공개해야 합니다. 하지만 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 사업연도의 수입금액과 출연받는 재산의 합계액이 3억원 이상인 경우에는 결산서류 등을 표준서식에 따라 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 홈택스를 통해 신고하고 이를 해당 법인 내부 홈페이지를 통해 공개해야 합니다. 이렇게 결산서류 등을 표준서식에 따라 신고하고 해당 법인 내부 홈페이지에 공개한 경우 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한 것으로 봅니다.
3) 국세청 홈택스(www.hometax.go.kr) 로그인 후 우측 중앙 “세금종류별 서비스”에서 “공익법인결산서류” 클릭 후 화면 중앙 우측 “공시/공개 등록하기”에서 “기부금 모금액 및 활용실적 공개” 클릭 후 작성
결산서류 등의 표준서식에는 기부금 모집 및 지출 내용이 포함되어 있으며, 해당 서식은 기부금 모금액 및 활용실적과 거의 동일합니다.
③ 매년 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인 등과 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개할 것. 이 경우 국세청의 인터넷 홈페이지^＊에는 ‘연간 기부금 모금액 및 활용실적 명세서(법인칙 별지 제63호의7 서식)’에 따라 공개할 것
＊국세청 홈택스(www.hometax.go.kr)＞세금종류별 서비스＞공익법인공시＞‘기부금 모금액 및 활용실적 공개’ ☞ Ⅶ. 부록-8번 참고
- 다만, 「상속세 및 증여세법」 제50조의3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의5 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한 것으로 봄 ＊‘21.2.17. 이후 공개 또는 공시하는 분부터 적용 [국세청 발간 2022 공익법인 세무안내 187페이지]

② 결산서류 등 공시 - 간편서식

(차) 상속세 및 증여세법 제50조의3 제1항 제1호부터 제4호까지의 서류 등을 해당 공익법인 등과 국세청의 인터넷 홈페이지를 통하여 공시할 것. 다만, 상속세 및 증여세법 시행령 제43조의5 제2항에 따른 공익법인등은 제외.
공익법인의 경우 결산서류 등을 4월말까지 공시해야 합니다. 하지만 총자산가액이 5억원 미만이면서 해당 사업연도의 수입금액과 출연받는 재산의 합계액이 3억원 미만인 경우에는 결산서류공시를 표준서식이 아닌 간편서식으로 할 수 있으며, 이러한 간편서식 대상자의 경우 "차"항목 제외사항에 해당합니다.

이처럼 간편서식에 따라 결산서류 등을 공시한 경우에도 "마"항에 해당하는 기부금 모금액 및 활용실적은 별도로 신고를 해야 합니다. 간편서식 제출 대상자가 2022년 12월 31일 이전에 개시하는 사업연도분의 공시에 대해 간편서식을 제출하지 않은 경우 가산세는 부과하지 않습니다. 하지만 과세관청에서는 간편서식 대상인 경우에도 가산세는 없지만 결산서류 등을 공시하도록 요구하고 있습니다.

③ 공익법인 회계기준 적용

(카) 상속세 및 증여세법 제50조의4에 따른 공익법인 등에 적용되는 회계기준에 따라 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받을 것. 다만, 상속세 및 증여세법 시행령 제43조 제3항 및 제4항에 따른 공익법인 등은 제외.
의료법에 따른 의료법인, 사립학교법에 따른 학교법인, 국립대학법인 서울대학교 및 인천대학교를 제외한 공익법인은 공익법인 회계기준을 따라야 하며, 직전 사업연도 총자산가액이 100억원 이상이거나 직전 사업연도의 수입금액과 출연재산의 합계액이 50억원 이상 또는 출연재산이 20억원 이상인 공익법인은 주식회사 등 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호에 따른 감사인(공인회계사)에게 회계감사를 받을 의무가 있습니다.

자산과 수입금액 등이 이에 해당하지 않거나 종교의 보급 기타 교회에 현저히 기여하는 종교법인과 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원은 외부 회계 감사의무 대상에서 제외됩니다. 다만, 내국법인의 발행주식총수 등의 5%를 초과해서 보유하고 있지만 상속세 및 증여세법 제48조 제11항 요건을 충족하여 주식 등의 출연·취득 및 보유에 대한 증여세 및 가산세 등의 부과대상에서 제외된 공익법인의 경우에는 외부감사 제외대상 업종이더라도 외부 회계감사를 받아야 합니다.

위에서 설명한 3가지 의무사항의 경우에는 법인에 따라 적용 여부가 달라질 수 있으므로 주의가 필요합니다.

3. 관련 법령

■ 법인세법 시행령 제39조【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등
① 법 제24조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “공익법인등”이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 “지정기간”이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다. 가. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인
나. 「영유아보육법」에 따른 어린이집
다. 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 기능대학, 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설 라. 「의료법」에 따른 의료법인
마. 종교의 보급, 그밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다) 바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “「민법」상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제4항 제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공기관”이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다. 1) 다음의 구분에 따른 요건
가) 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 것일 것). 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제8항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 요건을 갖춘 것으로 본다. 나) 사회적협동조합의 경우: 정관의 내용상「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것 다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것 2) 해산하는 경우 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것 3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리·감독할 수 있는 기관(이하 “공익위반사항 관리·감독 기관”이라 한다) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리·감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것 4) 비영리법인으로 지정·고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 사실이 없을 것 5) 제12항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 제9항에 따라 추천을 받지 않은 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정이 취소되거나 추천을 받지 못한 경우에는 그렇지 않다.
- 중 략 -
⑤ 제1항 제1호 각 목(마목은 제외한다)의 공익법인등은 다음 각 호의 의무를 이행해야 한다. 이 경우 같은 호 바목의 공익법인등은 지정기간(제4호의 경우에는 지정일이 속하는 연도의 직전 연도를 포함한다) 동안 해당 의무를 이행해야 한다. 1. 제1항 제1호 바목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 충족할 것(제1항 제1호 바목에 따른 법인만 해당한다) 2. 다음 각 목의 구분에 따른 의무를 이행할 것 가. 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 사업을 수행할 것). 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제8항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 의무를 이행한 것으로 본다. 나. 사회적협동조합의 경우: 「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행할 것
다. 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우: 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행할 것 3. 기부금 모금액 및 활용실적을 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 다음 각 목에 따라 공개할 것. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제50조의 3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의 3 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 다음 각 목의 공개를 모두 한 것으로 본다.
가. 해당 공익법인 등의 인터넷 홈페이지에 공개할 것
나. 국세청의 인터넷 홈페이지에 공개할 것. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 기부금 모금액 및 활용실적 명세서에 따라 공개해야 한다. 4. 해당 공익법인 등의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것 5. 각 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것 5의 2. 사업연도 종료일을 기준으로 최근 2년 동안 고유목적사업의 지출내역이 있을 것
6. 「상속세 및 증여세법」 제50조의 2 제1항에 따른 전용계좌를 개설하여 사용할 것 7. 「상속세 및 증여세법」 제50조의 3 제1항 제1호부터 제4호까지의 서류 등을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인 등과 국세청의 인터넷 홈페이지를 통하여 공시할 것. 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조의 3 제2항에 따른 공익법인등은 제외한다. 8. 「상속세 및 증여세법」 제50조의 4에 따른 공익법인 등에 적용되는 회계기준에 따라 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받을 것. 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제43조 제3항 및 제4항에 따른 공익법인등은 제외한다.