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고용증대기업세액공제는 2018년 개정세법에서 신설된 이후로, 현재 가장 많이 사용되고 있는 조세특례의 하나가 되었습니다. 종업원을 1명만 증가시키면 공제를 받을 수 있기 때문에 그 요건 달성이 쉽고, 세액공제액도 신규 채용 인원 1인당 400만원~1,200만원을 최장 3년까지 매년 받을 수 있어 그 절세 효과가 크기 때문입니다.

요건은 다른 조세특례에 비해 매우 간단하여서 그 조문도 짧은 편입니다. 그러나 실제 적용하기 위해서는 규정만으로 해결할 수 없는 상황이 종종 발생합니다. 이에 고용증대기업세액공제와 관련된 최근 이슈와 사례들을 검토해 보고자 합니다.

그에 앞서 코로나19 위기 상황 극복을 위하여, 2021.3.16. 개정된 고용증대기업세액공제의 사후관리 규정을 먼저 간단히 살펴 보겠습니다.

1. 고용증대세제의 한시적 개편(조특법 제29조의 7)

코로나19 위기 극복을 위하여, 고용기업증대세액공제를 한시적으로 개편하였습니다. ‘20년 고용이 감소하더라도 고용을 유지한 것으로 간주하여 ’19년 고용증가에 따른 세액공제 혜택을 지속적으로 적용하도록 하였습니다.

간단한 사례를 들어 설명하겠습니다.
중소기업인 (주)선관은 ‘19년 상시근로자가 10명에서 15명으로 증가하여 고용증대기업세액공제를 적용하였습니다.

1) 2020년

(주)선관의 고용 인원이 15명에서 10명으로 감소한 경우, 사후관리 규정(세액공제 중단 및 추징세액 납부)을 적용하지 않지만 사후관리 기간이 2022년 사업연도까지 1년 연장됩니다.

2) 2021년

고용 인원이 16명으로 증가한 경우, 2019년의 공제액을 2년차 공제액으로써 공제 가능합니다. 이때 2021년의 고용증가 인원 계산방법에 대해서는 개정법률에서 제시하고 있지 않지만 2019년의 인원을 기준으로 계산하여야 한다고 판단됩니다. 2020년의 인원을 사후관리 규정에서 제외하고 있기 때문입니다. 따라서 2021년에 1년차 고용증가인원으로 공제 받을 인원은 1명(=16명 - 15명)입니다.

3) 2022년

고용 인원이 14명으로 감소한 경우, 2019년 공제세액에 대해 3년차 세액공제를 적용 받을 수 없고 추징세액을 납부합니다. 또한 2021년의 공제세액에 대해서도 2년차 세액공제를 적용할 수 없고 추징세액을 납부합니다.

2. 청년등 간주 규정이 공제기간 중단에도 적용되는지 여부

[사례]

2020년 개정세법에서 최초로 공제받은 과세연도에 청년등 상시근로자에 해당한 자는 이후 과세연도에도 청년등 상시근로자로 보아 그 수를 계산하도록 개정하였습니다(조특령 §26의7 ⑥; 이하 “청년 간주 규정”).

청년 간주 규정이 고용증대세액공제 사후관리(공제기간 중단과 추징세액 납부) 모두에 적용되는 것인지 아니면 그 중 추징세액 납부에만 적용되는 것인지가 쟁점입니다.
즉, 1차연도에 29세 청년 1명을 채용하여 청년공제를 받은 경우 2차연도에 당해 청년이 30세를 초과하여 청년 숫자가 감소하였다면, 1차연도 공제를 2차연도에도 적용할 수 있는지 여부입니다.

갑설) 적용할 수 있다. 청년 간주 규정은 조특법 제29조의 7 제2항(사후관리)에 연결된 규정으로서 공제 후 청년이 감소하면 공제를 중단하고 추징하는 것으로 공제 중단과 추징은 같은 기준으로 청년을 산정한다. 만약 공제를 해주지 않는다면 청년 외를 채용하면 3년을 공제받는데, 청년을 채용하면 나이 초과로 1년만 공제해주는 불합리한 결과가 된다.

을설) 적용할 수 없다. 청년 간주 규정은 추징 시에만 적용하는 것이므로 청년 채용후 다음해 당해 직원이 30세를 초과한 경우 1차연도분을 추징하지 않을 뿐 2차연도 공제를 적용할 수 없다.

[해설]

을설이 타당하다고 판단됩니다. 따라서 청년 숫자가 감소하였다면 1차연도 공제를 2차연도에 적용할 수 없습니다.

첫번째 문리적 해석입니다.
2020년 개정세법에서 신설된 청년간주 규정(조특령 제26조의7 제6항)에서 그 대상으로 하고 있는 규정은 동조 5항입니다. 동조 5항은 추징세액의 계산방법에 관한 규정이며 이를 위임한 규정은 조특법 제29조의7 제2항 후단입니다.
조특법 제29조의 제7 2항의 전단은 공제기간 중단을 규정하고 있는 반면에, 후단은 세액추징을 규정하고 있습니다.
따라서 청년 간주 규정은 법령의 위임 체계상 세액추징에 적용되는 규정이며 공제기간 중단에는 적용될 수 없을 것으로 판단됩니다.

두번째 입법취지 입니다.
기획재정부의 2020년 개정세법 해설 취지에 따르면 신설된 청년 간주 규정이 추징세액 계산시 적용되는 규정이라고 명시하고 있습니다. 반면에 공제기간의 중단과 관련해서는 청년 간주 규정을 언급하고 있지 않습니다.
그리고 개정 이유도 ‘추징세액 계산시 기간 경과에 따른 청년 근로자 수의 자연 감소를 배제하기 위해 규정 보완’이라고 제시하고 있습니다.

세번째 합리적 해석입니다.
기간 경과에 따라 청년의 나이가 기준연령을 초과하게 되고 이에 따라 근로자 수가 감소하여 세액을 추징당하는 것은 당사자에게 불합리한 취급이라고 판단됩니다.
반면에, 2년차~3년차에 세액공제를 추가적으로 인정해 주지 않는다고 하여 당사자에게 반드시 불합리하다고 볼 수는 없을 것으로 판단됩니다. 종전에 인정 받았던 세액공제를 추징하는 것이 아니라 공제 요건을 충족하지 못한 당사자에게 더 이상 공제를 허용하지 않는 것이기 때문입니다.
즉, 청년의 연령은 중소기업의 공제 기간 3년 동안 전부에 적용되는 존속 요건에 해당하며, 1년차에만 적용되는 개시 요건으로 볼 수 없습니다.

참고로 1년차에 공제 받았던 중소기업이 2년차에 중견기업으로 성장한 경우, 더 이상 중소기업이 아니므로 중견기업 기준으로 고용증대기업 세액공제를 적용하라는 유권해석이 있습니다(사전법령법인-635, 2019.11.8.). 즉, 중소기업 여부도 존속요건으로 보고 있습니다.

다만 청년 외의 경우 3년을 공제기간으로 함에 반하여 청년은 공제기간이 1년으로 단축되는 사례가 발생할 수 있습니다. 이러한 문제점에 대해서는 입법으로 보완하여야 한다고 봅니다. 예를 들어, 2년차에 30세를 초과한 경우 청년이 아니라 청년외 상시근로자로 판단하여 청년외의 공제액으로 계속하여 공제하는 방안입니다.

[참조 예규]

직전 사업연도 말까지 중소기업 유예기간을 적용받던 내국법인이 당해 사업연도 말 현재 유예기간이 종료되고 중견기업에 해당하는 경우, 해당 내국법인은 고용증대기업 세액공제를 적용함에 있어 중견기업 기준으로 세액공제를 적용 받을 수 있으며, 중소기업 사회보험료 세액공제는 적용받을 수 없음(사전법령법인-635, 2019.11.08.).

3. 세액공제의 이월공제 후 인원이 감소한 경우

[사례]

최저한세로 1명에 상당하는 공제액이 이월공제되었으나, 1명이 퇴사하여 당해 연도 고용유지조건 위반으로 공제기간이 중단되고 추징세액을 납부하여야 하는지 여부입니다.

[해설]

당해 연도 고용인원이 감소하여 고용유지조건을 위반한 경우에는 공제기간이 중단됩니다. 그러나 이때 추징세액을 납부하여야 하는 지에 관해서는 해석상 다툼이 있습니다.

세액공제의 이월공제가 있는 상태에서 추징사유가 발생한 경우 종래 투자세액공제에 대해서는 이월된 세액공제액을 먼저 상계하도록 과세관청과 심판례에서 해석하였습니다[(법인46012-1872, 2000.09.05.); (국심2000구801, 2000.11.23.)].

반면에 최근 고용증대세액공제와 관련하여 추징세액을 먼저 납부하고 추후 이월된 세액공제액에서 차감하도록 하는 예규가 발행되었습니다.(사전법령소득-478, 2020.10.21.)

그러나 ‘법인세를 공제 받은 자가’ 사후관리 사유가 발생한 경우에 추징세액을 납부하는 것이므로, 이월공제는 아직 공제 받은 상태가 아니라는 점에서 감면세액이 먼저 추징될 수 없다고 봅니다(조특법 제142조). 이 때 고용의 감소로 세액공제의 이월공제 금액이 자동으로 소멸된다고 보기 어려우므로, 원칙적으로는 세액공제를 신청한 사업연도에 대해 수정신고가 필요하다고 생각됩니다.
그러나, 아직까지 수정신고 여부에 대한 과세관청의 입장이 없으므로 보다 명확한 해결을 위해서는 과세관청으로부터 유권해석을 받아 해결함이 바람직합니다.

[참조 예규]

(사전법령소득-478, 2020.10.21.)
귀 사전답변 신청의 경우, 「조세특례제한법」제29의7 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 신청한 내국인이 그 세액공제액 중 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액을 이월한 후 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간중 상시근로자 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우 「조세특례제한법 시행령」제26조의7제5항제1호에 따라 계산한 금액을 공제받은 세액을 한도로 소득세로 납부하고 나머지 금액은 이월된 세액공제액에서 차감하는 것임.

(법인46012-1872, 2000.09.05.)
내국인이 동일과세연도에 2개 이상의 사업용자산에 투자하여 조세특례제한법 제26조의 규정에 의한 세액공제를 적용하면서 동법 제132조의 규정으로 공제대상세액 중 일부가 이월된 상태에서, 세액공제를 적용한 자산 중 일부를 처분하여 동법 제145조의 규정에 따라 공제세액을 추징하는 경우에는 이월된 세액공제액을 먼저 상계하고 상계 후 잔액이 있는 경우에 실제로 감면받은 세액에 대하여 추가납부할 세액을 계산하는 것임.

(국심2000구801, 2000.11.23.)
제조업을 영위하는 중소기업이 조세감면규제법 제27조의 규정에 의하여 임시투자세액공제를 신청하였으나 최저한세의 적용으로 공제받지 못하고 이월된 세액이 있는 상태에서 임시투자세액공제대상 자산의 일부를 처분한 경우 처분한 자산에 대한 임시투자세액은 공제받지 못하고 이월된 세액에서 먼저 차감하는 것인바(국세청법인46012-564, 1997.2.24. 참고), 이건 경우 1993사업연도에 취득한 자산에 대한 임시투자세액공제신청액 150,854,500원은 쟁점 1자산 처분당시인 1996사업연도에 전액 세액공제를 받아 이월된 세액이 없으므로 쟁점 1자산 처분에 대하여 세액을 추징한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
그러나, 1994사업연도에 취득한 자산에 대한 임시투자세액공제신청액 240,082,767원은 쟁점 2자산 처분당시인 1996사업연도에 65,268,157원을 공제받고 나머지 174,814,610원은 1997사업연도로 이월되었으므로 그 이월된 세액 174,814,610원에서 먼저 쟁점 2자산에 대한 임시투자세액 70,350,000원을 차감하는 한편, 동 세액에 상당하는 금액 70,350,000원을 1997사업연도에 공제신청한 임시투자세액 110,039,911원에서 공제(1997사업연도에 공제신청한 임시투자세액 110,039,911원 중 70,350,000원을 공제)함이 타당함에도 이건 과세시점인 1999사업연도에는 당초 세액공제신청액 전액을 기공제받아 미공제된 이월세액이 없다는 이유로 이건 법인세를 추징한 처분은 부당하다고 판단된다.